<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR753900.9	2000	ACAGTTTTCTGCTGTTTATTATTCCTAGTCATTTCTCCCGTTGTCAACTG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1	ACAGTTTTCTGCTGTTTATTATTCCTAGTCATTTCTCCCGTTGTCAACTG	50

C  CR753900.9	1950	AATCTGAAGTTCTAAAATTATTGCAACAAAATGATTGAACTTCTGCATTG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	51	AATCTGAAGTTCTAAAATTATTGCAACAAAATGATTGAACTTCTGCATTG	100

C  CR753900.9	1900	TAGAATAAGGCCAATACAATAAATGTTAATTTTACACTTTAAGTCCATAT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	101	TAGAATAAGGCCAATACAATAAATGTTAATTTTACACTTTAAGTCCATAT	150

C  CR753900.9	1850	ATACCTTTAATTTGTCAGGACTAACCTTTCCTATTAACTTTTACCTGTTG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	151	ATACCTTTAATTTGTCAGGACTAACCTTTCCTATTAACTTTTACCTGTTG	200

C  CR753900.9	1800	TTGTTGCCTTTTGTTTTATATTGGAAATTCGATCACAAGAGTTTGGCATT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	201	TTGTTGCCTTTTGTTTTATATTGGAAATTCGATCACAAGAGTTTGGCATT	250

C  CR753900.9	1750	TCAAATGTTATATAAATAGGGCTGCATATACTGTAGGGCTGCATGATATT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	251	TCAAATGTTATATAAATAGGGCTGCATATACTGTAGGGCTGCATGATATT	300

C  CR753900.9	1700	GGAAAAATTGGATATTGTGAAATTCTTTTCTTCTGCGATTAATATTGCGA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	301	GGAAAAATTGGATATTGTGAAATTCTTTTCTTCTGCGATTAATATTGCGA	350

C  CR753900.9	1650	AATGAATTCTGTTTTAAAATATGGTTTGAATAGCTCTTTTTGACAATACT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	351	AATGAATTCTGTTTTAAAATATGGTTTGAATAGCTCTTTTTGACAATACT	400

C  CR753900.9	1600	AAAATAATACAATAAATATTTGTTACACCAAACATAAGAGCTCTCTTAAA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	401	AAAATAATACAATAAATATTTGTTACACCAAACATAAGAGCTCTCTTAAA	450

C  CR753900.9	1550	ATGCAGTCACAAAACACATGCAAACGTTAAACTTTTACTTTGGTATGGTT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	451	ATGCAGTCACAAAACACATGCAAACGTTAAACTTTTACTTTGGTATGGTT	500

C  CR753900.9	1500	AAATTTAGCTGTGACTCCACGTGACAAACCTTTTGTTTTGTAACTTCTGG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	501	AAATTTAGCTGTGACTCCACGTGACAAACCTTTTGTTTTGTAACTTCTGG	550

C  CR753900.9	1450	CCTGAACTACAATTCAGACTTAACATTGCAGATCTCACAATGTGACTCTT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	551	CCTGAACTACAATTCAGACTTAACATTGCAGATCTCACAATGTGACTCTT	600

C  CR753900.9	1400	GCAGATGTGCACATTGTGATATCGATGCTGAAACGATATTGGGCTCTATC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	601	GCAGATGTGCACATTGTGATATCGATGCTGAAACGATATTGGGCTCTATC	650

C  CR753900.9	1350	ATACACCCGGTGCAATGCAAGGCGCGACGCAATAGTTGTTTGCTAGTTTT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	651	ATACACCCGGTGCAATGCAAGGCGCGACGCAATAGTTGTTTGCTAGTTTT	700

C  CR753900.9	1300	AGCTTGGCGCAAGAGTTGTTTTGACGTTTTACACCACACTGTTTAAATAG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	701	AGCTTGGCGCAAGAGTTGTTTTGACGTTTTACACCACACTGTTTAAATAG	750

C  CR753900.9	1250	CAAATGCATTTGCGCTCATATGTGTGCCCATAGGCGTTCTGGTCTAAAAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	751	CAAATGCATTTGCGCTCATATGTGTGCCCATAGGCGTTCTGGTCTAAAAA	800

C  CR753900.9	1200	AAGAAGGTGTATTAAGATGCATTGCTGGCGTGTTGCTATTTTGAGGAATA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	801	AAGAAGGTGTATTAAGATGCATTGCTGGCGTGTTGCTATTTTGAGGAATA	850

C  CR753900.9	1150	GGTTCAAATAGATCAGATCAAAGCTGCTCTATTTTCCAGCGCAGAGCACG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	851	GGTTCAAATAGATCAGATCAAAGCTGCTCTATTTTCCAGCGCAGAGCACG	900

C  CR753900.9	1100	TTAGTTGTGCGCCTGGCTTACACATTGCTTAATACAGACAGGGTGTACAG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	901	TTAGTTGTGCGCCTGGCTTACACATTGCTTAATACAGACAGGGTGTACAG	950

C  CR753900.9	1050	CAATACGCAAATATCTTTACAAATGAAAAATAAATAAAATATTAAGGATA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	951	CAATACGCAAATATCTTTACAAATGAAAAATAAATAAAATATTAAGGATA	1000

C  CR753900.9	1000	CATATAGGATATAATAAGGATATATAGCCTATATGATATAAATATGAGGA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1001	CATATAGGATATAATAAGGATATATAGCCTATATGATATAAATATGAGGA	1050

C  CR753900.9	950	TTAAAATATTACAAAACATATTATTTTCTAGCCTACATAAATATAAAAAC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1051	TTAAAATATTACAAAACATATTATTTTCTAGCCTACATAAATATAAAAAC	1100

C  CR753900.9	900	CAAACTTTCATGCCTTCATCATCTCAGGGGGCTTTTTCAATTTATTCATA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1101	CAAACTTTCATGCCTTCATCATCTCAGGGGGCTTTTTCAATTTATTCATA	1150

C  CR753900.9	850	ACTATTTGCTTTTGTATAATGTTATTATTATTAGCAGTATTATTTATTAA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1151	ACTATTTGCTTTTGTATAATGTTATTATTATTAGCAGTATTATTTATTAA	1200

C  CR753900.9	800	ATGCATATGTATATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTTAGATTTTTCCACCT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1201	ATGCATATGTATATTTGTTTTATTAAAAACAAGCTTAGATTTTTCCACCT	1250

C  CR753900.9	750	GTCAGATTTTAGACCATATGGGGAACAGCATGTCTATTTGGATATAACTC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1251	GTCAGATTTTAGACCATATGGGGAACAGCATGTCTATTTGGATATAACTC	1300

C  CR753900.9	700	AGTTGTTTGAGCACACATCGTTATAATTGTTCGTTTATTAGTTTGCTGGA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1301	AGTTGTTTGAGCACACATCGTTATAATTGTTCGTTTATTAGTTTGCTGGA	1350

C  CR753900.9	650	AATTATAACTGAATTTAGAAATAACAAAAAAAACAAAATCTTTGCGCTTA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1351	AATTATAACTGAATTTAGAAATAACAAAAAAAACAAAATCTTTGCGCTTA	1400

C  CR753900.9	600	AGAAACTAAATTAATTATTCATAGGTTCATTGATGTCTGTGCGTACAAGG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1401	AGAAACTAAATTAATTATTCATAGGTTCATTGATGTCTGTGCGTACAAGG	1450

C  CR753900.9	550	TTTCCCTATCCACGAGAGCGAAATTAAAAGTAGATTATGAGATGCCTTAT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1451	TTTCCCTATCCACGAGAGCGAAATTAAAAGTAGATTATGAGATGCCTTAT	1500

C  CR753900.9	500	CTCTTTCTCGCGCTGCAGATGCTCTGTTTAACTGTTTTCTAGCTAGTGAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1501	CTCTTTCTCGCGCTGCAGATGCTCTGTTTAACTGTTTTCTAGCTAGTGAA	1550

C  CR753900.9	450	ATGCTCAGTTTTTCCACTTACAAAGTCTGTGGTGTAAATAGCAAATGCAC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1551	ATGCTCAGTTTTTCCACTTACAAAGTCTGTGGTGTAAATAGCAAATGCAC	1600

C  CR753900.9	400	CATGGCACAATGCAACTGACTCTTAAAGGGAATGGGAGATGAGACTCTGA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1601	CATGGCACAATGCAACTGACTCTTAAAGGGAATGGGAGATGAGACTCTGA	1650

C  CR753900.9	350	TTGGTTTATTCTCAAAACACACATGTAACTTAATAAGAAAATAAGCTAAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1651	TTGGTTTATTCTCAAAACACACATGTAACTTAATAAGAAAATAAGCTAAA	1700

C  CR753900.9	300	CCCTTGTAGACCATGCGCCGCGGCACAAATCGGGTTGTTCCGTCCTTATA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1701	CCCTTGTAGACCATGCGCCGCGGCACAAATCGGGTTGTTCCGTCCTTATA	1750

C  CR753900.9	250	TTAGCAAAAGTAGATTCCGACACGCCCTAATTGCTTTTGCGCATGGATCG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1751	TTAGCAAAAGTAGATTCCGACACGCCCTAATTGCTTTTGCGCATGGATCG	1800

C  CR753900.9	200	TCAAAATAGAGCCCATTGTGTGCCCCCTAGTTGCATATTTTGGATGATTC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1801	TCAAAATAGAGCCCATTGTGTGCCCCCTAGTTGCATATTTTGGATGATTC	1850

C  CR753900.9	150	TGTGGCTTGCAGCATTTGTAGTGTGAATTTAAGGTGAAATCAAGTTCATT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1851	TGTGGCTTGCAGCATTTGTAGTGTGAATTTAAGGTGAAATCAAGTTCATT	1900

C  CR753900.9	100	TAAGACAAAGCTTGCATTAGTTCTGCGTAGATCTAGTCTCTAATGGCTCT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1901	TAAGACAAAGCTTGCATTAGTTCTGCGTAGATCTAGTCTCTAATGGCTCT	1950

C  CR753900.9	50	TCCTGTGAATCAGACAAGTAGCAGGTGACTTATTTTTGTTTTGGGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR627488.8	1951	TCCTGTGAATCAGACAAGTAGCAGGTGACTTATTTTTGTTTTGGGAATTC	2000

Overview

Query
CR753900.9 - 113731 bps
Hit
CR627488.8 - 137433 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001927200012000-1120001
293.471591996393964137-1972899261
391.25851604729447453114281144401
491.25851604747247631114281144401
584.511204184715447571114583150081
686.3199168103457103624-122734229011
790.411031467500975154123374235191
885.9851542723827391-123374235291
993.31521942698627179-123555237481
1086.641091902678326972-123795239811
1184.051724419376094200-141969424071
1287.562023879486195247-141980423651
1383.121123189494395260-143584439031
1482.841373264814948474-163736640731
1583.621673621070311064163739640861
1682.3932333989840130163826640681
1781.841353274925449580172960732841
1891.09141198101464101661-183253834541
1984.751573599394894306190122904751
2088.24921653004230206190859910111
2182.91845299481495342193411939541
2282.041765429376494305193428939561
Short-link