<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX640506.12	1	AAGCTTATCCAAGTAAACCATCATTCATTCATTCATTCATTCATTTTCTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125167	AAGCTTATCCAAGTAAACCATCATTCATTCATTCATTCATTCATTTTCTA	125216

BX640506.12	51	TTTAGCCTAGTCCCTTTATTAATCCGCTGTCGCCACAGCGGAATGAACTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125217	TTTAGCCTAGTCCCTTTATTAATCCGCTGTCGCCACAGCGGAATGAACTG	125266

BX640506.12	101	CCAACCTATCCAGCACATGTTTTACACAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125267	CCAACCTATCCAGCACATGTTTTACACAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAA	125316

BX640506.12	151	CCCATCTCTGGGAAACATCCATACACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125317	CCCATCTCTGGGAAACATCCATACACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTG	125366

BX640506.12	201	TACCGCATGTCTTTGGACTTGTGGGGGAAATCAGAGCATCCGGAGGAAAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125367	TACCGCATGTCTTTGGACTTGTGGGGGAAATCAGAGCATCCGGAGGAAAC	125416

BX640506.12	251	CCAAACGACCGTAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAAAAACACCAACTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125417	CCAAACGACCGTAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAAAAACACCAACTG	125466

BX640506.12	301	ACCCAACTGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCATTACCTAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125467	ACCCAACTGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCATTACCTAC	125516

BX640506.12	351	TGCTCCACTGCGTTGCCCAGTAAACCAATATACTTTTAGCTAATTTTGAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125517	TGCTCCACTGCGTTGCCCAGTAAACCAATATACTTTTAGCTAATTTTGAG	125566

BX640506.12	401	AAACAGAGTACTGTGCAGAAAATCAGGGCAAAGAAATTAGTCAAAATAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125567	AAACAGAGTACTGTGCAGAAAATCAGGGCAAAGAAATTAGTCAAAATAAC	125616

BX640506.12	451	TCAAAAGAAATTAAACTCAAGTTTGTTAGAATCCAGTTCCCAAAATGAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125617	TCAAAAGAAATTAAACTCAAGTTTGTTAGAATCCAGTTCCCAAAATGAAC	125666

BX640506.12	501	CAAAACACATCAGTTAAAATTGAAGACCAGAATTCATGTTCATTTTCAGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125667	CAAAACACATCAGTTAAAATTGAAGACCAGAATTCATGTTCATTTTCAGT	125716

BX640506.12	551	GTTGGGGAAAGTCACTTTTGAAAGTAATGCATTATAATATTGAGTTACTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125717	GTTGGGGAAAGTCACTTTTGAAAGTAATGCATTATAATATTGAGTTACTC	125766

BX640506.12	601	CCCAAACTCCCCTGACTAGTTGCTTTACTTTTTATGGTAAGTAGTACATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125767	CCCAAACTCCCCTGACTAGTTGCTTTACTTTTTATGGTAAGTAGTACATT	125816

BX640506.12	651	ACGTTACTTTTAAGTTACATTTCCATTCCTTTTTCTGACCTGAGGCTTGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125817	ACGTTACTTTTAAGTTACATTTCCATTCCTTTTTCTGACCTGAGGCTTGA	125866

BX640506.12	701	TCTATTTCAGAATTTTCTTTTATTTAATAGATTTGTTTAATTAATAACAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125867	TCTATTTCAGAATTTTCTTTTATTTAATAGATTTGTTTAATTAATAACAT	125916

BX640506.12	751	ACTGTATAACCTTAATTTACCTTTTTAAAAAAACACATAAAAATGAATTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125917	ACTGTATAACCTTAATTTACCTTTTTAAAAAAACACATAAAAATGAATTT	125966

BX640506.12	801	AGGATAATGTTGTTTATTTTTATTTTTTTTGGAGAACTTCCTGACCCCAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	125967	AGGATAATGTTGTTTATTTTTATTTTTTTTGGAGAACTTCCTGACCCCAG	126016

BX640506.12	851	AGCTACATGCTGTATTATTGAAAGATTAATGAAAGTTTAAAGCAATGCGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126017	AGCTACATGCTGTATTATTGAAAGATTAATGAAAGTTTAAAGCAATGCGT	126066

BX640506.12	901	TTGCTACTTTTTGTCCATCAGTGTCCATTCAGATAATCCTTTTTTCCTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126067	TTGCTACTTTTTGTCCATCAGTGTCCATTCAGATAATCCTTTTTTCCTTT	126116

BX640506.12	951	TCTTCCATGTGTTGAGAATAATGAAAATATTTCCATCGCAGAAGTGAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126117	TCTTCCATGTGTTGAGAATAATGAAAATATTTCCATCGCAGAAGTGAAAA	126166

BX640506.12	1001	GCTCTACTGTCTTCAATTCTGTCTGTTCCTGCATTTTCTCATTTTGTGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126167	GCTCTACTGTCTTCAATTCTGTCTGTTCCTGCATTTTCTCATTTTGTGCA	126216

BX640506.12	1051	GGATTCAACATGACTATGCTTATTTTAATCCTGCAATTTATTTCCTAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126217	GGATTCAACATGACTATGCTTATTTTAATCCTGCAATTTATTTCCTAAAA	126266

BX640506.12	1101	GCAAATTAACTAAACTAAAAAGTAAATCGCCTTAGATTTTTTAAAAGTAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126267	GCAAATTAACTAAACTAAAAAGTAAATCGCCTTAGATTTTTTAAAAGTAA	126316

BX640506.12	1151	CTCATTAAAAAGTAACACTTAATTTTTAAAAGTAATGCATTACTTTACTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126317	CTCATTAAAAAGTAACACTTAATTTTTAAAAGTAATGCATTACTTTACTT	126366

BX640506.12	1201	GTTACTCAGAAAAGGAATATTATTACGTAACTCGCATTTCTTGTAATGCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126367	GTTACTCAGAAAAGGAATATTATTACGTAACTCGCATTTCTTGTAATGCC	126416

BX640506.12	1251	TTACTCCCAACACTGTTCAGTTTCCTAAAACAGCTTGTTGATGTACAATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126417	TTACTCCCAACACTGTTCAGTTTCCTAAAACAGCTTGTTGATGTACAATT	126466

BX640506.12	1301	GGGGAGTTCCAAATCATGTAATAATGTGAGCCTATACTTCAAGGTAATAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126467	GGGGAGTTCCAAATCATGTAATAATGTGAGCCTATACTTCAAGGTAATAG	126516

BX640506.12	1351	AGAAGAATGAAATCATGTGAACGACAATCGTGCAAACAAAGTTAGACTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126517	AGAAGAATGAAATCATGTGAACGACAATCGTGCAAACAAAGTTAGACTAA	126566

BX640506.12	1401	AACAAAAATTGTTTAAGGGATTTTTTCGAGTTTACAACAGCTTACCAAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126567	AACAAAAATTGTTTAAGGGATTTTTTCGAGTTTACAACAGCTTACCAAAG	126616

BX640506.12	1451	TTCAATTCAATTCAAGTTTATTGTATAGCCATTTCAGAATAATTATTGTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126617	TTCAATTCAATTCAAGTTTATTGTATAGCCATTTCAGAATAATTATTGTT	126666

BX640506.12	1501	TCAAAGCAGTTTTACAAAAGCTGCATGTTATTGCATGTTTTATTAGTTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126667	TCAAAGCAGTTTTACAAAAGCTGCATGTTATTGCATGTTTTATTAGTTCC	126716

BX640506.12	1551	ATAACCTTACTAATAACTTTACTGTAGCTAATTAACTAGCGACTTTTAAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126717	ATAACCTTACTAATAACTTTACTGTAGCTAATTAACTAGCGACTTTTAAC	126766

BX640506.12	1601	TAAGTTGCTAGTGAATAAACACCCTTTAGGCTTTATTCAAAGAAGTTCAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126767	TAAGTTGCTAGTGAATAAACACCCTTTAGGCTTTATTCAAAGAAGTTCAG	126816

BX640506.12	1651	AAAAGACCTTTGCAGAAAAACAGGCATAAATTTTACCAATTTGAAATTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126817	AAAAGACCTTTGCAGAAAAACAGGCATAAATTTTACCAATTTGAAATTTG	126866

BX640506.12	1701	TTTGAAACAGGTTTCTAAAACCAACCAAAATAGTTCAGCTGACATCGAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126867	TTTGAAACAGGTTTCTAAAACCAACCAAAATAGTTCAGCTGACATCGAAA	126916

BX640506.12	1751	GATAAAGGTCAGAATTTGTGTTCATAATTCTTAGCAAAGCTAAATTAATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126917	GATAAAGGTCAGAATTTGTGTTCATAATTCTTAGCAAAGCTAAATTAATT	126966

BX640506.12	1801	GTATTTTAACAAACTTTACTGAAAACCAGAATGTTAACTAAATAACACCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	126967	GTATTTTAACAAACTTTACTGAAAACCAGAATGTTAACTAAATAACACCA	127016

BX640506.12	1851	AAATGAAGTTTGTTTGTAATTCAATATGGAACTTTGAAACAGGCTCCAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	127017	AAATGAAGTTTGTTTGTAATTCAATATGGAACTTTGAAACAGGCTCCAAA	127066

BX640506.12	1901	AGTGAACCGAAAAACTTCAGTTAAAATAGTTCACATGTGTTCATACAGTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	127067	AGTGAACCGAAAAACTTCAGTTAAAATAGTTCACATGTGTTCATACAGTA	127116

BX640506.12	1951	GCTCTAAAATTGCTTGCAAAAGACAAATTACTGGAAACATTTTGACAACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450820.5	127117	GCTCTAAAATTGCTTGCAAAAGACAAATTACTGGAAACATTTTGACAACA	127166

Overview

Query
BX640506.12 - 196667 bps
Hit
CR450820.5 - 127166 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191120001200011251671271661
285.891172398760687844123332235721
385.241252414247642716131345315881
481.731263131364213954131385316851
588.84146231168916169146137299375311
692.051111515324753397-142067422171
788.319715523177157306574591
887.73123208176654176861157313575241
992.421582116832168531-157314575241
1095.31108128176654176781164449645761
1194.351011246840868531-164450645731
1293.65981258173281856-164451645761
1382.991213358760187935-176103764431
1487.551402576827568531-183646838861
1587.931252108164781856-183647838531
1688.089415127177184308844581
1787.571041833763337815-188141883251
1885.89931816819368373-188151883271
1985.321843826816068541-195496958631
2086.5200365176655177019195506958681
2182.711263036816168463197865981591
2279.94109322102995103316-11252011255241
Short-link