<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR388220.8	1	GGCCAGTACCCTCCCTCGACTCCATCAACATCAGTACCTGCCAGATGCCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86413	GGCCAGTACCCTCCCTCGACTCCATCAACATCAGTACCTGCCAGATGCCC	86462

CR388220.8	51	AGCACCCACCATGTGAGGAGTGAAAATGCCCCAGGACTAAAGGACAAGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86463	AGCACCCACCATGTGAGGAGTGAAAATGCCCCAGGACTAAAGGACAAGAT	86512

CR388220.8	101	GACGTTCCACCCCAGCCATCCCGCCCCTCCTAGAGCTCTAGCTCTGTGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86513	GACGTTCCACCCCAGCCATCCCGCCCCTCCTAGAGCTCTAGCTCTGTGCA	86562

CR388220.8	151	TTTAGTGCTTAGGCTTTTAACCTGGGGTCCGCGAACCCACTTTCCCATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86563	TTTAGTGCTTAGGCTTTTAACCTGGGGTCCGCGAACCCACTTTCCCATGA	86612

CR388220.8	201	CACTGCGTGCAGAAGTGATGTTACATGCACACATGACTTCATTACAGGAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86613	CACTGCGTGCAGAAGTGATGTTACATGCACACATGACTTCATTACAGGAC	86662

CR388220.8	251	ATTGGATATTAATATTCATCCGATCAACTGGGGGCCCAAGATACCACTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86663	ATTGGATATTAATATTCATCCGATCAACTGGGGGCCCAAGATACCACTCT	86712

CR388220.8	301	TCCCCCAACAGTTTGTGATCCTCTGAATTAAAGAAAGGGCAGAGATTGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86713	TCCCCCAACAGTTTGTGATCCTCTGAATTAAAGAAAGGGCAGAGATTGAG	86762

CR388220.8	351	GGAGGCCCTAACTCCAAATCTTCTACCACTTCTAGGGAAGTGCTGAAAAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86763	GGAGGCCCTAACTCCAAATCTTCTACCACTTCTAGGGAAGTGCTGAAAAG	86812

CR388220.8	401	AAGTGCAAGGTACTCAACCCGCTCTGGGAATACAGCAGGAAAGCAGAGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86813	AAGTGCAAGGTACTCAACCCGCTCTGGGAATACAGCAGGAAAGCAGAGTG	86862

CR388220.8	451	TTCATGGATTTCGAATTCCATCAAAGAAATACAACTTTGGCAAAATATCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86863	TTCATGGATTTCGAATTCCATCAAAGAAATACAACTTTGGCAAAATATCC	86912

CR388220.8	501	AAGTCACTTTTCTAAGCCCCAGGCAGCAGCTCAAAACAAACAACACCAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86913	AAGTCACTTTTCTAAGCCCCAGGCAGCAGCTCAAAACAAACAACACCAAA	86962

CR388220.8	551	AACAAAACAAAATCTCTGCCCAGGTGAAATCATTGAAGACATAAAACTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	86963	AACAAAACAAAATCTCTGCCCAGGTGAAATCATTGAAGACATAAAACTTT	87012

CR388220.8	601	GTGAGACCTGTATTTAGAGCGAAGGACAATTCAATTTAGGGCTGCAGCAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87013	GTGAGACCTGTATTTAGAGCGAAGGACAATTCAATTTAGGGCTGCAGCAG	87062

CR388220.8	651	AAAACCCCTACATCATATTGGGTTTTTCCTCATCATGAAGTTCTCCTGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87063	AAAACCCCTACATCATATTGGGTTTTTCCTCATCATGAAGTTCTCCTGGA	87112

CR388220.8	701	GGGACCTTCTCCCTTCAGCAGTGCATAGTGAGGCCATTTCTGTGTAAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87113	GGGACCTTCTCCCTTCAGCAGTGCATAGTGAGGCCATTTCTGTGTAAAAA	87162

CR388220.8	751	GATAGAATCTCCTTGGATTCCTGATGTTTACATTTACTACTCACTTCTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87163	GATAGAATCTCCTTGGATTCCTGATGTTTACATTTACTACTCACTTCTTT	87212

CR388220.8	801	GACTTTGTAGATGCCAACTTCACATTCAACATCTTTCAATTATTTTCTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87213	GACTTTGTAGATGCCAACTTCACATTCAACATCTTTCAATTATTTTCTTT	87262

CR388220.8	851	ACTTTGTCTAAGCAGAGAATTTAAACTTGTTTCTGAAGCAGAAAACCAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87263	ACTTTGTCTAAGCAGAGAATTTAAACTTGTTTCTGAAGCAGAAAACCAGG	87312

CR388220.8	901	GACTGGTTATTTGAGCTATCGCCCCACTCTGTGGCTCTCTTATGCAATAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87313	GACTGGTTATTTGAGCTATCGCCCCACTCTGTGGCTCTCTTATGCAATAA	87362

CR388220.8	951	GCATAAGAGATTGTGGGCCAACAGAATTTGTAGCAAGATAAACATAAACC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87363	GCATAAGAGATTGTGGGCCAACAGAATTTGTAGCAAGATAAACATAAACC	87412

CR388220.8	1001	CTTCATTTCAGCCTATGTTTCTGTTTGTCTGGTGATGTTCCAGTCTTGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87413	CTTCATTTCAGCCTATGTTTCTGTTTGTCTGGTGATGTTCCAGTCTTGCT	87462

CR388220.8	1051	CCAGTCTTAACATTTTAAAAAGTATAATTTTACTTAAATTTCATTTTATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87463	CCAGTCTTAACATTTTAAAAAGTATAATTTTACTTAAATTTCATTTTATA	87512

CR388220.8	1101	GGAAGTCATATATATTCATTTCTGTTAGGTTTCTCAGTGAAAGCCTCCTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87513	GGAAGTCATATATATTCATTTCTGTTAGGTTTCTCAGTGAAAGCCTCCTC	87562

CR388220.8	1151	AAAACAACTGTGAAGTAAAGACATGTAAATAAATTCATGGTGCTCCCATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87563	AAAACAACTGTGAAGTAAAGACATGTAAATAAATTCATGGTGCTCCCATG	87612

CR388220.8	1201	TATTCATGCTCATTGCATCTTACAAATGTGTCAGCCCCACTGCAACAGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87613	TATTCATGCTCATTGCATCTTACAAATGTGTCAGCCCCACTGCAACAGAT	87662

CR388220.8	1251	GGTGCATCAACAAATGGTGCTGGAAACCTGGATATCCACATGCAAAAGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87663	GGTGCATCAACAAATGGTGCTGGAAACCTGGATATCCACATGCAAAAGAA	87712

CR388220.8	1301	TGATGCTGGACAAAATTTATGCCCTTCCATTACACCCTTTTCAAAAATTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87713	TGATGCTGGACAAAATTTATGCCCTTCCATTACACCCTTTTCAAAAATTA	87762

CR388220.8	1351	AGTCAGAATGCCTTAAAGAACTAATCTTAAGAGTTAAACCTGTAAAACTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87763	AGTCAGAATGCCTTAAAGAACTAATCTTAAGAGTTAAACCTGTAAAACTC	87812

CR388220.8	1401	TTAAAAGAAAATACTGAGGGAAAGTCTTATGGTCATTAGAATTGGTAGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87813	TTAAAAGAAAATACTGAGGGAAAGTCTTATGGTCATTAGAATTGGTAGTG	87862

CR388220.8	1451	GTTTCTTGGCTGGTGACCAAAAGTACAAGCAATAAAAGGAAAATGACAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87863	GTTTCTTGGCTGGTGACCAAAAGTACAAGCAATAAAAGGAAAATGACAAA	87912

CR388220.8	1501	TAAGACTTCATCAAAATGTAAAAACTTTTTTGCATCAAAGGACGCTATTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87913	TAAGACTTCATCAAAATGTAAAAACTTTTTTGCATCAAAGGACGCTATTA	87962

CR388220.8	1551	AGAGGTGAAAAGAGGCTAGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	87963	AGAGGTGAAAAGAGGCTAGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAC	88012

CR388220.8	1601	TTTGGGAGGCCAAAGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAAATCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	88013	TTTGGGAGGCCAAAGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAAATCA	88062

CR388220.8	1651	GCCTGGCCAACATGGCAAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	88063	GCCTGGCCAACATGGCAAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAG	88112

CR388220.8	1701	CCGGGCGCAGTGGTGGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	88113	CCGGGCGCAGTGGTGGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGG	88162

CR388220.8	1751	CAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAATGAGCTGAGATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	88163	CAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAATGAGCTGAGATT	88212

CR388220.8	1801	GCACCATTGCACTCCAGCTGGGGCATCAGAGAGAGACTCCGTCTCAAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CR759769.4	88213	GCACCATTGCACTCCAGCTGGGGCATCAGAGAGAGACTCCGTCTC-AAAA	88261

CR388220.8	1851	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGAAAATAAAAGAAACTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	88262	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGAAAATAAAAGAAACTGC	88311

CR388220.8	1901	ATAGAATAAGATAAAATATTTGCCAATCACATATCTGATAAAGAATTAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	88312	ATAGAATAAGATAAAATATTTGCCAATCACATATCTGATAAAGAATTAAT	88361

CR388220.8	1951	ATCCAGACTACATACAGAACTACAACTTAACAATAGCAAAACAATCTCAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759769.4	88362	ATCCAGACTACATACAGAACTACAACTTAACAATAGCAAAACAATCTCAT	88411

CR388220.8	2001	T	2001
			|
CR759769.4	88412	T	88412

Compact alignment

skip 1800 bps 100% identity alignment

CR388220.8	1801	GCACCATTGCACTCCAGCTGGGGCATCAGAGAGAGACTCCGTCTCAAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CR759769.4	88213	GCACCATTGCACTCCAGCTGGGGCATCAGAGAGAGACTCCGTCTC-AAAA	88261

skip 151 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR388220.8 - 131368 bps
Hit
CR759769.4 - 88412 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link