<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL844899.33	167857	GAATTCAAGGCTCTCATCTCCTACAAAAAAATTGATAAACACATCACTCA	167808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	27853	GAATTCAAGGCTCTCATCTCCTACAAAAAAATTGATAAACACATCACTCA	27902

C  AL844899.33	167807	GTTTTCCACTCTTCTTCTCAGGCAGCCTGTCATATCACGTATAAAACACA	167758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	27903	GTTTTCCACTCTTCTTCTCAGGCAGCCTGTCATATCACGTATAAAACACA	27952

C  AL844899.33	167757	CACTTCCTGAGAGAGACCAGCTTGGTTCAATAACATGCCATGTCTTTTAA	167708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	27953	CACTTCCTGAGAGAGACCAGCTTGGTTCAATAACATGCCATGTCTTTTAA	28002

C  AL844899.33	167707	ACTTTGTATTAAGAAGCATTTATAGTGGATTTAAAATGTCTGGACTGAAA	167658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28003	ACTTTGTATTAAGAAGCATTTATAGTGGATTTAAAATGTCTGGACTGAAA	28052

C  AL844899.33	167657	AATAACATTAACAACATCCTTTTTCTGCTGTGTTTAATGAATGCTGTTGC	167608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28053	AATAACATTAACAACATCCTTTTTCTGCTGTGTTTAATGAATGCTGTTGC	28102

C  AL844899.33	167607	TAGGTGAAAAATAATGCGCACGAATGGCAGCTGAAGTTCACTAAAGTTCA	167558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28103	TAGGTGAAAAATAATGCGCACGAATGGCAGCTGAAGTTCACTAAAGTTCA	28152

C  AL844899.33	167557	TGCCAAACTCTAGCAGTATTAAAGAAGTGTAGAGATGTGTAGCACTTTTA	167508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28153	TGCCAAACTCTAGCAGTATTAAAGAAGTGTAGAGATGTGTAGCACTTTTA	28202

C  AL844899.33	167507	TGAAGCATCGGTGGCTTTGTTGGTCTCCACTACATAGGCATACAAAATGG	167458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28203	TGAAGCATCGGTGGCTTTGTTGGTCTCCACTACATAGGCATACAAAATGG	28252

C  AL844899.33	167457	CAACCTTGAATCCCCACAGGCAGATCAGACTGTACTGTAATAGCAGTAAA	167408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28253	CAACCTTGAATCCCCACAGGCAGATCAGACTGTACTGTAATAGCAGTAAA	28302

C  AL844899.33	167407	CGTGAAGTGAATAATACAGATATTTATATGTGCGGATGTGTCAGAGAACT	167358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28303	CGTGAAGTGAATAATACAGATATTTATATGTGCGGATGTGTCAGAGAACT	28352

C  AL844899.33	167357	CTTTTATTCACTGATGGATGGCAGTTTTAGTCAGTTTAAGGAGCCAGGGA	167308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28353	CTTTTATTCACTGATGGATGGCAGTTTTAGTCAGTTTAAGGAGCCAGGGA	28402

C  AL844899.33	167307	GAGTTTTATATAAATATACATGCCGAAAACACTCAGCTTTTCAGTCATTC	167258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28403	GAGTTTTATATAAATATACATGCCGAAAACACTCAGCTTTTCAGTCATTC	28452

C  AL844899.33	167257	ATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTTTCTTATCGGCTTAGTCCCTTTA	167208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28453	ATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTTTCTTATCGGCTTAGTCCCTTTA	28502

C  AL844899.33	167207	TTAATCTGTGGTCGCCACAGCGGAATGAACTTATCCAGCGTATATTTTAC	167158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28503	TTAATCTGTGGTCGCCACAGCGGAATGAACTTATCCAGCGTATATTTTAC	28552

C  AL844899.33	167157	GCAGCCGATGCCCTTTCTATCTTCTACCCATCACTGGGTAACATCCATAC	167108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28553	GCAGCCGATGCCCTTTCTATCTTCTACCCATCACTGGGTAACATCCATAC	28602

C  AL844899.33	167107	ACAGTCATTCACACACTTGCACTATGGACAGTTTGTCTTATCTAATTCAC	167058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28603	ACAGTCATTCACACACTTGCACTATGGACAGTTTGTCTTATCTAATTCAC	28652

C  AL844899.33	167057	CCAACCACATTAGACTATTTTAATTTATACATATCGTAATATCTTTTATT	167008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28653	CCAACCACATTAGACTATTTTAATTTATACATATCGTAATATCTTTTATT	28702

C  AL844899.33	167007	TTTGACCACTCTTAATTTTTTAGTTAGTCGTGCCCTGTGGAGGAAAGAGC	166958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28703	TTTGACCACTCTTAATTTTTTAGTTAGTCGTGCCCTGTGGAGGAAAGAGC	28752

C  AL844899.33	166957	ACTGAAAAACCATACTCAAGTAAAAGTACCATTACTTAACCAAAAATGTA	166908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28753	ACTGAAAAACCATACTCAAGTAAAAGTACCATTACTTAACCAAAAATGTA	28802

C  AL844899.33	166907	GTACATGTAGAGTAAAGGTATCCGTTGTAAATATTACTCAACTTTTAAAA	166858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28803	GTACATGTAGAGTAAAGGTATCCGTTGTAAATATTACTCAACTTTTAAAA	28852

C  AL844899.33	166857	ATCTTTTTAAAAGTAATCATGAGTAGTGAGTAATGTGAAATTCTGTGAAA	166808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28853	ATCTTTTTAAAAGTAATCATGAGTAGTGAGTAATGTGAAATTCTGTGAAA	28902

C  AL844899.33	166807	GGTTGATTTACATGCAATTTGTGCAGGGATGTGTAAACGTAATATTCTGT	166758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28903	GGTTGATTTACATGCAATTTGTGCAGGGATGTGTAAACGTAATATTCTGT	28952

C  AL844899.33	166757	AGTCTATCAAGTTATTGTTTAAGGCCATTTGGTGATTTCAGTCCTCATAC	166708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	28953	AGTCTATCAAGTTATTGTTTAAGGCCATTTGGTGATTTCAGTCCTCATAC	29002

C  AL844899.33	166707	AGTAAACATTCCTCATCTTCTCATCAGTGAAATAGTCTGAACAGTCTCTG	166658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29003	AGTAAACATTCCTCATCTTCTCATCAGTGAAATAGTCTGAACAGTCTCTG	29052

C  AL844899.33	166657	GGTCATTGTGTGTAATGATTTTGGACATCTTCCTGGATGCTTTTAATGCT	166608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29053	GGTCATTGTGTGTAATGATTTTGGACATCTTCCTGGATGCTTTTAATGCT	29102

C  AL844899.33	166607	TTCAAATGCTTTGTTGCACTTATAAATCATCCATGTCTTGAGGTTCAGTG	166558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29103	TTCAAATGCTTTGTTGCACTTATAAATCATCCATGTCTTGAGGTTCAGTG	29152

C  AL844899.33	166557	TGATGCGATTTACTTTCTATCTGTGATGTGATTAGATAGGAATTACATTT	166508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29153	TGATGCGATTTACTTTCTATCTGTGATGTGATTAGATAGGAATTACATTT	29202

C  AL844899.33	166507	CTGATTTTTCTACTTTATCGTAGACTTAAAAAAATAGTAGTGGCTGCAGG	166458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29203	CTGATTTTTCTACTTTATCGTAGACTTAAAAAAATAGTAGTGGCTGCAGG	29252

C  AL844899.33	166457	TTGATGGAAAGAGTTGAGTAAAATCTTCCCAAAAGTAAAAGTTTCCCAAA	166408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29253	TTGATGGAAAGAGTTGAGTAAAATCTTCCCAAAAGTAAAAGTTTCCCAAA	29302

C  AL844899.33	166407	TCTAGGGTTTGTGAATGGATTGTTAAATTGTAAATTAAATTGTTAACATT	166358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29303	TCTAGGGTTTGTGAATGGATTGTTAAATTGTAAATTAAATTGTTAACATT	29352

C  AL844899.33	166357	TGTTTATACTTGTATTTCATGTAACTACTCTAAAACACAAAAAAGGTAAC	166308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29353	TGTTTATACTTGTATTTCATGTAACTACTCTAAAACACAAAAAAGGTAAC	29402

C  AL844899.33	166307	ATTTACTTAGTCATTTGAATAGTACTGCACTTTTAAAAATGCTAGGTTGT	166258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29403	ATTTACTTAGTCATTTGAATAGTACTGCACTTTTAAAAATGCTAGGTTGT	29452

C  AL844899.33	166257	TTTAACTCAAAGTTAGGTTAAAAATTTCAGTTAAATCAAAATGAGTTTTT	166208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29453	TTTAACTCAAAGTTAGGTTAAAAATTTCAGTTAAATCAAAATGAGTTTTT	29502

C  AL844899.33	166207	TTAACACAGCAGATAGGTTTGTCCATAATTAACAAAACATTGAGTTAAAC	166158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29503	TTAACACAGCAGATAGGTTTGTCCATAATTAACAAAACATTGAGTTAAAC	29552

C  AL844899.33	166157	AACCTTGAATTTTGTGACTTCATTTTAACTATTCACTCAAAAAATGACTT	166108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29553	AACCTTGAATTTTGTGACTTCATTTTAACTATTCACTCAAAAAATGACTT	29602

C  AL844899.33	166107	GAAAATAAGTTGAAACAACCAAATTCTTAAGTGCTTTTTGGGACAACTTC	166058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29603	GAAAATAAGTTGAAACAACCAAATTCTTAAGTGCTTTTTGGGACAACTTC	29652

C  AL844899.33	166057	ATTCTTTTTCGTTCAATCCACTAAGTTGTGTACAAATGATTGTTAACTTT	166008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29653	ATTCTTTTTCGTTCAATCCACTAAGTTGTGTACAAATGATTGTTAACTTT	29702

C  AL844899.33	166007	TGTGTTCGGACAACATGAAGGCATTGTGTGGAACCCAGACTTTTTTTTAC	165958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29703	TGTGTTCGGACAACATGAAGGCATTGTGTGGAACCCAGACTTTTTTTTAC	29752

C  AL844899.33	165957	AGTGTTGTTTTTGTGTTCAAGGACATTTTAGTCGGTAACACTTTATCTTG	165908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29753	AGTGTTGTTTTTGTGTTCAAGGACATTTTAGTCGGTAACACTTTATCTTG	29802

C  AL844899.33	165907	ATAATCCATTTGAGTATTAGTAGACTGTCTGCTTAATATCTGTTGATACA	165858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450846.7	29803	ATAATCCATTTGAGTATTAGTAGACTGTCTGCTTAATATCTGTTGATACA	29852

Overview

Query
AL844899.33 - 167857 bps
Hit
CR450846.7 - 29852 bps
Total alignments
16
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019202000165858167857-127853298521
293.335775165827165901110069101431
3100438929243012115774158621
4100479029233012-115785158741
584.8180160138991139150-117545177021
680.9398265136756137020117546178231
781.851142622058620847117566178241
887.7977131165792165922-118461185911
996.424555145017145071-120277203321
1084.42130321144616144936-120332206391
1189.582333554444244796124511248751
1286.93151270153946154215-124602248841
1388.8986136136883137018124667248011
14944050157081157130-124835248841
1596.55418729253011127015271011
1696.55418729243010-127015271011
Short-link