<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR391929.9	1	AAGCTTTATCTAAACTCTTATCTAAAATCTAAACTGTTTCCAACAAAAAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136426	AAGCTTTATCTAAACTCTTATCTAAAATCTAAACTGTTTCCAACAAAAAC	136475

CR391929.9	51	AAAAAGCTGGTTATGTTTCACAGCTGTCTTTTTCTTTTTTTCCACTAGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136476	AAAAAGCTGGTTATGTTTCACAGCTGTCTTTTTCTTTTTTTCCACTAGAT	136525

CR391929.9	101	ATTATCCGCAATGCTCCGTTAAAGCCCTCACCATAGTAACTTTAGTCATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136526	ATTATCCGCAATGCTCCGTTAAAGCCCTCACCATAGTAACTTTAGTCATA	136575

CR391929.9	151	CTAATAGTGAATCGGTCATGAATAAATGATCCCAAAAATACGAATCTCCG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136576	CTAATAGTGAATCGGTCATGAATAAATGATCCCAAAAATACGAATCTCCG	136625

CR391929.9	201	AATCTGTTGCTAACTTTACTAAACTTTATATTTACATCTGTTACAAGCTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136626	AATCTGTTGCTAACTTTACTAAACTTTATATTTACATCTGTTACAAGCTA	136675

CR391929.9	251	CGAATATTTGAAATTACAAATCAACAGAACAAAAAAGAGATGTGATCACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136676	CGAATATTTGAAATTACAAATCAACAGAACAAAAAAGAGATGTGATCACA	136725

CR391929.9	301	AACTGGGCACTTGCAATCAATCCGGCAGCTGTTTTGCAGTCATTTATAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136726	AACTGGGCACTTGCAATCAATCCGGCAGCTGTTTTGCAGTCATTTATAAA	136775

CR391929.9	351	CAGCACACAAACATACTGACAGTTATAGGTAACTTACGGTACATTGTTAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136776	CAGCACACAAACATACTGACAGTTATAGGTAACTTACGGTACATTGTTAT	136825

CR391929.9	401	GGGTAAATGATGCTAATATGTGGCACAAATCCATCAATTTCCCCTTTCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136826	GGGTAAATGATGCTAATATGTGGCACAAATCCATCAATTTCCCCTTTCTG	136875

CR391929.9	451	GTTGTTCTTTTTTATGAATGAATTATGTAGAAGCACAGTCCATGCATGTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136876	GTTGTTCTTTTTTATGAATGAATTATGTAGAAGCACAGTCCATGCATGTT	136925

CR391929.9	501	TCCTCATCGATTAGTAATGCTATATTTCATTGTACACCAATAGTCTATCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136926	TCCTCATCGATTAGTAATGCTATATTTCATTGTACACCAATAGTCTATCA	136975

CR391929.9	551	GGCTTTTTGGCTCAAAATAGAGAAATCACGATTTAATTTGTTTTATTAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	136976	GGCTTTTTGGCTCAAAATAGAGAAATCACGATTTAATTTGTTTTATTAGA	137025

CR391929.9	601	TTATTTCACCTCCCCTGCTGTGCATGAACTAAGCTGTTGAATGGTCAGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137026	TTATTTCACCTCCCCTGCTGTGCATGAACTAAGCTGTTGAATGGTCAGTG	137075

CR391929.9	651	TATAAGGCAGGTAGGCTAAGCTAGTTTCAATTTTAATTGAATAATTTTAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137076	TATAAGGCAGGTAGGCTAAGCTAGTTTCAATTTTAATTGAATAATTTTAT	137125

CR391929.9	701	AATCAGTTGCCTATTATGTCGTTAACATACTCCTGTAATTCATACTGCAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137126	AATCAGTTGCCTATTATGTCGTTAACATACTCCTGTAATTCATACTGCAG	137175

CR391929.9	751	TCCTTTTTGCCTGGCTTTCTCGGATATCTCACCTGTTCGCCAAAAATGAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137176	TCCTTTTTGCCTGGCTTTCTCGGATATCTCACCTGTTCGCCAAAAATGAC	137225

CR391929.9	801	TAATTATATCCCTGGGAATGTCTGACACCGACGCATGCACATTGTTATAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137226	TAATTATATCCCTGGGAATGTCTGACACCGACGCATGCACATTGTTATAG	137275

CR391929.9	851	ACGTGCCAGGCACGAAACCTTGACAGGAGTAGCAACAGTAACTAAGGAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137276	ACGTGCCAGGCACGAAACCTTGACAGGAGTAGCAACAGTAACTAAGGAGG	137325

CR391929.9	901	GTGGGGCTCAGCGAAGGGTCAATTGAGCTCAGTTACATTCTGATTTCATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137326	GTGGGGCTCAGCGAAGGGTCAATTGAGCTCAGTTACATTCTGATTTCATT	137375

CR391929.9	951	GATTATTCTTGAGATGTTTCAGCAGCTTAATTGGAATTCACCTGTGGTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137376	GATTATTCTTGAGATGTTTCAGCAGCTTAATTGGAATTCACCTGTGGTAA	137425

CR391929.9	1001	ATTCAGTTGACGGGACATGATTTTGAAAAGGCATACACCTGTCTATATAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137426	ATTCAGTTGACGGGACATGATTTTGAAAAGGCATACACCTGTCTATATAA	137475

CR391929.9	1051	GGTCCCAGGGTTGACAGTGCATGCCAAAGCACAAACCAAGCATGGAGACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137476	GGTCCCAGGGTTGACAGTGCATGCCAAAGCACAAACCAAGCATGGAGACA	137525

CR391929.9	1101	AAGGAATTGTCTGTAGATGTCTGAGACAAGATTGTCTCAAAGCACAAGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137526	AAGGAATTGTCTGTAGATGTCTGAGACAAGATTGTCTCAAAGCACAAGGC	137575

CR391929.9	1151	TGGGAAAGGTTACAGAAACATTTAATAACAATGAAATTAATGTGAGAATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137576	TGGGAAAGGTTACAGAAACATTTAATAACAATGAAATTAATGTGAGAATT	137625

CR391929.9	1201	TCACACCAATTTCATGTCTGGCGTACGTGCATTTCTTGTGTGTGTTTGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137626	TCACACCAATTTCATGTCTGGCGTACGTGCATTTCTTGTGTGTGTTTGTT	137675

CR391929.9	1251	TTATTTCCATTGGCGACTCCTAGAGGCAATTGAGTTAAATTGCACACAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137676	TTATTTCCATTGGCGACTCCTAGAGGCAATTGAGTTAAATTGCACACAAC	137725

CR391929.9	1301	AAAATATCTTTGCTGTTATCAAAGTATCCAGCTGTATGGGATGGAATCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137726	AAAATATCTTTGCTGTTATCAAAGTATCCAGCTGTATGGGATGGAATCAT	137775

CR391929.9	1351	CTGCATATCTAGCAGGTATATAAGGTTTCCATACCATGCAGTTGACCAGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137776	CTGCATATCTAGCAGGTATATAAGGTTTCCATACCATGCAGTTGACCAGC	137825

CR391929.9	1401	CAAATATTAAAGTGCAGTGATCGTTGGTTTTCTCAATGTAATCGGTCAAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137826	CAAATATTAAAGTGCAGTGATCGTTGGTTTTCTCAATGTAATCGGTCAAC	137875

CR391929.9	1451	CGACTGCACGCACATTGCTATAAAGGCGCCATCTGAATTTGCATACGTGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137876	CGACTGCACGCACATTGCTATAAAGGCGCCATCTGAATTTGCATACGTGA	137925

CR391929.9	1501	ATCGGAAACTTTTCTATTCAACAAATGTGCAAATAATATGAGACGTTCAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137926	ATCGGAAACTTTTCTATTCAACAAATGTGCAAATAATATGAGACGTTCAA	137975

CR391929.9	1551	ATGCGCTTAACAAATATTGTAGCAAGGTGGCCTTGGTCAACCTATGATTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	137976	ATGCGCTTAACAAATATTGTAGCAAGGTGGCCTTGGTCAACCTATGATTA	138025

CR391929.9	1601	ATTCATCCTCACAAACAGCATGGTTGGTATGAGGCTCCAAGGTGGCAGGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	138026	ATTCATCCTCACAAACAGCATGGTTGGTATGAGGCTCCAAGGTGGCAGGC	138075

CR391929.9	1651	ACTTGGTCAGTTTTGTCAGGGTTCTGCCACTCTGGTCTTGTAAATTCTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	138076	ACTTGGTCAGTTTTGTCAGGGTTCTGCCACTCTGGTCTTGTAAATTCTTG	138125

CR391929.9	1701	TTTTGATGGCACAGTCTGGACCCTAGCTCTGTCTTGTCCTGTTGTGCTCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	138126	TTTTGATGGCACAGTCTGGACCCTAGCTCTGTCTTGTCCTGTTGTGCTCG	138175

CR391929.9	1751	CCTTGAGTTTTTTTTGGGTTGAGCACTTGTTTTCTGTCATTGTGTGTGTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	138176	CCTTGAGTTTTTTTTGGGTTGAGCACTTGTTTTCTGTCATTGTGTGTGTC	138225

CR391929.9	1801	TCTGTGTGCACGCCGTCGTGAGAGCGCTCAGACTGTGCAGCTCTTGCTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	138226	TCTGTGTGCACGCCGTCGTGAGAGCGCTCAGACTGTGCAGCTCTTGCTTG	138275

CR391929.9	1851	ATGCGGGCGCACGGGGTCTGTGCGTACTTGGGATGTGCGATCTTGTACTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	138276	ATGCGGGCGCACGGGGTCTGTGCGTACTTGGGATGTGCGATCTTGTACTT	138325

CR391929.9	1901	GTGTTTGTTTTGTTCTGTCCACATCGGGCTGTTTCATTCACAGCGTCTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	138326	GTGTTTGTTTTGTTCTGTCCACATCGGGCTGTTTCATTCACAGCGTCTAA	138375

CR391929.9	1951	GTCTGGTTGTGTCACACCTGTTGTAGTGCCCTCATGTGGATACTTGAAGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR392338.16	138376	GTCTGGTTGTGTCACACCTGTTGTAGTGCCCTCATGTGGATACTTGAAGG	138425

Overview

Query
CR391929.9 - 223724 bps
Hit
CR392338.16 - 138425 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196720001200011364261384251
296.09552633174742175374-1561262491
397.4115401705171792173496-1636780721
495.93276325171055171379-1862289401
598.21259280170283170562-1894192201
690.973625202421324732110750112691
788.87387611174223174833144534451441
887.67212366174464174829145162455261
982.35322769174464175232146707474881
1091.6649915170483171397160661615531
1191.2252353171445171797161547618981
1294.3422102726171792174517162356650601
1391.52561784174592175375165058658591
1493.522733617165772017168830691841
1593.03227300197866198165-191937922371
1687.45378653197162197814-192339929991
1783.37243652117378118029-195708963501
1889.0425843213104113147211043871048151
1988.941160193713158113351711048161067511
20100315832281322811289671321941
Short-link