<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR385046.9	204752	TTGATATAGTGTACAGCCAAGCACAAGTGGTCAGAACACAAACGAGTCAC	204801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1	TTGATATAGTGTACAGCCAAGCACAAGTGGTCAGAACACAAACGAGTCAC	50

CR385046.9	204802	AGATGATAAAGTATTAAGCATTTCTCCCAAAGTAAAGTGTGTCTGAACCA	204851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	51	AGATGATAAAGTATTAAGCATTTCTCCCAAAGTAAAGTGTGTCTGAACCA	100

CR385046.9	204852	GGTCCAAGCAAAATGCCAGCAGGCGTCTGTAGCTCCGCTCACTCTCCACC	204901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	101	GGTCCAAGCAAAATGCCAGCAGGCGTCTGTAGCTCCGCTCACTCTCCACC	150

CR385046.9	204902	TCTTTGCCCTTGTTTGGTATCCCGCCGTGGGTGTGATGACGCGTGACCAA	204951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	151	TCTTTGCCCTTGTTTGGTATCCCGCCGTGGGTGTGATGACGCGTGACCAA	200

CR385046.9	204952	AATGGCGACGGTTGGCCGCGCCTACTTGTGGCTTCTTTTGCGCTATTTAG	205001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	201	AATGGCGACGGTTGGCCGCGCCTACTTGTGGCTTCTTTTGCGCTATTTAG	250

CR385046.9	205002	AAACCTATGGGTGACGTCACGGATACTACGTCCATATATTTTACAGTCTA	205051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	251	AAACCTATGGGTGACGTCACGGATACTACGTCCATATATTTTACAGTCTA	300

CR385046.9	205052	TGGAATAGACCGATATGGCACACAAATGATGCTAAATAACACTCGTGCCA	205101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	301	TGGAATAGACCGATATGGCACACAAATGATGCTAAATAACACTCGTGCCA	350

CR385046.9	205102	CAGACCTCTCATCATTCCCAAATATCTCTGCCCCATCCCACTTGCTACAC	205151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	351	CAGACCTCTCATCATTCCCAAATATCTCTGCCCCATCCCACTTGCTACAC	400

CR385046.9	205152	AAACATAAAGCTGTGGTCACACTGCACTATTCTCCCTATAGATTTCCTTT	205201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	401	AAACATAAAGCTGTGGTCACACTGCACTATTCTCCCTATAGATTTCCTTT	450

CR385046.9	205202	CAAACACATGCAAATGCGTCAGACCGGAAACACAAGCTGGTGCAACAAAT	205251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	451	CAAACACATGCAAATGCGTCAGACCGGAAACACAAGCTGGTGCAACAAAT	500

CR385046.9	205252	TTTGCAGTTTGCTGAGTTGGAAAGTTCAAGTTTAGTGAACTCTGACCTGC	205301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	501	TTTGCAGTTTGCTGAGTTGGAAAGTTCAAGTTTAGTGAACTCTGACCTGC	550

CR385046.9	205302	AAAATTGCATCACTTAACTGTGTGAGACCAATCGAGGATCAAAACATGAC	205351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	551	AAAATTGCATCACTTAACTGTGTGAGACCAATCGAGGATCAAAACATGAC	600

CR385046.9	205352	TTCTCTGGCCAACAACTTAAAATACGGACCAATTGCTCACTTTTAAAATG	205401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	601	TTCTCTGGCCAACAACTTAAAATACGGACCAATTGCTCACTTTTAAAATG	650

CR385046.9	205402	TCTAATCATCTTGTTTAATCTCGTCCCTTTTACAGCACCGAACGACAGAA	205451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	651	TCTAATCATCTTGTTTAATCTCGTCCCTTTTACAGCACCGAACGACAGAA	700

CR385046.9	205452	TTTGCATACTCAAACTCTGGCGTGATCGCAGCTTAAGACAGGGACAGCCC	205501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	701	TTTGCATACTCAAACTCTGGCGTGATCGCAGCTTAAGACAGGGACAGCCC	750

CR385046.9	205502	CAGTAATTTGTAAGAATGTGATTAAAGAAAGACCCTACACCACCAGACAA	205551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	751	CAGTAATTTGTAAGAATGTGATTAAAGAAAGACCCTACACCACCAGACAA	800

CR385046.9	205552	CCAAGATCCCATGAAATCAACAGTCGATTTGATTTTTCTTTTAAGCAGTA	205601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	801	CCAAGATCCCATGAAATCAACAGTCGATTTGATTTTTCTTTTAAGCAGTA	850

CR385046.9	205602	AAAAAAAGCCTCATTCTTGAATCATTCTCTAATTTACGCATGTACATTGG	205651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	851	AAAAAAAGCCTCATTCTTGAATCATTCTCTAATTTACGCATGTACATTGG	900

CR385046.9	205652	ATTGATTCATGTAGCAAAGTTATAGATCACCCCCCCCCCCTAAAAAAATT	205701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	901	ATTGATTCATGTAGCAAAGTTATAGATCACCCCCCCCCCCTAAAAAAATT	950

CR385046.9	205702	TCCATAATGTACACACCCTTAAACCATCCTTGTGTATATCACATCTTTCT	205751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	951	TCCATAATGTACACACCCTTAAACCATCCTTGTGTATATCACATCTTTCT	1000

CR385046.9	205752	TCTCTCAGGTGAATAAAGTTTCACCCACTATCATGGCTCTTCTGTGCTGT	205801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1001	TCTCTCAGGTGAATAAAGTTTCACCCACTATCATGGCTCTTCTGTGCTGT	1050

CR385046.9	205802	ATAAAGGAATTGGATAATGTGCTGGATCGCCTTCAATTCAAGAGTTCACA	205851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1051	ATAAAGGAATTGGATAATGTGCTGGATCGCCTTCAATTCAAGAGTTCACA	1100

CR385046.9	205852	CTTAGATATTGCTTGACAGCTGTAAGCAGGTTTGGCATGCTGTCCCGGGA	205901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1101	CTTAGATATTGCTTGACAGCTGTAAGCAGGTTTGGCATGCTGTCCCGGGA	1150

CR385046.9	205902	GAGAACCCTGAGCTCGGAGATAGTTGAGCCCAGGGGTCCCGCCAGGTCCA	205951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1151	GAGAACCCTGAGCTCGGAGATAGTTGAGCCCAGGGGTCCCGCCAGGTCCA	1200

CR385046.9	205952	TAGAGCATGTGAGGGGAGTACGAGATCAGGTGGTTCTCGAGAGCTCCCCT	206001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1201	TAGAGCATGTGAGGGGAGTACGAGATCAGGTGGTTCTCGAGAGCTCCCCT	1250

CR385046.9	206002	TTTTGTAAAGGAGAAAAGGAGGAGAAAGGGGTGGATGGGGGGTTTCTTCG	206051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1251	TTTTGTAAAGGAGAAAAGGAGGAGAAAGGGGTGGATGGGGGGTTTCTTCG	1300

CR385046.9	206052	GAAAACGAAGATAAGGGAGTAATGTCTAGCTAGGCTACTTATAGTGGGTT	206101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1301	GAAAACGAAGATAAGGGAGTAATGTCTAGCTAGGCTACTTATAGTGGGTT	1350

CR385046.9	206102	AGGAAAGATCTGATTGGCTAACTAATGAGTGTAGGTAGGTGGCCAGCTGC	206151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1351	AGGAAAGATCTGATTGGCTAACTAATGAGTGTAGGTAGGTGGCCAGCTGC	1400

CR385046.9	206152	TGTCAATTATATCACGTGCTCCTCTCGAAATTAGTTTAAAAACTTCACTT	206201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1401	TGTCAATTATATCACGTGCTCCTCTCGAAATTAGTTTAAAAACTTCACTT	1450

CR385046.9	206202	AATCACCCTAATTAAACAAAGATAAACCAGGATCTTCCCTTTGCTACATT	206251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1451	AATCACCCTAATTAAACAAAGATAAACCAGGATCTTCCCTTTGCTACATT	1500

CR385046.9	206252	TCTTAGCTAGAGTTTAGTTAAAGGATCGTCTTTATAATGTTTTTGCAGAG	206301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1501	TCTTAGCTAGAGTTTAGTTAAAGGATCGTCTTTATAATGTTTTTGCAGAG	1550

CR385046.9	206302	AATAAATTAGATTCATACTTTACCACACAGGGTAACTTAATGAGTTCTGG	206351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1551	AATAAATTAGATTCATACTTTACCACACAGGGTAACTTAATGAGTTCTGG	1600

CR385046.9	206352	AAAAAGAAGTCAATGTCCACTCCAGTGAAGAAAAGTAATAAAATACACTT	206401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1601	AAAAAGAAGTCAATGTCCACTCCAGTGAAGAAAAGTAATAAAATACACTT	1650

CR385046.9	206402	TTATTAATGAAATAAAATCCTGTGAAAAAGTAGAATAAACAAAAGACAAA	206451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1651	TTATTAATGAAATAAAATCCTGTGAAAAAGTAGAATAAACAAAAGACAAA	1700

CR385046.9	206452	TAACAGACAACAAAATCCTTACTTTATCCTCAGTTGAGGATAAAGGGCAA	206501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1701	TAACAGACAACAAAATCCTTACTTTATCCTCAGTTGAGGATAAAGGGCAA	1750

CR385046.9	206502	CCAATCTCAGTATATAGAAGTCAGAAAGCACAAAGCTGGTCAGTATGGCT	206551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1751	CCAATCTCAGTATATAGAAGTCAGAAAGCACAAAGCTGGTCAGTATGGCT	1800

CR385046.9	206552	CAACTTTTATACTTCCAAAATCAGCTCATGCACATAGAAACACCTCATAT	206601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1801	CAACTTTTATACTTCCAAAATCAGCTCATGCACATAGAAACACCTCATAT	1850

CR385046.9	206602	ATTAGTGAGGACTTGACATGTTGAATTATGCTCAGGAATACACGTACCCA	206651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1851	ATTAGTGAGGACTTGACATGTTGAATTATGCTCAGGAATACACGTACCCA	1900

CR385046.9	206652	TACACCATTTGAGTTTTACCTACTACATCAAATCACTAATTATAAATCAC	206701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1901	TACACCATTTGAGTTTTACCTACTACATCAAATCACTAATTATAAATCAC	1950

CR385046.9	206702	TAAGGACCAACTTTGTAGTTAATGTGGTCTGACCACTCAGTCGAGAATTC	206751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392362.23	1951	TAAGGACCAACTTTGTAGTTAATGTGGTCTGACCACTCAGTCGAGAATTC	2000

Overview

Query
CR385046.9 - 206751 bps
Hit
CR392362.23 - 114516 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197220002047522067511120001
295.6942248721665221511690073861
391.236518892167722565126760276481
495.4439346036321367801692573861
593.566858543632137174126773276281
696.4742748142600430801690073801
797.444294694261243080126760272281
889.4542465482145827981107654108323-1
981.4567517519258594335126746285301
1096.824244711069341074041691673861
1191.02617879106934107812126764276531
1290.38693988125987126974126716277181
1386.45430789127371128159127885286821
1498.64420441138853139293126760272001
1597.714034361388571392921691673511
1693.124205381556921562291684973861
1790.61688980155692156671126698276731
1886.3476883157764158646127897287711
1982.756121484178959180442127180286891
2095.214425221925261930471686573861
2190.26672965192529193493126716276771
2285.95651099196006197104127928289991
Short-link