Full alignment

C  BX511087.12	184012	AAGCTTGTCCTTCAAAAGACATAGGGTGTGTATTCGAAATCACACCCTAT	183963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	8892	AAGCTTGTCCTTCAAAAGACATAGGGTGTGTATTCGAAATCACACCCTAT	8941

C  BX511087.12	183962	ACCCTTAAATAGTGTACCATTTAAAGAAGCAGTCATTTAGTGGTGGCCAA	183913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	8942	ACCCTTAAATAGTGTACCATTTAAAGAAGCAGTCATTTAGTGGTGGCCAA	8991

C  BX511087.12	183912	AACTAGTGTATTTAAAGTGCACTCAATCAATCCTATAATACACAATGCAT	183863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	8992	AACTAGTGTATTTAAAGTGCACTCAATCAATCCTATAATACACAATGCAT	9041

C  BX511087.12	183862	CGAGAGTTTGGTTGCTGAATGAATTTCCTAATAACAAGATGACATATAGA	183813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9042	CGAGAGTTTGGTTGCTGAATGAATTTCCTAATAACAAGATGACATATAGA	9091

C  BX511087.12	183812	GCAAAATCCTATAGGTACATGTTTTAAAATACATTTTTATTTAATTAAAG	183763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9092	GCAAAATCCTATAGGTACATGTTTTAAAATACATTTTTATTTAATTAAAG	9141

C  BX511087.12	183762	TATCATTTATGTATCTGAAAAAAATCTAAATACTTTCATTCATGTTTCAT	183713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9142	TATCATTTATGTATCTGAAAAAAATCTAAATACTTTCATTCATGTTTCAT	9191

C  BX511087.12	183712	ACCATTAGACAGCTCCAATAGTATCTGGATGCAGCCTTGATGATGCAAGC	183663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9192	ACCATTAGACAGCTCCAATAGTATCTGGATGCAGCCTTGATGATGCAAGC	9241

C  BX511087.12	183662	TGAGACTGCATATCTTAGTGATGCAATGTCAGAAACCATGCACTCAATGG	183613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9242	TGAGACTGCATATCTTAGTGATGCAATGTCAGAAACCATGCACTCAATGG	9291

C  BX511087.12	183612	AGCAAGTGATGCCATTGTAACAGGTAGGGTTAGGTGAGCGCATTTAAGCC	183563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9292	AGCAAGTGATGCCATTGTAACAGGTAGGGTTAGGTGAGCGCATTTAAGCC	9341

C  BX511087.12	183562	CAGTTTATAGTTGCCATTTTCTTTTTGTGAGTAATTTTCTGCATGTTATC	183513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9342	CAGTTTATAGTTGCCATTTTCTTTTTGTGAGTAATTTTCTGCATGTTATC	9391

C  BX511087.12	183512	TATTTTTCATTTGTCAATGACATGCAAGCAAACAACAAAATAAAACATTT	183463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9392	TATTTTTCATTTGTCAATGACATGCAAGCAAACAACAAAATAAAACATTT	9441

C  BX511087.12	183462	CAAGAAAGGTAAAATGGAATTGATTTATTTTCTGTAACATGAGGCCTTCA	183413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9442	CAAGAAAGGTAAAATGGAATTGATTTATTTTCTGTAACATGAGGCCTTCA	9491

C  BX511087.12	183412	ACTTCCAACCCCTAATTTCAGGATGCAAAATAGATGCAAACCCTCTCAAA	183363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9492	ACTTCCAACCCCTAATTTCAGGATGCAAAATAGATGCAAACCCTCTCAAA	9541

C  BX511087.12	183362	TAAAGGCAAATTTCATGATACTAAAATTATTTTTTGTTCACAAATATATC	183313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9542	TAAAGGCAAATTTCATGATACTAAAATTATTTTTTGTTCACAAATATATC	9591

C  BX511087.12	183312	AACATAATCCTAAAGGTTTCTAGAGTCATCTGAATAAAACAAATCTTTCA	183263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9592	AACATAATCCTAAAGGTTTCTAGAGTCATCTGAATAAAACAAATCTTTCA	9641

C  BX511087.12	183262	AGCAATCTATAGTTTTTTGTATACTTTGTCAAATGTTCAAGCAGTGGGGA	183213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9642	AGCAATCTATAGTTTTTTGTATACTTTGTCAAATGTTCAAGCAGTGGGGA	9691

C  BX511087.12	183212	AATACCTTGTATACTGTACATAAATCATAGGTAATTAGGGAATAATGTGT	183163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9692	AATACCTTGTATACTGTACATAAATCATAGGTAATTAGGGAATAATGTGT	9741

C  BX511087.12	183162	TAATAAGTTAATAAACCAAGGTTATTGGTCTTGTTAAATGATTTTTGATT	183113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9742	TAATAAGTTAATAAACCAAGGTTATTGGTCTTGTTAAATGATTTTTGATT	9791

C  BX511087.12	183112	TTATAATACCCCATCTAAACATAACTTAACTATTGATATCTTTACTTTAA	183063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9792	TTATAATACCCCATCTAAACATAACTTAACTATTGATATCTTTACTTTAA	9841

C  BX511087.12	183062	AGTAGACTTTTCTGATTTTGTTGACACAATTTGATATAGCAAAATCCTCA	183013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9842	AGTAGACTTTTCTGATTTTGTTGACACAATTTGATATAGCAAAATCCTCA	9891

C  BX511087.12	183012	GCGTAAAATGAACATCCCCACTGGTCCCACTTCTACAAAGAGTTCAAATA	182963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9892	GCGTAAAATGAACATCCCCACTGGTCCCACTTCTACAAAGAGTTCAAATA	9941

C  BX511087.12	182962	AAACTAGAGCAGAGTTAAAGTGCTGAGTGAACAGAGAATAATGAACCCCT	182913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9942	AAACTAGAGCAGAGTTAAAGTGCTGAGTGAACAGAGAATAATGAACCCCT	9991

C  BX511087.12	182912	GCTGTTAAAATGCAGAATAACTGAAGAAAAACACAAAACTACAACCAAAT	182863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	9992	GCTGTTAAAATGCAGAATAACTGAAGAAAAACACAAAACTACAACCAAAT	10041

C  BX511087.12	182862	TCAGTCTCAACCTTAGGCCCTGCTGTCCACACAAACATGGGTATTGTCTA	182813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10042	TCAGTCTCAACCTTAGGCCCTGCTGTCCACACAAACATGGGTATTGTCTA	10091

C  BX511087.12	182812	AATTGCAGCTTTTTTTTTCTACAAAAAACACAGTATCCGACTGTCACTGA	182763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10092	AATTGCAGCTTTTTTTTTCTACAAAAAACACAGTATCCGACTGTCACTGA	10141

C  BX511087.12	182762	AACCCACATTTTTAAAACTCTTTTCAGGCTGAAGATTTTCAAAAGCACTA	182713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10142	AACCCACATTTTTAAAACTCTTTTCAGGCTGAAGATTTTCAAAAGCACTA	10191

C  BX511087.12	182712	GGGTCTGTGTTAAAAAAAAAAAAAGTTTTTGTTTACAAAAATCCCTGTGT	182663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10192	GGGTCTGTGTTAAAAAAAAAAAAAGTTTTTGTTTACAAAAATCCCTGTGT	10241

C  BX511087.12	182662	ATATGTGGAGATGGCCTTAGGAACTCAACTCAATCTCTCAAAATCTTTCA	182613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10242	ATATGTGGAGATGGCCTTAGGAACTCAACTCAATCTCTCAAAATCTTTCA	10291

C  BX511087.12	182612	TATTCATTAAATTATATGATGGTAATTTCCGGGGCTTCATATCAAATGGT	182563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10292	TATTCATTAAATTATATGATGGTAATTTCCGGGGCTTCATATCAAATGGT	10341

C  BX511087.12	182562	TTTCTAATTTTAAACATAATAAATGTGTTTATGAAAATGAATTGATCTTT	182513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10342	TTTCTAATTTTAAACATAATAAATGTGTTTATGAAAATGAATTGATCTTT	10391

C  BX511087.12	182512	TGAAAGCAGTTGCTTTGAGTTAGAAAGCTAAATGTTCTCCTATTCAGATT	182463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10392	TGAAAGCAGTTGCTTTGAGTTAGAAAGCTAAATGTTCTCCTATTCAGATT	10441

C  BX511087.12	182462	TTACATGTGTTGTTCTTACAACCTATTTATCCACCGTCAACTATAGTTGC	182413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10442	TTACATGTGTTGTTCTTACAACCTATTTATCCACCGTCAACTATAGTTGC	10491

C  BX511087.12	182412	TGCATATTCAAATACAATTTTCTTGAAAAATTTTTTTTTAAAACCTGGAG	182363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10492	TGCATATTCAAATACAATTTTCTTGAAAAATTTTTTTTTAAAACCTGGAG	10541

C  BX511087.12	182362	AAAATAAATGCAAAACATGTTCATACAGCACACTATTAACAAGGCTACAT	182313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10542	AAAATAAATGCAAAACATGTTCATACAGCACACTATTAACAAGGCTACAT	10591

C  BX511087.12	182312	GCATGAAACCATTAAAATTTGGGCAATAATAAAAATAATAAAAAGCATTG	182263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10592	GCATGAAACCATTAAAATTTGGGCAATAATAAAAATAATAAAAAGCATTG	10641

C  BX511087.12	182262	GATGCAGCTCAGATTGCACTACACCAGGTCTGCATCAGACACCTCTCCGC	182213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10642	GATGCAGCTCAGATTGCACTACACCAGGTCTGCATCAGACACCTCTCCGC	10691

C  BX511087.12	182212	AAAGTGTTAAATATCTGTAAACTATCATAACTATAGTTCTCAAGAAGATA	182163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10692	AAAGTGTTAAATATCTGTAAACTATCATAACTATAGTTCTCAAGAAGATA	10741

C  BX511087.12	182162	AAAGGTCCCATGAAGTGCTTTGTAATGAACATTTTTTTGTCTGAAGTATG	182113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10742	AAAGGTCCCATGAAGTGCTTTGTAATGAACATTTTTTTGTCTGAAGTATG	10791

C  BX511087.12	182112	ACGTCATTTCAACAAAAAAATTAAAGACAGGACAGGACATAAAGTATCTC	182063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10792	ACGTCATTTCAACAAAAAAATTAAAGACAGGACAGGACATAAAGTATCTC	10841

C  BX511087.12	182062	CTTCCCTTTAAAAAAAACAACCAATAATTTTATTTTTATCACAGCTCTGC	182013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627500.4	10842	CTTCCCTTTAAAAAAAACAACCAATAATTTTATTTTTATCACAGCTCTGC	10891