<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR354440.22	2000	TCACTCTAATATATATAAAAAAATGAAACAAAAATTTGAATAAATTTGTA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1	TCACTCTAATATATATAAAAAAATGAAACAAAAATTTGAATAAATTTGTA	50

C  CR354440.22	1950	TTTATTTAATTTTTTTTTTTTTTGTGCTAGAAATTAAAAGTGCTAGACAT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	51	TTTATTTAATTTTTTTTTTTTTTGTGCTAGAAATTAAAAGTGCTAGACAT	100

C  CR354440.22	1900	GAAAATTAGTGCATAGTTCATGAAGGACTTTTTTATTTTAATATTTAATT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	101	GAAAATTAGTGCATAGTTCATGAAGGACTTTTTTATTTTAATATTTAATT	150

C  CR354440.22	1850	ATTTTAAAAAGAATAAGATACAAAAAAAGACTAATAATTAAAACAATTAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	151	ATTTTAAAAAGAATAAGATACAAAAAAAGACTAATAATTAAAACAATTAA	200

C  CR354440.22	1800	TAAAATTAAATCAATACTGGGGAAAATTAATCAACTGGGGAAAGCATTGT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	201	TAAAATTAAATCAATACTGGGGAAAATTAATCAACTGGGGAAAGCATTGT	250

C  CR354440.22	1750	AAAATCAGATTTTATATTATTTATTTTTATTTATTTATTTATTTAACTTT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	251	AAAATCAGATTTTATATTATTTATTTTTATTTATTTATTTATTTAACTTT	300

C  CR354440.22	1700	GTTTATCTGCATTTTTTTGTTCTTTAAAATCTAATGTACATTTTTTTAGC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	301	GTTTATCTGCATTTTTTTGTTCTTTAAAATCTAATGTACATTTTTTTAGC	350

C  CR354440.22	1650	TAAAATAATTAAATAAACAAATAAATAAATGCAATAAATACAATGCTCTC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	351	TAAAATAATTAAATAAACAAATAAATAAATGCAATAAATACAATGCTCTC	400

C  CR354440.22	1600	CATTGCTATATTTATTTGTTAAAGTAATTATTAAATACACAGTCATTTTT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	401	CATTGCTATATTTATTTGTTAAAGTAATTATTAAATACACAGTCATTTTT	450

C  CR354440.22	1550	GCTGTGTGTTTAAAATAAAATAAAATAAATAAATAGATAACCAAAAAAGA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	451	GCTGTGTGTTTAAAATAAAATAAAATAAATAAATAGATAACCAAAAAAGA	500

C  CR354440.22	1500	AAATAAATAAATAAAGGCAATGCACTTCATTGCTGTATTTATTTGTTAAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	501	AAATAAATAAATAAAGGCAATGCACTTCATTGCTGTATTTATTTGTTAAA	550

C  CR354440.22	1450	GTAATTAATAAATGCAAAGTACTTTGTGCTGTGTATTTAAAATTAAAATT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	551	GTAATTAATAAATGCAAAGTACTTTGTGCTGTGTATTTAAAATTAAAATT	600

C  CR354440.22	1400	AAATAAATATTATTAATATTATAAAAAATAAAATATAGATAAATTAATAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	601	AAATAAATATTATTAATATTATAAAAAATAAAATATAGATAAATTAATAT	650

C  CR354440.22	1350	AAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAAACTTAAATGC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	651	AAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAAACTTAAATGC	700

C  CR354440.22	1300	AATGCATGCTCCATTCCTGTAATTATTTGCTAAATTAATTATATATATAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	701	AATGCATGCTCCATTCCTGTAATTATTTGCTAAATTAATTATATATATAT	750

C  CR354440.22	1250	ATATATAAAATACATTTCTGAAAGAATAAGATACAAAAAACAAGTCAATA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	751	ATATATAAAATACATTTCTGAAAGAATAAGATACAAAAAACAAGTCAATA	800

C  CR354440.22	1200	GTTAACAGAATTAATGCAAATAAATCAATACAGTGAATCAACTGGTGAAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	801	GTTAACAGAATTAATGCAAATAAATCAATACAGTGAATCAACTGGTGAAA	850

C  CR354440.22	1150	GCATTGCAAAATCTGATTTTATATTATTTATTTATATTTTTATGTAACCT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	851	GCATTGCAAAATCTGATTTTATATTATTTATTTATATTTTTATGTAACCT	900

C  CR354440.22	1100	TGTTCACCTGCAGTCTCAGATCAAGTGCTTTTATTTTTTTGTAACTGCTG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	901	TGTTCACCTGCAGTCTCAGATCAAGTGCTTTTATTTTTTTGTAACTGCTG	950

C  CR354440.22	1050	ATCTTCAATATAAATGGTTATTGTCATACAGCTCGAAGTAACAAAATCAT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	951	ATCTTCAATATAAATGGTTATTGTCATACAGCTCGAAGTAACAAAATCAT	1000

C  CR354440.22	1000	AATCGATCTCACAAGCTTATTGCACAGCACTGTAGTACGGAATGTGCTAC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1001	AATCGATCTCACAAGCTTATTGCACAGCACTGTAGTACGGAATGTGCTAC	1050

C  CR354440.22	950	CTACCGCTAGCTCTTTTCATACTTCAGGTTGCTAGTGCACTTACTTAAAC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1051	CTACCGCTAGCTCTTTTCATACTTCAGGTTGCTAGTGCACTTACTTAAAC	1100

C  CR354440.22	900	CAATCTCTTTCTTTATGATTACTAAATAAAAAGCAAACATGTCACAACCT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1101	CAATCTCTTTCTTTATGATTACTAAATAAAAAGCAAACATGTCACAACCT	1150

C  CR354440.22	850	CAAGTCAGCGTGTCATGGCATTTAGCTGTTTGCGCTTTTGCTGTAATGGA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1151	CAAGTCAGCGTGTCATGGCATTTAGCTGTTTGCGCTTTTGCTGTAATGGA	1200

C  CR354440.22	800	GAGTAAGTTGCTGTGGCAGGGCAGATTTGAGCTAAAGCTGCTAAAAAGGC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1201	GAGTAAGTTGCTGTGGCAGGGCAGATTTGAGCTAAAGCTGCTAAAAAGGC	1250

C  CR354440.22	750	AAGATGAGTGTTTTCACTTCTACCGTATGTTCCCTGTTGGATTCCACTGT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1251	AAGATGAGTGTTTTCACTTCTACCGTATGTTCCCTGTTGGATTCCACTGT	1300

C  CR354440.22	700	TGGATCTTTGATTTATGTTGTGCAATAGTCATCTCATTTTATTCGCTTCT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1301	TGGATCTTTGATTTATGTTGTGCAATAGTCATCTCATTTTATTCGCTTCT	1350

C  CR354440.22	650	CCTCACATCTGCCTGCAGACGAATAAAATTGCATGTTAAAAGTTAAAAGA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1351	CCTCACATCTGCCTGCAGACGAATAAAATTGCATGTTAAAAGTTAAAAGA	1400

C  CR354440.22	600	ACACCTGTCACAGGCTTGAAGTTGATGGCAACATAAACACGAGCACGTAC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1401	ACACCTGTCACAGGCTTGAAGTTGATGGCAACATAAACACGAGCACGTAC	1450

C  CR354440.22	550	ACAGCTTGAGTCGAGCTGCTGGAAGACAACTTCTAACTTTTGAGGAAGGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1451	ACAGCTTGAGTCGAGCTGCTGGAAGACAACTTCTAACTTTTGAGGAAGGA	1500

C  CR354440.22	500	AAGGGAGGAATTAGCTTTCCGTCCGTCTCCTCTCGTGTTTTGAAATGAGG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1501	AAGGGAGGAATTAGCTTTCCGTCCGTCTCCTCTCGTGTTTTGAAATGAGG	1550

C  CR354440.22	450	AGGGTCAGCCGAAGGTGAGCCTGAGAACGGCAGACGAGTCAAGCTATCTT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1551	AGGGTCAGCCGAAGGTGAGCCTGAGAACGGCAGACGAGTCAAGCTATCTT	1600

C  CR354440.22	400	TTATTTTCAGGTTTGCTGACACCGGAATGTAAATTATTTAAGGAGGCCAG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1601	TTATTTTCAGGTTTGCTGACACCGGAATGTAAATTATTTAAGGAGGCCAG	1650

C  CR354440.22	350	GCTTTTGAAAAACAGTGTAAGAGAGGTCTGAAAGTCGACACACATTTGTG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1651	GCTTTTGAAAAACAGTGTAAGAGAGGTCTGAAAGTCGACACACATTTGTG	1700

C  CR354440.22	300	TATACAAATGAAATGGGGCGGATTTAAAGGTCGAAATACAAAAAATGACA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1701	TATACAAATGAAATGGGGCGGATTTAAAGGTCGAAATACAAAAAATGACA	1750

C  CR354440.22	250	TATAAATAGTTTTAAAACAGAAGTTATCATATTTACAATTTTGTCATAAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1751	TATAAATAGTTTTAAAACAGAAGTTATCATATTTACAATTTTGTCATAAT	1800

C  CR354440.22	200	TAAATATACCGGGTAAATGAAAAAAGAAAGTAGTTTATTTTATGTAAGTT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1801	TAAATATACCGGGTAAATGAAAAAAGAAAGTAGTTTATTTTATGTAAGTT	1850

C  CR354440.22	150	TTTGCACTCAGCAAATTTCATGTACAAGATTAAGTCAAATTTGTTTGACT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1851	TTTGCACTCAGCAAATTTCATGTACAAGATTAAGTCAAATTTGTTTGACT	1900

C  CR354440.22	100	ACGGTATGTCAAAGTGTCATTTGTTTTGTTCAGTAATATTTCTTGATCGT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1901	ACGGTATGTCAAAGTGTCATTTGTTTTGTTCAGTAATATTTCTTGATCGT	1950

C  CR354440.22	50	TTACTGATTAGTATTCTGTTTCAAGTGCATCTTGCGATCTTTGTAAGCTT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR407599.9	1951	TTACTGATTAGTATTCTGTTTCAAGTGCATCTTGCGATCTTTGTAAGCTT	2000

Overview

Query
CR354440.22 - 155023 bps
Hit
CR407599.9 - 32537 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001854200012000-1120001
291.3843585110051157110420104771
392.651041365007650211-112969131041
487.2277132115223115354-124062241941
596.6148592913229190126720267781
Short-link