<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR556715.7	77163	GAATTCAGACGTACTACATCTGCCATTTTGTCATGGTCATGTGACCTACC	77212
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1	GAATTCAGACGTACTACATCTGCCATTTTGTCATGGTCATGTGACCTACC	50

CR556715.7	77213	TGCGTCAATTGCGTCGCTTTACTCCCATTCATGAATTGCATGGGATGCGC	77262
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	51	TGCGTCAATTGCGTCGCTTTACTCCCATTCATGAATTGCATGGGATGCGC	100

CR556715.7	77263	ACTCTAGAATCTCGCCGGAAGTAGTAAGTCATTCGGGTACTTCTCGTATA	77312
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	101	ACTCTAGAATCTCGCCGGAAGTAGTAAGTCATTCGGGTACTTCTCGTATA	150

CR556715.7	77313	CTGATTTTCAAATTCTAAGAATTCGGACATTCTACTCGGCTCGCATAATG	77362
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	151	CTGATTTTCAAATTCTAAGAATTCGGACATTCTACTCGGCTCGCATAATG	200

CR556715.7	77363	ATTTTAGCGTACCATATAGTATGGAAGTATGTGGTTTCGGACGCAGCCAT	77412
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	201	ATTTTAGCGTACCATATAGTATGGAAGTATGTGGTTTCGGACGCAGCCAT	250

CR556715.7	77413	GGGCTGTTTCTCAATATGCGTTCTTCAGCGGTCTTGCGTCCTCGTGTTCT	77462
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	251	GGGCTGTTTCTCAATATGCGTTCTTCAGCGGTCTTGCGTCCTCGTGTTCT	300

CR556715.7	77463	TGTGAAACGTGTTCAGTAGCTGCCTAAGTTCAGTTCCAATACTCAACACT	77512
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	301	TGTGAAACGTGTTCAGTAGCTGCCTAAGTTCAGTTCCAATACTCAACACT	350

CR556715.7	77513	GCAAGTACGGAGGACACATGAATCTTCCCGGATGTGATTTTGATATCAAA	77562
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	351	GCAAGTACGGAGGACACATGAATCTTCCCGGATGTGATTTTGATATCAAA	400

CR556715.7	77563	GATGTACAGATGCAGACTTGAGTACCGAACTCGCTCTGGAAGTCCCAGTA	77612
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	401	GATGTACAGATGCAGACTTGAGTACCGAACTCGCTCTGGAAGTCCCAGTA	450

CR556715.7	77613	GTCATTGCGACCTGAGGTGGGAAGCGCTGCGTTTAATTTAGATTTGTTAT	77662
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	451	GTCATTGCGACCTGAGGTGGGAAGCGCTGCGTTTAATTTAGATTTGTTAT	500

CR556715.7	77663	TAAAGTTCAGAGATATCATTTATTTATCTCAGGAGTTTTCCTAAATAAAA	77712
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	501	TAAAGTTCAGAGATATCATTTATTTATCTCAGGAGTTTTCCTAAATAAAA	550

CR556715.7	77713	TGGTGACAGTAAACATTTCCATGAACATCTTAATTAAGGAATAAATACAT	77762
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	551	TGGTGACAGTAAACATTTCCATGAACATCTTAATTAAGGAATAAATACAT	600

CR556715.7	77763	TAAGAGTGTTTGTTTGCTGAAATTCGTATTAAAATAGGTTTTATTTATAT	77812
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	601	TAAGAGTGTTTGTTTGCTGAAATTCGTATTAAAATAGGTTTTATTTATAT	650

CR556715.7	77813	TGTGCATAGTATATTTAGAATGTTTTTATGCAAAGTATATATTTTAAAAA	77862
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	651	TGTGCATAGTATATTTAGAATGTTTTTATGCAAAGTATATATTTTAAAAA	700

CR556715.7	77863	ATGGAAAACAATAAATAGTTGCATGAATGGTGCACTGTTTAAATAATTTA	77912
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	701	ATGGAAAACAATAAATAGTTGCATGAATGGTGCACTGTTTAAATAATTTA	750

CR556715.7	77913	CCATTTAAAAAGCGTGAGGGTCATGTGACCATCAGGAAGAACGCAGCATC	77962
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	751	CCATTTAAAAAGCGTGAGGGTCATGTGACCATCAGGAAGAACGCAGCATC	800

CR556715.7	77963	TCATTTCTTAAAGGACGCATTCTCTGCCCTGGCGGTCTCCTGAGATCGTT	78012
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	801	TCATTTCTTAAAGGACGCATTCTCTGCCCTGGCGGTCTCCTGAGATCGTT	850

CR556715.7	78013	CTTCTGAGGACACCTGGCAAGACCGGTCTCCAGAACAACGCAAGTCCGTT	78062
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	851	CTTCTGAGGACACCTGGCAAGACCGGTCTCCAGAACAACGCAAGTCCGTT	900

CR556715.7	78063	CTCTGCGTTCTTGGAATTGAGAAACAGCCATGGTCAAGACGATCTGTGGC	78112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	901	CTCTGCGTTCTTGGAATTGAGAAACAGCCATGGTCAAGACGATCTGTGGC	950

CR556715.7	78113	AGTTCAAACTGAGCATTAGAATGAGGAAGAAAGGTGATTTACATGATTTT	78162
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	951	AGTTCAAACTGAGCATTAGAATGAGGAAGAAAGGTGATTTACATGATTTT	1000

CR556715.7	78163	GAACATGACATGGTTGTTGGTGCCATACAGGCTGGTCTGAGTATTTCAGA	78212
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1001	GAACATGACATGGTTGTTGGTGCCATACAGGCTGGTCTGAGTATTTCAGA	1050

CR556715.7	78213	AACTGCTGATCTACTGGGATTTTCACGCACAACCATCTCTAGGGTTTACA	78262
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1051	AACTGCTGATCTACTGGGATTTTCACGCACAACCATCTCTAGGGTTTACA	1100

CR556715.7	78263	GGGAATGGTCTGAAAAAGAGAAAATATCCAATGAGCGCCAGTTCTGTGGG	78312
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1101	GGGAATGGTCTGAAAAAGAGAAAATATCCAATGAGCGCCAGTTCTGTGGG	1150

CR556715.7	78313	CACAAATGCCTTGTTAATGCCAAAGGTTAGAGGAAAAGGGCCAGACTGGT	78362
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1151	CACAAATGCCTTGTTAATGCCAAAGGTTAGAGGAAAAGGGCCAGACTGGT	1200

CR556715.7	78363	TCGAGCTGATAGATAGGCTGCATTAACTCAAATAACCACTCGTTATAACC	78412
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1201	TCGAGCTGATAGATAGGCTGCATTAACTCAAATAACCACTCGTTATAACC	1250

CR556715.7	78413	AAGGTATGCAGAACAGCATGTCTGAATGCACAGCACGTCCAACCTTTAGG	78462
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1251	AAGGTATGCAGAACAGCATGTCTGAATGCACAGCACGTCCAACCTTTAGG	1300

CR556715.7	78463	CAGATGGACTACAGCAGCAGAAGACCACACCGAGTGCTACTCCTGTCAGC	78512
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1301	CAGATGGACTACAGCAGCAGAAGACCACACCGAGTGCTACTCCTGTCAGC	1350

CR556715.7	78513	TAAAAACAGGAAACTGAGGCTACAATTTGCACAGGCTCACCAAAATTGGA	78562
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1351	TAAAAACAGGAAACTGAGGCTACAATTTGCACAGGCTCACCAAAATTGGA	1400

CR556715.7	78563	CAATAGAGGATTGGAAAAACGTTGCCTGGTCTGATAAGTCTCGATATCTG	78612
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1401	CAATAGAGGATTGGAAAAACGTTGCCTGGTCTGATAAGTCTCGATATCTG	1450

CR556715.7	78613	CTGTGACATTCGGATGGTATGGTCAGAATTTGGTATCAACAACATGAAAG	78662
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1451	CTGTGACATTCGGATGGTATGGTCAGAATTTGGTATCAACAACATGAAAG	1500

CR556715.7	78663	CATGGTTCTATCCTGTCTTGTATCATTGATTCATGCTGGTATTGGTGGTG	78712
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1501	CATGGTTCTATCCTGTCTTGTATCATTGATTCATGCTGGTATTGGTGGTG	1550

CR556715.7	78713	TAATGATGTGAGGGATATTTTCTGAGCGCACTTTGGGCCCATTAGTACCA	78762
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1551	TAATGATGTGAGGGATATTTTCTGAGCGCACTTTGGGCCCATTAGTACCA	1600

CR556715.7	78763	ATTGAGCATTGTGTCAAGGCCACAGCCTACTGAGTATTGTTGCTGACCAT	78812
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1601	ATTGAGCATTGTGTCAAGGCCACAGCCTACTGAGTATTGTTGCTGACCAT	1650

CR556715.7	78813	TGTGGTCCATTTCTTTATGACCACAGCATCTCCTGTGGTCCATCTCCTGA	78862
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1651	TGTGGTCCATTTCTTTATGACCACAGCATCTCCTGTGGTCCATCTCCTGA	1700

CR556715.7	78863	TGGCTACCTCCAGCAGAATAACGCGCCATGTCATTAAGCGTGAATCATCT	78912
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1701	TGGCTACCTCCAGCAGAATAACGCGCCATGTCATTAAGCGTGAATCATCT	1750

CR556715.7	78913	CGGACTGGTTTCTTAAACATGGCAATGAGTTCATTGTATTAAAATCATCT	78962
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1751	CGGACTGGTTTCTTAAACATGGCAATGAGTTCATTGTATTAAAATCATCT	1800

CR556715.7	78963	CCACAGTCACCAGAGCTCAATCCAATAGAGCACCTTTGGGATGTGGTGGA	79012
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1801	CCACAGTCACCAGAGCTCAATCCAATAGAGCACCTTTGGGATGTGGTGGA	1850

CR556715.7	79013	ATGGGTGATTTGCATCATGGATGTGCAGCCAACAAATTTGCAGTAACTGC	79062
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1851	ATGGGTGATTTGCATCATGGATGTGCAGCCAACAAATTTGCAGTAACTGC	1900

CR556715.7	79063	GAGATGCTATCGTGTCAATATGGACCAAAATCTCTGAGGAATATTTCCAG	79112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1901	GAGATGCTATCGTGTCAATATGGACCAAAATCTCTGAGGAATATTTCCAG	1950

CR556715.7	79113	TACCTTGTTGAATCTATGCCACGAAGGATTAGGGCAGTTCTGCAGGTAAA	79162
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456682.4	1951	TACCTTGTTGAATCTATGCCACGAAGGATTAGGGCAGTTCTGCAGGTAAA	2000

Overview

Query
CR556715.7 - 79162 bps
Hit
CR456682.4 - 193213 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001981200077163791621120001
282.758919752615457-1388840901
388.441923481752617873-1685271971
498.23531137361973731-111363114751
598.06481034813748239111365114671
696.5942881903119118-112203122901
798.04431024813848239117561176621
898.23531137361973731-120301204131
998.06481034813748239120303204051
1098.04431024813848239121897219981
1195.6543924814548236123783238741
1279.03532521686417115126795270421
1382.6812530551685472130914312191
1484.811433201765317972-140447407621
1585.463636597811778775144827454861
1696.256247212318623906-151492522121
1786.242514861935419839155091555771
1887.71693112008120391155725560331
1990.191502644009240355159682599461
2084.26891915269545911059241061201
2181.9313333951345472-11342211345741
2290.791051524819848349-11379691381201
2392.911932556743467688-11389001391531
2499.2292128400804020711441251442521
2597.7342881903119118-11568421569291
2682.91352965142543711870971874001
2786.1591167482064837211885861887511
Short-link