<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX629349.6	1	GAATTCATAACTCACTAGCTCGTTTTCATTGAGAAGTTGTCAACGTTATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	120931	GAATTCATAACTCACTAGCTCGTTTTCATTGAGAAGTTGTCAACGTTATT	120980

BX629349.6	51	GCGATTGTTTTTCAAGATTGTTTGTTATAATATGCTTTCCTTGATTTGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	120981	GCGATTGTTTTTCAAGATTGTTTGTTATAATATGCTTTCCTTGATTTGAG	121030

BX629349.6	101	AAGCAAAACTTGAATTTTAGAGATTATTATCTCTATGATTATAAGAGTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121031	AAGCAAAACTTGAATTTTAGAGATTATTATCTCTATGATTATAAGAGTTT	121080

BX629349.6	151	ATTTATAATCAAGTGTTTCAATAGTTTCTATTCTGTTTCTGCACAGTCCG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121081	ATTTATAATCAAGTGTTTCAATAGTTTCTATTCTGTTTCTGCACAGTCCG	121130

BX629349.6	201	CAGTTGAATGCAGGTCTTATTATCTCAAGTGCATTTGAAATCTCTATATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121131	CAGTTGAATGCAGGTCTTATTATCTCAAGTGCATTTGAAATCTCTATATT	121180

BX629349.6	251	AATAATGAATAATTTGTTTGTTTTTTGCCTTTAACTATGTTGGTGCCTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121181	AATAATGAATAATTTGTTTGTTTTTTGCCTTTAACTATGTTGGTGCCTTT	121230

BX629349.6	301	CAGTCATTATTTCCAACTGTGTGTGTACACTGCCAGAAGAAAAATGTGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121231	CAGTCATTATTTCCAACTGTGTGTGTACACTGCCAGAAGAAAAATGTGCA	121280

BX629349.6	351	AAATGTGTACCTCCAGAGGTACAATGGCATGTCACTTGGGAAGTACGCTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121281	AAATGTGTACCTCCAGAGGTACAATGGCATGTCACTTGGGAAGTACGCTC	121330

BX629349.6	401	TAGGGTACATCAGTTTTACCCTTTCACATGGGTAATCACATGTGTGTACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121331	TAGGGTACATCAGTTTTACCCTTTCACATGGGTAATCACATGTGTGTACC	121380

BX629349.6	451	CTAGCAGTGCATATCTCAATATGTACCTCTGCTGTCTGAATTGAATCTCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121381	CTAGCAGTGCATATCTCAATATGTACCTCTGCTGTCTGAATTGAATCTCA	121430

BX629349.6	501	ATGCTGTGTTATCATAATGTACAATTTAAAAAGGTGCACATTTCTTTGCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121431	ATGCTGTGTTATCATAATGTACAATTTAAAAAGGTGCACATTTCTTTGCC	121480

BX629349.6	551	CCAATTGACAAGCCGTTTGTACCATTTGATGTCAAATCTGTACTCAATAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121481	CCAATTGACAAGCCGTTTGTACCATTTGATGTCAAATCTGTACTCAATAT	121530

BX629349.6	601	ATCAAATTAAAAAAGTCATAGTGATGTTTATCAAATTAATAACCCTGTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121531	ATCAAATTAAAAAAGTCATAGTGATGTTTATCAAATTAATAACCCTGTAA	121580

BX629349.6	651	CTACCCCACCATGAATGTTTTTTTTAATTGCAGTAGTTAACTCTCTCAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121581	CTACCCCACCATGAATGTTTTTTTTAATTGCAGTAGTTAACTCTCTCAAT	121630

BX629349.6	701	GCATATTTTCCAACACATCCCATAATTTCTAAAATATCAGCCTCTACCAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121631	GCATATTTTCCAACACATCCCATAATTTCTAAAATATCAGCCTCTACCAA	121680

BX629349.6	751	ATGGTTGATTTGTCAGTTTATGATAAAAGTACCAGAATGAATACATATAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121681	ATGGTTGATTTGTCAGTTTATGATAAAAGTACCAGAATGAATACATATAC	121730

BX629349.6	801	TATGAATATCAGAAAAATTTAAATGTAAAACCAATTAATCAAAAGAATAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121731	TATGAATATCAGAAAAATTTAAATGTAAAACCAATTAATCAAAAGAATAT	121780

BX629349.6	851	TCAAAATAAAACATTTTTGGAGACTAAATATCTTTAATTTTTCTGAAGTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121781	TCAAAATAAAACATTTTTGGAGACTAAATATCTTTAATTTTTCTGAAGTA	121830

BX629349.6	901	TATCATAATATATTTCAGATTCTCATTTTTTTAACATGTTTTCTTGTTCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121831	TATCATAATATATTTCAGATTCTCATTTTTTTAACATGTTTTCTTGTTCT	121880

BX629349.6	951	ATTTGTTTAGTTATTTTTTTACAATAAAACCAAAATTCCTAAGTGTAGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121881	ATTTGTTTAGTTATTTTTTTACAATAAAACCAAAATTCCTAAGTGTAGTA	121930

BX629349.6	1001	GTGTAACAGGATTATGTTTTATTTTTTTTGTAAACCCTTATTTAAAACAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121931	GTGTAACAGGATTATGTTTTATTTTTTTTGTAAACCCTTATTTAAAACAG	121980

BX629349.6	1051	TCATTCTTTAAATGACTTTAACAGTCATTATTTAAAACAGTCAGTATATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	121981	TCATTCTTTAAATGACTTTAACAGTCATTATTTAAAACAGTCAGTATATG	122030

BX629349.6	1101	GTCAACCATTTGGTATAGCTGGCAGTTAAAGAGTTAAACATACAGAACTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122031	GTCAACCATTTGGTATAGCTGGCAGTTAAAGAGTTAAACATACAGAACTA	122080

BX629349.6	1151	TCAAATTCCGACATTTTTAGACAACTTAATTGTTTTAAGCTTTATCACAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122081	TCAAATTCCGACATTTTTAGACAACTTAATTGTTTTAAGCTTTATCACAA	122130

BX629349.6	1201	TGTAATTAAAGGAAACATAAATTGCACAATTTTACAAAGAATAAAAAAAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122131	TGTAATTAAAGGAAACATAAATTGCACAATTTTACAAAGAATAAAAAAAG	122180

BX629349.6	1251	CAATCATGTTCCATCAGTACACAATGCAATATTTATAACTTTACACTTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122181	CAATCATGTTCCATCAGTACACAATGCAATATTTATAACTTTACACTTTT	122230

BX629349.6	1301	GATTACAAACACATTATTCTTACCTTTTCAGATAATGTATATTTTAAGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122231	GATTACAAACACATTATTCTTACCTTTTCAGATAATGTATATTTTAAGCT	122280

BX629349.6	1351	CTATCACAATGTGTCATAACAGATATGTGATGCATACATTAAGCAATTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122281	CTATCACAATGTGTCATAACAGATATGTGATGCATACATTAAGCAATTTT	122330

BX629349.6	1401	ACTTTTTTAAAAACAATTTAGAACGTTTTAATAAAACTGTGAACTGCTAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122331	ACTTTTTTAAAAACAATTTAGAACGTTTTAATAAAACTGTGAACTGCTAG	122380

BX629349.6	1451	TTTAAAGGCATAGTTCATGCAAAAATGTACATTTTTCACCATGTTCTCAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122381	TTTAAAGGCATAGTTCATGCAAAAATGTACATTTTTCACCATGTTCTCAC	122430

BX629349.6	1501	CCTCAACTGGTTCCAACTCTTGATGAGTTCTTTCTTCTGTTGATTATATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122431	CCTCAACTGGTTCCAACTCTTGATGAGTTCTTTCTTCTGTTGATTATATT	122480

BX629349.6	1551	TTGAAAAAAAAAAAGCGGAAAACCTGTAACCAGTAAAGACAGATACTATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122481	TTGAAAAAAAAAAAGCGGAAAACCTGTAACCAGTAAAGACAGATACTATG	122530

BX629349.6	1601	AAAGTCGATAGTTACAGGCTTCCAACATTTTTCCATCTTGCCATAAGGGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122531	AAAGTCGATAGTTACAGGCTTCCAACATTTTTCCATCTTGCCATAAGGGT	122580

BX629349.6	1651	TTGAAACAAGTGAAGGTTGAGTAAAAGATTATAATATTTTCATTATTGGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122581	TTGAAACAAGTGAAGGTTGAGTAAAAGATTATAATATTTTCATTATTGGG	122630

BX629349.6	1701	TGAACCATCTCATTCATCAGTACTAGGTGAAGTCAAACAAGCTCAAGATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122631	TGAACCATCTCATTCATCAGTACTAGGTGAAGTCAAACAAGCTCAAGATT	122680

BX629349.6	1751	AGTCTTAAAGCATTCCTTTCTCATTACAGCCTTTGAGGACAAGCCGTTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122681	AGTCTTAAAGCATTCCTTTCTCATTACAGCCTTTGAGGACAAGCCGTTAA	122730

BX629349.6	1801	ATTTCATTAATTAACCGTGTCGCAATCTTTTGTGTTCTCTCACACTGGCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122731	ATTTCATTAATTAACCGTGTCGCAATCTTTTGTGTTCTCTCACACTGGCT	122780

BX629349.6	1851	GACAACAATTGGGCATTTATAGCTGCCCTATAGACATGCTTGCCATGACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122781	GACAACAATTGGGCATTTATAGCTGCCCTATAGACATGCTTGCCATGACT	122830

BX629349.6	1901	GTGTCATTTAGCCACAAGTAATAATGAACTTGTGCCAGTGAAAGCTCACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122831	GTGTCATTTAGCCACAAGTAATAATGAACTTGTGCCAGTGAAAGCTCACA	122880

BX629349.6	1951	TATTGATCCTTGTCCACTCTTGTTCACCTCATTTTCTCCATCCACAGGAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR538741.13	122881	TATTGATCCTTGTCCACTCTTGTTCACCTCATTTTCTCCATCCACAGGAG	122930

Overview

Query
BX629349.6 - 142044 bps
Hit
CR538741.13 - 122930 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189020001200011209311229301
289.113220162190623901302032211
384.041172705438154650-113095133511
488.97188302114460114761113095133931
586.381442756219262466-113101133791
695.39129152114415114566-116656168071
792.261161575454254698116656168101
888.69226350107280107629-124483248271
985.9205385106727107111-125112255011
1078.9598302112585112886-130833311361
1186.56160287114415114701130846311351
1289.78891356239262526-135357354931
1384.591184110116110299135358355441
1495.451631927357273763146649468461
1587.051742998077081068-164820651201
1679.219530247305031164877651791
1783.711172806014760426166825670941
1889.461522578458084836166838670931
1981.75792568430384558-167482677331
2087.031052251074110965-180974812121
2190.2911217312673412690611110491112231
Short-link