<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR933537.3	1	CTGACTTTAAAGATAGAGGAATGGGCCATGAGCCACGGAATACAGGTTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100197	CTGACTTTAAAGATAGAGGAATGGGCCATGAGCCACGGAATACAGGTTGC	100246

CR933537.3	51	TTCTAGAAGCTGGAGTAGTTGAGGAAACATGTTCTGTCCTAGAGCCTGCG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100247	TTCTAGAAGCTGGAGTAGTTGAGGAAACATGTTCTGTCCTAGAGCCTGCG	100296

CR933537.3	101	GAAGATGTGCAGCCCTGTAGATCCAATTTAGTCTTTCTTTCTCCAGATAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100297	GAAGATGTGCAGCCCTGTAGATCCAATTTAGTCTTTCTTTCTCCAGATAT	100346

CR933537.3	151	ATAAGATATTTTTGTTATTTTAAACACCAAATTTGTAGTAATTTGTTTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100347	ATAAGATATTTTTGTTATTTTAAACACCAAATTTGTAGTAATTTGTTTTA	100396

CR933537.3	201	GCAACAATGGAAAACTAATAGAGTTGGCATTCTATATGAAGGAATAGCTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100397	GCAACAATGGAAAACTAATAGAGTTGGCATTCTATATGAAGGAATAGCTT	100446

CR933537.3	251	TCCTTTGTTCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACGTGTGTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100447	TCCTTTGTTCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACGTGTGTGT	100496

CR933537.3	301	ATCAGGTATTATTTATCTATGTGTCTATCCATATATCTTAATATGGTCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100497	ATCAGGTATTATTTATCTATGTGTCTATCCATATATCTTAATATGGTCTT	100546

CR933537.3	351	ATGCATTCTTATTTCATTCTATCATTATTTTGATGCTGAAATGGTCAGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100547	ATGCATTCTTATTTCATTCTATCATTATTTTGATGCTGAAATGGTCAGTG	100596

CR933537.3	401	TTTTGGCTAGAGAGGATCCCTTCTGGGTGGCTTATATGTCTTTTTTATAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100597	TTTTGGCTAGAGAGGATCCCTTCTGGGTGGCTTATATGTCTTTTTTATAT	100646

CR933537.3	451	GTCTCCATACTTCTTAAAATATTTTCTTACTGTTGGCAAACTCAGATGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100647	GTCTCCATACTTCTTAAAATATTTTCTTACTGTTGGCAAACTCAGATGAA	100696

CR933537.3	501	CTTGACATATCTGACACTTTTCTTTGGGAGGAACAGATAACTTTGTTTAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100697	CTTGACATATCTGACACTTTTCTTTGGGAGGAACAGATAACTTTGTTTAT	100746

CR933537.3	551	CTTAGGTCAAATGACAAAAACTTTGAATAAAGCAATGGGGTTTCCTAATG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100747	CTTAGGTCAAATGACAAAAACTTTGAATAAAGCAATGGGGTTTCCTAATG	100796

CR933537.3	601	AACAATTCACTAGAAATGCATGGAGTAGATAACACCAAGAGATGGTAATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100797	AACAATTCACTAGAAATGCATGGAGTAGATAACACCAAGAGATGGTAATA	100846

CR933537.3	651	TTGTTGGCAAATATTTATTTTGTTATAACACCACATTTCTTTACCCTCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100847	TTGTTGGCAAATATTTATTTTGTTATAACACCACATTTCTTTACCCTCTC	100896

CR933537.3	701	AGGAAATGGAAAGTTTTTGTATTGTGCTTGAGAGTGGGGCAATGGTGAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100897	AGGAAATGGAAAGTTTTTGTATTGTGCTTGAGAGTGGGGCAATGGTGAAG	100946

CR933537.3	751	AACAGTGACTGGCTATGGGTTTGGGGAGTCATTTGGCAGGAGTGTAAATC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100947	AACAGTGACTGGCTATGGGTTTGGGGAGTCATTTGGCAGGAGTGTAAATC	100996

CR933537.3	801	CTTGAAATTTGAAGATCTTTCAAATTACCTTGATTCTCCTCAACAAAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	100997	CTTGAAATTTGAAGATCTTTCAAATTACCTTGATTCTCCTCAACAAAATA	101046

CR933537.3	851	CTAGCAAACCAAATCCAACAGCATATAAAAACCCAATTTCTTAGCTTTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101047	CTAGCAAACCAAATCCAACAGCATATAAAAACCCAATTTCTTAGCTTTTT	101096

CR933537.3	901	GTTGAAATAGCTATTTCCTCACGTTTTCTATCTTCTAGAGGTGACCTATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101097	GTTGAAATAGCTATTTCCTCACGTTTTCTATCTTCTAGAGGTGACCTATA	101146

CR933537.3	951	TTCCTTGGCTCATGGCCCATTCTTCTATCTTTAAAGTCAGCAGCAGAGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101147	TTCCTTGGCTCATGGCCCATTCTTCTATCTTTAAAGTCAGCAGCAGAGTA	101196

CR933537.3	1001	TCTTTTCTCTGACCTCCAGCCTCCCTCTTATATGGACACAGGTGATTATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101197	TCTTTTCTCTGACCTCCAGCCTCCCTCTTATATGGACACAGGTGATTATA	101246

CR933537.3	1051	TTAGCCTACCTGCCTAATCCAGGATAATATCCCCATCTCAAGATTCTGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101247	TTAGCCTACCTGCCTAATCCAGGATAATATCCCCATCTCAAGATTCTGAA	101296

CR933537.3	1101	TTTAATCACATCTATAAAAGTCCTTTTGCCATGTAAAGTAACATATAATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101297	TTTAATCACATCTATAAAAGTCCTTTTGCCATGTAAAGTAACATATAATC	101346

CR933537.3	1151	ACAGGCTCCACAGATTAGGGTGTGAGCATTTGCATCGCAGAGAAAAAGCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101347	ACAGGCTCCACAGATTAGGGTGTGAGCATTTGCATCGCAGAGAAAAAGCC	101396

CR933537.3	1201	TACCATGACCCCTTGCGTCCCAGGGATAAAGCCTACCATGATCAAGTAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101397	TACCATGACCCCTTGCGTCCCAGGGATAAAGCCTACCATGATCAAGTAGG	101446

CR933537.3	1251	CTTTATCCCTGAGAGGAAAGGTTGGTTCAACATATGCAAATCAATACATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101447	CTTTATCCCTGAGAGGAAAGGTTGGTTCAACATATGCAAATCAATACATG	101496

CR933537.3	1301	TGATTCATCACATAAACAGAAATGAAAACAAAAACCACATAATTATCTCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101497	TGATTCATCACATAAACAGAAATGAAAACAAAAACCACATAATTATCTCA	101546

CR933537.3	1351	ATACATGCAGAGAAGGCTTTCAATAAAATTCAACATCCCTTCATGTTAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101547	ATACATGCAGAGAAGGCTTTCAATAAAATTCAACATCCCTTCATGTTAAA	101596

CR933537.3	1401	AACCCTCAATAAACTAGGCATTGAAGGAATATACTTCAAAATAATAAAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101597	AACCCTCAATAAACTAGGCATTGAAGGAATATACTTCAAAATAATAAAAG	101646

CR933537.3	1451	CAATCTATAAAAAACCCACAGCCAACATCATACTGAATGGAAAAAGCTGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101647	CAATCTATAAAAAACCCACAGCCAACATCATACTGAATGGAAAAAGCTGG	101696

CR933537.3	1501	AAGCATTCCCCTTGAAAACCGGCATAAGACATGGATGCCCTCTCTCACCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101697	AAGCATTCCCCTTGAAAACCGGCATAAGACATGGATGCCCTCTCTCACCA	101746

CR933537.3	1551	CACCTATTCAACATAGTACTGGAAGTCCTGGCCAGAGCAATCAGGCAAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101747	CACCTATTCAACATAGTACTGGAAGTCCTGGCCAGAGCAATCAGGCAAGA	101796

CR933537.3	1601	GAAAGAAATGAAAGGCATCCAAATAAGAAGAGAGGAAGTTATACTATTCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101797	GAAAGAAATGAAAGGCATCCAAATAAGAAGAGAGGAAGTTATACTATTCC	101846

CR933537.3	1651	TGGTTGCAAAAGACATGAATCCGTATGAGAAAACCCCATAGTCTTGGTCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101847	TGGTTGCAAAAGACATGAATCCGTATGAGAAAACCCCATAGTCTTGGTCC	101896

CR933537.3	1701	AAAAGCTCCTTGATCTGATAAACAACTTCAGAAAAGTTTCAGGATACAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101897	AAAAGCTCCTTGATCTGATAAACAACTTCAGAAAAGTTTCAGGATACAAA	101946

CR933537.3	1751	AGCAATGTACAAAAATTTAGCATTCCCATACATCAACAACATTCAATCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101947	AGCAATGTACAAAAATTTAGCATTCCCATACATCAACAACATTCAATCTG	101996

CR933537.3	1801	AGGGCTAAATCAGGAATGCCATCCCATTCACAACTGCCACAAGAAGAATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	101997	AGGGCTAAATCAGGAATGCCATCCCATTCACAACTGCCACAAGAAGAATA	102046

CR933537.3	1851	AAATACCTAGAAATTCTGCTAACCAAGAACGTAAAACATCTCTACAATGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	102047	AAATACCTAGAAATTCTGCTAACCAAGAACGTAAAACATCTCTACAATGA	102096

CR933537.3	1901	GAATTACAAAAAACTGCTGAAAGAAATCAGAGGTGCCACAAACAAATGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	102097	GAATTACAAAAAACTGCTGAAAGAAATCAGAGGTGCCACAAACAAATGGA	102146

CR933537.3	1951	AAAACATCCCATGCTCATGGATACTAAGATTCAGTATCATTAAAATGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388415.2	102147	AAAACATCCCATGCTCATGGATACTAAGATTCAGTATCATTAAAATGGCC	102196

Overview

Query
CR933537.3 - 34431 bps
Hit
CR388415.2 - 102196 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link