<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR384074.11	1	AAGCTTGGTTTTGGTGACCATGTTTGAAAATGTTTAATAAATTGGTATCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	143873	AAGCTTGGTTTTGGTGACCATGTTTGAAAATGTTTAATAAATTGGTATCT	143922

CR384074.11	51	TAAATTGAAAGATGTGTTGTTCTTTCTTATAAAATAGCGGTCTAAACTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	143923	TAAATTGAAAGATGTGTTGTTCTTTCTTATAAAATAGCGGTCTAAACTTC	143972

CR384074.11	101	AGGTTCTTAACTTAAAGAATATATAGGACTTTATTTCAAGGTGTTACATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	143973	AGGTTCTTAACTTAAAGAATATATAGGACTTTATTTCAAGGTGTTACATG	144022

CR384074.11	151	TTCTAAGTACTTACTATTGACCTTATTCTAAAATACGGAAGTGCGCTCGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144023	TTCTAAGTACTTACTATTGACCTTATTCTAAAATACGGAAGTGCGCTCGT	144072

CR384074.11	201	GTTTGAGATTATTTTAGAACTTTAGATTAAGTTGCCTATGGGAGAATAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144073	GTTTGAGATTATTTTAGAACTTTAGATTAAGTTGCCTATGGGAGAATAGG	144122

CR384074.11	251	AATAATAAATCACAGAAAACGGTTAAACTACTTTACAAACAAGTGATTGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144123	AATAATAAATCACAGAAAACGGTTAAACTACTTTACAAACAAGTGATTGC	144172

CR384074.11	301	ATGATTATACAGACAAAGCAGTTATACAATAAGACAATATCAGTTGCACC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144173	ATGATTATACAGACAAAGCAGTTATACAATAAGACAATATCAGTTGCACC	144222

CR384074.11	351	CACTTGTACACGAAGAATAAGGTGAATAGCAATTATGCATGATAGCATGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144223	CACTTGTACACGAAGAATAAGGTGAATAGCAATTATGCATGATAGCATGC	144272

CR384074.11	401	AACTAGACCTAAACTCTCATCCTAACCCTAATATTATTAAGTATTTATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144273	AACTAGACCTAAACTCTCATCCTAACCCTAATATTATTAAGTATTTATAA	144322

CR384074.11	451	TTAATTAATAATACTCTGTAGTTAAATGAACGATTTCACTGTAACAAGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144323	TTAATTAATAATACTCTGTAGTTAAATGAACGATTTCACTGTAACAAGGA	144372

CR384074.11	501	CACAGTACAAGAAAGTTTAATCAAATATTGTACAATATCTTAAGTGTTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144373	CACAGTACAAGAAAGTTTAATCAAATATTGTACAATATCTTAAGTGTTTG	144422

CR384074.11	551	AGTTCTTTTTCTTCAGTTTATAGTTAATTAAACTTATTTGTCAGACTTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144423	AGTTCTTTTTCTTCAGTTTATAGTTAATTAAACTTATTTGTCAGACTTTC	144472

CR384074.11	601	TCAATGTTTATGAGTTTATTTCTCACAACTCTTTCTCAAAACAATGATTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144473	TCAATGTTTATGAGTTTATTTCTCACAACTCTTTCTCAAAACAATGATTT	144522

CR384074.11	651	TTGTATCTCCGAATATTGAAAAATTCTGCGAAATTAAGTCAGAATTGTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144523	TTGTATCTCCGAATATTGAAAAATTCTGCGAAATTAAGTCAGAATTGTTC	144572

CR384074.11	701	AATTTAAACATGGAATTCCAAGATTTGAACTTGGAATTGCAACATATAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144573	AATTTAAACATGGAATTCCAAGATTTGAACTTGGAATTGCAACATATAAA	144622

CR384074.11	751	CATGGAATTATGAAAAATAAGTCTCATAGTTTACGACTAATAAATCATTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144623	CATGGAATTATGAAAAATAAGTCTCATAGTTTACGACTAATAAATCATTT	144672

CR384074.11	801	TTTCTTAGACTTGAGGTTTTGCATCTTTCATTTTTGATGTATGAACTTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144673	TTTCTTAGACTTGAGGTTTTGCATCTTTCATTTTTGATGTATGAACTTAA	144722

CR384074.11	851	AGTTGTAAATCTGTATCTTGCTATTCTAATAATATTAGCAGAATTGCTAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144723	AGTTGTAAATCTGTATCTTGCTATTCTAATAATATTAGCAGAATTGCTAG	144772

CR384074.11	901	ATATAACATTGAAATTGTGAGAAAAGTAGTCAGTTTATACCTTGCAAAGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144773	ATATAACATTGAAATTGTGAGAAAAGTAGTCAGTTTATACCTTGCAAAGC	144822

CR384074.11	951	AGACTTATGATTTTGTATAACACAATTTTGACTTCTAAACTCACAATAGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144823	AGACTTATGATTTTGTATAACACAATTTTGACTTCTAAACTCACAATAGC	144872

CR384074.11	1001	AAAGATATACAACCCCTGGAAAACAGAATGGAATCACCACTCTTGGAAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144873	AAAGATATACAACCCCTGGAAAACAGAATGGAATCACCACTCTTGGAAGG	144922

CR384074.11	1051	TGCTCATTCAAATGTTTAATTGTGTAGAAAACAAAACCAAAGACATACAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144923	TGCTCATTCAAATGTTTAATTGTGTAGAAAACAAAACCAAAGACATACAT	144972

CR384074.11	1101	GCCACAAAACTATTTTCATTCAATAATCCAACCTTCTGGCTGTATGAAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	144973	GCCACAAAACTATTTTCATTCAATAATCCAACCTTCTGGCTGTATGAAAC	145022

CR384074.11	1151	ACTAAGAAAGAAAAGAGAAAACACTAGTCATTTACAACTGTTTTTACAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145023	ACTAAGAAAGAAAAGAGAAAACACTAGTCATTTACAACTGTTTTTACAGG	145072

CR384074.11	1201	TCAAACTGAGGAAATAAATATGGAACCACACAAATCTGAGGAAAATTGTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145073	TCAAACTGAGGAAATAAATATGGAACCACACAAATCTGAGGAAAATTGTA	145122

CR384074.11	1251	TGGGATCACAATGTACTGGAACTGTTTTTAAAACACACAACTGTATCTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145123	TGGGATCACAATGTACTGGAACTGTTTTTAAAACACACAACTGTATCTGA	145172

CR384074.11	1301	TTACAACCACTAATTAGTCTGCAGTAAAAAAAAAGAGGTCTTGAACCAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145173	TTACAACCACTAATTAGTCTGCAGTAAAAAAAAAGAGGTCTTGAACCAAG	145222

CR384074.11	1351	CTGATTGACATACTGTAACTCATGGCTCCAACATGAGGGATGAGGAGAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145223	CTGATTGACATACTGTAACTCATGGCTCCAACATGAGGGATGAGGAGAGG	145272

CR384074.11	1401	ATTATCAAACTTCTCAAAGAAGGTAAATCTTCACAGAATGTTGCAAAAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145273	ATTATCAAACTTCTCAAAGAAGGTAAATCTTCACAGAATGTTGCAAAAGA	145322

CR384074.11	1451	TGTTGGTTGTTCCCAGTCAGCTGTGTCTAAAATCTGAATCAAGTGCAAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145323	TGTTGGTTGTTCCCAGTCAGCTGTGTCTAAAATCTGAATCAAGTGCAAAT	145372

CR384074.11	1501	CAAATGGGAAGGTTGTAAAAGTGAAGTGTACTGGTAGACCTATAGGGAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145373	CAAATGGGAAGGTTGTAAAAGTGAAGTGTACTGGTAGACCTATAGGGAGA	145422

CR384074.11	1551	CATCAAATCGTCAAGACAGAAAACTTAAAGCAACTTGCTTTCAAGACAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145423	CATCAAATCGTCAAGACAGAAAACTTAAAGCAACTTGCTTTCAAGACAGA	145472

CR384074.11	1601	AAATGCACAACAAAGCAAATGAGGAATAAATAGGCAGAAAGTAAAGTCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145473	AAATGCACAACAAAGCAAATGAGGAATAAATAGGCAGAAAGTAAAGTCAA	145522

CR384074.11	1651	TGTCTGTGACTCGACTGTAAGAAATCGCCTAAAATAAATTGGATTTATTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145523	TGTCTGTGACTCGACTGTAAGAAATCGCCTAAAATAAATTGGATTTATTT	145572

CR384074.11	1701	ACAGAAAAGCCAAGCGTAAACCAACATCAACATGTAAACAGAAAAAATTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145573	ACAGAAAAGCCAAGCGTAAACCAACATCAACATGTAAACAGAAAAAATTA	145622

CR384074.11	1751	AGGTTTCAGTGGGCTAAAGAAAGACAATCTTGGACTGTAGACGACTGGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145623	AGGTTTCAGTGGGCTAAAGAAAGACAATCTTGGACTGTAGACGACTGGAA	145672

CR384074.11	1801	ATGAGTGATATTCAGTGATAAATAAATCACAAATTTGCATTGTTTGGTGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145673	ATGAGTGATATTCAGTGATAAATAAATCACAAATTTGCATTGTTTGGTGC	145722

CR384074.11	1851	TGTTTCAATGAAATTTATTCATTGTATGAGGTTGTATGTCAGGTAAAGGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145723	TGTTTCAATGAAATTTATTCATTGTATGAGGTTGTATGTCAGGTAAAGGT	145772

CR384074.11	1901	ATGGGGAGATGACAGTTAATACATCCTTGATAAATGCACTAGTTTAGATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145773	ATGGGGAGATGACAGTTAATACATCCTTGATAAATGCACTAGTTTAGATT	145822

CR384074.11	1951	GAGATTTGGGACAGTTTTCTCATTCTATCAATTGAAAGAATGTTTGGCGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753885.7	145823	GAGATTTGGGACAGTTTTCTCATTCTATCAATTGAAAGAATGTTTGGCGA	145872

Overview

Query
CR384074.11 - 138451 bps
Hit
CR753885.7 - 145872 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189520001200011438731458721
284.58127270125507125776-1853287971
375.351018047080271605-110719115251
475.09978717098871858-110722115761
583.54140319125497125815-120381207081
681.54120323108570108892120384207081
783.44143319125497125815-125463257821
881.76133324108570108893125466257831
985.21138287125503125789126124264071
1086.251623049682597128126189264791
1187.612243849674497127-158403587731
1287.021542672959729863-183351836121
1383.373848314467545505-183351841801
1485.99115208129736129943-191235914411
1585.3162314108570108883191283915951
1688.041382399673696974-191373916061
1787.711793149680997122197001973011
1880.1298324108570108893-11069181072541
1990248376967449711911069251072941
2087.51953479676897114-11240681243951
2188.75154252125564125815-11241001243481
2282.5912029310857010886211241031243951
2383.97119265959279619111302281304891
2488.1512822823072534-11448801451071
Short-link