<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR450778.7	1	TTTAGTTTTCCATTCTCATTGGGAATAGTGATATTTTTCTTTTTTTCTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225476	TTTAGTTTTCCATTCTCATTGGGAATAGTGATATTTTTCTTTTTTTCTTT	225525

CR450778.7	51	ATTGCCTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTGGAGGCATTGATACCATTTTCAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225526	ATTGCCTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTGGAGGCATTGATACCATTTTCAGA	225575

CR450778.7	101	ATAACTGATTTTACTCTGATACCCAAATCTTGAGGATCAGTTGATACTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225576	ATAACTGATTTTACTCTGATACCCAAATCTTGAGGATCAGTTGATACTGA	225625

CR450778.7	151	TTCAATAATAGTGCAAATATCAATACTAAATGTTTGTTTGTGGAACTTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225626	TTCAATAATAGTGCAAATATCAATACTAAATGTTTGTTTGTGGAACTTTA	225675

CR450778.7	201	CAAAACTATTTTGCATGTAAAGCAACATAATCACAGTCAAAATTAGAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225676	CAAAACTATTTTGCATGTAAAGCAACATAATCACAGTCAAAATTAGAAAA	225725

CR450778.7	251	GTTTTAGGAGTTGTGTATAGTGTAGACACTAATGTATATAAACCTAGTTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225726	GTTTTAGGAGTTGTGTATAGTGTAGACACTAATGTATATAAACCTAGTTA	225775

CR450778.7	301	ACCTGCAGTTATACAGTAGTGTCTTTCCAAAAGAAGTAATATTTTCATGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225776	ACCTGCAGTTATACAGTAGTGTCTTTCCAAAAGAAGTAATATTTTCATGT	225825

CR450778.7	351	AATAATAATACATGTTCGATGAAGTATATTAAGTGTTTGTTGTCCTTGAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225826	AATAATAATACATGTTCGATGAAGTATATTAAGTGTTTGTTGTCCTTGAA	225875

CR450778.7	401	ATATGCAATACTTGTTTTTACTGTGGTAAACATCAAATCCCCAATAAATA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225876	ATATGCAATACTTGTTTTTACTGTGGTAAACATCAAATCCCCAATAAATA	225925

CR450778.7	451	TAATCATAAGTATTGTGTAGTCTATATATAAATATATATTTAGTTATATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225926	TAATCATAAGTATTGTGTAGTCTATATATAAATATATATTTAGTTATATG	225975

CR450778.7	501	GTTTCCGACGCCGTGGTGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCAAAGCAAGGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	225976	GTTTCCGACGCCGTGGTGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCAAAGCAAGGT	226025

CR450778.7	551	CACCGGCTTTGGGTCAGTTGGCGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTCCGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226026	CACCGGCTTTGGGTCAGTTGGCGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTCCGT	226075

CR450778.7	601	TCGCGTGGGTTTCCTCAGGGTGCTCCGGTTTCCTCCACATTCCAAAGACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226076	TCGCGTGGGTTTCCTCAGGGTGCTCCGGTTTCCTCCACATTCCAAAGACA	226125

CR450778.7	651	TGCGGTACAGGTGAATTGGATGAACTAAATTGTCTGTTGTGAATGAGTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226126	TGCGGTACAGGTGAATTGGATGAACTAAATTGTCTGTTGTGAATGAGTGT	226175

CR450778.7	701	GTATGGATGTTTCCCAGAGATTGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226176	GTATGGATGTTTCCCAGAGATTGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCG	226225

CR450778.7	751	TAAAACATATGCTGAATAAGTTGGCGATTCATTCCGCTGTGGCGACCCCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226226	TAAAACATATGCTGAATAAGTTGGCGATTCATTCCGCTGTGGCGACCCCA	226275

CR450778.7	801	GATTAATAAAGGGACTTAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226276	GATTAATAAAGGGACTTAGCCGAAAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGA	226325

CR450778.7	851	ATGACTCATATAGTTGGCAGAATTATGAGCCCTGTTGTAAAATTAAATCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226326	ATGACTCATATAGTTGGCAGAATTATGAGCCCTGTTGTAAAATTAAATCT	226375

CR450778.7	901	TTTCTTAAATATTTCCCAAATGCTGTTTAACGGAGAGAAGATTTAACTGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226376	TTTCTTAAATATTTCCCAAATGCTGTTTAACGGAGAGAAGATTTAACTGT	226425

CR450778.7	951	AAACAAACTAGTTTTACTTAATAATTTCTAATATTTAATTTCTTTTGACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226426	AAACAAACTAGTTTTACTTAATAATTTCTAATATTTAATTTCTTTTGACA	226475

CR450778.7	1001	TGGTGACAATAAATAATACTTTTTTTTTGTTATTTTGCAAGATACATGTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226476	TGGTGACAATAAATAATACTTTTTTTTTGTTATTTTGCAAGATACATGTA	226525

CR450778.7	1051	TTCTGCTTAAAGGGGTTGTCTACTACGATATCATATTTTAAACTTTAATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226526	TTCTGCTTAAAGGGGTTGTCTACTACGATATCATATTTTAAACTTTAATT	226575

CR450778.7	1101	TTTGTGTAATCTTTGAATGTAAGACGCTCAAAGTTCAACCGTTAAGAGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226576	TTTGTGTAATCTTTGAATGTAAGACGCTCAAAGTTCAACCGTTAAGAGGC	226625

CR450778.7	1151	CCTTGAGAGCATGCCTACAAAGATACCAGGAAATATAACAGGCCTAGGCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226626	CCTTGAGAGCATGCCTACAAAGATACCAGGAAATATAACAGGCCTAGGCT	226675

CR450778.7	1201	GCGTACGAAATTGCATACTTCCATACTATATAGTTTGCTAAAAACTGTAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226676	GCGTACGAAATTGCATACTTCCATACTATATAGTTTGCTAAAAACTGTAT	226725

CR450778.7	1251	GCGAGCTGAGTAGTAAGTCTGAATTCATAGATGACTTATTACTTTCTGCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226726	GCGAGCTGAGTAGTAAGTCTGAATTCATAGATGACTTATTACTTTCTGCA	226775

CR450778.7	1301	AAATTCTGAAGTGCACGTTCAATGCACTCTATGCAATCCCATGATGCACC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226776	AAATTCTGAAGTGCACGTTCAATGCACTCTATGCAATCCCATGATGCACC	226825

CR450778.7	1351	ATGAGATAATTCATGAATGGGAGTGAACTGGGTCAACGAAATCATGACAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226826	ATGAGATAATTCATGAATGGGAGTGAACTGGGTCAACGAAATCATGACAA	226875

CR450778.7	1401	AATGGTGGATGTAGTATGCCAAGTTTCATTCATACTGATCACATTCATAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226876	AATGGTGGATGTAGTATGCCAAGTTTCATTCATACTGATCACATTCATAC	226925

CR450778.7	1451	TGTTTAAACTCTCAGAAATAAAGGTGCAGGAGCTGTCACTGGGGGAAGTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226926	TGTTTAAACTCTCAGAAATAAAGGTGCAGGAGCTGTCACTGGGGGAAGTA	226975

CR450778.7	1501	CCTTTTCAAAAGATACATTACTGTATTTGGACACAAAGAGTCCACAGTGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	226976	CCTTTTCAAAAGATACATTACTGTATTTGGACACAAAGAGTCCACAGTGG	227025

CR450778.7	1551	TACATCAAAGGCGCATATTAGTGCCCAAATTCACCTAAAAAGTACCTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	227026	TACATCAAAGGCGCATATTAGTGCCCAAATTCACCTAAAAAGTACCTTTT	227075

CR450778.7	1601	GAGGGACCATAATGGTACCGCCCCAGTGACAGCTACTGTACCTTTATTTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	227076	GAGGGACCATAATGGTACCGCCCCAGTGACAGCTACTGTACCTTTATTTC	227125

CR450778.7	1651	TGAGAGTGTAAAATGTACTTTTCTAACAGTCAAGTAGTACATTTAGTTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	227126	TGAGAGTGTAAAATGTACTTTTCTAACAGTCAAGTAGTACATTTAGTTTC	227175

CR450778.7	1701	AAATACAGTACCTACTGAGTAGCTGGTGATTTCGGACGCTGCCCTAGTCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	227176	AAATACAGTACCTACTGAGTAGCTGGTGATTTCGGACGCTGCCCTAGTCT	227225

CR450778.7	1751	TTTTAATGTTAGCTGTGTAGCAGAATAAAATATATTTAAGCAATATATAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	227226	TTTTAATGTTAGCTGTGTAGCAGAATAAAATATATTTAAGCAATATATAT	227275

CR450778.7	1801	ATATATATATATATATATATATATATATATATAAGTATATATATATATAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	227276	ATATATATATATATATATATATATATATATATAAGTATATATATATATAT	227325

CR450778.7	1851	ATATATATATTGCTTAAATATCATACATTATTGTCTTTATTAAAGTTTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	227326	ATATATATATTGCTTAAATATCATACATTATTGTCTTTATTAAAGTTTGC	227375

CR450778.7	1901	GCATTTGTGTAAGCCATAATAAATGGAACTCCACTCGTCCTTCAATCATC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	227376	GCATTTGTGTAAGCCATAATAAATGGAACTCCACTCGTCCTTCAATCATC	227425

CR450778.7	1951	TGACTCTATGTAGGACACCAGTTTGCCGGACCACATAAAAGCGCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394564.8	227426	TGACTCTATGTAGGACACCAGTTTGCCGGACCACATAAAAGCGCAAGCTT	227475

Overview

Query
CR450778.7 - 120755 bps
Hit
CR394564.8 - 227475 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192720001200012254762274751
287173341103589103929-148971493161
388.891753088679787104149002493161
484.411964628679787258160556610041
590.76203316103555103870-163449637621
691.082063138682687138163449637621
788.71290502103381103882195018955131
889.781983226937269693-195054953761
989.282073478681487160-195169955131
1081.861705479258893134-11001491007051
1192.03376552103387103938-11001541007051
1291.46296456868038725811002001006561
1390.48192309693676967511003431006571
1483.89272601848548545411518401524471
1585.56203396558925628711726231730031
1692.851852656941169675-11834251836901
1791.220030710343510374111834251837311
1890.191732768698387258-11834261837001
1987.52204288679787224-11959131963441
2081.681664631285713319-11959191963821
2186.8523546110347610393611959191963821
2284.95174382227162309712217802221711
Short-link