<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX897736.7	139988	ATTCTGTGTATTTTATCATTTTATATACAGATTTCCAAATAAAAATGTGA	140037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1	ATTCTGTGTATTTTATCATTTTATATACAGATTTCCAAATAAAAATGTGA	50

BX897736.7	140038	AATTTTATTAAAAATTAAAAGGGGAAAACATTATGTAAACCATTTGTATT	140087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	51	AATTTTATTAAAAATTAAAAGGGGAAAACATTATGTAAACCATTTGTATT	100

BX897736.7	140088	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTGGAACAGCGCTGACAACACTGA	140137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	101	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTGGAACAGCGCTGACAACACTGA	150

BX897736.7	140138	AGGATCAGGAGGTGAAGCACAAGAAAAGTAAACTTGTGAACAAAAAACAA	140187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	151	AGGATCAGGAGGTGAAGCACAAGAAAAGTAAACTTGTGAACAAAAAACAA	200

BX897736.7	140188	ATAACCAGCAGGTTTGATGAGCTGATTTTAAAAGCATTTAAATAAACAGA	140237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	201	ATAACCAGCAGGTTTGATGAGCTGATTTTAAAAGCATTTAAATAAACAGA	250

BX897736.7	140238	CCTAAGAGCATGCATCTGTTTTTGTGCATTTCTAAAATGTGTGTCAATAT	140287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	251	CCTAAGAGCATGCATCTGTTTTTGTGCATTTCTAAAATGTGTGTCAATAT	300

BX897736.7	140288	AAACTGTAAAACAATAAATGCGTTTCCATCGTATGCAATTTTTTTTCTTT	140337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	301	AAACTGTAAAACAATAAATGCGTTTCCATCGTATGCAATTTTTTTTCTTT	350

BX897736.7	140338	TCGGATAAAAAGTTTATCCTACTCAGTTATGCACATCTTTTTTTTATGCA	140387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	351	TCGGATAAAAAGTTTATCCTACTCAGTTATGCACATCTTTTTTTTATGCA	400

BX897736.7	140388	CATTTTCAAAATGTATGCGCATGATGGCATTTCCATCAACTGTTTTTTAT	140437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	401	CATTTTCAAAATGTATGCGCATGATGGCATTTCCATCAACTGTTTTTTAT	450

BX897736.7	140438	GCGCATAAAAATAATTGGATGGAAACATAGCTAATCACATATGCAAAGCA	140487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	451	GCGCATAAAAATAATTGGATGGAAACATAGCTAATCACATATGCAAAGCA	500

BX897736.7	140488	GCCACCAGTAAGCAACCAACCATGACAAATATACTGTAAAAGACAAATGG	140537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	501	GCCACCAGTAAGCAACCAACCATGACAAATATACTGTAAAAGACAAATGG	550

BX897736.7	140538	GGAGCATTGGTTTACTCTAATGCTAGCAGACCATATGTCCTCCAAAGATA	140587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	551	GGAGCATTGGTTTACTCTAATGCTAGCAGACCATATGTCCTCCAAAGATA	600

BX897736.7	140588	CCACTAACAAACCACAAGGTGATGTTACTATGGCTACATTTGTAGCAAAA	140637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	601	CCACTAACAAACCACAAGGTGATGTTACTATGGCTACATTTGTAGCAAAA	650

BX897736.7	140638	AATGTTCAGTATAAAAATGACATATATTTCATTGTTTAACTTGTACAGAA	140687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	651	AATGTTCAGTATAAAAATGACATATATTTCATTGTTTAACTTGTACAGAA	700

BX897736.7	140688	TAAATACATTTATTTTCATTTTGGGGGAACCATATCTTTTGAAATTTTTT	140737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	701	TAAATACATTTATTTTCATTTTGGGGGAACCATATCTTTTGAAATTTTTT	750

BX897736.7	140738	ATCTCTGAAGATTGAAAAGCTTGTTTTCGGCACCACCAAGTGGACATTTT	140787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	751	ATCTCTGAAGATTGAAAAGCTTGTTTTCGGCACCACCAAGTGGACATTTT	800

BX897736.7	140788	ATCTCTAGACTGTCAGGTTTGGTAGCTAGACGCATGTGTAAAAATATATG	140837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	801	ATCTCTAGACTGTCAGGTTTGGTAGCTAGACGCATGTGTAAAAATATATG	850

BX897736.7	140838	CCCCACAGACACATTTACGTGTTTGTGTGCAATCATAATCTTGCATATCA	140887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	851	CCCCACAGACACATTTACGTGTTTGTGTGCAATCATAATCTTGCATATCA	900

BX897736.7	140888	CGTTAATATTATTTAAAACTTATTCATCCAGGATGTTTGATGGAAATCTC	140937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	901	CGTTAATATTATTTAAAACTTATTCATCCAGGATGTTTGATGGAAATCTC	950

BX897736.7	140938	CATAAATGTAACTCTGAATGGGGGAATGATTTAACTCTTGCAAACACATT	140987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	951	CATAAATGTAACTCTGAATGGGGGAATGATTTAACTCTTGCAAACACATT	1000

BX897736.7	140988	GTTTAGTTGTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTATACAATTTTATTACT	141037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1001	GTTTAGTTGTTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTATACAATTTTATTACT	1050

BX897736.7	141038	ATTATTATTATGAAATATTTAATAATAGCTGTGGAACTGTTTCTATAAGG	141087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1051	ATTATTATTATGAAATATTTAATAATAGCTGTGGAACTGTTTCTATAAGG	1100

BX897736.7	141088	TTACCATGACTGATCTAAACTGTCTTATTTTTTTCTAACTTCATTTGCAG	141137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1101	TTACCATGACTGATCTAAACTGTCTTATTTTTTTCTAACTTCATTTGCAG	1150

BX897736.7	141138	TGATGCTTTAAAATTTTGACTCTAACTATTTAAGCAATGGCCAAACATAT	141187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1151	TGATGCTTTAAAATTTTGACTCTAACTATTTAAGCAATGGCCAAACATAT	1200

BX897736.7	141188	AATGTGATGTATATGTCTGCATGTAAAGAAAAGAATAAGAGCACAAATTA	141237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1201	AATGTGATGTATATGTCTGCATGTAAAGAAAAGAATAAGAGCACAAATTA	1250

BX897736.7	141238	ATTTGACCTTTCATGTGTTTGTGTGTATTACAATGTGACTTATGAGGACG	141287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1251	ATTTGACCTTTCATGTGTTTGTGTGTATTACAATGTGACTTATGAGGACG	1300

BX897736.7	141288	CTGCTCATGTCCCCATTTTTCTAAAGGCAAATCACACAGAATTGTTTGAT	141337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1301	CTGCTCATGTCCCCATTTTTCTAAAGGCAAATCACACAGAATTGTTTGAT	1350

BX897736.7	141338	TCTTTGAGAATGAAAATGAGCTGATACATAAAGCATTATACATAAAACAA	141387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1351	TCTTTGAGAATGAAAATGAGCTGATACATAAAGCATTATACATAAAACAA	1400

BX897736.7	141388	ACATTCCTGCATATTTATGTTTGCGATATTCAGGGTTCTTACACCTTTTT	141437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1401	ACATTCCTGCATATTTATGTTTGCGATATTCAGGGTTCTTACACCTTTTT	1450

BX897736.7	141438	CAACTTCAAATTCGAGGACTTTCAAGGTGCAGTTGTATGCTTTTCCAGCA	141487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1451	CAACTTCAAATTCGAGGACTTTCAAGGTGCAGTTGTATGCTTTTCCAGCA	1500

BX897736.7	141488	CCTAATAACCATGGTTAGAAAAGTTTATATGTGTTGTATGTACTTTTTCA	141537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1501	CCTAATAACCATGGTTAGAAAAGTTTATATGTGTTGTATGTACTTTTTCA	1550

BX897736.7	141538	CATTTAAATCCATTGTGTTATTTTAAAAAAACACAATATGACACTTTAAC	141587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1551	CATTTAAATCCATTGTGTTATTTTAAAAAAACACAATATGACACTTTAAC	1600

BX897736.7	141588	TTAAATTGTTGAGTACTTTAGAGCATAGATTTATTGGGATAGTTCATCTA	141637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1601	TTAAATTGTTGAGTACTTTAGAGCATAGATTTATTGGGATAGTTCATCTA	1650

BX897736.7	141638	AAACTGATTTTAAAAACAAAGTTCAGTTATTCGATGAAGTATGTTTTTAA	141687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1651	AAACTGATTTTAAAAACAAAGTTCAGTTATTCGATGAAGTATGTTTTTAA	1700

BX897736.7	141688	GTTTAATCTTTTTCTACCTTAAGTTGATATCTCAAGAAATGAGCTTACAG	141737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1701	GTTTAATCTTTTTCTACCTTAAGTTGATATCTCAAGAAATGAGCTTACAG	1750

BX897736.7	141738	TCAGATTTGGCTTGGGTGTAGTACCAAACTTTCATGACCCGTCGTTCATG	141787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1751	TCAGATTTGGCTTGGGTGTAGTACCAAACTTTCATGACCCGTCGTTCATG	1800

BX897736.7	141788	ATATTTCAAGTGCATTGCTATTGTTTTTACAGTCATTGGATTGGCGTTTC	141837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1801	ATATTTCAAGTGCATTGCTATTGTTTTTACAGTCATTGGATTGGCGTTTC	1850

BX897736.7	141838	AGATGCAAAGATGCATTCTGGGTGAATGGCTCTTAAATACATATGAAGCC	141887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1851	AGATGCAAAGATGCATTCTGGGTGAATGGCTCTTAAATACATATGAAGCC	1900

BX897736.7	141888	AATAGTGCCAAAACAATCTGAATTTGAATTTTGTTAATTTGAATTCTTAA	141937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1901	AATAGTGCCAAAACAATCTGAATTTGAATTTTGTTAATTTGAATTCTTAA	1950

BX897736.7	141938	AAACTTAAAACTGTACTTTTACATACCCAATATCTACAGTCTTTGAATTC	141987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR628332.6	1951	AAACTTAAAACTGTACTTTTACATACCCAATATCTACAGTCTTTGAATTC	2000

Overview

Query
BX897736.7 - 141987 bps
Hit
CR628332.6 - 98994 bps
Total alignments
18
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100188520001399881419871120001
2100306279458795191522752881
391.291702401218131220521806083001
410033683398534052-117773178401
510036742316423237-117774178471
610036742316423237117774178471
710033673398534051117775178411
883.5511038971789819126392264941
985.241132128899589206-126942271511
1096.1546522507725128-127100271511
1194.2343525730657357127100271511
1285.31791441432714470133193333351
1387.441032083035530562-139000392061
1486.33741352342023554-164795649331
1582.521544599578496242172151726021
1686.75901914686247052-172218723981
1788.582243564049740852-176930772881
1886.471212091798318191-189927901331
Short-link