<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR550301.11	1	AAGCTTGACATTTTCCTCAGAGGGTAATCGTGAGATCTAATGAAATGTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	55550	AAGCTTGACATTTTCCTCAGAGGGTAATCGTGAGATCTAATGAAATGTCA	55599

CR550301.11	51	CATTTAAGAAAAAAACGACAAGATACTTACAGATATGTCAGCGACCTCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	55600	CATTTAAGAAAAAAACGACAAGATACTTACAGATATGTCAGCGACCTCAG	55649

CR550301.11	101	ACCGATGAATGTATCACGGGTGATGTGTTTAAGAGGATTGTGGTCTAAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	55650	ACCGATGAATGTATCACGGGTGATGTGTTTAAGAGGATTGTGGTCTAAGA	55699

CR550301.11	151	CTCTGAGGATAAAACAAAAAAACAAGTAATGAAATGTATTTTATAAAGCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	55700	CTCTGAGGATAAAACAAAAAAACAAGTAATGAAATGTATTTTATAAAGCT	55749

CR550301.11	201	TTAAGCACAGGAAAACATTATTAGAATGTCAGATTTTTTTTTTACACAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	55750	TTAAGCACAGGAAAACATTATTAGAATGTCAGATTTTTTTTTTACACAAA	55799

CR550301.11	251	AAGCTGAAATAACTCAATGGCCACTCTTCTGTCTGACTGTGCTTGTTCTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	55800	AAGCTGAAATAACTCAATGGCCACTCTTCTGTCTGACTGTGCTTGTTCTA	55849

CR550301.11	301	GTACTCTGTGAATCTGTCCAGCCTGCATCTGTGCTGGCAGGCAGACAAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	55850	GTACTCTGTGAATCTGTCCAGCCTGCATCTGTGCTGGCAGGCAGACAAGC	55899

CR550301.11	351	CACCCAAGTAATTCTCAGCTTCTTTCCTCAAAAAACATTCTGTTTTCAAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	55900	CACCCAAGTAATTCTCAGCTTCTTTCCTCAAAAAACATTCTGTTTTCAAC	55949

CR550301.11	401	TCTTGTCCAGAGCCAAATTCTACAACCTCTGAGCTATTCCACAGACCACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	55950	TCTTGTCCAGAGCCAAATTCTACAACCTCTGAGCTATTCCACAGACCACA	55999

CR550301.11	451	TCTTCTCTATGTGATCGAGCCCATTTTCATGAATTTGTCAGTGTACATGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56000	TCTTCTCTATGTGATCGAGCCCATTTTCATGAATTTGTCAGTGTACATGG	56049

CR550301.11	501	TCGAAAAAAATTGGATGAGTTAATAAAGTCAAAGTACACACACACAAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56050	TCGAAAAAAATTGGATGAGTTAATAAAGTCAAAGTACACACACACAAAAA	56099

CR550301.11	551	AAAGAATAAAAAATTATATATGCTGAGCACTGTATATAATGTTTAAATAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56100	AAAGAATAAAAAATTATATATGCTGAGCACTGTATATAATGTTTAAATAT	56149

CR550301.11	601	CTTAACAGAAATTACCTGCATGTACACAAAAACAGATCATAAATAACGTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56150	CTTAACAGAAATTACCTGCATGTACACAAAAACAGATCATAAATAACGTA	56199

CR550301.11	651	ATTATAGGTTTCCTGTTTATAAATCTCACAGCAAGATTGTATTCATTCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56200	ATTATAGGTTTCCTGTTTATAAATCTCACAGCAAGATTGTATTCATTCTC	56249

CR550301.11	701	ACTGTAGCTTAGGGTTAAAAACAATTCTGACATTTCTGCATGCTTATTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56250	ACTGTAGCTTAGGGTTAAAAACAATTCTGACATTTCTGCATGCTTATTTT	56299

CR550301.11	751	AAGCTGTTTAAACTTTTATGCTAATTCCGTCTTCCAGGAAGTGACATAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56300	AAGCTGTTTAAACTTTTATGCTAATTCCGTCTTCCAGGAAGTGACATAGC	56349

CR550301.11	801	AGATTACACTTGTAAAAATATGCATGAGATGGCGTTTCCTTATCCTATGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56350	AGATTACACTTGTAAAAATATGCATGAGATGGCGTTTCCTTATCCTATGA	56399

CR550301.11	851	GAAGAACCTTACATTAATTATTAATGACAGCACATATTCCTTTCCCGCCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56400	GAAGAACCTTACATTAATTATTAATGACAGCACATATTCCTTTCCCGCCA	56449

CR550301.11	901	AACACCTCAGTCTGCGTGCCGTCAGAAAGAGACGCAGTCTTGGATCAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56450	AACACCTCAGTCTGCGTGCCGTCAGAAAGAGACGCAGTCTTGGATCAAAA	56499

CR550301.11	951	GCAAGAGTTTGCTTTTGCTTTTTGAAAGTTTCTACGTGGTTTAAATTTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56500	GCAAGAGTTTGCTTTTGCTTTTTGAAAGTTTCTACGTGGTTTAAATTTGT	56549

CR550301.11	1001	AATTGTTTTTCTTGAGAATGTTTGACCTTGATGGAATGAATAATAACATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56550	AATTGTTTTTCTTGAGAATGTTTGACCTTGATGGAATGAATAATAACATA	56599

CR550301.11	1051	AACAAAAGAGGATTTCCATGTGAAAGAAGGCAGATACTTGGAGACACAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56600	AACAAAAGAGGATTTCCATGTGAAAGAAGGCAGATACTTGGAGACACAAA	56649

CR550301.11	1101	TACATGTTAAAGGGTTAAGCTGCGTCTAAAAATCACCTACTACTCAGTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56650	TACATGTTAAAGGGTTAAGCTGCGTCTAAAAATCACCTACTACTCAGTAG	56699

CR550301.11	1151	GTACTGCATTTGAATTATAATTTACTACTCGACAGGTAGAAAAGTATGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56700	GTACTGCATTTGAATTATAATTTACTACTCGACAGGTAGAAAAGTATGTT	56749

CR550301.11	1201	CTATACAGTATGAATGCGAGTAGTATGGAACTGAGACATACTACATCCAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56750	CTATACAGTATGAATGCGAGTAGTATGGAACTGAGACATACTACATCCAC	56799

CR550301.11	1251	CATTTTGTAATGATTACGTGACTTACCAGCAGTAGTTGCATTGCTCCACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56800	CATTTTGTAATGATTACGTGACTTACCAGCAGTAGTTGCATTGCTCCACA	56849

CR550301.11	1301	CCCATTCATGTACTCTCTCGCGCTGCATTATGGGATAGAATAGTGTGCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56850	CCCATTCATGTACTCTCTCGCGCTGCATTATGGGATAGAATAGTGTGCAT	56899

CR550301.11	1351	CAGATGCGCACTTCAAAATTTCGCTGGAAGTAGTAGGTCATCTGGGTACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56900	CAGATGCGCACTTCAAAATTTCGCTGGAAGTAGTAGGTCATCTGGGTACT	56949

CR550301.11	1401	TCTCACATACTGTTTTTTGAATTCTATGAATTCGGACATACTACTCGGCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	56950	TCTCACATACTGTTTTTTGAATTCTATGAATTCGGACATACTACTCGGCT	56999

CR550301.11	1451	TGCATACTGTTTTTAGCTATGTAGCTATTTAACTATGTAATATGGAGGTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57000	TGCATACTGTTTTTAGCTATGTAGCTATTTAACTATGTAATATGGAGGTA	57049

CR550301.11	1501	TGCGATTTCAGACGCAGCCATAGTTCACTCAAAAATGAAAATAATGTCAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57050	TGCGATTTCAGACGCAGCCATAGTTCACTCAAAAATGAAAATAATGTCAT	57099

CR550301.11	1551	TAATTACTCATCCTCACTTTTTAAAATCCCTGGTTATATTAATGTCATCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57100	TAATTACTCATCCTCACTTTTTAAAATCCCTGGTTATATTAATGTCATCA	57149

CR550301.11	1601	GTGATGACGAATGTAAATGGCAAAGTAAAAAAAAAATCGAAAAAAGACTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57150	GTGATGACGAATGTAAATGGCAAAGTAAAAAAAAAATCGAAAAAAGACTG	57199

CR550301.11	1651	GTCTCAATACAATGGATCACAACCTTTTTATATTAAGTAATCTGACAGAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57200	GTCTCAATACAATGGATCACAACCTTTTTATATTAAGTAATCTGACAGAT	57249

CR550301.11	1701	TGATGCATCAAAATACGGGATAAAGTAGCGGAGGAGTGTGGCGCAAATGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57250	TGATGCATCAAAATACGGGATAAAGTAGCGGAGGAGTGTGGCGCAAATGA	57299

CR550301.11	1751	CGTTGTTGAACAATTTATTTTACATATGCCATTTGATTCTTGTGTTATTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57300	CGTTGTTGAACAATTTATTTTACATATGCCATTTGATTCTTGTGTTATTT	57349

CR550301.11	1801	TTGATGTTCAAACCATAAACCATTTACTTGCAACCCTGGCTCATTCTAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57350	TTGATGTTCAAACCATAAACCATTTACTTGCAACCCTGGCTCATTCTAAA	57399

CR550301.11	1851	AATGCACCCCTATAGACTGATTTCATGCGGCCGCCAATTTTAAAAGCGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57400	AATGCACCCCTATAGACTGATTTCATGCGGCCGCCAATTTTAAAAGCGAA	57449

CR550301.11	1901	ATCGAGGCTGCGGTAGGGAAGAAACCCGGAAGTATCATTAGGAGTTACAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57450	ATCGAGGCTGCGGTAGGGAAGAAACCCGGAAGTATCATTAGGAGTTACAT	57499

CR550301.11	1951	ATAAAAGTTATGTACTTAGTTGTATGCTATCAGCAAAGAGAAAGTGACAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR394524.8	57500	ATAAAAGTTATGTACTTAGTTGTATGCTATCAGCAAAGAGAAAGTGACAC	57549

Overview

Query
CR550301.11 - 156013 bps
Hit
CR394524.8 - 57549 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001940200012000155550575491
283.0554118488824899917518681
384.94691733128831460-1233224971
484.256512728223283491369738231
587.37353592113514114105-1422748281
686.021382656239162655-1439646741
785.4210519228873290641458247731
888.1512620630724309291461848281
988.1412319486296864891463548281
1084.761523493970140049-112759131191
1187.142194433129331735-112850133001
1291.66791092349423602-126855269621
1381.2398281100658100938128903291951
1489.09711098128881396-140865409741
1585.25233447120542120988151101515341
1687.411652823072431005-153938542231
1789.471682476278963035154728549741
1888941492834428492-154796549451
1987.791632623034030601-154796550571
2087.2150249150480150728-154827550761
Short-link