<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009499.2	1	AGTGGTATCTGGGGTCTGTACTGAGTTTGATATGCCCCGCACTGAAATCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	76933	AGTGGTATCTGGGGTCTGTACTGAGTTTGATATGCCCCGCACTGAAATCA	76982

CT009499.2	51	TTCTGAGTTTCCGACTCATCCCAAAGGAACATGTGTAAATAACAACCCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	76983	TTCTGAGTTTCCGACTCATCCCAAAGGAACATGTGTAAATAACAACCCTC	77032

CT009499.2	101	CCTTGTTACTGAAATCAATTATCTGTGTATGACTCCAGAGGGGAGAAGAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77033	CCTTGTTACTGAAATCAATTATCTGTGTATGACTCCAGAGGGGAGAAGAA	77082

CT009499.2	151	ACTTGGGTAATGTAAAAATAATTGATAAATTGTTTTCAAAATTATTTGCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77083	ACTTGGGTAATGTAAAAATAATTGATAAATTGTTTTCAAAATTATTTGCT	77132

CT009499.2	201	CCAGAATAGAGTTAGGAACAGGTACACACACGATAAATATGTGTGTTCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77133	CCAGAATAGAGTTAGGAACAGGTACACACACGATAAATATGTGTGTTCAA	77182

CT009499.2	251	AGATATATTAGAATTCTCACTATCAACTGCTAATTAACTAATTAAGACAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77183	AGATATATTAGAATTCTCACTATCAACTGCTAATTAACTAATTAAGACAT	77232

CT009499.2	301	CCACACACAGACTTGTACTAAAACATAATTCATAAGCACAATGCATAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77233	CCACACACAGACTTGTACTAAAACATAATTCATAAGCACAATGCATAAAC	77282

CT009499.2	351	AACTAAAACCAGCACACATTCATTTAATGACAGATAAAATGGCATGCCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77283	AACTAAAACCAGCACACATTCATTTAATGACAGATAAAATGGCATGCCAC	77332

CT009499.2	401	ATACATTTACCCAGCCTGAATATATGTAAACACGAATTTATTCACAAACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77333	ATACATTTACCCAGCCTGAATATATGTAAACACGAATTTATTCACAAACA	77382

CT009499.2	451	GGAGCTCTCAGTTACACTTACACACTCAAATATATACATACTCAGACTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77383	GGAGCTCTCAGTTACACTTACACACTCAAATATATACATACTCAGACTCC	77432

CT009499.2	501	CATCCAAACACACCAGACACACTTCTAAACATGCAAACATTAACACATAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77433	CATCCAAACACACCAGACACACTTCTAAACATGCAAACATTAACACATAT	77482

CT009499.2	551	ACACACTGTTTGTACAATCATTCCCTCAAATGCAAACTTCAGACACACCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77483	ACACACTGTTTGTACAATCATTCCCTCAAATGCAAACTTCAGACACACCT	77532

CT009499.2	601	GATCCATGGCACAGACACACACACTCATGTTTGGTCACTCATTCATTCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77533	GATCCATGGCACAGACACACACACTCATGTTTGGTCACTCATTCATTCAA	77582

CT009499.2	651	CAAGTACTTGTTGAACTCCCGTTATCTGTTGGCCACAAGTGAACACAGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77583	CAAGTACTTGTTGAACTCCCGTTATCTGTTGGCCACAAGTGAACACAGAA	77632

CT009499.2	701	CACACTCAAAAAAACATAAAACATAAACACAATTTTCCATGCCTGGGTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77633	CACACTCAAAAAAACATAAAACATAAACACAATTTTCCATGCCTGGGTCT	77682

CT009499.2	751	ATTGCCTGGGTGATCATGTAAGTAAGGAGAAAGAATTTGGCCTCCGGGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77683	ATTGCCTGGGTGATCATGTAAGTAAGGAGAAAGAATTTGGCCTCCGGGTG	77732

CT009499.2	801	GCCTAAATAATCCACAACTCTGCTGTTTCTCTTAGTCCAGTCCAGTCCAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77733	GCCTAAATAATCCACAACTCTGCTGTTTCTCTTAGTCCAGTCCAGTCCAC	77782

CT009499.2	851	CCTGGGATCCCCCAGTTCCCCTTTCCTACCCTATAGGGAGCCGCTGCATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77783	CCTGGGATCCCCCAGTTCCCCTTTCCTACCCTATAGGGAGCCGCTGCATC	77832

CT009499.2	901	CTCCAGGAAGCGCATGGTGTGGGTAGCGTGCTCCCCAGCCTCCCGGCACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77833	CTCCAGGAAGCGCATGGTGTGGGTAGCGTGCTCCCCAGCCTCCCGGCACA	77882

CT009499.2	951	CCACGCACAACTGCATCTCATCATCCTCACAGAAGAAGTAGATCTTCTCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77883	CCACGCACAACTGCATCTCATCATCCTCACAGAAGAAGTAGATCTTCTCT	77932

CT009499.2	1001	CCGTGCTCTTGGCAGACATCCTCCTCTCCCAAACCCAGTGTGGACACCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77933	CCGTGCTCTTGGCAGACATCCTCCTCTCCCAAACCCAGTGTGGACACCAG	77982

CT009499.2	1051	CTGGAGGCGCTCAATGTTCTCCACCACGTTAGCCAGCTGCCAGTTGGGCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	77983	CTGGAGGCGCTCAATGTTCTCCACCACGTTAGCCAGCTGCCAGTTGGGCC	78032

CT009499.2	1101	GGAAGCTCCCAGGACGGAAGGGTTCTTTGCAGAGTGGGCAAGTAGGGGAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78033	GGAAGCTCCCAGGACGGAAGGGTTCTTTGCAGAGTGGGCAAGTAGGGGAC	78082

CT009499.2	1151	TCCTCCAGGTCTGGGCCTGGTATCTCACAGTAGCGGGTAAGGCAGGCCCG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78083	TCCTCCAGGTCTGGGCCTGGTATCTCACAGTAGCGGGTAAGGCAGGCCCG	78132

CT009499.2	1201	GCAGAAGTTGTGGCCGCAGTCGATAGTGACCGGCTCCCTCAGGGTACCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78133	GCAGAAGTTGTGGCCGCAGTCGATAGTGACCGGCTCCCTCAGGGTACCCT	78182

CT009499.2	1251	GACAGATGGGGCAGTTGACTTCATCTGCCAGGCTGGTCACAGAGGCAGCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78183	GACAGATGGGGCAGTTGACTTCATCTGCCAGGCTGGTCACAGAGGCAGCA	78232

CT009499.2	1301	GAGGCCATGCTGGTCCTGCTGCTATGGCTTCCTCAAGGCCACTCTCTCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78233	GAGGCCATGCTGGTCCTGCTGCTATGGCTTCCTCAAGGCCACTCTCTCTG	78282

CT009499.2	1351	CTTGGCCACGGGGGAAGGGCTGGGTCACACACTCACACACCCACACATGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78283	CTTGGCCACGGGGGAAGGGCTGGGTCACACACTCACACACCCACACATGC	78332

CT009499.2	1401	ACATGGCTGGACACAGGCACATACTAAATATGCACCAGCACCCATATCGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78333	ACATGGCTGGACACAGGCACATACTAAATATGCACCAGCACCCATATCGT	78382

CT009499.2	1451	CACACACTTGCATCTCTGGCAGCCAGGGTTCTATTCTCCTGCCAACAGCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78383	CACACACTTGCATCTCTGGCAGCCAGGGTTCTATTCTCCTGCCAACAGCA	78432

CT009499.2	1501	GAGATGGGAAATAGCAGAGGAGAGGAAGGAAGAGGGGCTCACAGCATTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78433	GAGATGGGAAATAGCAGAGGAGAGGAAGGAAGAGGGGCTCACAGCATTTC	78482

CT009499.2	1551	AGAGGTGACCTTAGATGACCATAACCAGGGGCTGGCCATTCCTTTCTGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78483	AGAGGTGACCTTAGATGACCATAACCAGGGGCTGGCCATTCCTTTCTGCC	78532

CT009499.2	1601	CATCCAGAGACACTCACAGTAGAAGGAAAGTGGTGATATGTCAGCTGTCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78533	CATCCAGAGACACTCACAGTAGAAGGAAAGTGGTGATATGTCAGCTGTCC	78582

CT009499.2	1651	ACTGTCAGAAGAAATATTCTTTTGGGGGCAAGTGGGAGACTGGGTCACAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78583	ACTGTCAGAAGAAATATTCTTTTGGGGGCAAGTGGGAGACTGGGTCACAG	78632

CT009499.2	1701	AGTGGAGATGCCATTCCAGCCTTTCTGCCATATGGCCAGCTGTCTCCAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78633	AGTGGAGATGCCATTCCAGCCTTTCTGCCATATGGCCAGCTGTCTCCAAA	78682

CT009499.2	1751	GAGATTGGAGGTATCAGCCAGCCCAGGGCTTGCCCATCAGCAAGCAGGAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78683	GAGATTGGAGGTATCAGCCAGCCCAGGGCTTGCCCATCAGCAAGCAGGAG	78732

CT009499.2	1801	AGTGTGGGGGCTCAGATAAGGTCCTTGTGCCAGGGTGTACACTGCACCAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78733	AGTGTGGGGGCTCAGATAAGGTCCTTGTGCCAGGGTGTACACTGCACCAG	78782

CT009499.2	1851	CAACTTCAATGGTGATGCCTCAACTGGCCTGCTGCAGGCCTCAAAAGAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78783	CAACTTCAATGGTGATGCCTCAACTGGCCTGCTGCAGGCCTCAAAAGAGG	78832

CT009499.2	1901	CTGGAATATTCCCTATGATGGGGAGGAGAAAGAAAACTACTAACGGCCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78833	CTGGAATATTCCCTATGATGGGGAGGAGAAAGAAAACTACTAACGGCCAG	78882

CT009499.2	1951	AATTTATTTACAATGACGGTACAACTTACATTGATACAAGCAATTTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR753815.3	78883	AATTTATTTACAATGACGGTACAACTTACATTGATACAAGCAATTTGGCC	78932

Overview

Query
CT009499.2 - 3583 bps
Hit
CR753815.3 - 78932 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link