<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR749769.6	31	AAGCTTAGATCAGGGATACGGCAGGCCAAAACAGGTAGCAAACAAAACTC	80
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	102589	AAGCTTAGATCAGGGATACGGCAGGCCAAAACAGGTAGCAAACAAAACTC	102638

CR749769.6	81	ACACATGATGACTGCAAATAAAGACTGATGCGGTGGTTGGTCACGTGACC	130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	102639	ACACATGATGACTGCAAATAAAGACTGATGCGGTGGTTGGTCACGTGACC	102688

CR749769.6	131	ATGACCAAATGGTGGATGTAGTACGTCCGAATTCTATTCATACTTTCTGC	180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	102689	ATGACCAAATGGTGGATGTAGTACGTCCGAATTCTATTCATACTTTCTGC	102738

CR749769.6	181	ATTCATAATGTATAGAATGTACTTTTCTAACGGCAGAGTAGTATGTTTAA	230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	102739	ATTCATAATGTATAGAATGTACTTTTCTAACGGCAGAGTAGTATGTTTAA	102788

CR749769.6	231	ATTCAAACGCAGTACCTACTGAGTAGTAGGCGGTTTCAGGCGCAGCCTTA	280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	102789	ATTCAAACGCAGTACCTACTGAGTAGTAGGCGGTTTCAGGCGCAGCCTTA	102838

CR749769.6	281	GACCTGAATTGGTACATGTGGGGTGTTTAAGTGTGAGTGTGTGTGAGTCA	330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	102839	GACCTGAATTGGTACATGTGGGGTGTTTAAGTGTGAGTGTGTGTGAGTCA	102888

CR749769.6	331	TCAGTGATGATCAGCAACCTGTGTGTGTGTGAAACGGCATGATGGGAATT	380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	102889	TCAGTGATGATCAGCAACCTGTGTGTGTGTGAAACGGCATGATGGGAATT	102938

CR749769.6	381	GTAGTTCCCCTTCGGTTGGGGAACTTCAGTGCCATGAATGGGAGGATTCG	430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	102939	GTAGTTCCCCTTCGGTTGGGGAACTTCAGTGCCATGAATGGGAGGATTCG	102988

CR749769.6	431	TATCAGAAGCCGCTTATCTGGAGAGTATTGAACGGGCCAATGAATGAAAT	480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	102989	TATCAGAAGCCGCTTATCTGGAGAGTATTGAACGGGCCAATGAATGAAAT	103038

CR749769.6	481	TAATTGGCAGCGTAAGCTTGCGCAGGTGTGCGACATCTGCAATCATCTCA	530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103039	TAATTGGCAGCGTAAGCTTGCGCAGGTGTGCGACATCTGCAATCATCTCA	103088

CR749769.6	531	GCATATAAGCACACCTGAAGCCAGCAGACGCCATCCTTTTCGCTTCAGAT	580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103089	GCATATAAGCACACCTGAAGCCAGCAGACGCCATCCTTTTCGCTTCAGAT	103138

CR749769.6	581	CCTTTCTGAGTGAGTCGATGAGGGTTCCTCTTGCTGATCAGCACTTCAGA	630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103139	CCTTTCTGAGTGAGTCGATGAGGGTTCCTCTTGCTGATCAGCACTTCAGA	103188

CR749769.6	631	GCGAACGAGTGTGTCTCCCGGTCCAGAGTGGGTCTTCGCGGTGGCAGACG	680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103189	GCGAACGAGTGTGTCTCCCGGTCCAGAGTGGGTCTTCGCGGTGGCAGACG	103238

CR749769.6	681	GTCGAGCTGGGTTACTCCCTTGCCTGCGGTTCTTTGGGTCCGGTCCTCCA	730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103239	GTCGAGCTGGGTTACTCCCTTGCCTGCGGTTCTTTGGGTCCGGTCCTCCA	103288

CR749769.6	731	GAGCGGTGCGTATAGTTGCAACTTTCCTAAAAGAGCAACACAGTCGTGCA	780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103289	GAGCGGTGCGTATAGTTGCAACTTTCCTAAAAGAGCAACACAGTCGTGCA	103338

CR749769.6	781	GCACGTCCTTTTCAGGATGGCGCTCCGACTGTGCGTTTCTGGATGCGGGG	830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103339	GCACGTCCTTTTCAGGATGGCGCTCCGACTGTGCGTTTCTGGATGCGGGG	103388

CR749769.6	831	GTTTCCTGTCTCCGGATGATGGACACGATCACTGCATTGCATGTTTGGGG	880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103389	GTTTCCTGTCTCCGGATGATGGACACGATCACTGCATTGCATGTTTGGGG	103438

CR749769.6	881	GTCCAGCATGTTAATGCGGTGCTCGCGGGCGGTTCATGTCGTCATTGCGA	930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103439	GTCCAGCATGTTAATGCGGTGCTCGCGGGCGGTTCATGTCGTCATTGCGA	103488

CR749769.6	931	TGCCATGACCGTTGCACAGCTAAGATCGCGGCTAACTTTCGCAAGAGAGC	980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103489	TGCCATGACCGTTGCACAGCTAAGATCGCGGCTAACTTTCGCAAGAGAGC	103538

CR749769.6	981	GAGCCACCCCAGTTGCCTCCTGTTCTAAAAAAGCAGCGGGCGCTCGGGCA	1030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103539	GAGCCACCCCAGTTGCCTCCTGTTCTAAAAAAGCAGCGGGCGCTCGGGCA	103588

CR749769.6	1031	GATCTGAGGGTTTCAGCGGGAGCTAATCCGCCGCCCACGGGCTCGCGGAC	1080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103589	GATCTGAGGGTTTCAGCGGGAGCTAATCCGCCGCCCACGGGCTCGCGGAC	103638

CR749769.6	1081	CTCTCGCTCCTCACGGCGCTCCATCCAAGCTTCGGGTGGTGAGAGTGATC	1130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103639	CTCTCGCTCCTCACGGCGCTCCATCCAAGCTTCGGGTGGTGAGAGTGATC	103688

CR749769.6	1131	CGTCTAACCAGATGGTAGCTCTCACACTCGCTGACACCGGAGATCAGATG	1180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103689	CGTCTAACCAGATGGTAGCTCTCACACTCGCTGACACCGGAGATCAGATG	103738

CR749769.6	1181	TCCTCCGCGGCATCGGAGGGTGGGCTTTCACTGTCCGACGAAGATCCGGA	1230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103739	TCCTCCGCGGCATCGGAGGGTGGGCTTTCACTGTCCGACGAAGATCCGGA	103788

CR749769.6	1231	CCCGCTCGCCCCCTCCGGGCAGGTGAGCGCTGTCAAATCGGATCCTGAAG	1280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103789	CCCGCTCGCCCCCTCCGGGCAGGTGAGCGCTGTCAAATCGGATCCTGAAG	103838

CR749769.6	1281	CGGACATGTTAGCCGTGCTTTCCCGGGCTGCTTCGGCCGTGGGGTTGGAG	1330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103839	CGGACATGTTAGCCGTGCTTTCCCGGGCTGCTTCGGCCGTGGGGTTGGAG	103888

CR749769.6	1331	ATGGTTTATCCCCCAGCTCCGCGGCCGGACCGACTAGATGGGTGCTACGT	1380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103889	ATGGTTTATCCCCCAGCTCCGCGGCCGGACCGACTAGATGGGTGCTACGT	103938

CR749769.6	1381	AGAGGACCAGAAGGCGAAGCCTTCGAAGCCTCTCGTCCCCTTCTTCCCAG	1430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103939	AGAGGACCAGAAGGCGAAGCCTTCGAAGCCTCTCGTCCCCTTCTTCCCAG	103988

CR749769.6	1431	AAGTGCACAGTAGGCTCACGCAGTCCTGGAGGGCACCTTTCTCTGCCCGT	1480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	103989	AAGTGCACAGTAGGCTCACGCAGTCCTGGAGGGCACCTTTCTCTGCCCGT	104038

CR749769.6	1481	GCTGCGAGTGCCTCCGCCCTCACCGCCCTTGACGGCGGAGCTGCCAGGGG	1530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104039	GCTGCGAGTGCCTCCGCCCTCACCGCCCTTGACGGCGGAGCTGCCAGGGG	104088

CR749769.6	1531	GTATGAGGCGATCCCGTCAGTGGAGCGCGCTATCGCGGTCAATCTTTGTC	1580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104089	GTATGAGGCGATCCCGTCAGTGGAGCGCGCTATCGCGGTCAATCTTTGTC	104138

CR749769.6	1581	CGCGCGGCGCCTCTACGTGGCGGGGTTTGCCCCGCCTCCCGTCCAAAGCC	1630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104139	CGCGCGGCGCCTCTACGTGGCGGGGTTTGCCCCGCCTCCCGTCCAAAGCC	104188

CR749769.6	1631	TGTAGGTTGTCTGCCTCCCTCGGAGCCAGAGCTTATAAGGCTGCGGGCCA	1680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104189	TGTAGGTTGTCTGCCTCCCTCGGAGCCAGAGCTTATAAGGCTGCGGGCCA	104238

CR749769.6	1681	GGCTGCTTCTGCTTTGCACGCGATGGCCACCTACCAGCGCTACCAAGCGC	1730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104239	GGCTGCTTCTGCTTTGCACGCGATGGCCACCTACCAGCGCTACCAAGCGC	104288

CR749769.6	1731	AGGCGCTGGCCGAGCTGCACGAGGGCGGGTCCAACCCAAGCTTATTACAT	1780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104289	AGGCGCTGGCCGAGCTGCACGAGGGCGGGTCCAACCCAAGCTTATTACAT	104338

CR749769.6	1781	GAGCTGCGCACCGCGACCGACTATGCTCTTCGGACTACTAAGTCCGCCGC	1830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104339	GAGCTGCGCACCGCGACCGACTATGCTCTTCGGACTACTAAGTCCGCCGC	104388

CR749769.6	1831	GTGTGCGCTGGGGAGGACGATGTCCACACTTGTGGTTCAGGAACGCCACC	1880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104389	GTGTGCGCTGGGGAGGACGATGTCCACACTTGTGGTTCAGGAACGCCACC	104438

CR749769.6	1881	TCTGGCTAAACCTGGCCGATATGCGCGACGTTGACAAAGTTCGCTTTCTT	1930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104439	TCTGGCTAAACCTGGCCGATATGCGCGACGTTGACAAAGTTCGCTTTCTT	104488

CR749769.6	1931	GACTCGCCCATATCCCAGGCTGGCCTGTTCGGCGACACCGTCGGTGAATT	1980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104489	GACTCGCCCATATCCCAGGCTGGCCTGTTCGGCGACACCGTCGGTGAATT	104538

CR749769.6	1981	CACCCAGGAATTCAAGGCGGTAAAAGAGCAGTCGGATGCGATGGGCAATG	2030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR627487.6	104539	CACCCAGGAATTCAAGGCGGTAAAAGAGCAGTCGGATGCGATGGGCAATG	104588

Overview

Query
CR749769.6 - 170993 bps
Hit
CR627487.6 - 104588 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001985200031203011025891045881
289.4868118116607116724113693138061
392.46381503116778117280113804143071
4811273355732757661-123300236411
588.11532531950719759123344235951
683.541133228489385214-123700240091
784.1751117127317127433-123701238201
889.37891546904869201123701238601
979.18662812886329143123704239721
1084.1648101142159142259-125553256531
1192.551803589335972-155211552901
1291.6752847795878041155211552941
1391.33921506294263091-155228553771
1486.321653416888369223-163650640001
1579.62932755734857622-165916661801
1688.51751506294263091173402735491
1791.87961623589336054173405735641
1899.16891197790378021-173447735651
1989.22561012904429144195307954081
2081.5810825614921514947011021551024091
21100414161526192-11029421029821
2297.6916117363016473-11029561031281
Short-link