<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
C BX511087.12 184012 AAGCTTGTCCTTCAAAAGACATAGGGTGTGTATTCGAAATCACACCCTAT 183963 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 8892 AAGCTTGTCCTTCAAAAGACATAGGGTGTGTATTCGAAATCACACCCTAT 8941 C BX511087.12 183962 ACCCTTAAATAGTGTACCATTTAAAGAAGCAGTCATTTAGTGGTGGCCAA 183913 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 8942 ACCCTTAAATAGTGTACCATTTAAAGAAGCAGTCATTTAGTGGTGGCCAA 8991 C BX511087.12 183912 AACTAGTGTATTTAAAGTGCACTCAATCAATCCTATAATACACAATGCAT 183863 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 8992 AACTAGTGTATTTAAAGTGCACTCAATCAATCCTATAATACACAATGCAT 9041 C BX511087.12 183862 CGAGAGTTTGGTTGCTGAATGAATTTCCTAATAACAAGATGACATATAGA 183813 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9042 CGAGAGTTTGGTTGCTGAATGAATTTCCTAATAACAAGATGACATATAGA 9091 C BX511087.12 183812 GCAAAATCCTATAGGTACATGTTTTAAAATACATTTTTATTTAATTAAAG 183763 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9092 GCAAAATCCTATAGGTACATGTTTTAAAATACATTTTTATTTAATTAAAG 9141 C BX511087.12 183762 TATCATTTATGTATCTGAAAAAAATCTAAATACTTTCATTCATGTTTCAT 183713 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9142 TATCATTTATGTATCTGAAAAAAATCTAAATACTTTCATTCATGTTTCAT 9191 C BX511087.12 183712 ACCATTAGACAGCTCCAATAGTATCTGGATGCAGCCTTGATGATGCAAGC 183663 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9192 ACCATTAGACAGCTCCAATAGTATCTGGATGCAGCCTTGATGATGCAAGC 9241 C BX511087.12 183662 TGAGACTGCATATCTTAGTGATGCAATGTCAGAAACCATGCACTCAATGG 183613 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9242 TGAGACTGCATATCTTAGTGATGCAATGTCAGAAACCATGCACTCAATGG 9291 C BX511087.12 183612 AGCAAGTGATGCCATTGTAACAGGTAGGGTTAGGTGAGCGCATTTAAGCC 183563 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9292 AGCAAGTGATGCCATTGTAACAGGTAGGGTTAGGTGAGCGCATTTAAGCC 9341 C BX511087.12 183562 CAGTTTATAGTTGCCATTTTCTTTTTGTGAGTAATTTTCTGCATGTTATC 183513 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9342 CAGTTTATAGTTGCCATTTTCTTTTTGTGAGTAATTTTCTGCATGTTATC 9391 C BX511087.12 183512 TATTTTTCATTTGTCAATGACATGCAAGCAAACAACAAAATAAAACATTT 183463 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9392 TATTTTTCATTTGTCAATGACATGCAAGCAAACAACAAAATAAAACATTT 9441 C BX511087.12 183462 CAAGAAAGGTAAAATGGAATTGATTTATTTTCTGTAACATGAGGCCTTCA 183413 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9442 CAAGAAAGGTAAAATGGAATTGATTTATTTTCTGTAACATGAGGCCTTCA 9491 C BX511087.12 183412 ACTTCCAACCCCTAATTTCAGGATGCAAAATAGATGCAAACCCTCTCAAA 183363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9492 ACTTCCAACCCCTAATTTCAGGATGCAAAATAGATGCAAACCCTCTCAAA 9541 C BX511087.12 183362 TAAAGGCAAATTTCATGATACTAAAATTATTTTTTGTTCACAAATATATC 183313 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9542 TAAAGGCAAATTTCATGATACTAAAATTATTTTTTGTTCACAAATATATC 9591 C BX511087.12 183312 AACATAATCCTAAAGGTTTCTAGAGTCATCTGAATAAAACAAATCTTTCA 183263 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9592 AACATAATCCTAAAGGTTTCTAGAGTCATCTGAATAAAACAAATCTTTCA 9641 C BX511087.12 183262 AGCAATCTATAGTTTTTTGTATACTTTGTCAAATGTTCAAGCAGTGGGGA 183213 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9642 AGCAATCTATAGTTTTTTGTATACTTTGTCAAATGTTCAAGCAGTGGGGA 9691 C BX511087.12 183212 AATACCTTGTATACTGTACATAAATCATAGGTAATTAGGGAATAATGTGT 183163 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9692 AATACCTTGTATACTGTACATAAATCATAGGTAATTAGGGAATAATGTGT 9741 C BX511087.12 183162 TAATAAGTTAATAAACCAAGGTTATTGGTCTTGTTAAATGATTTTTGATT 183113 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9742 TAATAAGTTAATAAACCAAGGTTATTGGTCTTGTTAAATGATTTTTGATT 9791 C BX511087.12 183112 TTATAATACCCCATCTAAACATAACTTAACTATTGATATCTTTACTTTAA 183063 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9792 TTATAATACCCCATCTAAACATAACTTAACTATTGATATCTTTACTTTAA 9841 C BX511087.12 183062 AGTAGACTTTTCTGATTTTGTTGACACAATTTGATATAGCAAAATCCTCA 183013 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9842 AGTAGACTTTTCTGATTTTGTTGACACAATTTGATATAGCAAAATCCTCA 9891 C BX511087.12 183012 GCGTAAAATGAACATCCCCACTGGTCCCACTTCTACAAAGAGTTCAAATA 182963 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9892 GCGTAAAATGAACATCCCCACTGGTCCCACTTCTACAAAGAGTTCAAATA 9941 C BX511087.12 182962 AAACTAGAGCAGAGTTAAAGTGCTGAGTGAACAGAGAATAATGAACCCCT 182913 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9942 AAACTAGAGCAGAGTTAAAGTGCTGAGTGAACAGAGAATAATGAACCCCT 9991 C BX511087.12 182912 GCTGTTAAAATGCAGAATAACTGAAGAAAAACACAAAACTACAACCAAAT 182863 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 9992 GCTGTTAAAATGCAGAATAACTGAAGAAAAACACAAAACTACAACCAAAT 10041 C BX511087.12 182862 TCAGTCTCAACCTTAGGCCCTGCTGTCCACACAAACATGGGTATTGTCTA 182813 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10042 TCAGTCTCAACCTTAGGCCCTGCTGTCCACACAAACATGGGTATTGTCTA 10091 C BX511087.12 182812 AATTGCAGCTTTTTTTTTCTACAAAAAACACAGTATCCGACTGTCACTGA 182763 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10092 AATTGCAGCTTTTTTTTTCTACAAAAAACACAGTATCCGACTGTCACTGA 10141 C BX511087.12 182762 AACCCACATTTTTAAAACTCTTTTCAGGCTGAAGATTTTCAAAAGCACTA 182713 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10142 AACCCACATTTTTAAAACTCTTTTCAGGCTGAAGATTTTCAAAAGCACTA 10191 C BX511087.12 182712 GGGTCTGTGTTAAAAAAAAAAAAAGTTTTTGTTTACAAAAATCCCTGTGT 182663 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10192 GGGTCTGTGTTAAAAAAAAAAAAAGTTTTTGTTTACAAAAATCCCTGTGT 10241 C BX511087.12 182662 ATATGTGGAGATGGCCTTAGGAACTCAACTCAATCTCTCAAAATCTTTCA 182613 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10242 ATATGTGGAGATGGCCTTAGGAACTCAACTCAATCTCTCAAAATCTTTCA 10291 C BX511087.12 182612 TATTCATTAAATTATATGATGGTAATTTCCGGGGCTTCATATCAAATGGT 182563 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10292 TATTCATTAAATTATATGATGGTAATTTCCGGGGCTTCATATCAAATGGT 10341 C BX511087.12 182562 TTTCTAATTTTAAACATAATAAATGTGTTTATGAAAATGAATTGATCTTT 182513 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10342 TTTCTAATTTTAAACATAATAAATGTGTTTATGAAAATGAATTGATCTTT 10391 C BX511087.12 182512 TGAAAGCAGTTGCTTTGAGTTAGAAAGCTAAATGTTCTCCTATTCAGATT 182463 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10392 TGAAAGCAGTTGCTTTGAGTTAGAAAGCTAAATGTTCTCCTATTCAGATT 10441 C BX511087.12 182462 TTACATGTGTTGTTCTTACAACCTATTTATCCACCGTCAACTATAGTTGC 182413 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10442 TTACATGTGTTGTTCTTACAACCTATTTATCCACCGTCAACTATAGTTGC 10491 C BX511087.12 182412 TGCATATTCAAATACAATTTTCTTGAAAAATTTTTTTTTAAAACCTGGAG 182363 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10492 TGCATATTCAAATACAATTTTCTTGAAAAATTTTTTTTTAAAACCTGGAG 10541 C BX511087.12 182362 AAAATAAATGCAAAACATGTTCATACAGCACACTATTAACAAGGCTACAT 182313 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10542 AAAATAAATGCAAAACATGTTCATACAGCACACTATTAACAAGGCTACAT 10591 C BX511087.12 182312 GCATGAAACCATTAAAATTTGGGCAATAATAAAAATAATAAAAAGCATTG 182263 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10592 GCATGAAACCATTAAAATTTGGGCAATAATAAAAATAATAAAAAGCATTG 10641 C BX511087.12 182262 GATGCAGCTCAGATTGCACTACACCAGGTCTGCATCAGACACCTCTCCGC 182213 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10642 GATGCAGCTCAGATTGCACTACACCAGGTCTGCATCAGACACCTCTCCGC 10691 C BX511087.12 182212 AAAGTGTTAAATATCTGTAAACTATCATAACTATAGTTCTCAAGAAGATA 182163 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10692 AAAGTGTTAAATATCTGTAAACTATCATAACTATAGTTCTCAAGAAGATA 10741 C BX511087.12 182162 AAAGGTCCCATGAAGTGCTTTGTAATGAACATTTTTTTGTCTGAAGTATG 182113 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10742 AAAGGTCCCATGAAGTGCTTTGTAATGAACATTTTTTTGTCTGAAGTATG 10791 C BX511087.12 182112 ACGTCATTTCAACAAAAAAATTAAAGACAGGACAGGACATAAAGTATCTC 182063 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10792 ACGTCATTTCAACAAAAAAATTAAAGACAGGACAGGACATAAAGTATCTC 10841 C BX511087.12 182062 CTTCCCTTTAAAAAAAACAACCAATAATTTTATTTTTATCACAGCTCTGC 182013 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR627500.4 10842 CTTCCCTTTAAAAAAAACAACCAATAATTTTATTTTTATCACAGCTCTGC 10891
Overview
- Query
- BX511087.12 - 184012 bps
- Hit
- CR627500.4 - 10891 bps
- Total alignments
- 11
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
# | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 100 | 1900 | 2000 | 182013 | 184012 | -1 | 8892 | 10891 | 1 |
2 | 84.9 | 218 | 510 | 127418 | 127927 | -1 | 1696 | 2218 | 1 |
3 | 84.02 | 207 | 522 | 45019 | 45540 | -1 | 1710 | 2222 | 1 |
4 | 82.03 | 139 | 410 | 3524 | 3933 | 1 | 1793 | 2215 | 1 |
5 | 80.85 | 98 | 337 | 89968 | 90304 | 1 | 1890 | 2218 | 1 |
6 | 90.67 | 90 | 151 | 44741 | 44891 | 1 | 2014 | 2163 | 1 |
7 | 86.92 | 75 | 129 | 129424 | 129552 | -1 | 8343 | 8472 | 1 |
8 | 81.26 | 154 | 362 | 136357 | 136718 | 1 | 8343 | 8705 | 1 |
9 | 82.42 | 168 | 363 | 62234 | 62596 | 1 | 8345 | 8708 | 1 |
10 | 76.56 | 80 | 332 | 12299 | 12630 | -1 | 8383 | 8702 | 1 |
11 | 96 | 44 | 50 | 137061 | 137110 | 1 | 10628 | 10677 | 1 |