<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX255931.5	1	GAATTCAGCCAATCTTCATGTCTGGCGACAGCACTTGAAAAAAGTGTTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	62882	GAATTCAGCCAATCTTCATGTCTGGCGACAGCACTTGAAAAAAGTGTTGC	62931

BX255931.5	51	ATGCAGAACTGTTGCAAACAATTTATTTGTGTTGAATTTAAACAAACAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	62932	ATGCAGAACTGTTGCAAACAATTTATTTGTGTTGAATTTAAACAAACAAA	62981

BX255931.5	101	TTAAGTTTAATAATGTTCAACTTAATTTGTTTGTTTAAATTCAACACAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	62982	TTAAGTTTAATAATGTTCAACTTAATTTGTTTGTTTAAATTCAACACAAA	63031

BX255931.5	151	TAAATTGTTTACAACCTCTTAACATAAAAAAATAGTAAATCCAAGGAATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63032	TAAATTGTTTACAACCTCTTAACATAAAAAAATAGTAAATCCAAGGAATC	63081

BX255931.5	201	ATTTCTGTATAATTTTTTTCAGTGCTTAGCTTAGCATAAAGTGTTGAATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63082	ATTTCTGTATAATTTTTTTCAGTGCTTAGCTTAGCATAAAGTGTTGAATC	63131

BX255931.5	251	AGATTAGACCATTAGCATTTCACTTCAAAAGACCAAAAAGATTTTTGAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63132	AGATTAGACCATTAGCATTTCACTTCAAAAGACCAAAAAGATTTTTGAAA	63181

BX255931.5	301	TCTATTTAAAGCTTGACTCTTCTGTAATTACAGCTGAGTACTAAGAATGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63182	TCTATTTAAAGCTTGACTCTTCTGTAATTACAGCTGAGTACTAAGAATGA	63231

BX255931.5	351	ACAAACTCAACACTAATTAGATGCTAATGGTCTAAACTGATTCTATGCTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63232	ACAAACTCAACACTAATTAGATGCTAATGGTCTAAACTGATTCTATGCTA	63281

BX255931.5	401	AGCTAAGCTAAAAGTGCTCCCAATACGTAATAAGTAACAAAATAAACTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63282	AGCTAAGCTAAAAGTGCTCCCAATACGTAATAAGTAACAAAATAAACTGA	63331

BX255931.5	451	ACATTTCCAAGTGGTCTTTGAATTTGTTTATAGCATAAATAGCTTTATTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63332	ACATTTCCAAGTGGTCTTTGAATTTGTTTATAGCATAAATAGCTTTATTT	63381

BX255931.5	501	GACATTTTTACTAAAGAAATATTGTGTATTAATGAATTATTGAATCAATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63382	GACATTTTTACTAAAGAAATATTGTGTATTAATGAATTATTGAATCAATT	63431

BX255931.5	551	AATGAATCAATTATGAATAAGTTTTGTGATTTTAAATAGATAATGATACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63432	AATGAATCAATTATGAATAAGTTTTGTGATTTTAAATAGATAATGATACT	63481

BX255931.5	601	ACTACACTCAAAAAATTATGTCTACATATTTAAAATGAGCTGAAACAACG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63482	ACTACACTCAAAAAATTATGTCTACATATTTAAAATGAGCTGAAACAACG	63531

BX255931.5	651	CAATTATTCATTTATAGGGGCAACCTAATTGGTTTATGTTCAACCTACTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63532	CAATTATTCATTTATAGGGGCAACCTAATTGGTTTATGTTCAACCTACTT	63581

BX255931.5	701	CAATTTGTAAAATCTAGTAGGTTAACTTAATTCCTTTATGTTGAACCAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63582	CAATTTGTAAAATCTAGTAGGTTAACTTAATTCCTTTATGTTGAACCAAT	63631

BX255931.5	751	GCAAATCAATTGTGTGGAACCCAGCATTTTTAGCAGTGTACTACTAATAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63632	GCAAATCAATTGTGTGGAACCCAGCATTTTTAGCAGTGTACTACTAATAA	63681

BX255931.5	801	TTTTACTAATAACATTTATCATGATAAAAAATAATGTTCAGTAACATTAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63682	TTTTACTAATAACATTTATCATGATAAAAAATAATGTTCAGTAACATTAT	63731

BX255931.5	851	TAAAGAAACACCATTTTTAACCAACTCTCCTAGAGGCAAACAGTTAAGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63732	TAAAGAAACACCATTTTTAACCAACTCTCCTAGAGGCAAACAGTTAAGTT	63781

BX255931.5	901	TTACCATTTTTTTATCTCTGGCAGGGGCACTTTTAGCTTAGCTTAGAATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63782	TTACCATTTTTTTATCTCTGGCAGGGGCACTTTTAGCTTAGCTTAGAATA	63831

BX255931.5	951	ATTCTTATTAGATTAGACCCTTAGCATTATTCTGGCTTAAAAATGCCTGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63832	ATTCTTATTAGATTAGACCCTTAGCATTATTCTGGCTTAAAAATGCCTGA	63881

BX255931.5	1001	AGAATGTTGGTCTTTTTTTTATTTAAATTTGACTCTTCTGTAGTTACAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63882	AGAATGTTGGTCTTTTTTTTATTTAAATTTGACTCTTCTGTAGTTACAAC	63931

BX255931.5	1051	TTGTACTCGGAATAAATGAACTCAATGCAAATTAGATGCTAATGGTCTAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63932	TTGTACTCGGAATAAATGAACTCAATGCAAATTAGATGCTAATGGTCTAA	63981

BX255931.5	1101	TCCGGTTCAATGATCTATGCTAAGCTAAGCTAAAAGTGCTGCAGCCAAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	63982	TCCGGTTCAATGATCTATGCTAAGCTAAGCTAAAAGTGCTGCAGCCAAAC	64031

BX255931.5	1151	CATATTTTCCCCAACAAAAAAATTATTAAATTTTTAAATTTTTCCTGATC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64032	CATATTTTCCCCAACAAAAAAATTATTAAATTTTTAAATTTTTCCTGATC	64081

BX255931.5	1201	CTCAAACAAGTGATATGGAAACTTTCACCTCAACTAATCGAAATCGAAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64082	CTCAAACAAGTGATATGGAAACTTTCACCTCAACTAATCGAAATCGAAAC	64131

BX255931.5	1251	AGACAGCGGACACATAATATATATATTTAAATTAGGTTTTCCCTAGTCTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64132	AGACAGCGGACACATAATATATATATTTAAATTAGGTTTTCCCTAGTCTC	64181

BX255931.5	1301	ATTTTTTATTCCTCACCCAGCAGCTGGAAAATAAAAAGCGTCCCATCCTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64182	ATTTTTTATTCCTCACCCAGCAGCTGGAAAATAAAAAGCGTCCCATCCTA	64231

BX255931.5	1351	CTCCAGACTCCCCTATCATCATTTGACTGAATCTAGCTATCAGACTTGTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64232	CTCCAGACTCCCCTATCATCATTTGACTGAATCTAGCTATCAGACTTGTA	64281

BX255931.5	1401	TCAGCATCTGAAACCCGGAGTTTCTTACCCCTCATGTCTCATCTCTCAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64282	TCAGCATCTGAAACCCGGAGTTTCTTACCCCTCATGTCTCATCTCTCAGA	64331

BX255931.5	1451	CAGAAAGCAATGTTTTCTCTTTTCATGCCTGCATTATCGCTCTATTAGAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64332	CAGAAAGCAATGTTTTCTCTTTTCATGCCTGCATTATCGCTCTATTAGAT	64381

BX255931.5	1501	GTATGGTGAGCCAAAACAATATTAATGGTCTTTCTCTGTGCAAAAATGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64382	GTATGGTGAGCCAAAACAATATTAATGGTCTTTCTCTGTGCAAAAATGAA	64431

BX255931.5	1551	AGAGAAGTCGTGGAAAAAGCTTGAGTCTGGAGGCCTGGCGAATGACAGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64432	AGAGAAGTCGTGGAAAAAGCTTGAGTCTGGAGGCCTGGCGAATGACAGCA	64481

BX255931.5	1601	GATTGAAATGAGCCTGCTTGTTTGACGTACCGCAGCAGCCTCTGGTTAGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64482	GATTGAAATGAGCCTGCTTGTTTGACGTACCGCAGCAGCCTCTGGTTAGC	64531

BX255931.5	1651	AAAGGTCTGGGTAATTATGGAAAGAAAAATAGCATTTGTGCTGCTAATTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64532	AAAGGTCTGGGTAATTATGGAAAGAAAAATAGCATTTGTGCTGCTAATTG	64581

BX255931.5	1701	TATCAGCTATACACATTGGCCCTGGTTTAGTGGAGAACTTTTGGACATTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64582	TATCAGCTATACACATTGGCCCTGGTTTAGTGGAGAACTTTTGGACATTA	64631

BX255931.5	1751	ATTGAATGAATATATACTGGAATATTATGGACTGAAGATTGGGTGTTCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64632	ATTGAATGAATATATACTGGAATATTATGGACTGAAGATTGGGTGTTCTT	64681

BX255931.5	1801	TGACAGTGAAAAAATACAATTGTATAACTTCTATTATTGTGTACTACTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64682	TGACAGTGAAAAAATACAATTGTATAACTTCTATTATTGTGTACTACTTT	64731

BX255931.5	1851	AATTACTTTTTTATGTATTACAAATAAGATATTAAAGATAAAAAGATAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64732	AATTACTTTTTTATGTATTACAAATAAGATATTAAAGATAAAAAGATAAC	64781

BX255931.5	1901	CCTTGAGCAATCTTTTTTGGGAGGAGGGGGTCCTTTAAAAAGGTCATTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64782	CCTTGAGCAATCTTTTTTGGGAGGAGGGGGTCCTTTAAAAAGGTCATTAA	64831

BX255931.5	1951	AAAGCCATTTTTGATATTATTGTTGATGTTTTAGTTAGTATTATCATTAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394541.16	64832	AAAGCCATTTTTGATATTATTGTTGATGTTTTAGTTAGTATTATCATTAA	64881

Overview

Query
BX255931.5 - 189327 bps
Hit
CR394541.16 - 64881 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001896200012000162882648811
285.76181342113612113953-1454548951
381.151373567871979074-1454648951
486.761763172190922225-1454848641
587.411763011844551847551456948701
689.291081681194511196181458647531
789.021532425896359204-1464148951
886.5114025158945591951530055511
982.0415537778705790811530456651
1085.17173356113602113957-112963133261
1185.15163329184431184759112967132961
1280.941323697870679074-112968133291
1396.321191375894959085123582237171
1495.56116135119621119755-123583237171
1595.45110130113602113731123586237171
1686.23179353167192167544125881262141
1787.091081857871178895-126827270121
1890.71991405895559094-126873270121
1982.89172381119372119752130310306771
2086.361402535895159203-130438306791
2182.781673687870579072-144274446331
2285.84184326184434184759144274445981
2394.571281832432024502-162917631001
Short-link