<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX936324.6	1	GAATTCACAATGCTTATTGAGATGAACTACTTTAAAATAACATATTGTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	43750	GAATTCACAATGCTTATTGAGATGAACTACTTTAAAATAACATATTGTAT	43799

BX936324.6	51	AACATTAAAAGTGTGCTTGGTTTAGTGCTGTGATATAAGCTAACTGACAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	43800	AACATTAAAAGTGTGCTTGGTTTAGTGCTGTGATATAAGCTAACTGACAA	43849

BX936324.6	101	GTTAGATTACGATCAGTTTGTAATATCCCCCACCCCCACTTACTGTTTAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	43850	GTTAGATTACGATCAGTTTGTAATATCCCCCACCCCCACTTACTGTTTAT	43899

BX936324.6	151	TCAAACCACTTATTTATAATGAGCTAAATTAACACAATTCTTGAGGGGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	43900	TCAAACCACTTATTTATAATGAGCTAAATTAACACAATTCTTGAGGGGTT	43949

BX936324.6	201	TTGTTGGATTAATTAATTGTTTTATGTTCAATCAACAACAACAAAAAACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	43950	TTGTTGGATTAATTAATTGTTTTATGTTCAATCAACAACAACAAAAAACA	43999

BX936324.6	251	GTTAACTTATTTAAATTGTATTGAGACAAAAAGCAATTATGTGGAACCCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44000	GTTAACTTATTTAAATTGTATTGAGACAAAAAGCAATTATGTGGAACCCT	44049

BX936324.6	301	GCATTTTTTTACAGTCTTGTGAGAACAAAAGTCATAGATTGCTCATTCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44050	GCATTTTTTTACAGTCTTGTGAGAACAAAAGTCATAGATTGCTCATTCAA	44099

BX936324.6	351	ATGACATTCTCCGGTGAAAAATCCTTATTAGATTCAAACGGTTAAGATTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44100	ATGACATTCTCCGGTGAAAAATCCTTATTAGATTCAAACGGTTAAGATTT	44149

BX936324.6	401	GCTATTCACACCAGTGCAGTGGTTTGCAGCAACACAAACAGCAAAACACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44150	GCTATTCACACCAGTGCAGTGGTTTGCAGCAACACAAACAGCAAAACACT	44199

BX936324.6	451	AAGCTGCACCCATAATCAACACATGCAAAGAGTACAATTTCACAAATAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44200	AAGCTGCACCCATAATCAACACATGCAAAGAGTACAATTTCACAAATAAT	44249

BX936324.6	501	TGCACAAATGCACATTTCAAACAGATCGTACAGTGGCCGAAAGATCTTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44250	TGCACAAATGCACATTTCAAACAGATCGTACAGTGGCCGAAAGATCTTAA	44299

BX936324.6	551	CGTGCTGTTTTTAAGAAAACACACGATATTACAAAAAACACAAGAAAATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44300	CGTGCTGTTTTTAAGAAAACACACGATATTACAAAAAACACAAGAAAATT	44349

BX936324.6	601	AAGAAAAGATCTTCATCCATTTGACAGCACACATGCTGCACAACTCATAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44350	AAGAAAAGATCTTCATCCATTTGACAGCACACATGCTGCACAACTCATAC	44399

BX936324.6	651	ACATAAAAACGTGTTGCATTTTCCCACAACACAAACAATTTACCAAAATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44400	ACATAAAAACGTGTTGCATTTTCCCACAACACAAACAATTTACCAAAATG	44449

BX936324.6	701	AGCTGCATTTTCCCACAACATAATCAAATATCACGGAACACAGCAGAAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44450	AGCTGCATTTTCCCACAACATAATCAAATATCACGGAACACAGCAGAAAT	44499

BX936324.6	751	GTTTAAGGGGACCCTAAAATGTGCCAGACCCGGCTATAGGTAATGGGTAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44500	GTTTAAGGGGACCCTAAAATGTGCCAGACCCGGCTATAGGTAATGGGTAT	44549

BX936324.6	801	TTAGGCTAAAAAAAAACTAAAGACAAGGGAATCAGGATATTAAAATAAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44550	TTAGGCTAAAAAAAAACTAAAGACAAGGGAATCAGGATATTAAAATAAAC	44599

BX936324.6	851	AAAAACTTACCTGTCAAAGATCACCAACAAACTCAATGAACAGTAGTCAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44600	AAAAACTTACCTGTCAAAGATCACCAACAAACTCAATGAACAGTAGTCAT	44649

BX936324.6	901	GGCACAGCGGTGTCCGTCACGGTTTAGAGTCCTTTTGAAACTTTTCTGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44650	GGCACAGCGGTGTCCGTCACGGTTTAGAGTCCTTTTGAAACTTTTCTGTT	44699

BX936324.6	951	GTGTTCTGTTGTTTTTACAAGTGAGAAAATGCATCGCGTTTTGGTAAATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44700	GTGTTCTGTTGTTTTTACAAGTGAGAAAATGCATCGCGTTTTGGTAAATT	44749

BX936324.6	1001	GTTTGTGTTGTGAAAATGTAGTGCATTTTATTAATTTGTCTGCATTGTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44750	GTTTGTGTTGTGAAAATGTAGTGCATTTTATTAATTTGTCTGCATTGTGG	44799

BX936324.6	1051	TAAAATGCAGCACGTTTTGGTAAATTGTTTGTGTTGTGAAAATGTAGTGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44800	TAAAATGCAGCACGTTTTGGTAAATTGTTTGTGTTGTGAAAATGTAGTGC	44849

BX936324.6	1101	ATTTTATTAATTTGTTTGCATTGTGGGAAAATGCAGCACGTTTTGGTAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44850	ATTTTATTAATTTGTTTGCATTGTGGGAAAATGCAGCACGTTTTGGTAAA	44899

BX936324.6	1151	TTGTTTGTGTTGTGAAAATGTAGTGCATTTTATTAATTTGTTTGCATTGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44900	TTGTTTGTGTTGTGAAAATGTAGTGCATTTTATTAATTTGTTTGCATTGT	44949

BX936324.6	1201	GGGAAAATGCAGCACGTTTTTAAAATGTGTTTGCGTTGTGAGAATTTGCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	44950	GGGAAAATGCAGCACGTTTTTAAAATGTGTTTGCGTTGTGAGAATTTGCA	44999

BX936324.6	1251	AATAAGAATCTTTTGCATCCACTGACTTCCATAGCGATTATTTTTCCTAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45000	AATAAGAATCTTTTGCATCCACTGACTTCCATAGCGATTATTTTTCCTAC	45049

BX936324.6	1301	TGTTAATGTAAATAGTTCCATGTGGACAGCTTTCTTCAAAATATATTCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45050	TGTTAATGTAAATAGTTCCATGTGGACAGCTTTCTTCAAAATATATTCAT	45099

BX936324.6	1351	TTGTGTTCAACAGAAGAAAAAAACAAAGGTTTTTACCCAGGAGATGAGTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45100	TTGTGTTCAACAGAAGAAAAAAACAAAGGTTTTTACCCAGGAGATGAGTA	45149

BX936324.6	1401	AACAGTAAAGTCGTTTTAGGTGAACTATCCCTTTAAATATAAATGTCTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45150	AACAGTAAAGTCGTTTTAGGTGAACTATCCCTTTAAATATAAATGTCTAA	45199

BX936324.6	1451	AACTTCAAAATACAGGGTTAGATCATCGAAAACACCATGTTAAATCTCCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45200	AACTTCAAAATACAGGGTTAGATCATCGAAAACACCATGTTAAATCTCCA	45249

BX936324.6	1501	CGATGACAGAAAAACATACTTCTATGTCCTTCAAAAATTCCAGCAGTAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45250	CGATGACAGAAAAACATACTTCTATGTCCTTCAAAAATTCCAGCAGTAAG	45299

BX936324.6	1551	TTATGCTGACTATTTTCCTGAAATTCCTTTGTGTAAGATAAACATAGCTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45300	TTATGCTGACTATTTTCCTGAAATTCCTTTGTGTAAGATAAACATAGCTT	45349

BX936324.6	1601	TCTGAAGACCAAAGTCTGGGTTATTCAAGAAACAAACCACACAACGCTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45350	TCTGAAGACCAAAGTCTGGGTTATTCAAGAAACAAACCACACAACGCTAA	45399

BX936324.6	1651	CATGAAGCATGTAGTGAGTTTCTATGTGGGTTTATTTGTGTGTGGGCCTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45400	CATGAAGCATGTAGTGAGTTTCTATGTGGGTTTATTTGTGTGTGGGCCTA	45449

BX936324.6	1701	TAAATGTTTATGTTTACAAGTCATGCAGAATTTCACATCATTCACCGCTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45450	TAAATGTTTATGTTTACAAGTCATGCAGAATTTCACATCATTCACCGCTA	45499

BX936324.6	1751	TCTAATGCAGAACCTAAAAACCTTAGAAAGAATATTCTACTTCACAACAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45500	TCTAATGCAGAACCTAAAAACCTTAGAAAGAATATTCTACTTCACAACAC	45549

BX936324.6	1801	AGTCAACAAATCATTCAAAGAAGCTAAAGTAAATCTTTCTAATGTCTAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45550	AGTCAACAAATCATTCAAAGAAGCTAAAGTAAATCTTTCTAATGTCTAAA	45599

BX936324.6	1851	TCGATTGTCAGTTCATATTAGAGAAAAGGAAAATAGAAGGAAGAGTGCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45600	TCGATTGTCAGTTCATATTAGAGAAAAGGAAAATAGAAGGAAGAGTGCAA	45649

BX936324.6	1901	TAAATAGGAAAGTTCCATCAGCTGGGAGGCTCAATGTGTGTGTGCAGAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45650	TAAATAGGAAAGTTCCATCAGCTGGGAGGCTCAATGTGTGTGTGCAGAAA	45699

BX936324.6	1951	AACAGGATGGAAGAAATACACTGAGGGTGAATTAGAAAGCAAGAAAGGGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450810.5	45700	AACAGGATGGAAGAAATACACTGAGGGTGAATTAGAAAGCAAGAAAGGGA	45749

Overview

Query
BX936324.6 - 154312 bps
Hit
CR450810.5 - 45749 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001920200012000143750457491
278.624315750746509021101711751
382.762375361973820273-1737879221
41003565146169146233-112071121351
598.73877101936102012112072121481
6100531093980839916112073121811
7100531093980839916-112076121841
898.683476101937102012-112109121841
982.08183546110893111438117670181991
1082.96872236590666128-117687179091
1182.111263738924789619-117687180661
1283.57481566574065895-118056182011
1397.223236110893110928-118166182011
1487.41791362708627221-124793249271
1580.34136490110910111399133246337181
1692.3152786578865865-133638337151
1796.973466127970128035134423344881
1810044903852438613134435345241
1910043899125491342134435345231
2090.247512311231245144720448421
2194.3314119410521245144725449181
2294.331421949761169144801449941
2390.24761239711093144872449941
Short-link