<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT954329.4	2000	AAGCTTAAATATGATGAATCACCAACTCGCATCATTAGATAGCAGTGCTA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1	AAGCTTAAATATGATGAATCACCAACTCGCATCATTAGATAGCAGTGCTA	50

C  CT954329.4	1950	TGTTTAGGCCTACAGCTTTCGTAATATGCAAAAGAGCCATTAGCATTCCT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	51	TGTTTAGGCCTACAGCTTTCGTAATATGCAAAAGAGCCATTAGCATTCCT	100

C  CT954329.4	1900	CTGCACGCCTCAGAGTGAGATATAAGGTATAATGTGCATTCACACGGTCA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	101	CTGCACGCCTCAGAGTGAGATATAAGGTATAATGTGCATTCACACGGTCA	150

C  CT954329.4	1850	TTATGGCAAATAAACGCCTTCGGGGTGATGTAAAACCCTTGCTACTGCTC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	151	TTATGGCAAATAAACGCCTTCGGGGTGATGTAAAACCCTTGCTACTGCTC	200

C  CT954329.4	1800	AAATGTTTGGGATTGGTACCATTTTAAGGAGGTCATGAACTGAGAAATCA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	201	AAATGTTTGGGATTGGTACCATTTTAAGGAGGTCATGAACTGAGAAATCA	250

C  CT954329.4	1750	AAGTTCCCTTGATCTTTTGTCATTTGAGACATCATTGTGCTATATAAAAG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	251	AAGTTCCCTTGATCTTTTGTCATTTGAGACATCATTGTGCTATATAAAAG	300

C  CT954329.4	1700	TGCATCCTGTAATTTTCAGAACTTTCTCATGAGTCTAACGTGCTGTCTAC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	301	TGCATCCTGTAATTTTCAGAACTTTCTCATGAGTCTAACGTGCTGTCTAC	350

C  CT954329.4	1650	TCTTTAGTTTTAAAATGTAGAAGTTTTGGCTAGGCTTGCTCAACAATGGT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	351	TCTTTAGTTTTAAAATGTAGAAGTTTTGGCTAGGCTTGCTCAACAATGGT	400

C  CT954329.4	1600	GTGCGTTTAAATGTTGAGGAGCAACTAATTGGCTGCTGAGTTGGCAGCAA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	401	GTGCGTTTAAATGTTGAGGAGCAACTAATTGGCTGCTGAGTTGGCAGCAA	450

C  CT954329.4	1550	CCAATCACACACACCGTGTAAGCAGATATGATAAGACTTAAATAATATGA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	451	CCAATCACACACACCGTGTAAGCAGATATGATAAGACTTAAATAATATGA	500

C  CT954329.4	1500	CAGAACTTTGTATTTAATTGTGTCTTTGAAAATTAGAAGTGTTAAAAAAC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	501	CAGAACTTTGTATTTAATTGTGTCTTTGAAAATTAGAAGTGTTAAAAAAC	550

C  CT954329.4	1450	ACAACTGACAACTTTGGAACAATATTGTATCGTCGTAATTTACAAGCATG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	551	ACAACTGACAACTTTGGAACAATATTGTATCGTCGTAATTTACAAGCATG	600

C  CT954329.4	1400	CAGGTTTTTATGAAAATGAGATGTATACTTACACTGAGTTAAAGAGGTAG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	601	CAGGTTTTTATGAAAATGAGATGTATACTTACACTGAGTTAAAGAGGTAG	650

C  CT954329.4	1350	GCTCGTCCCTGGCTGCCTTGGAATGACTAGAGAGACAAAAAAACAAAAAT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	651	GCTCGTCCCTGGCTGCCTTGGAATGACTAGAGAGACAAAAAAACAAAAAT	700

C  CT954329.4	1300	GTAAAGTTACAAATAAAATTCTAGAACCATTTTAAAGGGACAGTTCACTC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	701	GTAAAGTTACAAATAAAATTCTAGAACCATTTTAAAGGGACAGTTCACTC	750

C  CT954329.4	1250	AAAAATAGGAAAATTCTGGGTTTCTTTCTTAATAAATTTTGGAGAAACAG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	751	AAAAATAGGAAAATTCTGGGTTTCTTTCTTAATAAATTTTGGAGAAACAG	800

C  CT954329.4	1200	GTAGCTATTGACTTTTATCTATCTTTCTATCTATTGTTCAATCAATCAAT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	801	GTAGCTATTGACTTTTATCTATCTTTCTATCTATTGTTCAATCAATCAAT	850

C  CT954329.4	1150	CAATAAATCAATCAATCAATACATTCAATTTTCTCATTCAATTTATCATT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	851	CAATAAATCAATCAATCAATACATTCAATTTTCTCATTCAATTTATCATT	900

C  CT954329.4	1100	TAATCTATCTATAATTCAATGTATATATCGTTCAATCTATCTCTTCAAAC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	901	TAATCTATCTATAATTCAATGTATATATCGTTCAATCTATCTCTTCAAAC	950

C  CT954329.4	1050	CATCTTTCAATCTATTAATAATTTAATATATCGATATTTCAATCTATCTT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	951	CATCTTTCAATCTATTAATAATTTAATATATCGATATTTCAATCTATCTT	1000

C  CT954329.4	1000	TCAAACTATTTTTTATTTAATCTATTTATCATTCAATCTATCTATATTTC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1001	TCAAACTATTTTTTATTTAATCTATTTATCATTCAATCTATCTATATTTC	1050

C  CT954329.4	950	AATTGATCATTCAATCTCTTTAAATCCATCCATCTTTCAATCTATCCATC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1051	AATTGATCATTCAATCTCTTTAAATCCATCCATCTTTCAATCTATCCATC	1100

C  CT954329.4	900	TTTCAATCTACCATTCAATCTATTTCATTCAATCTCTCAATTTCAATCTC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1101	TTTCAATCTACCATTCAATCTATTTCATTCAATCTCTCAATTTCAATCTC	1150

C  CT954329.4	850	ATTCAATCTATCTGTTTTTCAAACTATCTTTTAATCTTTTGTTCAATCTT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1151	ATTCAATCTATCTGTTTTTCAAACTATCTTTTAATCTTTTGTTCAATCTT	1200

C  CT954329.4	800	TCAAACTATCTTTCTATCTATCCATCTTTCAATCTATCGTTCAATCTATT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1201	TCAAACTATCTTTCTATCTATCCATCTTTCAATCTATCGTTCAATCTATT	1250

C  CT954329.4	750	TATCATTCAATCTATCTATCTACCTTTTATTTAATCTATAATTCAACCTA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1251	TATCATTCAATCTATCTATCTACCTTTTATTTAATCTATAATTCAACCTA	1300

C  CT954329.4	700	TCTATTTTAATCTATCTACCATTCATTGAATCTATCATTCAATCCATCCA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1301	TCTATTTTAATCTATCTACCATTCATTGAATCTATCATTCAATCCATCCA	1350

C  CT954329.4	650	TCCATCCATCCATCTATTATTCAATCAATCAATTAAACAATCCATTAATC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1351	TCCATCCATCCATCTATTATTCAATCAATCAATTAAACAATCCATTAATC	1400

C  CT954329.4	600	CATCCATCTATCCATTTATTTAGTAAAAAAAAAAATACTATGGAGGTCAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1401	CATCCATCTATCCATTTATTTAGTAAAAAAAAAAATACTATGGAGGTCAA	1450

C  CT954329.4	550	TGGCGACCAGCTTTCAACATTTTTCAAATGATCTTTTTTGTGTTCATCAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1451	TGGCGACCAGCTTTCAACATTTTTCAAATGATCTTTTTTGTGTTCATCAG	1500

C  CT954329.4	500	TAAAGAAGAGTACATTTTCATTTTCATTTTCAGGTGAACTTTCCCTTTAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1501	TAAAGAAGAGTACATTTTCATTTTCATTTTCAGGTGAACTTTCCCTTTAA	1550

C  CT954329.4	450	GATCCAGGTTTTACCACGCATTAAAGGATTGTGTGTGGCTGTTACGTTGC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1551	GATCCAGGTTTTACCACGCATTAAAGGATTGTGTGTGGCTGTTACGTTGC	1600

C  CT954329.4	400	TCTTTCTCTGTGTTTTGTCTATGTGTGTGTGTGTGGGTCGTTCATGGAAA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1601	TCTTTCTCTGTGTTTTGTCTATGTGTGTGTGTGTGGGTCGTTCATGGAAA	1650

C  CT954329.4	350	GTGTGTAAAATGCGGTGTTCTGACAGCCAAGCTCTGGTCATGGGCCAACA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1651	GTGTGTAAAATGCGGTGTTCTGACAGCCAAGCTCTGGTCATGGGCCAACA	1700

C  CT954329.4	300	TGTGTATTTCATAAACTGCTCTCAGCATATGTGTGTGCAAGAATGAACCA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1701	TGTGTATTTCATAAACTGCTCTCAGCATATGTGTGTGCAAGAATGAACCA	1750

C  CT954329.4	250	GTGTTTCCCTTTTGAAATTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGGG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1751	GTGTTTCCCTTTTGAAATTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGGG	1800

C  CT954329.4	200	TTTATGACACTCTACATAATAAGCTGCACACATTACGTTGACTAGCCGAG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1801	TTTATGACACTCTACATAATAAGCTGCACACATTACGTTGACTAGCCGAG	1850

C  CT954329.4	150	AGTGAAGAAACAGAGGTGCTTTTATTCCTCAGCATAAAAATGCAGATAAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1851	AGTGAAGAAACAGAGGTGCTTTTATTCCTCAGCATAAAAATGCAGATAAA	1900

C  CT954329.4	100	GCTGAACAGGAGGTGCTTCTGTAGGGTTCCTTTTCACTATTCAACAGCAC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1901	GCTGAACAGGAGGTGCTTCTGTAGGGTTCCTTTTCACTATTCAACAGCAC	1950

C  CT954329.4	50	AGTTCAACCAAAGAGGAAAACTATGTCATCATTTACTTATGTATGGTCAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR752649.9	1951	AGTTCAACCAAAGAGGAAAACTATGTCATCATTTACTTATGTATGGTCAA	2000

Overview

Query
CT954329.4 - 48867 bps
Hit
CR752649.9 - 164233 bps
Total alignments
19
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001910200012000-1120001
285.32821742140221575143360435361
393.532563272026320589-143381437051
490821202157621695143581437001
592.8643562297423029-160833608881
680.831213362026720602-167321676591
780.28492122169021901-169783700001
881.841334111721917629169801702021
983.07531961979319988-170204703921
1093.371311664798248147-173841740061
1184.372315521718217733190224907861
1282.28541622121821379-190467906411
1391.861622192026320481-190851910711
1494.17961202157621695190947910661
1589.6148772169421770-194960950361
1694.8159772169421770-11328711329471
1791.46222308202652057211527211530361
1888.021061812139321573-11529001530911
1987631154801491511529701530921
Short-link