<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005126.10	1	GAATTCATCAGAAAAAGCAACAAAAATCAGTCCAAGGCACTCAAACGACG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123285	GAATTCATCAGAAAAAGCAACAAAAATCAGTCCAAGGCACTCAAACGACG	123334

BX005126.10	51	TGGAAAAAATACCACAAATATTTTTTAATATTTTTTTTTATATTTTTTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123335	TGGAAAAAATACCACAAATATTTTTTAATATTTTTTTTTATATTTTTTTC	123384

BX005126.10	101	ACATCTTTCAAATGATTTTTGTCACATAACTTTACATAGTAAAGTTTACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123385	ACATCTTTCAAATGATTTTTGTCACATAACTTTACATAGTAAAGTTTACA	123434

BX005126.10	151	TGCAAAAACGCATTCAAATATATTTTCTGGTCAGAGTGGAAATGCAAACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123435	TGCAAAAACGCATTCAAATATATTTTCTGGTCAGAGTGGAAATGCAAACT	123484

BX005126.10	201	GCATTTGTGCATTAAATTGTAGCAGTCATAGAGTATATGTGTTTTTGTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123485	GCATTTGTGCATTAAATTGTAGCAGTCATAGAGTATATGTGTTTTTGTAT	123534

BX005126.10	251	AATGTACAGTAAGCATACAGAAACATCTAAAATACCTGTTCATTGTATTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123535	AATGTACAGTAAGCATACAGAAACATCTAAAATACCTGTTCATTGTATTT	123584

BX005126.10	301	TTTCACCCGTATTTTTCCCTTGCAATCAGTGCATTTTTATAGGCATCAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123585	TTTCACCCGTATTTTTCCCTTGCAATCAGTGCATTTTTATAGGCATCAAG	123634

BX005126.10	351	TATTATAGCAGACACGTGTTCTGTCTGTGGCTGTTCTCCTATAGCCACTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123635	TATTATAGCAGACACGTGTTCTGTCTGTGGCTGTTCTCCTATAGCCACTG	123684

BX005126.10	401	TGCTAATTAAATGAAATATGGGTCATATAATCTCTGTCTAAAGGTGGATA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123685	TGCTAATTAAATGAAATATGGGTCATATAATCTCTGTCTAAAGGTGGATA	123734

BX005126.10	451	AGTTGGATTGTATGCTGTGTTAGCATGTGCTAATCCATACATTTACTTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123735	AGTTGGATTGTATGCTGTGTTAGCATGTGCTAATCCATACATTTACTTTA	123784

BX005126.10	501	GTGATAACTGTGACTGAAATTCACCTATAGTCTGCGATAGAGGTTACAGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123785	GTGATAACTGTGACTGAAATTCACCTATAGTCTGCGATAGAGGTTACAGT	123834

BX005126.10	551	AATGTGAGGTTAAATATAGAGCTGGTTTGCTCTGCTGGGGTACCAAATCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123835	AATGTGAGGTTAAATATAGAGCTGGTTTGCTCTGCTGGGGTACCAAATCA	123884

BX005126.10	601	GGCCATTAGCAGAAACGGGGCTGGAGGAAAGTGAACCCATGTGCAGAGGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123885	GGCCATTAGCAGAAACGGGGCTGGAGGAAAGTGAACCCATGTGCAGAGGA	123934

BX005126.10	651	CTGAAAACATATGCGGCTGAGATTTTGACAGATTTCATATATAGCAAGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123935	CTGAAAACATATGCGGCTGAGATTTTGACAGATTTCATATATAGCAAGAA	123984

BX005126.10	701	TACAATTTGTATCCAAATATATTCTGAATCATTTTAACCTATAAAAAGAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	123985	TACAATTTGTATCCAAATATATTCTGAATCATTTTAACCTATAAAAAGAT	124034

BX005126.10	751	ATCTGCTGAGAACGTCAAGAGGATTATAAGTATTCTGTCAGGGTAGACTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124035	ATCTGCTGAGAACGTCAAGAGGATTATAAGTATTCTGTCAGGGTAGACTG	124084

BX005126.10	801	CTTGATTCTATTAACAAAGTTAATTTAGCAAGAAGCAGTTTAATTACTCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124085	CTTGATTCTATTAACAAAGTTAATTTAGCAAGAAGCAGTTTAATTACTCG	124134

BX005126.10	851	AATTGTTTCTGCCGCATATGTGTGTAATCATAGAATATTAACACTATAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124135	AATTGTTTCTGCCGCATATGTGTGTAATCATAGAATATTAACACTATAAA	124184

BX005126.10	901	ACCGTAATTGATATTCATTGCATCTCATATGCCTCACTCTGAAGAGATAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124185	ACCGTAATTGATATTCATTGCATCTCATATGCCTCACTCTGAAGAGATAT	124234

BX005126.10	951	GACAATGATATCTAAAACCGTGTTATTTTTGTATCATTTAGGTTTATGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124235	GACAATGATATCTAAAACCGTGTTATTTTTGTATCATTTAGGTTTATGTG	124284

BX005126.10	1001	TTATTAATATTTTGAATAATTTTCAAACATTTTTGTTTTTATTTTAAAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124285	TTATTAATATTTTGAATAATTTTCAAACATTTTTGTTTTTATTTTAAAGG	124334

BX005126.10	1051	TGCAGTTTACAAATGTGAGACCCAGTGGTTAAACTAGGTATTGCATGCAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124335	TGCAGTTTACAAATGTGAGACCCAGTGGTTAAACTAGGTATTGCATGCAC	124384

BX005126.10	1101	AGTTCAAAACATACGCAAGAGCAGGTTGCCAGATTGATGATCCCAACAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124385	AGTTCAAAACATACGCAAGAGCAGGTTGCCAGATTGATGATCCCAACAAA	124434

BX005126.10	1151	GGCTGATTTAAATCGTGGTAGACGATAGAAAGAATATAGTTTTTGTTCTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124435	GGCTGATTTAAATCGTGGTAGACGATAGAAAGAATATAGTTTTTGTTCTA	124484

BX005126.10	1201	ACCAAAACCTGAAGTTTTGATTTTAAAAACAGCTTATATTTATTGCAACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124485	ACCAAAACCTGAAGTTTTGATTTTAAAAACAGCTTATATTTATTGCAACT	124534

BX005126.10	1251	GACAATGATCACCTCAGGTACACCTCATGTGCTTTATTCAGTGTTAAATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124535	GACAATGATCACCTCAGGTACACCTCATGTGCTTTATTCAGTGTTAAATG	124584

BX005126.10	1301	ATAATAATGTAAGTTTGAATGCCATTTTACATGACATTTATACTGAAAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124585	ATAATAATGTAAGTTTGAATGCCATTTTACATGACATTTATACTGAAAGC	124634

BX005126.10	1351	AGCAGTAGCTCTTGAAAATAAAATAAACCTTTGAAATGAAACTTTAGAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124635	AGCAGTAGCTCTTGAAAATAAAATAAACCTTTGAAATGAAACTTTAGAAC	124684

BX005126.10	1401	TGTGACAAGCCAACACATACGAGAGACTCAGCATGTACATTGAATAATGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124685	TGTGACAAGCCAACACATACGAGAGACTCAGCATGTACATTGAATAATGT	124734

BX005126.10	1451	TAAAGATATTTAATATGTATTATTTAGATTATAAACCTTACCATTTCGTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124735	TAAAGATATTTAATATGTATTATTTAGATTATAAACCTTACCATTTCGTT	124784

BX005126.10	1501	GGAATGCAGTAAGTGCACTATCCTGTGCTTCTGAATGGCTTTATTTCAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124785	GGAATGCAGTAAGTGCACTATCCTGTGCTTCTGAATGGCTTTATTTCAAT	124834

BX005126.10	1551	TTATGTTGTATTGCATCTGGTACAAACAGTCAAATTGCTTGCAAATCTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124835	TTATGTTGTATTGCATCTGGTACAAACAGTCAAATTGCTTGCAAATCTCA	124884

BX005126.10	1601	TTACGTAGCATGTTGTTAGGACACAGTGTTACAATGTTACCTGCTCACCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124885	TTACGTAGCATGTTGTTAGGACACAGTGTTACAATGTTACCTGCTCACCT	124934

BX005126.10	1651	AATGTTTTAATGTATTATTTGCTAATTAATAACCACCTCATGTGGAACTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124935	AATGTTTTAATGTATTATTTGCTAATTAATAACCACCTCATGTGGAACTC	124984

BX005126.10	1701	TAAAATCTGTTTCTCATTTCGGAGTCTGCTACTGTCCACCAAAGGTCGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	124985	TAAAATCTGTTTCTCATTTCGGAGTCTGCTACTGTCCACCAAAGGTCGCT	125034

BX005126.10	1751	TTGAGAGCCTTCATGACTAAATGAATGAAATACACTGTTTTCCACAAAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	125035	TTGAGAGCCTTCATGACTAAATGAATGAAATACACTGTTTTCCACAAAGG	125084

BX005126.10	1801	CAACCCGGGTTGCTTAAATATAATTGGCTAAAGTGGCATTGGGCGGGTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	125085	CAACCCGGGTTGCTTAAATATAATTGGCTAAAGTGGCATTGGGCGGGTTA	125134

BX005126.10	1851	AAAAGACCAAAGGCAGCCATTCCGACACGTAACACACATTTTCAAAGCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	125135	AAAAGACCAAAGGCAGCCATTCCGACACGTAACACACATTTTCAAAGCAG	125184

BX005126.10	1901	AATATCTGACTTTAGCATTGTGCTTTAGATAAACAAGAATGTTCAATCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	125185	AATATCTGACTTTAGCATTGTGCTTTAGATAAACAAGAATGTTCAATCAG	125234

BX005126.10	1951	CATGTTTCTTAAATATCTGCAAACATCTTAGGTATTTTTATGTTTTAGAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR405701.20	125235	CATGTTTCTTAAATATCTGCAAACATCTTAGGTATTTTTATGTTTTAGAA	125284

Overview

Query
BX005126.10 - 160487 bps
Hit
CR405701.20 - 125284 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191820001200011232851252841
286.232525257550776031111509120311
388.761001594473144889-118368185271
482.57118290135404135693129396296821
589.632203364455444889154858552041
686.67160287135407135693154913551971
795.561161353528235416155071552051
883.741072873953539821-167215675031
985.071172717551175781167236675031
1087.41202298841588643-168307685361
1186.661082099624396451-168309685181
1285.243316287195672583170965716011
1386.2125346554625926171109715651
1487.372153619788098240-171238716011
1586.68181327104883105209171238715601
1684.31703723925339624189977903521
1786.311933727569676067-189982903461
1883.341082464629946544-196820970711
1977.86149555104814105368-11116091121591
2084.4620742054625881-11117941122241
2178.810431613537713569211204401207551
2280.281042831691817200-11204491207371
Short-link