<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
C CR383665.9 2000 GAATTCTGCAATGCAGAAAATGTGGACAGAATTGTGGAATCCAGTTCTAA 1951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1 GAATTCTGCAATGCAGAAAATGTGGACAGAATTGTGGAATCCAGTTCTAA 50 C CR383665.9 1950 AAATAGAATTAGCTGTATACCATGAAATACAACAAAGTCTGGAAAATTCT 1901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 51 AAATAGAATTAGCTGTATACCATGAAATACAACAAAGTCTGGAAAATTCT 100 C CR383665.9 1900 AGAGCAGAGATGCCCAAACAAGCGCCCACATGGCAAAGTTGGCCCATGCA 1851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 101 AGAGCAGAGATGCCCAAACAAGCGCCCACATGGCAAAGTTGGCCCATGCA 150 C CR383665.9 1850 ACCTTTGATTTGGCCCACCAACCGAACAGAGTAGAGAAGGACAAATGATG 1801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 151 ACCTTTGATTTGGCCCACCAACCGAACAGAGTAGAGAAGGACAAATGATG 200 C CR383665.9 1800 ATGGGGAAGGCTGTGGTGAATCCCTCAAACAGAGATCATCATTTCTAATT 1751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 201 ATGGGGAAGGCTGTGGTGAATCCCTCAAACAGAGATCATCATTTCTAATT 250 C CR383665.9 1750 TTACATAACCTTTTTTTGTTTGTTTTTTTCATTGCTGAACTGCAAAAAAA 1701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 251 TTACATAACCTTTTTTTGTTTGTTTTTTTCATTGCTGAACTGCAAAAAAA 300 C CR383665.9 1700 AAAAAAAAAAGCAAAACTAAAAATTAATGTTTTGATTAAATGTGAATTAA 1651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 301 AAAAAAAAAAGCAAAACTAAAAATTAATGTTTTGATTAAATGTGAATTAA 350 C CR383665.9 1650 TCAGATTTTTAAAGGTTCCTGAAGCCTGAAACACATTATTTAGATGTTGA 1601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 351 TCAGATTTTTAAAGGTTCCTGAAGCCTGAAACACATTATTTAGATGTTGA 400 C CR383665.9 1600 CAGATGTATGCGTGACACATTGCTAAAACACTAGTAAGACACATATTTCA 1551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 401 CAGATGTATGCGTGACACATTGCTAAAACACTAGTAAGACACATATTTCA 450 C CR383665.9 1550 CTATCAAGTAAAAAAACAAACAAATTGTTTTTGTAAATAAAAAAACATTG 1501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 451 CTATCAAGTAAAAAAACAAACAAATTGTTTTTGTAAATAAAAAAACATTG 500 C CR383665.9 1500 AACTCCATTGGGATATAAATGAGATTGTTTATGGTTTTAATTACATTATA 1451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 501 AACTCCATTGGGATATAAATGAGATTGTTTATGGTTTTAATTACATTATA 550 C CR383665.9 1450 AAATGTAATATATGAATATTTATAATAATATTAATAGAAATAATGATTAA 1401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 551 AAATGTAATATATGAATATTTATAATAATATTAATAGAAATAATGATTAA 600 C CR383665.9 1400 TGAGTAATGCATGTTCCATGTATAATTTTAAGAGTAAAAAAATGGAATTT 1351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 601 TGAGTAATGCATGTTCCATGTATAATTTTAAGAGTAAAAAAATGGAATTT 650 C CR383665.9 1350 TGAAACTTTTTTTATTTCTAAACGGTATTCTAACATTAAAAAGGAAACCG 1301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 651 TGAAACTTTTTTTATTTCTAAACGGTATTCTAACATTAAAAAGGAAACCG 700 C CR383665.9 1300 AAACAGTGAATTGGACTAAAACAAATTGCAGGAAAAAAATCATTAAAATT 1251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 701 AAACAGTGAATTGGACTAAAACAAATTGCAGGAAAAAAATCATTAAAATT 750 C CR383665.9 1250 TAGATTTTAATAGAGCTGCGTGAGTTTGTAGTTTTGCAACAAGACCAACC 1201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 751 TAGATTTTAATAGAGCTGCGTGAGTTTGTAGTTTTGCAACAAGACCAACC 800 C CR383665.9 1200 ATCAACAGTGACATTTATTATAAAATTTGTTATTCAATAAACCAAATCAC 1151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 801 ATCAACAGTGACATTTATTATAAAATTTGTTATTCAATAAACCAAATCAC 850 C CR383665.9 1150 ACACTGCACTCATTTTTAAGACTAATTGCTGGTTGCTATTTACTGCCATA 1101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 851 ACACTGCACTCATTTTTAAGACTAATTGCTGGTTGCTATTTACTGCCATA 900 C CR383665.9 1100 ATATAGATTATTAGAAACTGTTTCTTTGTGGTATTTGGCATTAAAAGTCA 1051 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 901 ATATAGATTATTAGAAACTGTTTCTTTGTGGTATTTGGCATTAAAAGTCA 950 C CR383665.9 1050 CCAGGGTGAATAAAAAAAAAACTACATTTTCATTTGTAGAGAACTAGCCC 1001 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 951 CCAGGGTGAATAAAAAAAAAACTACATTTTCATTTGTAGAGAACTAGCCC 1000 C CR383665.9 1000 TTTTAATGCCTACAGTATTACAGCCAGAAAGGCTTGGTGAAAAAGGACTA 951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1001 TTTTAATGCCTACAGTATTACAGCCAGAAAGGCTTGGTGAAAAAGGACTA 1050 C CR383665.9 950 GGGTAAACTTTTACTTTAACAGCGAGTCATTTGTCTCAGGTATATTTGTG 901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1051 GGGTAAACTTTTACTTTAACAGCGAGTCATTTGTCTCAGGTATATTTGTG 1100 C CR383665.9 900 TGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1101 TGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 1150 C CR383665.9 850 TACTGGTTTGGGCGGTTGATGAGAACACAAATTTGTATAATGACAAGGCT 801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1151 TACTGGTTTGGGCGGTTGATGAGAACACAAATTTGTATAATGACAAGGCT 1200 C CR383665.9 800 ATGACTTGGGTATTACAATGTTGATGAGTTTTCTGAAGAAATGTTTGAGT 751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1201 ATGACTTGGGTATTACAATGTTGATGAGTTTTCTGAAGAAATGTTTGAGT 1250 C CR383665.9 750 CATAATTCAAAATGCTTAAAATCATATTTAACAGGGTCTTTTAATAATCA 701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1251 CATAATTCAAAATGCTTAAAATCATATTTAACAGGGTCTTTTAATAATCA 1300 C CR383665.9 700 CAATTTTCTAGAGAGAGTTGGGTTTATAGGCAGGGTTAGGGTAAGTTGAT 651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1301 CAATTTTCTAGAGAGAGTTGGGTTTATAGGCAGGGTTAGGGTAAGTTGAT 1350 C CR383665.9 650 ATAATAAGCATCTTTTACTAATATAAAATACATTACGTCTGTGGAGAGTC 601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1351 ATAATAAGCATCTTTTACTAATATAAAATACATTACGTCTGTGGAGAGTC 1400 C CR383665.9 600 CTCCAAAACCAGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1401 CTCCAAAACCAGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 1450 C CR383665.9 550 CTTTAATTACACACATCTTGTTTTCTATTTCATTGGACTACTGGGCATTT 501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1451 CTTTAATTACACACATCTTGTTTTCTATTTCATTGGACTACTGGGCATTT 1500 C CR383665.9 500 ACAATCCTTTTGGTTTAGTTTGCAGCTGCTGCCCAAAGTGTATGCACAAT 451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1501 ACAATCCTTTTGGTTTAGTTTGCAGCTGCTGCCCAAAGTGTATGCACAAT 1550 C CR383665.9 450 TCTCAATCGCTGTATAAACTTGAAATGCTATGGAAACTACTTAAAACAAC 401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1551 TCTCAATCGCTGTATAAACTTGAAATGCTATGGAAACTACTTAAAACAAC 1600 C CR383665.9 400 AGGCTGGCAAAGCAAAGGTTTGCCAAGCAAGAGCACACTGCCAGCTGCCA 351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1601 AGGCTGGCAAAGCAAAGGTTTGCCAAGCAAGAGCACACTGCCAGCTGCCA 1650 C CR383665.9 350 CACAGTCTCTGAGCTCTGGGAACCACTTCCCTCTGAAGCATTTACAACAA 301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1651 CACAGTCTCTGAGCTCTGGGAACCACTTCCCTCTGAAGCATTTACAACAA 1700 C CR383665.9 300 ATGCAACACCTATATTATGAGGAATGGATTGAACATGCAGCATGAAATGT 251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1701 ATGCAACACCTATATTATGAGGAATGGATTGAACATGCAGCATGAAATGT 1750 C CR383665.9 250 CATATTTCATTAAAATTTGTAGTTCTGCAGTACAAATGTAACCATTTGCC 201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1751 CATATTTCATTAAAATTTGTAGTTCTGCAGTACAAATGTAACCATTTGCC 1800 C CR383665.9 200 TTTACAATGAAAGTCAGTGGGGTTTAATGTTTAATTAATAACCAAAATAA 151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1801 TTTACAATGAAAGTCAGTGGGGTTTAATGTTTAATTAATAACCAAAATAA 1850 C CR383665.9 150 CTAAAGCAATATGTTACTCTTTGATGAATGTATTTAGCACATATCTTAAT 101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1851 CTAAAGCAATATGTTACTCTTTGATGAATGTATTTAGCACATATCTTAAT 1900 C CR383665.9 100 AAACAGAGAGCAAACATTTCTCAAGAAGTCCTATGAAATAAATAGAATCA 51 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1901 AAACAGAGAGCAAACATTTCTCAAGAAGTCCTATGAAATAAATAGAATCA 1950 C CR383665.9 50 TGAAAGACAATCAGGAAAAACTCTTATTTAGACCTTTAACTGCATAAACA 1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR457453.7 1951 TGAAAGACAATCAGGAAAAACTCTTATTTAGACCTTTAACTGCATAAACA 2000
Overview
- Query
- CR383665.9 - 120923 bps
- Hit
- CR457453.7 - 171899 bps
- Total alignments
- 20
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1909 | 2000 | 1 | 2000 | -1 | 1 | 2000 | 1 |
| 2 | 94.05 | 67 | 84 | 74508 | 74591 | -1 | 16195 | 16278 | 1 |
| 3 | 88.69 | 238 | 377 | 74215 | 74591 | -1 | 47484 | 47872 | 1 |
| 4 | 89.89 | 118 | 177 | 96685 | 96861 | 1 | 47708 | 47885 | 1 |
| 5 | 84.66 | 188 | 363 | 62816 | 63178 | 1 | 62285 | 62649 | 1 |
| 6 | 86.26 | 180 | 318 | 101240 | 101557 | -1 | 62322 | 62641 | 1 |
| 7 | 80.24 | 91 | 258 | 17069 | 17326 | -1 | 108867 | 109124 | 1 |
| 8 | 84.6 | 178 | 366 | 119375 | 119740 | 1 | 108869 | 109238 | 1 |
| 9 | 83.7 | 175 | 374 | 74218 | 74591 | 1 | 108870 | 109237 | 1 |
| 10 | 82.79 | 156 | 367 | 96476 | 96842 | -1 | 108874 | 109239 | 1 |
| 11 | 82.07 | 137 | 318 | 62834 | 63151 | -1 | 108888 | 109205 | 1 |
| 12 | 84.94 | 211 | 490 | 29730 | 30219 | -1 | 119575 | 120072 | 1 |
| 13 | 86.87 | 226 | 454 | 50249 | 50702 | -1 | 119621 | 120077 | 1 |
| 14 | 82.62 | 109 | 314 | 51300 | 51613 | 1 | 119772 | 120076 | 1 |
| 15 | 89.07 | 161 | 258 | 86966 | 87223 | -1 | 129819 | 130065 | 1 |
| 16 | 88.16 | 155 | 245 | 73382 | 73626 | -1 | 129821 | 130065 | 1 |
| 17 | 89.55 | 177 | 267 | 99420 | 99686 | -1 | 130109 | 130376 | 1 |
| 18 | 81.2 | 126 | 456 | 61821 | 62276 | 1 | 161454 | 161900 | 1 |
| 19 | 78.54 | 64 | 369 | 51245 | 51613 | 1 | 161548 | 161915 | 1 |
| 20 | 85.97 | 192 | 351 | 74241 | 74591 | -1 | 170239 | 170580 | 1 |
