<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR558303.7	155098	GAATTCAGAAGGTCAAAAACACAGTGGATAAAGCAGCATTGTGTAATGTT	155049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	154544	GAATTCAGAAGGTCAAAAACACAGTGGATAAAGCAGCATTGTGTAATGTT	154593

C  CR558303.7	155048	ACAGCCTAAAATAACCTTTACATTATAGACTAATTTATAACTATGATGAT	154999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	154594	ACAGCCTAAAATAACCTTTACATTATAGACTAATTTATAACTATGATGAT	154643

C  CR558303.7	154998	AAAGCTGAACTTACATTAGCCACTCCACCACTCTTCAGCATTACAGAAAT	154949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	154644	AAAGCTGAACTTACATTAGCCACTCCACCACTCTTCAGCATTACAGAAAT	154693

C  CR558303.7	154948	AGTGTTAATACGATGATTCAATGCTGAAACATTTAACAATGCTATCTGTA	154899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	154694	AGTGTTAATACGATGATTCAATGCTGAAACATTTAACAATGCTATCTGTA	154743

C  CR558303.7	154898	TTGTGCTGCTGTGCATTAATGCATCACTAGAAATAACTATTTTTTAGGAT	154849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	154744	TTGTGCTGCTGTGCATTAATGCATCACTAGAAATAACTATTTTTTAGGAT	154793

C  CR558303.7	154848	ATTTTGCTGAATAGGAACCTACAAAGAACTTTTTGCATAATTTGTGTGCT	154799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	154794	ATTTTGCTGAATAGGAACCTACAAAGAACTTTTTGCATAATTTGTGTGCT	154843

C  CR558303.7	154798	AAAAACATTAAATACTTTTTCTTTTAGTTACATAACCTTAATTTGTGAAG	154749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	154844	AAAAACATTAAATACTTTTTCTTTTAGTTACATAACCTTAATTTGTGAAG	154893

C  CR558303.7	154748	GCAGCATACATAAACAGCTATAAAAAAACTCAAAAGTTGAGCCTTAAGTG	154699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	154894	GCAGCATACATAAACAGCTATAAAAAAACTCAAAAGTTGAGCCTTAAGTG	154943

C  CR558303.7	154698	ACCAGAAAAAAAGAAGAAAAAAAAAAACAAAACATCAGATCATTTTTTAC	154649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	154944	ACCAGAAAAAAAGAAGAAAAAAAAAAACAAAACATCAGATCATTTTTTAC	154993

C  CR558303.7	154648	CTTTACGGATTGGCCTGTAAGCCTCCAGGAAGTAAGGCTTGAGATAGACC	154599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	154994	CTTTACGGATTGGCCTGTAAGCCTCCAGGAAGTAAGGCTTGAGATAGACC	155043

C  CR558303.7	154598	TCAAACAGGTTGCCAGTGATGCCCTCCACGGTATCATCAATTGGCAGAAC	154549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155044	TCAAACAGGTTGCCAGTGATGCCCTCCACGGTATCATCAATTGGCAGAAC	155093

C  CR558303.7	154548	ATGTATGCGTTTTCCATACTTCACATCTGGACAAGGCTGAATACTAAAAA	154499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155094	ATGTATGCGTTTTCCATACTTCACATCTGGACAAGGCTGAATACTAAAAA	155143

C  CR558303.7	154498	ATAAAAAAGATATTATCGGTACAGCTATTCAAAAACCTAATATTATTAGC	154449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155144	ATAAAAAAGATATTATCGGTACAGCTATTCAAAAACCTAATATTATTAGC	155193

C  CR558303.7	154448	CATGTCTGTCTGAAAATCACAATAAAACCTTGAACCAATACCCAGAAAAT	154399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155194	CATGTCTGTCTGAAAATCACAATAAAACCTTGAACCAATACCCAGAAAAT	155243

C  CR558303.7	154398	TTACTCAGAATAATAAACTAGATACTCTTAAATAAATAAATAAACCATAT	154349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155244	TTACTCAGAATAATAAACTAGATACTCTTAAATAAATAAATAAACCATAT	155293

C  CR558303.7	154348	TAAGCTAAATTACCTGATTACGTCGCCAAGGCGCACCCTGAGGTTGTTTC	154299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155294	TAAGCTAAATTACCTGATTACGTCGCCAAGGCGCACCCTGAGGTTGTTTC	155343

C  CR558303.7	154298	GGACCACCCTGTTCATGCGAACCTTCTCATCAGAGCAGGTGTCATCAGAC	154249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155344	GGACCACCCTGTTCATGCGAACCTTCTCATCAGAGCAGGTGTCATCAGAC	155393

C  CR558303.7	154248	AGGACGATGCAAACAGTCTCCCTTCTCTTCTTACCCTTCAGCAGCACTGT	154199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155394	AGGACGATGCAAACAGTCTCCCTTCTCTTCTTACCCTTCAGCAGCACTGT	155443

C  CR558303.7	154198	GTCACCCCTAAAGAGCTGCAGCTCATCCATCTTTGCCTGAAAGAGGAGAA	154149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155444	GTCACCCCTAAAGAGCTGCAGCTCATCCATCTTTGCCTGAAAGAGGAGAA	155493

C  CR558303.7	154148	AAAAATGACAATTAATATGTATAATTACCCTAAACCACAAACTTCACAAA	154099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155494	AAAAATGACAATTAATATGTATAATTACCCTAAACCACAAACTTCACAAA	155543

C  CR558303.7	154098	AGCCAACAGTGCACTGATATTCAGATATTAAAAATACTTTTAATCAGACA	154049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155544	AGCCAACAGTGCACTGATATTCAGATATTAAAAATACTTTTAATCAGACA	155593

C  CR558303.7	154048	ATGACTGATGCTATTTTGCATACATTTGACATCCAAAACTGTACCTGAGA	153999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155594	ATGACTGATGCTATTTTGCATACATTTGACATCCAAAACTGTACCTGAGA	155643

C  CR558303.7	153998	GAGAGACACAACACTGTTGTCTTCATTGATAGATTCATCAACAATCAACC	153949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155644	GAGAGACACAACACTGTTGTCTTCATTGATAGATTCATCAACAATCAACC	155693

C  CR558303.7	153948	TATTTGGCCTGTTCTTCTGCTTCAGAATGGCAGTGGAAAGATCATCGTTT	153899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155694	TATTTGGCCTGTTCTTCTGCTTCAGAATGGCAGTGGAAAGATCATCGTTT	155743

C  CR558303.7	153898	TTGGATCTGTGTAGAGAAACAAAATCCTTTAAAGCAGTTTTTTTTTTTTT	153849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155744	TTGGATCTGTGTAGAGAAACAAAATCCTTTAAAGCAGTTTTTTTTTTTTT	155793

C  CR558303.7	153848	TTTAATCAAACGTCCCCAGTAGAAGTTCTGCTTTAAATATTACTATAATA	153799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155794	TTTAATCAAACGTCCCCAGTAGAAGTTCTGCTTTAAATATTACTATAATA	155843

C  CR558303.7	153798	TTGTTTTATGTTAAACCAAAACTGAGAAAGGGGATTTTTTTTTTAACTAG	153749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155844	TTGTTTTATGTTAAACCAAAACTGAGAAAGGGGATTTTTTTTTTAACTAG	155893

C  CR558303.7	153748	CCAGGTTTCAATTTGTGATTCTAGAATATTCTGTATGTACTCCAATAAAA	153699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155894	CCAGGTTTCAATTTGTGATTCTAGAATATTCTGTATGTACTCCAATAAAA	155943

C  CR558303.7	153698	TTAATAGCAACAGGGGGAGGGGAAGTTAGATAAAGATGACATTTTTTGTT	153649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155944	TTAATAGCAACAGGGGGAGGGGAAGTTAGATAAAGATGACATTTTTTGTT	155993

C  CR558303.7	153648	TGTCTTAAATTTAATGTCATCCTGGGAAGTTTGTTATGAGCCCCCAAGGG	153599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	155994	TGTCTTAAATTTAATGTCATCCTGGGAAGTTTGTTATGAGCCCCCAAGGG	156043

C  CR558303.7	153598	ATCACAACAGGATTACTTTACACTTTTACCAAACAATGAAGATAATATGG	153549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	156044	ATCACAACAGGATTACTTTACACTTTTACCAAACAATGAAGATAATATGG	156093

C  CR558303.7	153548	GACAATACTTTTTTCGGATAAACTGTGCTTTTAACCATGTTTGACACTTC	153499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	156094	GACAATACTTTTTTCGGATAAACTGTGCTTTTAACCATGTTTGACACTTC	156143

C  CR558303.7	153498	AGGGGGGTTTCAGAGATACAGATAGTATTTTCTTTCAGTATCAATTACGT	153449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	156144	AGGGGGGTTTCAGAGATACAGATAGTATTTTCTTTCAGTATCAATTACGT	156193

C  CR558303.7	153448	CGAAACTGAAAGACATTTGCATCACGTAGGAAAAAAACATTACAAATGAT	153399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	156194	CGAAACTGAAAGACATTTGCATCACGTAGGAAAAAAACATTACAAATGAT	156243

C  CR558303.7	153398	CGTCTCTGTTCTGAAAGGATTAGAGTCGATGGATATAAGTGCTCTTCTGC	153349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	156244	CGTCTCTGTTCTGAAAGGATTAGAGTCGATGGATATAAGTGCTCTTCTGC	156293

C  CR558303.7	153348	CCATGTGTACGTTTGTCAAGCTCAAGTTACTCTACAGTCTAGAGCCTTCC	153299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	156294	CCATGTGTACGTTTGTCAAGCTCAAGTTACTCTACAGTCTAGAGCCTTCC	156343

C  CR558303.7	153298	ACAAAACACCGGACTGAAAGTTGAAATGATCAGCTAAATTTAGGCCGAGA	153249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	156344	ACAAAACACCGGACTGAAAGTTGAAATGATCAGCTAAATTTAGGCCGAGA	156393

C  CR558303.7	153248	TGTGGTCGTAAGCAAGGCCTTAGTGTAAAGGATCCCTCAGAATACATTTT	153199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	156394	TGTGGTCGTAAGCAAGGCCTTAGTGTAAAGGATCCCTCAGAATACATTTT	156443

C  CR558303.7	153198	AAGCAGTCCACGTTGTTAAAAAGTGTTTTTCTCAGAGACAGTGGACAAAG	153149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	156444	AAGCAGTCCACGTTGTTAAAAAGTGTTTTTCTCAGAGACAGTGGACAAAG	156493

C  CR558303.7	153148	AATACTAAAACGGTTGTCAGACGTCAATAGGTTGTGGCCAACAGCGCGTG	153099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR735112.10	156494	AATACTAAAACGGTTGTCAGACGTCAATAGGTTGTGGCCAACAGCGCGTG	156543

Overview

Query
CR558303.7 - 155098 bps
Hit
CR735112.10 - 156543 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019362000153099155098-11545441565431
290.2376211512401625166-19547106931
392.5985111552400825162-111506126511
484.24110229148434148662-140448406691
586.85147259113900114158-140452407021
691.468411670427157140458405741
784.221052194532545543140476406841
888.16911556502065174160525606761
985.94136253113803114055178498787531
1086.98197350113809114158179407797441
1180.81153094533245640-179418797141
1286.74104180109813109992-179419795991
1387.171572659440394667185357856211
1481.35119311107168107478-11015121018221
1580.399836911073911110711172671176281
1680.4683234795567978911207981210171
1784.0683212607436095411332101334161
1893.38116166135831135996-11334281335931
1992.21108166110686110851-11334341336001
2087.721412319458394813-11422351424621
2185.57165300687386903711428711431681
Short-link