<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX936280.10	1	AAGCTTCCTATTTTCTCTGGGGAGGAGGGGACCAACCAGGACTCATAGCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108478	AAGCTTCCTATTTTCTCTGGGGAGGAGGGGACCAACCAGGACTCATAGCT	108527

BX936280.10	51	TCCTGTTTCCTTCTGAGGGGGAGCGTAGGTAGTCAGGATTCACAGCTTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108528	TCCTGTTTCCTTCTGAGGGGGAGCGTAGGTAGTCAGGATTCACAGCTTAA	108577

BX936280.10	101	TGCCCTCCCGGCTGGTCTCCCCTATGCTGGGGAGAGGAGTATTGCTCCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108578	TGCCCTCCCGGCTGGTCTCCCCTATGCTGGGGAGAGGAGTATTGCTCCTG	108627

BX936280.10	151	GAACGGGTCCCTCGGCCCCGGGTCGCCCCGGCCCTCCTCCTGGAGGGGCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108628	GAACGGGTCCCTCGGCCCCGGGTCGCCCCGGCCCTCCTCCTGGAGGGGCT	108677

BX936280.10	201	GCCGGAGGGAGGGAGTGAGCAGGGTCTGGGTGTCTCCACGGGCCCCGGCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108678	GCCGGAGGGAGGGAGTGAGCAGGGTCTGGGTGTCTCCACGGGCCCCGGCG	108727

BX936280.10	251	TCCCTGAGCCCGGCCGGCCTCGTCAGGCTAGGCCAGAGGCAGACAGAAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108728	TCCCTGAGCCCGGCCGGCCTCGTCAGGCTAGGCCAGAGGCAGACAGAAGG	108777

BX936280.10	301	GGGGTGAGAGCAGAGGTCTTCAGAGCAGCCTCCTGCCTCCCGGGACATTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108778	GGGGTGAGAGCAGAGGTCTTCAGAGCAGCCTCCTGCCTCCCGGGACATTA	108827

BX936280.10	351	ATCCAAGTGACAAATGTGCCTTGACATCAATTATGTTACTTTCTTGTTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108828	ATCCAAGTGACAAATGTGCCTTGACATCAATTATGTTACTTTCTTGTTCA	108877

BX936280.10	401	ACCAAAAAGTAATTAACTGGAGTGGAGCAATTAAGTAAACTTATCAAGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108878	ACCAAAAAGTAATTAACTGGAGTGGAGCAATTAAGTAAACTTATCAAGAG	108927

BX936280.10	451	AGGTTTGAAGGGTCCTGGGCAAACAGCTAATTGGTCTTGGGGGTCAAGAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108928	AGGTTTGAAGGGTCCTGGGCAAACAGCTAATTGGTCTTGGGGGTCAAGAC	108977

BX936280.10	501	TAGGGTTGTGGCGGGGAGCAAAAACAGCAGCGCCAGGAAAGGGGGGACAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	108978	TAGGGTTGTGGCGGGGAGCAAAAACAGCAGCGCCAGGAAAGGGGGGACAG	109027

BX936280.10	551	CAGGACCTGAGAGACTCCTTCTGGCAGCTGGAGACAAACCTGGGCTCGGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109028	CAGGACCTGAGAGACTCCTTCTGGCAGCTGGAGACAAACCTGGGCTCGGT	109077

BX936280.10	601	GGAGCTCGTCTCCTGTCCTCCCTGCCTCCCTTGCCTGACTGCAATAGCTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109078	GGAGCTCGTCTCCTGTCCTCCCTGCCTCCCTTGCCTGACTGCAATAGCTC	109127

BX936280.10	651	AGAGATTCATTCAGTAGTATTTATTGAGCACTTACTCTGTGCGGAGCACT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109128	AGAGATTCATTCAGTAGTATTTATTGAGCACTTACTCTGTGCGGAGCACT	109177

BX936280.10	701	GGCTGTGTGTGGGGGGGGAGGATAGGGGGGGAGGTGGGAGTGTGGCTGGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109178	GGCTGTGTGTGGGGGGGGAGGATAGGGGGGGAGGTGGGAGTGTGGCTGGT	109227

BX936280.10	751	TGGGGGAACCCAGGAAGTGGCTTGGCAGTAGGGGCAGGTCGCTGGGTCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109228	TGGGGGAACCCAGGAAGTGGCTTGGCAGTAGGGGCAGGTCGCTGGGTCCC	109277

BX936280.10	801	CCGTAGCCAGGACCAGAAATGGAGAAAAACTTGTGGAGCTGGTGGGTTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109278	CCGTAGCCAGGACCAGAAATGGAGAAAAACTTGTGGAGCTGGTGGGTTGA	109327

BX936280.10	851	AACACACACATACACAGAGTTTATATACTCGTGTACTGCACAGACATTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109328	AACACACACATACACAGAGTTTATATACTCGTGTACTGCACAGACATTTA	109377

BX936280.10	901	TATGCATGCAAAAATATACATACATGCTTACCAATAGGGAAGGAGACTGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109378	TATGCATGCAAAAATATACATACATGCTTACCAATAGGGAAGGAGACTGC	109427

BX936280.10	951	AGGAGAGGGAGGAAGAGGGGCTGGGGAAAACAATAATAATAATGTTGGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109428	AGGAGAGGGAGGAAGAGGGGCTGGGGAAAACAATAATAATAATGTTGGTA	109477

BX936280.10	1001	TTTGTTAAGCACTTACTATGTGCCGAGCACTGTTCTAAGCGCTGGGGTAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109478	TTTGTTAAGCACTTACTATGTGCCGAGCACTGTTCTAAGCGCTGGGGTAG	109527

BX936280.10	1051	ATACAGGGTCATCAGGTTGTCCCACGTGGGGCTCCCAGTCTTAATCCCCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109528	ATACAGGGTCATCAGGTTGTCCCACGTGGGGCTCCCAGTCTTAATCCCCA	109577

BX936280.10	1101	TTTTCCAGATGAGGTAACTGAGGCCCAGAGAAGTTAAGTGACTTGCCCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109578	TTTTCCAGATGAGGTAACTGAGGCCCAGAGAAGTTAAGTGACTTGCCCAC	109627

BX936280.10	1151	AGTCACACAGCTGACAAGTGGCAGAGCCGGGATTCAAACTCATGACCTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109628	AGTCACACAGCTGACAAGTGGCAGAGCCGGGATTCAAACTCATGACCTCT	109677

BX936280.10	1201	GACTCCCAAGCCCATGTTCTTTCCACGCTGCTTCTCTAGCAGAGAAAAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109678	GACTCCCAAGCCCATGTTCTTTCCACGCTGCTTCTCTAGCAGAGAAAAGA	109727

BX936280.10	1251	GGAAGGGAGACAGGGAGGGGTGGGCACTACCTAGGCCTGCGATGGTAGGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109728	GGAAGGGAGACAGGGAGGGGTGGGCACTACCTAGGCCTGCGATGGTAGGG	109777

BX936280.10	1301	AAGTGATGGCACCGCTTGCCCAGAGCCCAAAGGCAGGACAGGAGTTGCCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109778	AAGTGATGGCACCGCTTGCCCAGAGCCCAAAGGCAGGACAGGAGTTGCCC	109827

BX936280.10	1351	AGGGTCCGGGGCCCGTGCTGCATCTCAGTCAATCAATAAATTGACTTTAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109828	AGGGTCCGGGGCCCGTGCTGCATCTCAGTCAATCAATAAATTGACTTTAT	109877

BX936280.10	1401	TGAGAACTTTCGGTGTGCAGAGCACTGTACTGAACATTTGGGAGAGTACG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109878	TGAGAACTTTCGGTGTGCAGAGCACTGTACTGAACATTTGGGAGAGTACG	109927

BX936280.10	1451	ATATAACTGAGTCGATAGACACGTTCCCTGCCCGAAAGTAGCTTGAAGTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109928	ATATAACTGAGTCGATAGACACGTTCCCTGCCCGAAAGTAGCTTGAAGTC	109977

BX936280.10	1501	TAGAGGTTTAGTTTAGTTCCATCTGAGCGAGACCAGGGTCCAAGGAAACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	109978	TAGAGGTTTAGTTTAGTTCCATCTGAGCGAGACCAGGGTCCAAGGAAACA	110027

BX936280.10	1551	GGGAGCAGCTCATTCATTCATTCAATTGCATTTATTGAGAGCTAACTGTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	110028	GGGAGCAGCTCATTCATTCATTCAATTGCATTTATTGAGAGCTAACTGTG	110077

BX936280.10	1601	TGCAGAACACTGAACTAGGCACTTGGAAAGTACAATACCGAAGTGAAGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	110078	TGCAGAACACTGAACTAGGCACTTGGAAAGTACAATACCGAAGTGAAGAG	110127

BX936280.10	1651	AGACGATCCCTGCCTACAACGGGGTTACAGTCTGGGCAGGGGGCGATGGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	110128	AGACGATCCCTGCCTACAACGGGGTTACAGTCTGGGCAGGGGGCGATGGG	110177

BX936280.10	1701	AAGGCAAACATCAATAGGAGTAAACAGGTATCGGTATAAATAAATAGAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	110178	AAGGCAAACATCAATAGGAGTAAACAGGTATCGGTATAAATAAATAGAAT	110227

BX936280.10	1751	AGAATAGATATATACATAAGTGCTGTGGGGCAGGGAGGTGGGGGAAGCGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	110228	AGAATAGATATATACATAAGTGCTGTGGGGCAGGGAGGTGGGGGAAGCGA	110277

BX936280.10	1801	GGGATGGGGAGGAGAGAAAAAGGATGGGTAAATGGGGTAAATAATAATTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	110278	GGGATGGGGAGGAGAGAAAAAGGATGGGTAAATGGGGTAAATAATAATTA	110327

BX936280.10	1851	TGATATTTGTTAAACGCTTACTAGGTGCCAAACACTGTTCCAAGTGCTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	110328	TGATATTTGTTAAACGCTTACTAGGTGCCAAACACTGTTCCAAGTGCTGG	110377

BX936280.10	1901	GCAGAGGTAATCAGGTTGCCCCACGTGGGGCTCGTAGTCTCGATCTCCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	110378	GCAGAGGTAATCAGGTTGCCCCACGTGGGGCTCGTAGTCTCGATCTCCAT	110427

BX936280.10	1951	TCCACGGATGAGGCCGCTGAGACCCGGAGAAGCGAAGTTCCATCAGTGCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR456637.3	110428	TCCACGGATGAGGCCGCTGAGACCCGGAGAAGCGAAGTTCCATCAGTGCT	110477

Overview

Query
BX936280.10 - 122600 bps
Hit
CR456637.3 - 110477 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198320001200011084781104771
295.082252646416864431-118968192311
396.56235262122100122361-118968192291
497.322402613489635156118968192281
596.412242516516365413118974192241
693.582142656417064434-131191314551
795.15229268122096122363-131192314591
894.832282723489435165131192314621
994.622182604774548004-131202314611
1087.942424557834278796133390338451
1189.013496256156062184-133396340231
1290.652163105491255221-135787360961
1396.986998286135762184135787366131
1490.672794246226962692135787362151
1596.92342586417064427-144223444801
1698.47250262122096122357-144223444841
1798.12472643490035163144223444851
1896.022212516516365413144225444751
1995.932352733489235164-194322945911
2097.04245272122096122367194324945931
2196.192312646417064433194328945891
Short-link