<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR354552.8	1	TTTGCCATGACAACCACTAAAATCATATTCAGTGTAACAGTAGTTTGTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191026	TTTGCCATGACAACCACTAAAATCATATTCAGTGTAACAGTAGTTTGTAT	191075

CR354552.8	51	AAAAACTATTGTTTTAAAGACTCTGATTGTTCACGCCAGTAATTTTTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191076	AAAAACTATTGTTTTAAAGACTCTGATTGTTCACGCCAGTAATTTTTTTT	191125

CR354552.8	101	AGTATTTTAAAAACAGTAACATTTAGTACGATTTCTTATTTTTATATCTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191126	AGTATTTTAAAAACAGTAACATTTAGTACGATTTCTTATTTTTATATCTA	191175

CR354552.8	151	TTAATTATCTACAGATAAAAATAAATAGAAAAACGTGTAACAACGAAAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191176	TTAATTATCTACAGATAAAAATAAATAGAAAAACGTGTAACAACGAAAGT	191225

CR354552.8	201	TTATTTCACCCATATTTTGACATTTTTTCAAAACATTAATTGAAACATTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191226	TTATTTCACCCATATTTTGACATTTTTTCAAAACATTAATTGAAACATTA	191275

CR354552.8	251	TAGTAGATACTTTACTTCATTAGTATGCTTTACTAATTGACATTTTTGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191276	TAGTAGATACTTTACTTCATTAGTATGCTTTACTAATTGACATTTTTGTA	191325

CR354552.8	301	TATTCTATTCTTATTTCAAAGCAAGACGTTTCCTCTTTGACCTATATACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191326	TATTCTATTCTTATTTCAAAGCAAGACGTTTCCTCTTTGACCTATATACT	191375

CR354552.8	351	GCTAGTCAGAAATACCTTCACCCTTACCCACACCCTTAACAAACTAAGAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191376	GCTAGTCAGAAATACCTTCACCCTTACCCACACCCTTAACAAACTAAGAG	191425

CR354552.8	401	ACTTTTATTATTTTCATATAACTTTAAATTCAGCTGACTTTAGGGTATAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191426	ACTTTTATTATTTTCATATAACTTTAAATTCAGCTGACTTTAGGGTATAC	191475

CR354552.8	451	TCAACGTTTTTGAGTATAAATACATAAATAATGTAAAATTAAGACATACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191476	TCAACGTTTTTGAGTATAAATACATAAATAATGTAAAATTAAGACATACT	191525

CR354552.8	501	TGAGAAGCTATATGGCTGAAGATAAGCCTTGTTATCCAAAATAACAATAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191526	TGAGAAGCTATATGGCTGAAGATAAGCCTTGTTATCCAAAATAACAATAA	191575

CR354552.8	551	ATATAATCAATTTAAGTCATGTATGTTTCTATAACACTTTTACAATGTAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191576	ATATAATCAATTTAAGTCATGTATGTTTCTATAACACTTTTACAATGTAG	191625

CR354552.8	601	ATTGGGTCAAAGCAGCTTAGCATAGAAGTTCTAGTAAACTAAATCTGTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191626	ATTGGGTCAAAGCAGCTTAGCATAGAAGTTCTAGTAAACTAAATCTGTGT	191675

CR354552.8	651	TAGTACAGTTTTAAAAGTTGAAGTTCAGTGTAGAGTAGTTCAGTGTGGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191676	TAGTACAGTTTTAAAAGTTGAAGTTCAGTGTAGAGTAGTTCAGTGTGGTT	191725

CR354552.8	701	TAATTTTCACTGCTGAAAGTCCAAACACTGAAGACCAAATCCACAAGTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191726	TAATTTTCACTGCTGAAAGTCCAAACACTGAAGACCAAATCCACAAGTCC	191775

CR354552.8	751	CAACCAAGCAAGCCAGAGGCGACAGTGGTGAGGAACAAACTTCACCAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191776	CAACCAAGCAAGCCAGAGGCGACAGTGGTGAGGAACAAACTTCACCAAAT	191825

CR354552.8	801	AAATATATAATATAAATTCTGATATTTTCTTTCTTTAGAAAACAAGACTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191826	AAATATATAATATAAATTCTGATATTTTCTTTCTTTAGAAAACAAGACTA	191875

CR354552.8	851	AATTTAAAATGTTTTTTTTTCTTCTCGTGTAAAATTAAGACTGTTTGCAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191876	AATTTAAAATGTTTTTTTTTCTTCTCGTGTAAAATTAAGACTGTTTGCAA	191925

CR354552.8	901	ATAATATGCATACAATAATATTATTATATACACACTACTCAAAAAATAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191926	ATAATATGCATACAATAATATTATTATATACACACTACTCAAAAAATAGG	191975

CR354552.8	951	GAACACTTGGAGTTACATTGTGTTGTTTAAATGTTCCCTTTATTTTTTAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	191976	GAACACTTGGAGTTACATTGTGTTGTTTAAATGTTCCCTTTATTTTTTAG	192025

CR354552.8	1001	CAGTTCATATATAATATAATTTTAATGTGGTAGAAACCCTATTTTAAGAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192026	CAGTTCATATATAATATAATTTTAATGTGGTAGAAACCCTATTTTAAGAG	192075

CR354552.8	1051	TATGTAGGAACAGACCCGTGTTTCAACTTTTTAAGGTGTAAAAAAAAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192076	TATGTAGGAACAGACCCGTGTTTCAACTTTTTAAGGTGTAAAAAAAAAAT	192125

CR354552.8	1101	CACAAACAAAACAACCTGTCTGTAAATGAAGCCAGAACTGTTCTTATTTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192126	CACAAACAAAACAACCTGTCTGTAAATGAAGCCAGAACTGTTCTTATTTC	192175

CR354552.8	1151	ATTTAGCTATCTCTTTAAGAGCTGCCCGCCAGAGAACATTCTGCTTATGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192176	ATTTAGCTATCTCTTTAAGAGCTGCCCGCCAGAGAACATTCTGCTTATGA	192225

CR354552.8	1201	GCAGAGGAAAAAAATACCCTGGCTGCCCGAGTTATAAAATGGACAGACAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192226	GCAGAGGAAAAAAATACCCTGGCTGCCCGAGTTATAAAATGGACAGACAT	192275

CR354552.8	1251	TTGCATGCTGCCACTGAGACGCTGTGAAGATAAACGTCGTGAGGATGGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192276	TTGCATGCTGCCACTGAGACGCTGTGAAGATAAACGTCGTGAGGATGGTG	192325

CR354552.8	1301	GAGCAAGTGAAAACTCCGATTCACACAAACACATATATTTTTCCAGTCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192326	GAGCAAGTGAAAACTCCGATTCACACAAACACATATATTTTTCCAGTCAT	192375

CR354552.8	1351	ATTTCTTTCGTTTTTTTTTCTGGTTGGGTTTAAGCACGCATGGCTGGCTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192376	ATTTCTTTCGTTTTTTTTTCTGGTTGGGTTTAAGCACGCATGGCTGGCTA	192425

CR354552.8	1401	TTCTCTTCCCTCTGCACATAATTTCTCCTCCAGCTGTTTGAACTCGTTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192426	TTCTCTTCCCTCTGCACATAATTTCTCCTCCAGCTGTTTGAACTCGTTCA	192475

CR354552.8	1451	ACCTTTTCCATCTCTGCAGTAACACAGTCACAAGAATGTGTGCCACATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192476	ACCTTTTCCATCTCTGCAGTAACACAGTCACAAGAATGTGTGCCACATTT	192525

CR354552.8	1501	GCGCATATAGTGCCACCTGCCGTCTGAATACGCTATTACACGATGCGTAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192526	GCGCATATAGTGCCACCTGCCGTCTGAATACGCTATTACACGATGCGTAT	192575

CR354552.8	1551	TATCTGCTTTTTAAAGTTCTATTTTATTGTGTAGTATAGTTGAAGGAATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192576	TATCTGCTTTTTAAAGTTCTATTTTATTGTGTAGTATAGTTGAAGGAATA	192625

CR354552.8	1601	CTTCAGCTAAAATGTCAAATCTAACGTTCCCTACCGGTTCTTACTATTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192626	CTTCAGCTAAAATGTCAAATCTAACGTTCCCTACCGGTTCTTACTATTTA	192675

CR354552.8	1651	CGGGATTCTATTGAACATAAAATAAATATTTGACAAATAACTTAAAATAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192676	CGGGATTCTATTGAACATAAAATAAATATTTGACAAATAACTTAAAATAA	192725

CR354552.8	1701	CCAGTAGCCTAATTTAACCGTCCATAGCATAAAAAATGGGCTAACGTTAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192726	CCAGTAGCCTAATTTAACCGTCCATAGCATAAAAAATGGGCTAACGTTAC	192775

CR354552.8	1751	AATGATGTCAAACGGTCACCGGCTTCTGGCTTTCTTCGAATCATTTGTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192776	AATGATGTCAAACGGTCACCGGCTTCTGGCTTTCTTCGAATCATTTGTGT	192825

CR354552.8	1801	AACGTTAAGTACTAAAGTAAGCAACGCAAACAGTTTTTATTATTGGATGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192826	AACGTTAAGTACTAAAGTAAGCAACGCAAACAGTTTTTATTATTGGATGA	192875

CR354552.8	1851	ACTATCTCTTTTAAAAATGTGCTTATTCGGTTAATATTAAGACGACAACA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192876	ACTATCTCTTTTAAAAATGTGCTTATTCGGTTAATATTAAGACGACAACA	192925

CR354552.8	1901	CATAATGAATAACTTTAGGTCTCCAGACTCACCAGTAAAATGTGACGAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192926	CATAATGAATAACTTTAGGTCTCCAGACTCACCAGTAAAATGTGACGAGG	192975

CR354552.8	1951	CATTTTGTGCACTGCAGTTTCGCTGGTTTTTGGCAAATTTCGCAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR450728.8	192976	CATTTTGTGCACTGCAGTTTCGCTGGTTTTTGGCAAATTTCGCAAAGCTT	193025

Overview

Query
CR354552.8 - 25495 bps
Hit
CR450728.8 - 193025 bps
Total alignments
10
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190720001200011910261930251
287.97712474677590134854349771
390.7618676787763148386484711
487.88396674567521-148993490581
597.9464951484514939-187022871181
698.9467951484514939-187120872131
787.072925121368214193-11126521131851
898.946795148451493911187031187961
989.893164701367814147-11314181318821
1010071951484514939-11380421381361
Short-link