<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL935281.7	149939	GAATTCACCAACCGCTTCAATGTACCACAGATCGCTGAGTTTTACGGTGC	149890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30104	GAATTCACCAACCGCTTCAATGTACCACAGATCGCTGAGTTTTACGGTGC	30153

C  AL935281.7	149889	CACTGAGTGCAACTGTAGCCTGGGCAACTTCGACAACAAGGTCTGTCCAT	149840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30154	CACTGAGTGCAACTGTAGCCTGGGCAACTTCGACAACAAGGTCTGTCCAT	30203

C  AL935281.7	149839	ACAAAAACACACTTTAGACTGAGTGTCTGTACACAGTCTTTATGAGCAGC	149790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30204	ACAAAAACACACTTTAGACTGAGTGTCTGTACACAGTCTTTATGAGCAGC	30253

C  AL935281.7	149789	ACTCTTGTAAATCATTACAACACTGGATAATGCATGTGGAAATGGATAGA	149740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30254	ACTCTTGTAAATCATTACAACACTGGATAATGCATGTGGAAATGGATAGA	30303

C  AL935281.7	149739	TGCACTTTTGGGGGTTGTGGCAATTTGTGCACTACCATAAACTTTATGAG	149690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30304	TGCACTTTTGGGGGTTGTGGCAATTTGTGCACTACCATAAACTTTATGAG	30353

C  AL935281.7	149689	GCCATCATAAACTAGCATGTATGCTTATGGAATATTTCAAGAGATAGTTT	149640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30354	GCCATCATAAACTAGCATGTATGCTTATGGAATATTTCAAGAGATAGTTT	30403

C  AL935281.7	149639	ACCCAAAAATGACAGTTTAAAGATAATATACACACCCACAGACATTGTAG	149590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30404	ACCCAAAAATGACAGTTTAAAGATAATATACACACCCACAGACATTGTAG	30453

C  AL935281.7	149589	ACGACGTTTCTATTTTTTTAAATAGAGCATAAAGAAGATTTTTAGCTGAA	149540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30454	ACGACGTTTCTATTTTTTTAAATAGAGCATAAAGAAGATTTTTAGCTGAA	30503

C  AL935281.7	149539	GCCATGGTCCTTGGTGATTCATATAACATATGTTAGCAGATACCAAAACT	149490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30504	GCCATGGTCCTTGGTGATTCATATAACATATGTTAGCAGATACCAAAACT	30553

C  AL935281.7	149489	TTGATAGTCAAAAAAATGTATAGGCTAAGCAAAATGAATACATGTGTCTA	149440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30554	TTGATAGTCAAAAAAATGTATAGGCTAAGCAAAATGAATACATGTGTCTA	30603

C  AL935281.7	149439	CTGATGATACACTGAGGTCTTATGAAGTAGAATGGAACATTCTTTACAAT	149390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30604	CTGATGATACACTGAGGTCTTATGAAGTAGAATGGAACATTCTTTACAAT	30653

C  AL935281.7	149389	GTTATTACCTGTAACTAGGTATGGGCCAGTATAAGATTCTGACGGTATGT	149340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30654	GTTATTACCTGTAACTAGGTATGGGCCAGTATAAGATTCTGACGGTATGT	30703

C  AL935281.7	149339	AACCTTGGATATAAATATCACAGTATCACGGTATTTAGATTACTGCTCTA	149290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30704	AACCTTGGATATAAATATCACAGTATCACGGTATTTAGATTACTGCTCTA	30753

C  AL935281.7	149289	AATATTTTATTTTTAAATGTCTGGGTGACATTTGTACACAATATATTTTA	149240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30754	AATATTTTATTTTTAAATGTCTGGGTGACATTTGTACACAATATATTTTA	30803

C  AL935281.7	149239	ATTTGGCAAAAATTTAAAATATTTTTGGAGCAGTAAACGTGTCAGGCTAA	149190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30804	ATTTGGCAAAAATTTAAAATATTTTTGGAGCAGTAAACGTGTCAGGCTAA	30853

C  AL935281.7	149189	ATAATTTAAATGAATTATGGACTTCTGCTGCCTTAATTTGTTTAAAAAAA	149140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30854	ATAATTTAAATGAATTATGGACTTCTGCTGCCTTAATTTGTTTAAAAAAA	30903

C  AL935281.7	149139	CACAGATTTTTTTTAACTATTTAAAACAGCATCTTGGGAGATCTTTTCTG	149090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30904	CACAGATTTTTTTTAACTATTTAAAACAGCATCTTGGGAGATCTTTTCTG	30953

C  AL935281.7	149089	CTGGAGATACTGCTGTCCTATAAAAAAACAAAAAATCTACATAAAAAAAT	149040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	30954	CTGGAGATACTGCTGTCCTATAAAAAAACAAAAAATCTACATAAAAAAAT	31003

C  AL935281.7	149039	CTTACTCATACCTTAGGTATGGTCTAACAGAAAATTTTGACTGTTTAAAA	148990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31004	CTTACTCATACCTTAGGTATGGTCTAACAGAAAATTTTGACTGTTTAAAA	31053

C  AL935281.7	148989	CTGTTTTTAACTGTTTTTGACTGTTTTTAAAAGACTTTTCCAAACCGTGG	148940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31054	CTGTTTTTAACTGTTTTTGACTGTTTTTAAAAGACTTTTCCAAACCGTGG	31103

C  AL935281.7	148939	TATACCTTGCAGGGCTCGAAATTGCGACATATAATATAATATATTTGGGC	148890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31104	TATACCTTGCAGGGCTCGAAATTGCGACATATAATATAATATATTTGGGC	31153

C  AL935281.7	148889	GCATTAGTGCGACTGCAGATAATGGTTGTAGTGCGACCTGTTTTGATTTT	148840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31154	GCATTAGTGCGACTGCAGATAATGGTTGTAGTGCGACCTGTTTTGATTTT	31203

C  AL935281.7	148839	TTGTAAAAACGTGCTGATTCGCTCTTCCCTGCCGCTATATTGGTTCATAT	148790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31204	TTGTAAAAACGTGCTGATTCGCTCTTCCCTGCCGCTATATTGGTTCATAT	31253

C  AL935281.7	148789	TAGCTGTCATTCACTCAAGGTATTTCGCTGTCAGATGACAGGGAAGGAGC	148740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31254	TAGCTGTCATTCACTCAAGGTATTTCGCTGTCAGATGACAGGGAAGGAGC	31303

C  AL935281.7	148739	TTTTATGACCACGGGAAATGCAAACGGCTGAAGAGTAAAGACTTAAAGCA	148690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31304	TTTTATGACCACGGGAAATGCAAACGGCTGAAGAGTAAAGACTTAAAGCA	31353

C  AL935281.7	148689	CACAGGTTTGCAAACCCCACCTAAAGTTGAGGCGCAGATGAGAGCGATCA	148640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31354	CACAGGTTTGCAAACCCCACCTAAAGTTGAGGCGCAGATGAGAGCGATCA	31403

C  AL935281.7	148639	TGACACGTCACGTGGCGAATAAGTTCATGCTTCTTGGAGAAGGCGCCCGA	148590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31404	TGACACGTCACGTGGCGAATAAGTTCATGCTTCTTGGAGAAGGCGCCCGA	31453

C  AL935281.7	148589	ATCTCCATGCGTTGCATTCACTGCGTGTTCAGCGCAAATGTCCGCTAAAA	148540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31454	ATCTCCATGCGTTGCATTCACTGCGTGTTCAGCGCAAATGTCCGCTAAAA	31503

C  AL935281.7	148539	GTCAAATCTATTACTGTTCATATCATCGCCAAAGAAGCTCGCCTTTACTA	148490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31504	GTCAAATCTATTACTGTTCATATCATCGCCAAAGAAGCTCGCCTTTACTA	31553

C  AL935281.7	148489	AGTTTACACTGAAACTGCGGCTAATAATAAAGACCGGGGTATTGCGCCGA	148440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31554	AGTTTACACTGAAACTGCGGCTAATAATAAAGACCGGGGTATTGCGCCGA	31603

C  AL935281.7	148439	TGGTTCGCGCAAGAATCCTGCTCTGCCTGCTCATAAATTGGGTCGGCTGA	148390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31604	TGGTTCGCGCAAGAATCCTGCTCTGCCTGCTCATAAATTGGGTCGGCTGA	31653

C  AL935281.7	148389	CTCGCCTGCTTTCCACTAACACAGAAAAATGAAGATCAGCTCAGACTGAA	148340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31654	CTCGCCTGCTTTCCACTAACACAGAAAAATGAAGATCAGCTCAGACTGAA	31703

C  AL935281.7	148339	CCTTTAAATTGACACAAACTGAAACCAAAACTTTTAAAGAGTGATAGAAG	148290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31704	CCTTTAAATTGACACAAACTGAAACCAAAACTTTTAAAGAGTGATAGAAG	31753

C  AL935281.7	148289	TGAGACTTTACATTCTTTCTTTTGTCTATTCTTTTTTGAGGTGTATATTA	148240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31754	TGAGACTTTACATTCTTTCTTTTGTCTATTCTTTTTTGAGGTGTATATTA	31803

C  AL935281.7	148239	TTTATTTATTTATTTACTGATGACTGTTTTGCAGCTTTCATCATTGAATT	148190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31804	TTTATTTATTTATTTACTGATGACTGTTTTGCAGCTTTCATCATTGAATT	31853

C  AL935281.7	148189	GAATGATTTATTATAATCTTTTGTTTGTTTTGTAGCAGAAATATTATTAA	148140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31854	GAATGATTTATTATAATCTTTTGTTTGTTTTGTAGCAGAAATATTATTAA	31903

C  AL935281.7	148139	ATTGACATGCATATAAAAACAGCAGTACAAAATAAATATTTCTTACTGCA	148090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31904	ATTGACATGCATATAAAAACAGCAGTACAAAATAAATATTTCTTACTGCA	31953

C  AL935281.7	148089	ATGCTTCATTTTTGTTTGATGCAAACTATACATTTATTTTTCATAAAGTA	148040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	31954	ATGCTTCATTTTTGTTTGATGCAAACTATACATTTATTTTTCATAAAGTA	32003

C  AL935281.7	148039	ACAGACTTTTTATAGCAGATAACCTACAGTCATGCACATTCAAGGCAGTA	147990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	32004	ACAGACTTTTTATAGCAGATAACCTACAGTCATGCACATTCAAGGCAGTA	32053

C  AL935281.7	147989	TCATAATGAGAAATGTAATTCATTTTTACTATTATTGTCATTTTTTATCA	147940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR450752.7	32054	TCATAATGAGAAATGTAATTCATTTTTACTATTATTGTCATTTTTTATCA	32103

Overview

Query
AL935281.7 - 149939 bps
Hit
CR450752.7 - 32103 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019352000147940149939-130104321031
286.972053577324773603-1598163331
383.641012149336893581-1598161941
484.08167336109047109382-1600563371
588.07591083008230189-111450115581
684.71553688863689003-111491118691
787.871362392969829936-111686119241
897.7537897472974817114807148951
997.7537897473074818-114807148951
1010035729787197942-114811148821
111003674129861129934-114811148841
1210039804976649845114812148911
1310035719787097940114812148821
141003673129860129932114812148841
1510038794976749845-114816148941
1610035654711547179-114832148961
1785.821292642961529878-117271175311
18841513672960429970118611189851
1982.571263708863689005118761191331
2085.0750128135020135147-118886190191
2181.441213059534495648-126124264411
2286.981262176066760883126206264201
2394.9466799326793345-126365264431
2486.72731296999270120-127778279051
2584.4567134143601143734127779279131
Short-link