<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR788227.4	1	TCATCTTAAAAAGACTGAAAGTAAAAATAGAGGGCACAAATTCATGAGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126050	TCATCTTAAAAAGACTGAAAGTAAAAATAGAGGGCACAAATTCATGAGAA	126099

CR788227.4	51	AAAAATGATAGAATAACTTTTATAGAAATAGACTTGAAATGGCAAAAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126100	AAAAATGATAGAATAACTTTTATAGAAATAGACTTGAAATGGCAAAAATA	126149

CR788227.4	101	TAAATACTTGACAGCATTAGGATGTGGGTCAGAAGAAGGCAAGGAAGTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126150	TAAATACTTGACAGCATTAGGATGTGGGTCAGAAGAAGGCAAGGAAGTTT	126199

CR788227.4	151	TGTGAACCTGCATAGATAACACTGGGGTCAGACTAGGGATTGATTAATCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126200	TGTGAACCTGCATAGATAACACTGGGGTCAGACTAGGGATTGATTAATCA	126249

CR788227.4	201	GTGAATTTTCAATGCCTTGAAAGTATCATTTTGTCCCATTAACAGTGAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126250	GTGAATTTTCAATGCCTTGAAAGTATCATTTTGTCCCATTAACAGTGAAA	126299

CR788227.4	251	ACAGGCAGGAATAGACCCATTGCTGCTTCTTGTCAAAATTGGCTTTAACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126300	ACAGGCAGGAATAGACCCATTGCTGCTTCTTGTCAAAATTGGCTTTAACA	126349

CR788227.4	301	AGGCTTTACTTCCCTTAGGCTGTGTAGACGAGTATTGAAGAACATAAAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126350	AGGCTTTACTTCCCTTAGGCTGTGTAGACGAGTATTGAAGAACATAAAAG	126399

CR788227.4	351	AATGCTGTGTATTTGGGGGAGGCTTCAGGTCCTGGTGCATAATTGTGGGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126400	AATGCTGTGTATTTGGGGGAGGCTTCAGGTCCTGGTGCATAATTGTGGGT	126449

CR788227.4	401	TGATTACTTAAAGTGTTTATCATGTACCAATATTACGATATATAAAGTGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126450	TGATTACTTAAAGTGTTTATCATGTACCAATATTACGATATATAAAGTGG	126499

CR788227.4	451	CAATGCTAATCTCTAATGCACAGGTAACTGTGCTATTAAATGACATAACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126500	CAATGCTAATCTCTAATGCACAGGTAACTGTGCTATTAAATGACATAACT	126549

CR788227.4	501	TAGATGGTGTTTGCTAAGGCAATTGTCTAGAAATAAGTGCTCACTAAGTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126550	TAGATGGTGTTTGCTAAGGCAATTGTCTAGAAATAAGTGCTCACTAAGTG	126599

CR788227.4	551	GGTAAAATTGACGTTCAGAATGTTTATCCCTGAAGTGGATAGTGATGGGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126600	GGTAAAATTGACGTTCAGAATGTTTATCCCTGAAGTGGATAGTGATGGGG	126649

CR788227.4	601	GGAGGGAGAAAATCTACTCCAAAAGCAACCTGAAACTATTTTTATTCAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126650	GGAGGGAGAAAATCTACTCCAAAAGCAACCTGAAACTATTTTTATTCAAT	126699

CR788227.4	651	AATTTAGTGGCTTCAATCTATGTATTCCAAAGCTTCTGCTCTTTTCATTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126700	AATTTAGTGGCTTCAATCTATGTATTCCAAAGCTTCTGCTCTTTTCATTG	126749

CR788227.4	701	TGCCATTTGTTCAGCTTTTCTAAGAAATTAAAACTGCCTTATAACACCAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126750	TGCCATTTGTTCAGCTTTTCTAAGAAATTAAAACTGCCTTATAACACCAT	126799

CR788227.4	751	TCAAGAGTTGTTTTTATTTTCAGCAAACACCTTTTTCCCTAGACTGCATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126800	TCAAGAGTTGTTTTTATTTTCAGCAAACACCTTTTTCCCTAGACTGCATT	126849

CR788227.4	801	CACAAACCTTACTAAGATCCAAGTCAATAAGAGTTTAAAGCATCAAGCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126850	CACAAACCTTACTAAGATCCAAGTCAATAAGAGTTTAAAGCATCAAGCAA	126899

CR788227.4	851	AATAATAGAAAATAATTGATAAAGTCCATCTTTAAGGCTCTATTTATCCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126900	AATAATAGAAAATAATTGATAAAGTCCATCTTTAAGGCTCTATTTATCCT	126949

CR788227.4	901	CTGCTTTCCCTTGAGCCTAAGTGGATGGGCAGCTGAGTACATTTATTCAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	126950	CTGCTTTCCCTTGAGCCTAAGTGGATGGGCAGCTGAGTACATTTATTCAT	126999

CR788227.4	951	TAATTTAACAGAAGATCATTGAGCTCATACCACATGCCAGTCCACGAGTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127000	TAATTTAACAGAAGATCATTGAGCTCATACCACATGCCAGTCCACGAGTC	127049

CR788227.4	1001	AGGTACTAGGCATGCAATGATTAAAACACTCTCACCTCAAAGAGCTCCGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127050	AGGTACTAGGCATGCAATGATTAAAACACTCTCACCTCAAAGAGCTCCGC	127099

CR788227.4	1051	CATGAATGAGAGCCGTTTAAGAAAACAGAATTACGATGAATAATAATTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127100	CATGAATGAGAGCCGTTTAAGAAAACAGAATTACGATGAATAATAATTTG	127149

CR788227.4	1101	AAGCCAAAAGTTAAAATATCTTATTTCACAACTGTAATTGCTGGATGCCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127150	AAGCCAAAAGTTAAAATATCTTATTTCACAACTGTAATTGCTGGATGCCC	127199

CR788227.4	1151	TGCGCGCAGTTGTGGAGCAGCCCTAACTCCACCAGGCCAAACCTGAAGCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127200	TGCGCGCAGTTGTGGAGCAGCCCTAACTCCACCAGGCCAAACCTGAAGCT	127249

CR788227.4	1201	TCCTGCGGCGCGAGCTGTGCAAGTGGGCCTTGCTGGGTGGGGCAGTGCTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127250	TCCTGCGGCGCGAGCTGTGCAAGTGGGCCTTGCTGGGTGGGGCAGTGCTA	127299

CR788227.4	1251	GTGGGGCGGGCGGGCAGGGGAAGAGGGCGGGCATTCGGGCAGAAAGAACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127300	GTGGGGCGGGCGGGCAGGGGAAGAGGGCGGGCATTCGGGCAGAAAGAACT	127349

CR788227.4	1301	GCTTAGCGAAGGTAAGGCACGAGGAGGCAAACGCATAAGGCACAAGGCAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127350	GCTTAGCGAAGGTAAGGCACGAGGAGGCAAACGCATAAGGCACAAGGCAA	127399

CR788227.4	1351	GAACATGCAGAGCAGAGGACAAGGCCGATGGACGGGGAGGCTGGGGACAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127400	GAACATGCAGAGCAGAGGACAAGGCCGATGGACGGGGAGGCTGGGGACAC	127449

CR788227.4	1401	ACTGGGCAGCCTAACCCAACCCTGCAGGGAACTAAGGGATGCTTTTGTGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127450	ACTGGGCAGCCTAACCCAACCCTGCAGGGAACTAAGGGATGCTTTTGTGC	127499

CR788227.4	1451	ATCCCCCTGCTCTGCCCTAGATCCCCGCCCCTCCGATACTACCCCAGCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127500	ATCCCCCTGCTCTGCCCTAGATCCCCGCCCCTCCGATACTACCCCAGCCT	127549

CR788227.4	1501	CCAAATCCCCGCCACCTTCCTGTACCCTGGGATGGACCAGGGCTCGGTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127550	CCAAATCCCCGCCACCTTCCTGTACCCTGGGATGGACCAGGGCTCGGTCC	127599

CR788227.4	1551	TTGAGGCCGCGCCGTCCTCGCCCCTCTGTGCGCAGAGACTCGGGCCCCGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127600	TTGAGGCCGCGCCGTCCTCGCCCCTCTGTGCGCAGAGACTCGGGCCCCGG	127649

CR788227.4	1601	CCAAGGGTGAGCACCGCGGAAGGACGACGACGCTCACCTTGCCGCTGCAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127650	CCAAGGGTGAGCACCGCGGAAGGACGACGACGCTCACCTTGCCGCTGCAA	127699

CR788227.4	1651	GGTCGTGCGTAGCTCCGCCTCGTAGTTGTGTCTGCACACCTTGTCCACCG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127700	GGTCGTGCGTAGCTCCGCCTCGTAGTTGTGTCTGCACACCTTGTCCACCG	127749

CR788227.4	1701	CGGCCCGCTCCTGCTCCAAGAAGTCCTTATAGTTGTTCCAGTCCTCGATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127750	CGGCCCGCTCCTGCTCCAAGAAGTCCTTATAGTTGTTCCAGTCCTCGATG	127799

CR788227.4	1751	CTCCGCCCCAGCTCGGTCACCGCCTGGAACTCCCCAACGTCGCTGTCGAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127800	CTCCGCCCCAGCTCGGTCACCGCCTGGAACTCCCCAACGTCGCTGTCGAA	127849

CR788227.4	1801	GCGCCCGTACTCCTCGCGGTTATAGATGTATCTGGCCACACCCCGCACGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127850	GCGCCCGTACTCCTCGCGGTTATAGATGTATCTGGCCACACCCCGCACGC	127899

CR788227.4	1851	GCTCTGTCCCGTTGGTGAAGTAGCACATGCCCTTAAACTGGACCAAGAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127900	GCTCTGTCCCGTTGGTGAAGTAGCACATGCCCTTAAACTGGACCAAGAAA	127949

CR788227.4	1901	TCCTCTGCGGAGAATCACGGCGGGTCAGTCAGGCGCCAGCACGGCCCTAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	127950	TCCTCTGCGGAGAATCACGGCGGGTCAGTCAGGCGCCAGCACGGCCCTAG	127999

CR788227.4	1951	CCCCAGCCCCCAGCCGGACCGCACCCTTCAGCCGCTGCCCTGACCCGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753846.4	128000	CCCCAGCCCCCAGCCGGACCGCACCCTTCAGCCGCTGCCCTGACCCGGCC	128049

Overview

Query
CR788227.4 - 57074 bps
Hit
CR753846.4 - 128049 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link