<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX247875.6	213093	GAATTCAGTCCATATTTTATTCAATAATTTCTCTTTTTTAGATTTAAAGA	213044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	55730	GAATTCAGTCCATATTTTATTCAATAATTTCTCTTTTTTAGATTTAAAGA	55779

C  BX247875.6	213043	ACAGTTTAGAAAATGTTTAATACAAAAACATTTAGCAATTCTTCAAAAAG	212994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	55780	ACAGTTTAGAAAATGTTTAATACAAAAACATTTAGCAATTCTTCAAAAAG	55829

C  BX247875.6	212993	TCAAACAGGGAAGTATGCTGATCACTATAAGTTTTTTTTAACCGATTCAC	212944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	55830	TCAAACAGGGAAGTATGCTGATCACTATAAGTTTTTTTTAACCGATTCAC	55879

C  BX247875.6	212943	CTGCTGTTTCTTGCCTGTAACCTGATGAAAGGCTGATTGTAAATTCTGCG	212894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	55880	CTGCTGTTTCTTGCCTGTAACCTGATGAAAGGCTGATTGTAAATTCTGCG	55929

C  BX247875.6	212893	GTGTGGATTCAAAGCCATGAACCCAAAGAGCGCTCAAAGCCATTTTGGAT	212844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	55930	GTGTGGATTCAAAGCCATGAACCCAAAGAGCGCTCAAAGCCATTTTGGAT	55979

C  BX247875.6	212843	GAATGGTTTTTATTAATACATTGCCTGGTGTGCAAAGAAGTTAATTAGGA	212794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	55980	GAATGGTTTTTATTAATACATTGCCTGGTGTGCAAAGAAGTTAATTAGGA	56029

C  BX247875.6	212793	GACGGCTTTAATTAATTTGATTCAGATAATCACAGAGCAGAGAATTAATT	212744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56030	GACGGCTTTAATTAATTTGATTCAGATAATCACAGAGCAGAGAATTAATT	56079

C  BX247875.6	212743	CAAAGTTTAATCTCAAAGGCCAAACTGAGTTTGTTTTCTGTGTGATACTA	212694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56080	CAAAGTTTAATCTCAAAGGCCAAACTGAGTTTGTTTTCTGTGTGATACTA	56129

C  BX247875.6	212693	AAGCTGCACTCCGTTATCATAAAAAAGCTTTTAATATGATCAGTTATTTG	212644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56130	AAGCTGCACTCCGTTATCATAAAAAAGCTTTTAATATGATCAGTTATTTG	56179

C  BX247875.6	212643	TGTGCATTTTAAATATATAGATAATGCTTGCAAAAATATTATAGAACAAA	212594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56180	TGTGCATTTTAAATATATAGATAATGCTTGCAAAAATATTATAGAACAAA	56229

C  BX247875.6	212593	ACATATCTGATATCATTTATTATGAACTATTCCAGTCTGTTTACTACAGT	212544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56230	ACATATCTGATATCATTTATTATGAACTATTCCAGTCTGTTTACTACAGT	56279

C  BX247875.6	212543	TATATTGCATGTTATCATGAAATTACTGGATCCTTTAGGTACTAAAGTTT	212494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56280	TATATTGCATGTTATCATGAAATTACTGGATCCTTTAGGTACTAAAGTTT	56329

C  BX247875.6	212493	GCCATTTCAATTTAAATATAAAGATGATGTTGTTCTTTAGGCAATCTCAT	212444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56330	GCCATTTCAATTTAAATATAAAGATGATGTTGTTCTTTAGGCAATCTCAT	56379

C  BX247875.6	212443	CTAATTTAATCTCATCACTTTGCAACATGGCTTGCTTCAAAAATTGAAAC	212394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56380	CTAATTTAATCTCATCACTTTGCAACATGGCTTGCTTCAAAAATTGAAAC	56429

C  BX247875.6	212393	ATAGACAATTATTTTGCATAATAATAATAATAATAATGTATTATTATTAT	212344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56430	ATAGACAATTATTTTGCATAATAATAATAATAATAATGTATTATTATTAT	56479

C  BX247875.6	212343	TATCATCATTATTATTATTATTATTATTAATAATAATAATACAAAATATA	212294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56480	TATCATCATTATTATTATTATTATTATTAATAATAATAATACAAAATATA	56529

C  BX247875.6	212293	ATTATATTTGCTTTTTTACTTATTACTATTATTATTATTATTTATTATTA	212244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56530	ATTATATTTGCTTTTTTACTTATTACTATTATTATTATTATTTATTATTA	56579

C  BX247875.6	212243	TTATTATTATTATTATGACATTTTATTTTAGGTAACAATTTACTCCATTT	212194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56580	TTATTATTATTATTATGACATTTTATTTTAGGTAACAATTTACTCCATTT	56629

C  BX247875.6	212193	AATTATTATTAATAATAATAATAATTAATTATATTATTATTATTATTATT	212144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56630	AATTATTATTAATAATAATAATAATTAATTATATTATTATTATTATTATT	56679

C  BX247875.6	212143	AATAATAATAATAATAACAACAATAATAATAATAATAATATAAATATGGT	212094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56680	AATAATAATAATAATAACAACAATAATAATAATAATAATATAAATATGGT	56729

C  BX247875.6	212093	AACAATTTATTTTAAGTAACAATTTACTACTGGCTTTTTATCTGGCTATT	212044
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56730	AACAATTTATTTTAAGTAACAATTTACTACTGGCTTTTTATCTGGCTATT	56779

C  BX247875.6	212043	ATTAAAATATTAAGTGTTTATAAGCCCTTTTCTAGTATGATCTTATTTTA	211994
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56780	ATTAAAATATTAAGTGTTTATAAGCCCTTTTCTAGTATGATCTTATTTTA	56829

C  BX247875.6	211993	CAACCTATACAATACCTAAACCCAAACCCAACTACCTTACTATTAATAAG	211944
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56830	CAACCTATACAATACCTAAACCCAAACCCAACTACCTTACTATTAATAAG	56879

C  BX247875.6	211943	TAGCTAATTGGTTAGTATTCGTTTATTAGTAACAGTTTAATTTGTAGTTT	211894
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56880	TAGCTAATTGGTTAGTATTCGTTTATTAGTAACAGTTTAATTTGTAGTTT	56929

C  BX247875.6	211893	TAGTTAACGGTTTGTTAAATAGTGTGAACTTTAAAACAAAATGTGACCAT	211844
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56930	TAGTTAACGGTTTGTTAAATAGTGTGAACTTTAAAACAAAATGTGACCAT	56979

C  BX247875.6	211843	TATTTTCAATTATTATTACAAATAATTATGATTTCAAAAATATGACTTTT	211794
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	56980	TATTTTCAATTATTATTACAAATAATTATGATTTCAAAAATATGACTTTT	57029

C  BX247875.6	211793	CCCTCTCACAGCGTAAAGATCTCTTCATACATAAAAAATAAAACACCTTT	211744
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57030	CCCTCTCACAGCGTAAAGATCTCTTCATACATAAAAAATAAAACACCTTT	57079

C  BX247875.6	211743	GTACTTCAGAAAATGAATCATCCCCACTTCTGATTTCCTCATATCTGTCT	211694
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57080	GTACTTCAGAAAATGAATCATCCCCACTTCTGATTTCCTCATATCTGTCT	57129

C  BX247875.6	211693	TGTGCTCACAGGAGCATAGCGTACTGTCAGTGGGTGGATAATGTGCAGGA	211644
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57130	TGTGCTCACAGGAGCATAGCGTACTGTCAGTGGGTGGATAATGTGCAGGA	57179

C  BX247875.6	211643	GACTCAGAGGATGCTGGATCTCCCTGGACCCCTCAGTGACCTGCTGAAAT	211594
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57180	GACTCAGAGGATGCTGGATCTCCCTGGACCCCTCAGTGACCTGCTGAAAT	57229

C  BX247875.6	211593	GGATCCTGTGTCAGCTGACAGGCGGGATGGTAAAAAGAGAGATGTACTGC	211544
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57230	GGATCCTGTGTCAGCTGACAGGCGGGATGGTAAAAAGAGAGATGTACTGC	57279

C  BX247875.6	211543	CACGGCATCGGCAGCTTCACTAAAGACGAGGTTTATTCCCTCATGGAGAA	211494
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57280	CACGGCATCGGCAGCTTCACTAAAGACGAGGTTTATTCCCTCATGGAGAA	57329

C  BX247875.6	211493	GGACATGCGCACACTGGCCACACTGCTGGGTGAGCAGGACAAAAACAGAC	211444
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57330	GGACATGCGCACACTGGCCACACTGCTGGGTGAGCAGGACAAAAACAGAC	57379

C  BX247875.6	211443	ATTAAATCTTTCATCTTTATGTGATGGGATACAGATACAATTTGGAATGA	211394
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57380	ATTAAATCTTTCATCTTTATGTGATGGGATACAGATACAATTTGGAATGA	57429

C  BX247875.6	211393	CATTTATTATATATATGTGCAAGTGTTATATCTATGTGCAAAACTATTTT	211344
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57430	CATTTATTATATATATGTGCAAGTGTTATATCTATGTGCAAAACTATTTT	57479

C  BX247875.6	211343	GGCAAATCTTAATTACTAATGTCTGCATAATACAACAGAAATCTTTTTGA	211294
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57480	GGCAAATCTTAATTACTAATGTCTGCATAATACAACAGAAATCTTTTTGA	57529

C  BX247875.6	211293	AATAAACGCTGCTCTTTTAAACTATATTCATCAAAGAATCCTGACAAATT	211244
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57530	AATAAACGCTGCTCTTTTAAACTATATTCATCAAAGAATCCTGACAAATT	57579

C  BX247875.6	211243	GCAAAATCACAGTTTTTACAAAGATGTTAAGCAGCACAAATGTTTTCTAT	211194
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57580	GCAAAATCACAGTTTTTACAAAGATGTTAAGCAGCACAAATGTTTTCTAT	57629

C  BX247875.6	211193	ATTGATAATAATAAGAAATATTTCTTAAGTACCAAATCAGCATTAGCACC	211144
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57630	ATTGATAATAATAAGAAATATTTCTTAAGTACCAAATCAGCATTAGCACC	57679

C  BX247875.6	211143	TGAAGGAAACCCACGTGAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAA	211094
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR536620.6	57680	TGAAGGAAACCCACGTGAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAA	57729

Overview

Query
BX247875.6 - 213093 bps
Hit
CR536620.6 - 57729 bps
Total alignments
61
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018672000211094213093-155730577291
294.794696541805427511512461
398.84383141111419311632451
498.59357111302011309011632331
598.7840821411214193-11642451
698.841833786237944-11642461
798.84183184299184381-11642461
898.784082208025208106-11642451
998.84183378633794511642461
1098.8418318430018438211642461
1198.78408220802520810611642451
1298.7840825419454275-11652461
1310034701658172711652341
14100347019658219665111652341
15100347016581727-11712401
161003470196582196651-11712401
1785.4451981088210979-1582159231
1888.141101765818458359113904140801
1997.3733386561865655-114855148921
2095.679912076820858-125930260201
2191.97110163190445190607130912310731
2298.5536695419054258131122311901
2398.553669208022208090131122311901
241003667196580196646131124311901
25100326516591723-131126311901
2610036661411114176-131126311911
2710032653786337927-131126311901
2810032655419354257-131126311901
2998.483366113020113085-131126311911
301003265184300184364-131126311901
311003265196583196647-131126311901
321003265208025208089-131126311901
33100326516581722131126311901
3410032651411314177131126311901
3510032653786237926131126311901
361003265184299184363131126311901
3798.513667112276112342131127311931
38964250210493210542133261333101
3982.985208110577110784-133370335621
4089.833659128160128218133798338561
4187.693865109146109210-133804338681
4298.7536801411714196-142139422181
4398.734773786237938-142142422181
4498.734775419454270-142142422181
4598.73477184299184375-142142422181
4698.734771411214188142142422181
4798.734773786337939142142422181
4898.73477184300184376142142422181
4998.613272113021113092-142144422151
501003675208034208108-142144422181
5110036755419154265142144422181
521003265112274112338142144422081
531003675208023208097142144422181
54100347016581727142147422161
551003470196582196651142147422161
56100347016581727-142149422181
571003871196581196651-142149422191
5880.3564231149575149805-147002472301
5986.21245524197876198399147519480331
6091.51120166198496198661148035481991
6191.58121180190446190625-149031492081
Short-link