<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR457449.7	185355	GCCCGCGTGAGAGAGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGAGA	185404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1	GCCCGCGTGAGAGAGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGAGA	50

CR457449.7	185405	GAGAGAGAGAGAGGCAAAACGCGCCAAAGCCCGAAACTGAAAGCGATACG	185454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	51	GAGAGAGAGAGAGGCAAAACGCGCCAAAGCCCGAAACTGAAAGCGATACG	100

CR457449.7	185455	TGACTTTGAAGGGGCTGTTTCATATGGAGTTATTAATCATTCTTACTGTT	185504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	101	TGACTTTGAAGGGGCTGTTTCATATGGAGTTATTAATCATTCTTACTGTT	150

CR457449.7	185505	CAGTGATCGCAAACTGCCGTAGTTTATTAAAGACGCAAACTCCTCACTGC	185554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	151	CAGTGATCGCAAACTGCCGTAGTTTATTAAAGACGCAAACTCCTCACTGC	200

CR457449.7	185555	ACGTCAGCTGCGCGCCTTCAGCAGACCTCATTCCTGCAGCACGAGAGCTT	185604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	201	ACGTCAGCTGCGCGCCTTCAGCAGACCTCATTCCTGCAGCACGAGAGCTT	250

CR457449.7	185605	CATGATTGTTTATGCGCGCCAAAAGTAGCGGATCTGTCCGGTAAAATATC	185654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	251	CATGATTGTTTATGCGCGCCAAAAGTAGCGGATCTGTCCGGTAAAATATC	300

CR457449.7	185655	TGACTGCGTGTCACCGTATCCCTAAGGACTGTTTGGCGAAATATTTGACT	185704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	301	TGACTGCGTGTCACCGTATCCCTAAGGACTGTTTGGCGAAATATTTGACT	350

CR457449.7	185705	GCATGTCACTGCATAACAAACGACTGAAAGGATATAACTAGAGAACTCTC	185754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	351	GCATGTCACTGCATAACAAACGACTGAAAGGATATAACTAGAGAACTCTC	400

CR457449.7	185755	CACTGTGCTACTGGATGAGAGCGTATGGCAAGCTGTTTTAGCATTTAAAC	185804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	401	CACTGTGCTACTGGATGAGAGCGTATGGCAAGCTGTTTTAGCATTTAAAC	450

CR457449.7	185805	CTTGTTCAGACTATCCATAAATATATTTAGAGATATCTCTAATTATATTT	185854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	451	CTTGTTCAGACTATCCATAAATATATTTAGAGATATCTCTAATTATATTT	500

CR457449.7	185855	TGACTTGTCATAATTATAATTCGACTAGTCAGATTGGAAATATCAGCAAA	185904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	501	TGACTTGTCATAATTATAATTCGACTAGTCAGATTGGAAATATCAGCAAA	550

CR457449.7	185905	TATATTATGATAGACTAGTCATATTCCTCCATTGACTGCCATTGAAAAAT	185954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	551	TATATTATGATAGACTAGTCATATTCCTCCATTGACTGCCATTGAAAAAT	600

CR457449.7	185955	ATTTACAGATATCTCTAAATAAGTTGACTAGTCACAATTGTAATTAGAGA	186004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	601	ATTTACAGATATCTCTAAATAAGTTGACTAGTCACAATTGTAATTAGAGA	650

CR457449.7	186005	TATCTCCAAATGAATTTTGACTAGTCAAAAATCCATTTCAAGATATCTAC	186054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	651	TATCTCCAAATGAATTTTGACTAGTCAAAAATCCATTTCAAGATATCTAC	700

CR457449.7	186055	AACTGTAATTAGACTTTTAGTAAATTAATTAGAGATATCTTCAAATATAT	186104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	701	AACTGTAATTAGACTTTTAGTAAATTAATTAGAGATATCTTCAAATATAT	750

CR457449.7	186105	TTGTAAATATCTTCAAATATGATGAATTAAGATTAAGATATCTCTAAATG	186154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	751	TTGTAAATATCTTCAAATATGATGAATTAAGATTAAGATATCTCTAAATG	800

CR457449.7	186155	TATTGTGACTAGTAAAAACTCAGTTAGAGATATCTCTAATTACAATTGTT	186204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	801	TATTGTGACTAGTAAAAACTCAGTTAGAGATATCTCTAATTACAATTGTT	850

CR457449.7	186205	ACTAGTCAAAATTCATCTGATTTCGTACTAGTACAATTGTAATTGCAGAT	186254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	851	ACTAGTCAAAATTCATCTGATTTCGTACTAGTACAATTGTAATTGCAGAT	900

CR457449.7	186255	ATGTCTAATTGTCATTCTGAGTAGTGGAATTATAATTATGACTAGTCAAA	186304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	901	ATGTCTAATTGTCATTCTGAGTAGTGGAATTATAATTATGACTAGTCAAA	950

CR457449.7	186305	ATATAATTAGAGATATCTCTTATATATTTATGGAGCCAGAACAAAGATTT	186354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	951	ATATAATTAGAGATATCTCTTATATATTTATGGAGCCAGAACAAAGATTT	1000

CR457449.7	186355	AAATGCTAAAAAGGCTTGCCATAGAGAGCGCTTCTCACTGAACAGAGCCG	186404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1001	AAATGCTAAAAAGGCTTGCCATAGAGAGCGCTTCTCACTGAACAGAGCCG	1050

CR457449.7	186405	CAGCGCAACCTTCTATGTAATGTATTATCACATGCACTAAAAGCATCCTA	186454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1051	CAGCGCAACCTTCTATGTAATGTATTATCACATGCACTAAAAGCATCCTA	1100

CR457449.7	186455	AAAGCATCAACACAGCCACATTCTGCCCCAGCAAGTCAGTTTCAAACATA	186504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1101	AAAGCATCAACACAGCCACATTCTGCCCCAGCAAGTCAGTTTCAAACATA	1150

CR457449.7	186505	AAAAAAACAAACAAACAAACTTTGTGTCTTTTTTTGTGGCTGGCAGATGA	186554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1151	AAAAAAACAAACAAACAAACTTTGTGTCTTTTTTTGTGGCTGGCAGATGA	1200

CR457449.7	186555	TAATAGCAGGGCTGTATCTTTTAGTATTATATAGAATACTTTTGTTCTGC	186604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1201	TAATAGCAGGGCTGTATCTTTTAGTATTATATAGAATACTTTTGTTCTGC	1250

CR457449.7	186605	CAGATCTCCCGGGCAGGGTTTTATTTAGATTTATTTAGTTAATATTAGTT	186654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1251	CAGATCTCCCGGGCAGGGTTTTATTTAGATTTATTTAGTTAATATTAGTT	1300

CR457449.7	186655	TTTGGAATTCTGTCCATTGGAAAGAAGTTCCTTCAGAAGAAGAACAGTTT	186704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1301	TTTGGAATTCTGTCCATTGGAAAGAAGTTCCTTCAGAAGAAGAACAGTTT	1350

CR457449.7	186705	TTTGAATTATTATTTGTTTTTATTCTGTCTATTCAGTGTCCTTCAACAAG	186754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1351	TTTGAATTATTATTTGTTTTTATTCTGTCTATTCAGTGTCCTTCAACAAG	1400

CR457449.7	186755	AACGATGGTGGTGGGGTTCATAATATTCACAATGGTATTTTATTAGTTGT	186804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1401	AACGATGGTGGTGGGGTTCATAATATTCACAATGGTATTTTATTAGTTGT	1450

CR457449.7	186805	TGGTTTAACCATGGATGAGATAATGGCGTCTATGTTATTTTCTTTTCAAT	186854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1451	TGGTTTAACCATGGATGAGATAATGGCGTCTATGTTATTTTCTTTTCAAT	1500

CR457449.7	186855	GACATTTCTTATCACATGTTCAAAAACAACAGCCAATATTGCATATCTAT	186904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1501	GACATTTCTTATCACATGTTCAAAAACAACAGCCAATATTGCATATCTAT	1550

CR457449.7	186905	AATTTATATAATGGGTATAATTAAACAATACTTTCACTATAACGTAAATT	186954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1551	AATTTATATAATGGGTATAATTAAACAATACTTTCACTATAACGTAAATT	1600

CR457449.7	186955	AGAAGTGTAATAGAAAAAATATATATTTTTGCGCCATTTTGAATTTTACT	187004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1601	AGAAGTGTAATAGAAAAAATATATATTTTTGCGCCATTTTGAATTTTACT	1650

CR457449.7	187005	CGAATACAAATACAAATACTTTTCCCCCCTCAACAAATACAAATACAAAT	187054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1651	CGAATACAAATACAAATACTTTTCCCCCCTCAACAAATACAAATACAAAT	1700

CR457449.7	187055	ACCGGCTGCTCCGCACATCCCTAGTTGATACTTAATTCACATTAGATACA	187104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1701	ACCGGCTGCTCCGCACATCCCTAGTTGATACTTAATTCACATTAGATACA	1750

CR457449.7	187105	GATATGTGTTCTATGTATAAAAAAAAAACAATTTTTTTGCTTTTTTTAAT	187154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1751	GATATGTGTTCTATGTATAAAAAAAAAACAATTTTTTTGCTTTTTTTAAT	1800

CR457449.7	187155	TTAATTTAATTTTATATTTTGCTCCATTTTGACTTGACAGCATCATGCAG	187204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1801	TTAATTTAATTTTATATTTTGCTCCATTTTGACTTGACAGCATCATGCAG	1850

CR457449.7	187205	TTGCTGCAGATTTGTCGGTTGCACATCTACAGTATGATGCGAATGTCTTG	187254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1851	TTGCTGCAGATTTGTCGGTTGCACATCTACAGTATGATGCGAATGTCTTG	1900

CR457449.7	187255	TTCCACAACATCCCAAAGGTGCTTTATTGGATTGAGATCTGGTGACTGTG	187304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1901	TTCCACAACATCCCAAAGGTGCTTTATTGGATTGAGATCTGGTGACTGTG	1950

CR457449.7	187305	AAGTACAACTTATTGTCGTTCAAGAAACCAGTCTGAGAAGATTCAAGCTT	187354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753865.8	1951	AAGTACAACTTATTGTCGTTCAAGAAACCAGTCTGAGAAGATTCAAGCTT	2000

Overview

Query
CR457449.7 - 187354 bps
Hit
CR753865.8 - 134371 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192520001853551873541120001
284.1161325132436132760-1313634621
381.85822364944249677-1871189471
485.14182358179200179557120936212851
581.94126330177179177508-120965212851
689.792193301132611655124653249851
792.1494131142237142367-124654247931
885.451923683852238889124655250321
992.59102134117590117723-124659247931
1086.17156278132902133179126251265321
1188.1721037073557724141519418901
1285.23180353177180177532-196059964171
1383.791362963852738822196059963481
1487.47204354179203179556196059964171
1581.791223088870189008196067963681
1697.0392101142237142337-196091961911
1780.7230482613237513320011028131036321
1885.53287535132805133339-11158371163681
1980.9427270213245513315611258431265451
2087.98114183154772154954-11265501267321
Short-link