<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR848687.8	1	AAGCTTGTCTCAGCAAACACCCCTAATGAAAACACAGTTAAATGAATAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	55976	AAGCTTGTCTCAGCAAACACCCCTAATGAAAACACAGTTAAATGAATAAA	56025

CR848687.8	51	TAGAGTCCCAGGTAAGGTTTAACAGAAACCGTACGTGTTACTAGTAATTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56026	TAGAGTCCCAGGTAAGGTTTAACAGAAACCGTACGTGTTACTAGTAATTG	56075

CR848687.8	101	ATTTTCACTCTCTGCCTCGTATCTCATTATCGCAGGAATCACTTACAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56076	ATTTTCACTCTCTGCCTCGTATCTCATTATCGCAGGAATCACTTACAAAA	56125

CR848687.8	151	ACCTGCAGAAGTTAATTAAATGTTCTTCTCTGTCTAACCTCACTTACTGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56126	ACCTGCAGAAGTTAATTAAATGTTCTTCTCTGTCTAACCTCACTTACTGT	56175

CR848687.8	201	AGGCTGTGTGTGCGTGTTGAATAAATGAATGTGGGTTTTTAGAGGGCTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56176	AGGCTGTGTGTGCGTGTTGAATAAATGAATGTGGGTTTTTAGAGGGCTCA	56225

CR848687.8	251	GCATGCTGTGTTTTAGAGCACATATTGTAATTGCTTTTCCTACAGCCCCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56226	GCATGCTGTGTTTTAGAGCACATATTGTAATTGCTTTTCCTACAGCCCCT	56275

CR848687.8	301	CTGTGTCCTGCCTATAGAAAAGCCCACTGAGGGTGTAAAGGCCGAGATGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56276	CTGTGTCCTGCCTATAGAAAAGCCCACTGAGGGTGTAAAGGCCGAGATGC	56325

CR848687.8	351	AGCTTTCTGTAGTATGTGATTGCTGTGCTGTGCTTTGTGGCAAAGGTGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56326	AGCTTTCTGTAGTATGTGATTGCTGTGCTGTGCTTTGTGGCAAAGGTGTA	56375

CR848687.8	401	TGTTCAAGCCAAGACTGTGGGTCACAATGCAGTGGAAAGTAGAAGTATAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56376	TGTTCAAGCCAAGACTGTGGGTCACAATGCAGTGGAAAGTAGAAGTATAT	56425

CR848687.8	451	TAGACCCTAGAGACCCCGATAGAGGTCTTCTATTATTTATATGTGTACTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56426	TAGACCCTAGAGACCCCGATAGAGGTCTTCTATTATTTATATGTGTACTG	56475

CR848687.8	501	AATGTTTAGGACTGAGGAGGGTATTGCAGTTCAGAATTTTTTCTAGGACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56476	AATGTTTAGGACTGAGGAGGGTATTGCAGTTCAGAATTTTTTCTAGGACT	56525

CR848687.8	551	CGGAAATGAATTTGTATACAGCTAGCTATTATCATGTGTCAGAATACTCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56526	CGGAAATGAATTTGTATACAGCTAGCTATTATCATGTGTCAGAATACTCC	56575

CR848687.8	601	CAGCAGGCACAGGACGTCAACATGACGTCAGCTTGATGTTGTACCCCAAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56576	CAGCAGGCACAGGACGTCAACATGACGTCAGCTTGATGTTGTACCCCAAC	56625

CR848687.8	651	GTTGTGGGGACGTTGCATTTTGTTTGGAAATAAAAATCAGGCTGATGTCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56626	GTTGTGGGGACGTTGCATTTTGTTTGGAAATAAAAATCAGGCTGATGTCC	56675

CR848687.8	701	AATGTCCAACCTAAAATCAACCAAGTATCAACGTCTAATGATGTTACAGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56676	AATGTCCAACCTAAAATCAACCAAGTATCAACGTCTAATGATGTTACAGC	56725

CR848687.8	751	TTGACGTTGTGTGGAATTTAACCAATATGACACCTATCCGACATTGGATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56726	TTGACGTTGTGTGGAATTTAACCAATATGACACCTATCCGACATTGGATT	56775

CR848687.8	801	TTGGTTGCCATACCTGACAGTAAATGTCAGTATTTAAAGTCAAAATGACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56776	TTGGTTGCCATACCTGACAGTAAATGTCAGTATTTAAAGTCAAAATGACA	56825

CR848687.8	851	TTGGTTGGCACGATGTTGGATTTTGGTCACTCTCTAACAAAACCTTAAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56826	TTGGTTGGCACGATGTTGGATTTTGGTCACTCTCTAACAAAACCTTAAAT	56875

CR848687.8	901	CAACCAAATATCAACGTCATTTGATGTCATTATTGGAGGTGAAAATAACG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56876	CAACCAAATATCAACGTCATTTGATGTCATTATTGGAGGTGAAAATAACG	56925

CR848687.8	951	TTGTACTTAGACACTGGCTAGACATTGAATTTTGGTCACCTGACATCACG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56926	TTGTACTTAGACACTGGCTAGACATTGAATTTTGGTCACCTGACATCACG	56975

CR848687.8	1001	ACCTAAATCTAACCCAATATTAACGTCTTATGCCGTTGTGTGACTGCTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	56976	ACCTAAATCTAACCCAATATTAACGTCTTATGCCGTTGTGTGACTGCTGA	57025

CR848687.8	1051	GCTCTCTTTTATGCAATGCTGTTACTGTAGAATAAAATGTTAACAACCGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57026	GCTCTCTTTTATGCAATGCTGTTACTGTAGAATAAAATGTTAACAACCGA	57075

CR848687.8	1101	AAATCACTTCTGACACTTGAAATAAAGCTGAATTTACTATAATTGGAAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57076	AAATCACTTCTGACACTTGAAATAAAGCTGAATTTACTATAATTGGAAAT	57125

CR848687.8	1151	TAACAAATTCCTATTACAGTTTAAAATCAATTGAAAAGTAATAAAGTGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57126	TAACAAATTCCTATTACAGTTTAAAATCAATTGAAAAGTAATAAAGTGTT	57175

CR848687.8	1201	AAATAACTTTATGTAGAAATTAATTAACATTTAATTAACATTATGTAGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57176	AAATAACTTTATGTAGAAATTAATTAACATTTAATTAACATTATGTAGAA	57225

CR848687.8	1251	ATTCATGGGGATGGGTTTACATAAATTCAATTAAAAAAAATTACATAATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57226	ATTCATGGGGATGGGTTTACATAAATTCAATTAAAAAAAATTACATAATG	57275

CR848687.8	1301	GTCTAGTTAATACAAGCCAGTATTTTTTCCCGGTATTATTGTAGTATTAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57276	GTCTAGTTAATACAAGCCAGTATTTTTTCCCGGTATTATTGTAGTATTAG	57325

CR848687.8	1351	CTTCACATAATACTAAAATAACCCTGCTAATATTATTCTTATCACATCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57326	CTTCACATAATACTAAAATAACCCTGCTAATATTATTCTTATCACATCCA	57375

CR848687.8	1401	TGACATCTTTGTTTGATTTGCATTAAAATAAATTCCAAATAACTAATCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57376	TGACATCTTTGTTTGATTTGCATTAAAATAAATTCCAAATAACTAATCAT	57425

CR848687.8	1451	AATTAAAAAGCTAAAAAAAAAAAAACAGAGATTGACAGTACGCGAAACAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57426	AATTAAAAAGCTAAAAAAAAAAAAACAGAGATTGACAGTACGCGAAACAG	57475

CR848687.8	1501	CAGAAACTGAAATAAAAAATATTCTTTATAAGTATTGCAAGCCAGTTTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57476	CAGAAACTGAAATAAAAAATATTCTTTATAAGTATTGCAAGCCAGTTTTT	57525

CR848687.8	1551	GATCTCTGTTTTTATTGTAGCTAACAAAAAAAGCTAAGCATACAGGTTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57526	GATCTCTGTTTTTATTGTAGCTAACAAAAAAAGCTAAGCATACAGGTTAT	57575

CR848687.8	1601	TTTATCCTGATCATATTTTGCTATTGGCATATTTTAAAATAGTTTTCTCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57576	TTTATCCTGATCATATTTTGCTATTGGCATATTTTAAAATAGTTTTCTCA	57625

CR848687.8	1651	TCAAAGCTAACAGAAGAACCATTTTTGGCTCTCCAAAAAGACTTTTAACT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57626	TCAAAGCTAACAGAAGAACCATTTTTGGCTCTCCAAAAAGACTTTTAACT	57675

CR848687.8	1701	GAACAGTTCTTAAAACATTCTTGAAATAAACCATAAATATTTCATGAATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57676	GAACAGTTCTTAAAACATTCTTGAAATAAACCATAAATATTTCATGAATG	57725

CR848687.8	1751	TTAAAGTTTCCTCGTGAAACTTTAAGTGCTGGTAACATTCATCAGACCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57726	TTAAAGTTTCCTCGTGAAACTTTAAGTGCTGGTAACATTCATCAGACCAC	57775

CR848687.8	1801	AGTATAATTAATTGAAGTTTTTTTTATAAACTAATTTCGAGAAGATCACA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57776	AGTATAATTAATTGAAGTTTTTTTTATAAACTAATTTCGAGAAGATCACA	57825

CR848687.8	1851	TGCTTTTGCATCAGCTAACGTATAATTCACCAATCAGATGATTCTTAACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57826	TGCTTTTGCATCAGCTAACGTATAATTCACCAATCAGATGATTCTTAACT	57875

CR848687.8	1901	TTTTATAAATAGCCAAAGTGTCTTACCTTAGTCATCTTCGTCTTGAAGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57876	TTTTATAAATAGCCAAAGTGTCTTACCTTAGTCATCTTCGTCTTGAAGAA	57925

CR848687.8	1951	TCCCCCCATCCACCCCCTCTCCCCCTCTTTTCCTTTATAGGACAGCACGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450835.4	57926	TCCCCCCATCCACCCCCTCTCCCCCTCTTTTCCTTTATAGGACAGCACGG	57975

Overview

Query
CR848687.8 - 87887 bps
Hit
CR450835.4 - 57975 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001930200012000155976579751
283.810721754261544771916793821
384.417315072050721991917493271
482.26781827763577816-1919793821
588.3849916703367123110238103231
695.58541131091411026113563136751
783.131163276180862134113832141451
883.7419543491959628115809162631
979.76120388976010147116356167651
1087.431723276180862134-125207255321
1188.3612119049975186-126261264491
1293.07781011445714557-126268263681
1382.14671944160141794126852270471
1485.5543947772477817133668337571
1591.0344788766287739135969360461
1697.2252728766887739136345364161
1778.68983451817418518-139653399851
1884.17581206699267111-148501486201
1995.8961737204072112-151367514391
2010058611816418224-151379514391
2185.761543226181362134-152843531721
2292.59591086213462241153324534311
Short-link