<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX942836.11	1	GAATTCTTTAGCCATGTCACACTGAAACGGCTAAAGACTCGTTATCAAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	14752	GAATTCTTTAGCCATGTCACACTGAAACGGCTAAAGACTCGTTATCAAGA	14801

BX942836.11	51	TGATTCATTCGAACCACTTTGAGTCGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	14802	TGATTCATTCGAACCACTTTGAGTCGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAG	14851

BX942836.11	101	CTTAGTTCACACTACAGGATTTTAAACATCGGCCGATAGCTGTTCTGTTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	14852	CTTAGTTCACACTACAGGATTTTAAACATCGGCCGATAGCTGTTCTGTTC	14901

BX942836.11	151	ACACTTCATGACTTGATTTTGTGTCTTTTAATCGCTGTGGTGTTCACACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	14902	ACACTTCATGACTTGATTTTGTGTCTTTTAATCGCTGTGGTGTTCACACT	14951

BX942836.11	201	ACGCGACACTACATAAATGATCCAAAAGAGGGGGGTCACACACAACAAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	14952	ACGCGACACTACATAAATGATCCAAAAGAGGGGGGTCACACACAACAAGA	15001

BX942836.11	251	TCTGACAGCAACTAGTTCCCCAACAGCTCAGTCCAGCTACCAGACCACAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15002	TCTGACAGCAACTAGTTCCCCAACAGCTCAGTCCAGCTACCAGACCACAG	15051

BX942836.11	301	CCAATGAAATGTTAAGGGAGGAGTTGTCAGAAAAAGCTGAACACTATTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15052	CCAATGAAATGTTAAGGGAGGAGTTGTCAGAAAAAGCTGAACACTATTGG	15101

BX942836.11	351	CTGCGTCTCTGCTGATTACAACACTGACAGTGTTTCAAGCTTTCAAGGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15102	CTGCGTCTCTGCTGATTACAACACTGACAGTGTTTCAAGCTTTCAAGGAC	15151

BX942836.11	401	GCATTTAAAAATATTGTCACTTAGCTCATGCATAAGCAGATTGATCGCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15152	GCATTTAAAAATATTGTCACTTAGCTCATGCATAAGCAGATTGATCGCTC	15201

BX942836.11	451	ATCTGCAAGGCTCGAGTGGACTAATAATTTTAAATTATAAATTTAATTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15202	ATCTGCAAGGCTCGAGTGGACTAATAATTTTAAATTATAAATTTAATTTT	15251

BX942836.11	501	TGTTATTTAATAACTATTTGAAATAAAACTAACATATCAATAACACCCTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15252	TGTTATTTAATAACTATTTGAAATAAAACTAACATATCAATAACACCCTA	15301

BX942836.11	551	ACATTTCCAAAATATCTGTGTATTTCTTTCTAACATTGTTATTTTAAAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15302	ACATTTCCAAAATATCTGTGTATTTCTTTCTAACATTGTTATTTTAAAAT	15351

BX942836.11	601	TACAAAACAGTAAAGAACTGAGCATTTCTACATTTAATTAGCATATTGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15352	TACAAAACAGTAAAGAACTGAGCATTTCTACATTTAATTAGCATATTGGT	15401

BX942836.11	651	CAAAATGACTGCATGCATGTCTGCTACTTATGTCTGTGACTTTAAATATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15402	CAAAATGACTGCATGCATGTCTGCTACTTATGTCTGTGACTTTAAATATT	15451

BX942836.11	701	TGTGCATTTTTTTTGCCTAGCAACTTCCTGCTAACATAAACAAAACTGTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15452	TGTGCATTTTTTTTGCCTAGCAACTTCCTGCTAACATAAACAAAACTGTC	15501

BX942836.11	751	TGATAGCAAAAACATAAATTTACTTTAGATATATCTATCAAAACAGCTTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15502	TGATAGCAAAAACATAAATTTACTTTAGATATATCTATCAAAACAGCTTG	15551

BX942836.11	801	AACAGAATGAAGCAAGTGCATCAATGGCCATTCTGCCCAATCACAGACGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15552	AACAGAATGAAGCAAGTGCATCAATGGCCATTCTGCCCAATCACAGACGT	15601

BX942836.11	851	TTCTGTTGAGCTCCTTAGCACACAGGGATTCAGCTCATGCTGATATGCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15602	TTCTGTTGAGCTCCTTAGCACACAGGGATTCAGCTCATGCTGATATGCTC	15651

BX942836.11	901	TCTCATTGGCTGCAGCTCGTCACTACATCTGACCGCACGTGGGGTCGAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15652	TCTCATTGGCTGCAGCTCGTCACTACATCTGACCGCACGTGGGGTCGAGT	15701

BX942836.11	951	CGGCCGACTGCTCTGAAATATTCAGCATGCTAGATATTGGATATCTGTCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15702	CGGCCGACTGCTCTGAAATATTCAGCATGCTAGATATTGGATATCTGTCT	15751

BX942836.11	1001	GTGAGGTGTCGGCGACGCTTTAGCAAGCCTCTTTGATGGGTTGTTCTGTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15752	GTGAGGTGTCGGCGACGCTTTAGCAAGCCTCTTTGATGGGTTGTTCTGTA	15801

BX942836.11	1051	GTGCACACATAAAGACTGGCGAGCGCCGTGCACCCGCAGATTTTTTCCCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15802	GTGCACACATAAAGACTGGCGAGCGCCGTGCACCCGCAGATTTTTTCCCC	15851

BX942836.11	1101	GATTACAGGCTTTAAATCAGGGGTCACCAATCTCGGTCCTGGAGGGCCGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15852	GATTACAGGCTTTAAATCAGGGGTCACCAATCTCGGTCCTGGAGGGCCGG	15901

BX942836.11	1151	TGTCCCTGCAGGGTTTAGCTCCAACCTGCCTCAACACACCTGCCTGGATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15902	TGTCCCTGCAGGGTTTAGCTCCAACCTGCCTCAACACACCTGCCTGGATG	15951

BX942836.11	1201	TTTCAAGTATACCTAGTAAGACTGTGATTAGCTTGTTCAGGTGTGTTTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	15952	TTTCAAGTATACCTAGTAAGACTGTGATTAGCTTGTTCAGGTGTGTTTGA	16001

BX942836.11	1251	TTAGAGTTGGAGCTAAAATCGGTAGGGCACCGGCCCTCCAGGAACAAGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16002	TTAGAGTTGGAGCTAAAATCGGTAGGGCACCGGCCCTCCAGGAACAAGTT	16051

BX942836.11	1301	TGGTGACCACTGCTTTAAATCCTCTAATATGAACTAGGCTTTAGATGAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16052	TGGTGACCACTGCTTTAAATCCTCTAATATGAACTAGGCTTTAGATGAAT	16101

BX942836.11	1351	CAATAGTTTTAAAAACTGTTTACTTTCTGATTTATGCCTTAGCTGGATAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16102	CAATAGTTTTAAAAACTGTTTACTTTCTGATTTATGCCTTAGCTGGATAT	16151

BX942836.11	1401	TTAACTTTACTTAGAGCTGTGTTGCACACTACATTGAAGGTCATTTTCGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16152	TTAACTTTACTTAGAGCTGTGTTGCACACTACATTGAAGGTCATTTTCGA	16201

BX942836.11	1451	AAACCCATAATAGTTGCTCTTTAAAGGGCCATGACACCCCCCACTTTCGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16202	AAACCCATAATAGTTGCTCTTTAAAGGGCCATGACACCCCCCACTTTCGG	16251

BX942836.11	1501	TTAAAGTCTACTTCAGAATTTTTTCAAAAGATGCATGATTAATGGGCGTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16252	TTAAAGTCTACTTCAGAATTTTTTCAAAAGATGCATGATTAATGGGCGTC	16301

BX942836.11	1551	GAGCTCAGTGAGCATAGGGCAGGAGTGGGCGTGGCCAGCAAGGGAGAAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16302	GAGCTCAGTGAGCATAGGGCAGGAGTGGGCGTGGCCAGCAAGGGAGAAGG	16351

BX942836.11	1601	GGAGCGAACAACTGTTGTTGACAGTTAGCTCACAAAATGAGACACAAACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16352	GGAGCGAACAACTGTTGTTGACAGTTAGCTCACAAAATGAGACACAAACC	16401

BX942836.11	1651	ATGAGGAGACGCAAGAGTTTATAGTTCACAAAGTTAAAATGCAAAGAAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16402	ATGAGGAGACGCAAGAGTTTATAGTTCACAAAGTTAAAATGCAAAGAAAT	16451

BX942836.11	1701	AAACAGTAATTTAATGCCCTGCTACATTTGTTATTCGTAATTTCATATAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16452	AAACAGTAATTTAATGCCCTGCTACATTTGTTATTCGTAATTTCATATAC	16501

BX942836.11	1751	ACATAACCACAATTTATATCATTATAAAAATAAGTGTGTCCATGTAAACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16502	ACATAACCACAATTTATATCATTATAAAAATAAGTGTGTCCATGTAAACA	16551

BX942836.11	1801	TGTATGAGGATTCTCCCTCGATCCCCGGGTCTAAATTATTGATCTGATTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16552	TGTATGAGGATTCTCCCTCGATCCCCGGGTCTAAATTATTGATCTGATTG	16601

BX942836.11	1851	CAGACTAAGTGCAGCAGGTCTCCTGACCTGCCTATTTTAACCATTAGCCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16602	CAGACTAAGTGCAGCAGGTCTCCTGACCTGCCTATTTTAACCATTAGCCC	16651

BX942836.11	1901	TGCTGGTAATATAGAGGACACAGCAGCACGGCGATGTGTCTGAATGTGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16652	TGCTGGTAATATAGAGGACACAGCAGCACGGCGATGTGTCTGAATGTGAA	16701

BX942836.11	1951	CGAACTCCTGATAAAAGTCAACGTACGCCATTCTTCAATTCTCGTACTGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR752642.5	16702	CGAACTCCTGATAAAAGTCAACGTACGCCATTCTTCAATTCTCGTACTGC	16751

Overview

Query
BX942836.11 - 168608 bps
Hit
CR752642.5 - 16751 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001973200012000114752167511
284.121162363930739542-14887201
382.6615936712754012790614888621
485.841653168184382158-14928091
586.51322331287813110-16248601
681.38691821487681489491908292691
785.751923701490511494201928996741
888.011412392016020398110174104151
998.876832083520917-110179102611
1079.52104329165200165528111132114631
1187.59781286868568812111334114621
1284.583326859856199245114847155331
1389.011832739957799849115554158261
Short-link