<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005049.6	1	AAGCTTTAAACATAAGAATAAATAATATTTTAAACATGAAAAACTTTACA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	48824	AAGCTTTAAACATAAGAATAAATAATATTTTAAACATGAAAAACTTTACA	48873

BX005049.6	51	TCAAAATAATATTTTAAGACCTTTTAGTTTGTGGAGAAAATAAAGAATGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	48874	TCAAAATAATATTTTAAGACCTTTTAGTTTGTGGAGAAAATAAAGAATGC	48923

BX005049.6	101	AAACAGTGTTTATTTTCCTTATTTTGCAAAAGCACACACTTTTGTTGTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	48924	AAACAGTGTTTATTTTCCTTATTTTGCAAAAGCACACACTTTTGTTGTTA	48973

BX005049.6	151	TTTTGAGTGTACACAAAAACGTAGACACATAACAGATTCGACTGATGCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	48974	TTTTGAGTGTACACAAAAACGTAGACACATAACAGATTCGACTGATGCAT	49023

BX005049.6	201	GATCAAACAGATCTTTCTGCATGATCAAAACTAAAAGTGTAATTTACATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49024	GATCAAACAGATCTTTCTGCATGATCAAAACTAAAAGTGTAATTTACATT	49073

BX005049.6	251	CTTTTCCTCATTATCACGAGAAGACGCCTCAAACTGCGTATACAGTTAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49074	CTTTTCCTCATTATCACGAGAAGACGCCTCAAACTGCGTATACAGTTAAA	49123

BX005049.6	301	TCTTTAAATCTACTCTTAAAAGTAAATCTACTCTTAAAAGTACACATTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49124	TCTTTAAATCTACTCTTAAAAGTAAATCTACTCTTAAAAGTACACATTTA	49173

BX005049.6	351	CCCCAAGACCGTCAAATAGATGTAACAAAGTAAATAAAGTAATTTTTTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49174	CCCCAAGACCGTCAAATAGATGTAACAAAGTAAATAAAGTAATTTTTTTA	49223

BX005049.6	401	CTGCCCACCCTAATCTGTGTGAATTCACACTTGTGAAAGCTGTTACAATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49224	CTGCCCACCCTAATCTGTGTGAATTCACACTTGTGAAAGCTGTTACAATT	49273

BX005049.6	451	AAATGTAAAATAGTGCAATTTATTCAAAAGTTGCATAAAATTACTAAATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49274	AAATGTAAAATAGTGCAATTTATTCAAAAGTTGCATAAAATTACTAAATT	49323

BX005049.6	501	TGAATAAGCTAGGGGTCTTGAGTATCTTAAGCAATATGAAAAGCCACAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49324	TGAATAAGCTAGGGGTCTTGAGTATCTTAAGCAATATGAAAAGCCACAAA	49373

BX005049.6	551	ATAACAAGGAAAAAAACACATCTATTGAGTTTTCCTTGCAGACTGCATGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49374	ATAACAAGGAAAAAAACACATCTATTGAGTTTTCCTTGCAGACTGCATGC	49423

BX005049.6	601	AAAATACAACACGATACACAATGTGACCAATGTGGTCTGATTTACAAATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49424	AAAATACAACACGATACACAATGTGACCAATGTGGTCTGATTTACAAATG	49473

BX005049.6	651	ATACTCATGAATATTATTCTTATGCAATCATCCCATCAAAGGATTGCTCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49474	ATACTCATGAATATTATTCTTATGCAATCATCCCATCAAAGGATTGCTCA	49523

BX005049.6	701	TTATTGCACACTTTGAAATAATTCATTCCAAAGGAAGTGGTGTAGTCTGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49524	TTATTGCACACTTTGAAATAATTCATTCCAAAGGAAGTGGTGTAGTCTGA	49573

BX005049.6	751	TTTATGAAACTGAATTTTGGGAATCTGTTTTGGTAAATTTGTGTTTTTTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49574	TTTATGAAACTGAATTTTGGGAATCTGTTTTGGTAAATTTGTGTTTTTTG	49623

BX005049.6	801	GAGCTGTGGAGTGTTTACAGTGTCTTAAGTGCCATGAATATTCTGTGTAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49624	GAGCTGTGGAGTGTTTACAGTGTCTTAAGTGCCATGAATATTCTGTGTAT	49673

BX005049.6	851	GCCATCAAGCACTGAAATGGATCAATTATCTCAACAATTAAGCATTTAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49674	GCCATCAAGCACTGAAATGGATCAATTATCTCAACAATTAAGCATTTAAT	49723

BX005049.6	901	AGTGTTGACGGAGATTTTATCTTCCTAACTGATTTGCATAGCGGGTTGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49724	AGTGTTGACGGAGATTTTATCTTCCTAACTGATTTGCATAGCGGGTTGTT	49773

BX005049.6	951	CAAAGTTACTTGAATATAAAGCATGCGATTTCAACAAGGCATACTAATTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49774	CAAAGTTACTTGAATATAAAGCATGCGATTTCAACAAGGCATACTAATTT	49823

BX005049.6	1001	CAGGATATTCAAGATATTGACCCTTTATCTTTAGTTTTATGTATTTATTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49824	CAGGATATTCAAGATATTGACCCTTTATCTTTAGTTTTATGTATTTATTA	49873

BX005049.6	1051	TGTAAATATGCATGTGTGTACCTGCAGTGCCGGTATAATCAGCAATGGTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49874	TGTAAATATGCATGTGTGTACCTGCAGTGCCGGTATAATCAGCAATGGTG	49923

BX005049.6	1101	AGGGGGTACCCGTCATCCTCTGGATCAACAGAGAACAGCCCAACTCCAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49924	AGGGGGTACCCGTCATCCTCTGGATCAACAGAGAACAGCCCAACTCCAAA	49973

BX005049.6	1151	CACACCGTACTGTGCAAAAGCTGTGCTGTTCTCAAAGTCTTCCAGATCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	49974	CACACCGTACTGTGCAAAAGCTGTGCTGTTCTCAAAGTCTTCCAGATCAA	50023

BX005049.6	1201	TGCGCAGTTCATAGTTTCCTTGGATAGAGAGAGCATGGATCTGTTTCAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50024	TGCGCAGTTCATAGTTTCCTTGGATAGAGAGAGCATGGATCTGTTTCAAC	50073

BX005049.6	1251	CCTGATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGCAATTAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50074	CCTGATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGCAATTAC	50123

BX005049.6	1301	TTTATTTATTATTTTCATTCATAAAAAGTGTAACTGGATTATGACAGTAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50124	TTTATTTATTATTTTCATTCATAAAAAGTGTAACTGGATTATGACAGTAA	50173

BX005049.6	1351	CATTTATATTAGGACTGTATGAACGAGAATTAAGAAAAATGTTTGAATTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50174	CATTTATATTAGGACTGTATGAACGAGAATTAAGAAAAATGTTTGAATTA	50223

BX005049.6	1401	ATTAACTGCACAGGTTTCTATAAATTATCATCAGCTTAAATCTATTTATA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50224	ATTAACTGCACAGGTTTCTATAAATTATCATCAGCTTAAATCTATTTATA	50273

BX005049.6	1451	CTCTAATTCCCCAAATGAATGCAGAATCAACAATAAAGTATATTTTAAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50274	CTCTAATTCCCCAAATGAATGCAGAATCAACAATAAAGTATATTTTAAAT	50323

BX005049.6	1501	TATCTTAATTTAATTGTACCTTTACATCATTATGAAATGCTTTTTTAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50324	TATCTTAATTTAATTGTACCTTTACATCATTATGAAATGCTTTTTTAAAG	50373

BX005049.6	1551	CTATAAAGATTTAAATTTCACTGAAGAATTTTTTTCTAATTCAACATTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50374	CTATAAAGATTTAAATTTCACTGAAGAATTTTTTTCTAATTCAACATTTT	50423

BX005049.6	1601	ATATATTCACATTGTGTCATGTCAGTCAATTCTATTTACTATCAATTTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50424	ATATATTCACATTGTGTCATGTCAGTCAATTCTATTTACTATCAATTTCT	50473

BX005049.6	1651	GGGCAAAATTAAGAAGGCAAATACCAATTAAAACAAAGGTCTCATTTATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50474	GGGCAAAATTAAGAAGGCAAATACCAATTAAAACAAAGGTCTCATTTATG	50523

BX005049.6	1701	AGAAGTTAATTTGAACTAAATTACAACTGGTGCATACAAAATTGAGACTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50524	AGAAGTTAATTTGAACTAAATTACAACTGGTGCATACAAAATTGAGACTC	50573

BX005049.6	1751	TTTCCGCCTCATTCAATGTAAGATTTATTTTGAAAAGGAAAAGAAACCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50574	TTTCCGCCTCATTCAATGTAAGATTTATTTTGAAAAGGAAAAGAAACCTG	50623

BX005049.6	1801	ATAGTTTCCTTTAAAATGTAGGTTTTAAATGTAGGCTTCATTTAATGTCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50624	ATAGTTTCCTTTAAAATGTAGGTTTTAAATGTAGGCTTCATTTAATGTCA	50673

BX005049.6	1851	AAACACATTTCCATACTTTTCTATGGGTCCTTCTTTTGACAAATAAGTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50674	AAACACATTTCCATACTTTTCTATGGGTCCTTCTTTTGACAAATAAGTTT	50723

BX005049.6	1901	TATATAGTCATTGAATAGACTTACAATAATCACAACCCATTCATTCATTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50724	TATATAGTCATTGAATAGACTTACAATAATCACAACCCATTCATTCATTC	50773

BX005049.6	1951	ATTCATTTATTTTCTTTTCAGCTTAGTGCCTTTATTAATCCGGGGTTGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR759746.6	50774	ATTCATTTATTTTCTTTTCAGCTTAGTGCCTTTATTAATCCGGGGTTGCC	50823

Overview

Query
BX005049.6 - 251421 bps
Hit
CR759746.6 - 50823 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001893200012000148824508231
288.271041621357771359381447946401
386.5233359831676322731643370331
487.56134251126099126349-1944396911
582.33942591079181081761944396911
689.22125208124843125050111008112111
780159444216521216964-125150255941
885.18156306128512128817-129393296891
980.92119315187645187959129393296961
1078.8803033368933991-129423297191
1185.9472128247057247184129592297191
1283.39138301187679187979-139217395051
1393.28106134159705159838-139218393511
1485.631763515761057960139218395721
1587.74191320105822106141139218395271
1691.27259355137928138282-139219395731
1786.771071952787628070-139221394241
1882.37123309198014198322139233395271
1986.141703227973180052139256395651
2083.491042304180942038-139356395731
2181.69232592122545123136-142337429151
Short-link