<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR383665.9	2000	GAATTCTGCAATGCAGAAAATGTGGACAGAATTGTGGAATCCAGTTCTAA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1	GAATTCTGCAATGCAGAAAATGTGGACAGAATTGTGGAATCCAGTTCTAA	50

C  CR383665.9	1950	AAATAGAATTAGCTGTATACCATGAAATACAACAAAGTCTGGAAAATTCT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	51	AAATAGAATTAGCTGTATACCATGAAATACAACAAAGTCTGGAAAATTCT	100

C  CR383665.9	1900	AGAGCAGAGATGCCCAAACAAGCGCCCACATGGCAAAGTTGGCCCATGCA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	101	AGAGCAGAGATGCCCAAACAAGCGCCCACATGGCAAAGTTGGCCCATGCA	150

C  CR383665.9	1850	ACCTTTGATTTGGCCCACCAACCGAACAGAGTAGAGAAGGACAAATGATG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	151	ACCTTTGATTTGGCCCACCAACCGAACAGAGTAGAGAAGGACAAATGATG	200

C  CR383665.9	1800	ATGGGGAAGGCTGTGGTGAATCCCTCAAACAGAGATCATCATTTCTAATT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	201	ATGGGGAAGGCTGTGGTGAATCCCTCAAACAGAGATCATCATTTCTAATT	250

C  CR383665.9	1750	TTACATAACCTTTTTTTGTTTGTTTTTTTCATTGCTGAACTGCAAAAAAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	251	TTACATAACCTTTTTTTGTTTGTTTTTTTCATTGCTGAACTGCAAAAAAA	300

C  CR383665.9	1700	AAAAAAAAAAGCAAAACTAAAAATTAATGTTTTGATTAAATGTGAATTAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	301	AAAAAAAAAAGCAAAACTAAAAATTAATGTTTTGATTAAATGTGAATTAA	350

C  CR383665.9	1650	TCAGATTTTTAAAGGTTCCTGAAGCCTGAAACACATTATTTAGATGTTGA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	351	TCAGATTTTTAAAGGTTCCTGAAGCCTGAAACACATTATTTAGATGTTGA	400

C  CR383665.9	1600	CAGATGTATGCGTGACACATTGCTAAAACACTAGTAAGACACATATTTCA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	401	CAGATGTATGCGTGACACATTGCTAAAACACTAGTAAGACACATATTTCA	450

C  CR383665.9	1550	CTATCAAGTAAAAAAACAAACAAATTGTTTTTGTAAATAAAAAAACATTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	451	CTATCAAGTAAAAAAACAAACAAATTGTTTTTGTAAATAAAAAAACATTG	500

C  CR383665.9	1500	AACTCCATTGGGATATAAATGAGATTGTTTATGGTTTTAATTACATTATA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	501	AACTCCATTGGGATATAAATGAGATTGTTTATGGTTTTAATTACATTATA	550

C  CR383665.9	1450	AAATGTAATATATGAATATTTATAATAATATTAATAGAAATAATGATTAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	551	AAATGTAATATATGAATATTTATAATAATATTAATAGAAATAATGATTAA	600

C  CR383665.9	1400	TGAGTAATGCATGTTCCATGTATAATTTTAAGAGTAAAAAAATGGAATTT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	601	TGAGTAATGCATGTTCCATGTATAATTTTAAGAGTAAAAAAATGGAATTT	650

C  CR383665.9	1350	TGAAACTTTTTTTATTTCTAAACGGTATTCTAACATTAAAAAGGAAACCG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	651	TGAAACTTTTTTTATTTCTAAACGGTATTCTAACATTAAAAAGGAAACCG	700

C  CR383665.9	1300	AAACAGTGAATTGGACTAAAACAAATTGCAGGAAAAAAATCATTAAAATT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	701	AAACAGTGAATTGGACTAAAACAAATTGCAGGAAAAAAATCATTAAAATT	750

C  CR383665.9	1250	TAGATTTTAATAGAGCTGCGTGAGTTTGTAGTTTTGCAACAAGACCAACC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	751	TAGATTTTAATAGAGCTGCGTGAGTTTGTAGTTTTGCAACAAGACCAACC	800

C  CR383665.9	1200	ATCAACAGTGACATTTATTATAAAATTTGTTATTCAATAAACCAAATCAC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	801	ATCAACAGTGACATTTATTATAAAATTTGTTATTCAATAAACCAAATCAC	850

C  CR383665.9	1150	ACACTGCACTCATTTTTAAGACTAATTGCTGGTTGCTATTTACTGCCATA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	851	ACACTGCACTCATTTTTAAGACTAATTGCTGGTTGCTATTTACTGCCATA	900

C  CR383665.9	1100	ATATAGATTATTAGAAACTGTTTCTTTGTGGTATTTGGCATTAAAAGTCA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	901	ATATAGATTATTAGAAACTGTTTCTTTGTGGTATTTGGCATTAAAAGTCA	950

C  CR383665.9	1050	CCAGGGTGAATAAAAAAAAAACTACATTTTCATTTGTAGAGAACTAGCCC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	951	CCAGGGTGAATAAAAAAAAAACTACATTTTCATTTGTAGAGAACTAGCCC	1000

C  CR383665.9	1000	TTTTAATGCCTACAGTATTACAGCCAGAAAGGCTTGGTGAAAAAGGACTA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1001	TTTTAATGCCTACAGTATTACAGCCAGAAAGGCTTGGTGAAAAAGGACTA	1050

C  CR383665.9	950	GGGTAAACTTTTACTTTAACAGCGAGTCATTTGTCTCAGGTATATTTGTG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1051	GGGTAAACTTTTACTTTAACAGCGAGTCATTTGTCTCAGGTATATTTGTG	1100

C  CR383665.9	900	TGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1101	TGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	1150

C  CR383665.9	850	TACTGGTTTGGGCGGTTGATGAGAACACAAATTTGTATAATGACAAGGCT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1151	TACTGGTTTGGGCGGTTGATGAGAACACAAATTTGTATAATGACAAGGCT	1200

C  CR383665.9	800	ATGACTTGGGTATTACAATGTTGATGAGTTTTCTGAAGAAATGTTTGAGT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1201	ATGACTTGGGTATTACAATGTTGATGAGTTTTCTGAAGAAATGTTTGAGT	1250

C  CR383665.9	750	CATAATTCAAAATGCTTAAAATCATATTTAACAGGGTCTTTTAATAATCA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1251	CATAATTCAAAATGCTTAAAATCATATTTAACAGGGTCTTTTAATAATCA	1300

C  CR383665.9	700	CAATTTTCTAGAGAGAGTTGGGTTTATAGGCAGGGTTAGGGTAAGTTGAT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1301	CAATTTTCTAGAGAGAGTTGGGTTTATAGGCAGGGTTAGGGTAAGTTGAT	1350

C  CR383665.9	650	ATAATAAGCATCTTTTACTAATATAAAATACATTACGTCTGTGGAGAGTC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1351	ATAATAAGCATCTTTTACTAATATAAAATACATTACGTCTGTGGAGAGTC	1400

C  CR383665.9	600	CTCCAAAACCAGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1401	CTCCAAAACCAGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	1450

C  CR383665.9	550	CTTTAATTACACACATCTTGTTTTCTATTTCATTGGACTACTGGGCATTT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1451	CTTTAATTACACACATCTTGTTTTCTATTTCATTGGACTACTGGGCATTT	1500

C  CR383665.9	500	ACAATCCTTTTGGTTTAGTTTGCAGCTGCTGCCCAAAGTGTATGCACAAT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1501	ACAATCCTTTTGGTTTAGTTTGCAGCTGCTGCCCAAAGTGTATGCACAAT	1550

C  CR383665.9	450	TCTCAATCGCTGTATAAACTTGAAATGCTATGGAAACTACTTAAAACAAC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1551	TCTCAATCGCTGTATAAACTTGAAATGCTATGGAAACTACTTAAAACAAC	1600

C  CR383665.9	400	AGGCTGGCAAAGCAAAGGTTTGCCAAGCAAGAGCACACTGCCAGCTGCCA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1601	AGGCTGGCAAAGCAAAGGTTTGCCAAGCAAGAGCACACTGCCAGCTGCCA	1650

C  CR383665.9	350	CACAGTCTCTGAGCTCTGGGAACCACTTCCCTCTGAAGCATTTACAACAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1651	CACAGTCTCTGAGCTCTGGGAACCACTTCCCTCTGAAGCATTTACAACAA	1700

C  CR383665.9	300	ATGCAACACCTATATTATGAGGAATGGATTGAACATGCAGCATGAAATGT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1701	ATGCAACACCTATATTATGAGGAATGGATTGAACATGCAGCATGAAATGT	1750

C  CR383665.9	250	CATATTTCATTAAAATTTGTAGTTCTGCAGTACAAATGTAACCATTTGCC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1751	CATATTTCATTAAAATTTGTAGTTCTGCAGTACAAATGTAACCATTTGCC	1800

C  CR383665.9	200	TTTACAATGAAAGTCAGTGGGGTTTAATGTTTAATTAATAACCAAAATAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1801	TTTACAATGAAAGTCAGTGGGGTTTAATGTTTAATTAATAACCAAAATAA	1850

C  CR383665.9	150	CTAAAGCAATATGTTACTCTTTGATGAATGTATTTAGCACATATCTTAAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1851	CTAAAGCAATATGTTACTCTTTGATGAATGTATTTAGCACATATCTTAAT	1900

C  CR383665.9	100	AAACAGAGAGCAAACATTTCTCAAGAAGTCCTATGAAATAAATAGAATCA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1901	AAACAGAGAGCAAACATTTCTCAAGAAGTCCTATGAAATAAATAGAATCA	1950

C  CR383665.9	50	TGAAAGACAATCAGGAAAAACTCTTATTTAGACCTTTAACTGCATAAACA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR457453.7	1951	TGAAAGACAATCAGGAAAAACTCTTATTTAGACCTTTAACTGCATAAACA	2000

Overview

Query
CR383665.9 - 120923 bps
Hit
CR457453.7 - 171899 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001909200012000-1120001
294.0567847450874591-116195162781
388.692383777421574591-147484478721
489.891181779668596861147708478851
584.661883636281663178162285626491
686.26180318101240101557-162322626411
780.24912581706917326-11088671091241
884.617836611937511974011088691092381
983.7175374742187459111088701092371
1082.791563679647696842-11088741092391
1182.071373186283463151-11088881092051
1284.942114902973030219-11195751200721
1386.872264545024950702-11196211200771
1482.62109314513005161311197721200761
1589.071612588696687223-11298191300651
1688.161552457338273626-11298211300651
1789.551772679942099686-11301091303761
1881.2126456618216227611614541619001
1978.5464369512455161311615481619151
2085.971923517424174591-11702391705801
Short-link