<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR450690.7	1	GAATTCATTAAACCATCAAATGCCTCTAATATTTACTTATTAGACATTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	1995	GAATTCATTAAACCATCAAATGCCTCTAATATTTACTTATTAGACATTCA	2044

CR450690.7	51	CTGTCAGCTACTTTTTTATTTCTATTTAGATATTTATATTTTCAGTTTCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2045	CTGTCAGCTACTTTTTTATTTCTATTTAGATATTTATATTTTCAGTTTCA	2094

CR450690.7	101	CATTTCGGTCAAATATGAATAAAAAGCTTTTAAATCTTTAATTTATCCGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2095	CATTTCGGTCAAATATGAATAAAAAGCTTTTAAATCTTTAATTTATCCGT	2144

CR450690.7	151	AAAATTTTTCCATATTTTAGTCAATTTGAGTTTGTAATAACACTTTAAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2145	AAAATTTTTCCATATTTTAGTCAATTTGAGTTTGTAATAACACTTTAAGA	2194

CR450690.7	201	TAAACGTCTTTATTTTGTAAAACATTAGATTGTTTTGTGAAGAATGTTGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2195	TAAACGTCTTTATTTTGTAAAACATTAGATTGTTTTGTGAAGAATGTTGC	2244

CR450690.7	251	AGTAAACATTGTTTAAATAAATATATCTAAAAACAGGCGACGCAGTGGCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2245	AGTAAACATTGTTTAAATAAATATATCTAAAAACAGGCGACGCAGTGGCG	2294

CR450690.7	301	CAGTAGGTAGTGCTGTTGCATCACAGCAAGAAGGGCGCTGGTTCGAGCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2295	CAGTAGGTAGTGCTGTTGCATCACAGCAAGAAGGGCGCTGGTTCGAGCCT	2344

CR450690.7	351	CGGCTGGGTCAGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTTACATGTGAATTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2345	CGGCTGGGTCAGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTTACATGTGAATTG	2394

CR450690.7	401	GGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGAATGAGTGTGTGTGAATGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2395	GGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGAATGAGTGTGTGTGAATGT	2444

CR450690.7	451	TCCCCATAGATGGGTTGCAGCTAGAAAGGCATCCACTGCGTAAAACGTGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2445	TCCCCATAGATGGGTTGCAGCTAGAAAGGCATCCACTGCGTAAAACGTGC	2494

CR450690.7	501	TGGATAAGTTAGTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCGATCACAGATTAATAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2495	TGGATAAGTTAGTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCGATCACAGATTAATAA	2544

CR450690.7	551	AGGGACTAAGCCTAAAAGAAAATGAATGATTGAATGAATAAATATCTAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2545	AGGGACTAAGCCTAAAAGAAAATGAATGATTGAATGAATAAATATCTAAA	2594

CR450690.7	601	AACAATCGTGGCTACTTTAGTCTAAATGTTTGTTGTGAAATAAACTACTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2595	AACAATCGTGGCTACTTTAGTCTAAATGTTTGTTGTGAAATAAACTACTA	2644

CR450690.7	651	ATGTCTGATATACATTTAAAACATGACTTTTTGTTGAAATTTCTCAATCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2645	ATGTCTGATATACATTTAAAACATGACTTTTTGTTGAAATTTCTCAATCC	2694

CR450690.7	701	AATTGAATTTATGAATAGTCAGATCAGTTCATCTCCGCATCGTTAAGTAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2695	AATTGAATTTATGAATAGTCAGATCAGTTCATCTCCGCATCGTTAAGTAG	2744

CR450690.7	751	ATAACACGTTTTAATCGACTGACAGTTCTATCTGAAATATACATTTAATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2745	ATAACACGTTTTAATCGACTGACAGTTCTATCTGAAATATACATTTAATT	2794

CR450690.7	801	TATAACCCTGAATGCATCTAATCTTAAATCAGGGTGGTCAGACTCCCCTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2795	TATAACCCTGAATGCATCTAATCTTAAATCAGGGTGGTCAGACTCCCCTT	2844

CR450690.7	851	AAACAGCTCCAATAACTCGATTTAATCTTCAGTCTGTTGAAATCTAAAGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2845	AAACAGCTCCAATAACTCGATTTAATCTTCAGTCTGTTGAAATCTAAAGT	2894

CR450690.7	901	AGCCATCCAGATATGCAGAACGCGCCTAAAATGTGTCCGTTTAAGTGTCG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2895	AGCCATCCAGATATGCAGAACGCGCCTAAAATGTGTCCGTTTAAGTGTCG	2944

CR450690.7	951	AGCGTGCTGTAGTGCGTCTCAGTGTGTGTCTTTAAGTAGTACGCTGCGGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2945	AGCGTGCTGTAGTGCGTCTCAGTGTGTGTCTTTAAGTAGTACGCTGCGGT	2994

CR450690.7	1001	AGGAGGAGTTGTAGCGATTGTGACGCCGCCAGCGGAGCCGTGGTGCTGAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	2995	AGGAGGAGTTGTAGCGATTGTGACGCCGCCAGCGGAGCCGTGGTGCTGAG	3044

CR450690.7	1051	CTGAACAGCGCCTGTCCACCTGCAGTAGGGCGCGAGACCGACCGGGACAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3045	CTGAACAGCGCCTGTCCACCTGCAGTAGGGCGCGAGACCGACCGGGACAA	3094

CR450690.7	1101	TATTCTCTCGCATCGCTCAGCGGAACCTGCTACCGACAGCACATCTCACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3095	TATTCTCTCGCATCGCTCAGCGGAACCTGCTACCGACAGCACATCTCACA	3144

CR450690.7	1151	GGAATTATCTGCACGTTTGTGAATAACAAACATCTGCCTCCTTCGCTGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3145	GGAATTATCTGCACGTTTGTGAATAACAAACATCTGCCTCCTTCGCTGAT	3194

CR450690.7	1201	GGCCAAAATGAAAACCGGCTGCGCGATTCTTGTGGCGTGTGCCTTAGTTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3195	GGCCAAAATGAAAACCGGCTGCGCGATTCTTGTGGCGTGTGCCTTAGTTG	3244

CR450690.7	1251	TGGGCACATCTTTGGTAAGACTAAATGTTTTATTTACAAACATTCCTGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3245	TGGGCACATCTTTGGTAAGACTAAATGTTTTATTTACAAACATTCCTGAA	3294

CR450690.7	1301	GTAATAGGCTACTACTTAAAATCAAATTCTAGTAAGCTGATTGTTTGGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3295	GTAATAGGCTACTACTTAAAATCAAATTCTAGTAAGCTGATTGTTTGGTG	3344

CR450690.7	1351	GAGTGCACTTGTGTAGGTGAATTTATGTCGGTAGGCGACTTACTCAAAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3345	GAGTGCACTTGTGTAGGTGAATTTATGTCGGTAGGCGACTTACTCAAAGA	3394

CR450690.7	1401	ACAGTAGTGGTGCATCGAGCGCTTAAATACTTTGTGTGTTTGGAAATCCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3395	ACAGTAGTGGTGCATCGAGCGCTTAAATACTTTGTGTGTTTGGAAATCCA	3444

CR450690.7	1451	AAATTGCTGTCGTAGCACTTATATAATAGTCGCTTTTTCTGTCAAATAGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3445	AAATTGCTGTCGTAGCACTTATATAATAGTCGCTTTTTCTGTCAAATAGC	3494

CR450690.7	1501	GTTCCAACAAGTACATCAGTTTGTGGTGAACACTAGTCGTCTATCTGTAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3495	GTTCCAACAAGTACATCAGTTTGTGGTGAACACTAGTCGTCTATCTGTAA	3544

CR450690.7	1551	GCTGCAGTGGCTTGCAGCTGCACTTTTAACACACATTGCAGAGGATGCGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3545	GCTGCAGTGGCTTGCAGCTGCACTTTTAACACACATTGCAGAGGATGCGG	3594

CR450690.7	1601	CGATGCCTGTGGTGTGTCTGCGAGTAATAGTGCTGCTCTGTCCTTACCGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3595	CGATGCCTGTGGTGTGTCTGCGAGTAATAGTGCTGCTCTGTCCTTACCGG	3644

CR450690.7	1651	AGGAATATGCGAATATGCAAATCGATTTAATATTAATATGCATGCTAAGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3645	AGGAATATGCGAATATGCAAATCGATTTAATATTAATATGCATGCTAAGG	3694

CR450690.7	1701	AATATTCATGCTCCTATTCATAACATCAGGGATAATTTAACTTGTAGGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3695	AATATTCATGCTCCTATTCATAACATCAGGGATAATTTAACTTGTAGGGT	3744

CR450690.7	1751	TGCTTTAGAGTCAGCGATGCACATTTCTCTCCCTCTCTCCAGAAACAATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3745	TGCTTTAGAGTCAGCGATGCACATTTCTCTCCCTCTCTCCAGAAACAATA	3794

CR450690.7	1801	CGAGTAGAAGAAGCCCTGTACATGAAATCTAAAAGGTGCTGGAGTGTTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3795	CGAGTAGAAGAAGCCCTGTACATGAAATCTAAAAGGTGCTGGAGTGTTAA	3844

CR450690.7	1851	GTAAATATAAGTTCTGCAAATAAGACACATATTGCCGTTGAACGTGGTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3845	GTAAATATAAGTTCTGCAAATAAGACACATATTGCCGTTGAACGTGGTGG	3894

CR450690.7	1901	ATATTGACATTCACTTTGATGACTCATTCAGAATAAAAATCTATCCAGCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3895	ATATTGACATTCACTTTGATGACTCATTCAGAATAAAAATCTATCCAGCT	3944

CR450690.7	1951	GGGGGTGAAATGTAGCTATAGAGATGCATTCACATGGTGGGCAGAGGCAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR545461.6	3945	GGGGGTGAAATGTAGCTATAGAGATGCATTCACATGGTGGGCAGAGGCAG	3994

Overview

Query
CR450690.7 - 163328 bps
Hit
CR545461.6 - 3994 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019672000120001199539941
2100395423632416-1150015531
Short-link