<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR933538.3	1	GGTGGTGGAAGCAGAGATTTTTGAGAGGCACCTAACCTTCAGGGATCTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99471	GGTGGTGGAAGCAGAGATTTTTGAGAGGCACCTAACCTTCAGGGATCTGT	99520

CR933538.3	51	TGTTTGAATGTATGAAAAAGGAAGAGGGAAAATGGCTGGAATATGAGGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99521	TGTTTGAATGTATGAAAAAGGAAGAGGGAAAATGGCTGGAATATGAGGAA	99570

CR933538.3	101	TCGAGGATAGACATTGTTATAGGCTGAACTGTGCCCTCCCCCACTCCACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99571	TCGAGGATAGACATTGTTATAGGCTGAACTGTGCCCTCCCCCACTCCACA	99620

CR933538.3	151	CACACACACAAAGATAGGTTGAAGTCCTCCAAACCTCAGAATGTTACCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99621	CACACACACAAAGATAGGTTGAAGTCCTCCAAACCTCAGAATGTTACCTT	99670

CR933538.3	201	GTTTTGAAACAGGATCTTTACATAGGTAATCAAGTTAAAATGAAGGTCAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99671	GTTTTGAAACAGGATCTTTACATAGGTAATCAAGTTAAAATGAAGGTCAT	99720

CR933538.3	251	TAGGGTGGGCTCTAATCCAGATTGCTGACTTACAAAAAGAGGAAATTTGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99721	TAGGGTGGGCTCTAATCCAGATTGCTGACTTACAAAAAGAGGAAATTTGG	99770

CR933538.3	301	ACACAGAGACAAATGCATACAAAAGAAAATGTGCAGACCTATCACCCAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99771	ACACAGAGACAAATGCATACAAAAGAAAATGTGCAGACCTATCACCCAAA	99820

CR933538.3	351	GAACATGTGAGGCTACCAGAGGCTAGGAGACAGGCATGGAACAGATTCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99821	GAACATGTGAGGCTACCAGAGGCTAGGAGACAGGCATGGAACAGATTCTG	99870

CR933538.3	401	TCTCATGGCCGTCAGAAGGAACCAACACTGCTGACACCTTGATTTCAGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99871	TCTCATGGCCGTCAGAAGGAACCAACACTGCTGACACCTTGATTTCAGAC	99920

CR933538.3	451	TTCTACCTCCTGAACTTTGAGATAAATGTCTGTTGTTTCAGCCACCTACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99921	TTCTACCTCCTGAACTTTGAGATAAATGTCTGTTGTTTCAGCCACCTACT	99970

CR933538.3	501	TTGCGGTGCTTCATTAGAGCAGTACTAGGAAACTAATGCAGACATCAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	99971	TTGCGGTGCTTCATTAGAGCAGTACTAGGAAACTAATGCAGACATCAAAA	100020

CR933538.3	551	AGGACCTGATCACTTTTTAGGGCTAAAAGGAAGAAAATCTAACACAGACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100021	AGGACCTGATCACTTTTTAGGGCTAAAAGGAAGAAAATCTAACACAGACT	100070

CR933538.3	601	TTCATTCAATTCCCTTCCCTCCCTTCTTCTTTCCTTACCTGTCAGTCTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100071	TTCATTCAATTCCCTTCCCTCCCTTCTTCTTTCCTTACCTGTCAGTCTAT	100120

CR933538.3	651	GAAGCATTTTTTTGACCACTGGATAATCTTCAGGGAGATCATCCTCTGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100121	GAAGCATTTTTTTGACCACTGGATAATCTTCAGGGAGATCATCCTCTGAA	100170

CR933538.3	701	TTAGATGACTTGGATGTTGGGACTTCAAATCTACACAGATGAGGGGAAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100171	TTAGATGACTTGGATGTTGGGACTTCAAATCTACACAGATGAGGGGAAGG	100220

CR933538.3	751	GTCAGGAAATCAGCCCTCTGATCCTAATGCCCCCACGCATACCCCACTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100221	GTCAGGAAATCAGCCCTCTGATCCTAATGCCCCCACGCATACCCCACTCA	100270

CR933538.3	801	CATCTCTGGAGGAAGAAGGGATGAGACTATACCCCAGAAAACCTGCCTAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100271	CATCTCTGGAGGAAGAAGGGATGAGACTATACCCCAGAAAACCTGCCTAT	100320

CR933538.3	851	TAATGGGAACAAAGGTGTGGGCCCAGTGAGAACGTGATGGCTATGGCAGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100321	TAATGGGAACAAAGGTGTGGGCCCAGTGAGAACGTGATGGCTATGGCAGC	100370

CR933538.3	901	TGGTGAGAAAAGGAGGGAACAGAAAAGTGGAACTCACCGTCTCCATGTCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100371	TGGTGAGAAAAGGAGGGAACAGAAAAGTGGAACTCACCGTCTCCATGTCT	100420

CR933538.3	951	TCCTCATATCCTAGGATGGGCAGAAACAAACATGGATGTGAGCTCTGGGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100421	TCCTCATATCCTAGGATGGGCAGAAACAAACATGGATGTGAGCTCTGGGC	100470

CR933538.3	1001	TTCATTCCCTGGGGCATCCTTCCCTATCTCTCCCCTCCTCAGGTGAGTTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100471	TTCATTCCCTGGGGCATCCTTCCCTATCTCTCCCCTCCTCAGGTGAGTTC	100520

CR933538.3	1051	TGTCTGAGTTAGCAGTGTCCCTCCTCACCTTTCAGAGTGATCTCACCTCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100521	TGTCTGAGTTAGCAGTGTCCCTCCTCACCTTTCAGAGTGATCTCACCTCT	100570

CR933538.3	1101	TTACACACTGTGCTCCTTTCCCTCTCATTCTCCTCCTTCACCTTTCATGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100571	TTACACACTGTGCTCCTTTCCCTCTCATTCTCCTCCTTCACCTTTCATGA	100620

CR933538.3	1151	TCCCTCCTTCCTCTCACCCCATCACTTTTCCCTCATCCTCCTAACTCCAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100621	TCCCTCCTTCCTCTCACCCCATCACTTTTCCCTCATCCTCCTAACTCCAT	100670

CR933538.3	1201	CCCCACTGTCCTCCCCCTTTCCACTCCCCAAGGGTTCTCAATTCTCTTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100671	CCCCACTGTCCTCCCCCTTTCCACTCCCCAAGGGTTCTCAATTCTCTTTT	100720

CR933538.3	1251	CCCAGGCTCGTCCATGACTGTTTCTTGTCCTCAGAGCCCTTGCCTTCCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100721	CCCAGGCTCGTCCATGACTGTTTCTTGTCCTCAGAGCCCTTGCCTTCCTT	100770

CR933538.3	1301	GCTGCCTCCTCAGTCCCATTCTCTGTCTCTTTCAGCGGCCCCATCCTTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100771	GCTGCCTCCTCAGTCCCATTCTCTGTCTCTTTCAGCGGCCCCATCCTTAT	100820

CR933538.3	1351	CTACCTTCCCCAGTGCATCCCAGAAAAACATCTGTCCCTTCCTCCCTCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100821	CTACCTTCCCCAGTGCATCCCAGAAAAACATCTGTCCCTTCCTCCCTCCA	100870

CR933538.3	1401	TCACACAGACCAAACACACACCCAGAGCCCTCGGGCTAAGAGTTGGTATA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100871	TCACACAGACCAAACACACACCCAGAGCCCTCGGGCTAAGAGTTGGTATA	100920

CR933538.3	1451	TAAAAGCCTTACAATAAAGCTGCTTCCCCTCTTGCAATAAAAGCCCAGTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100921	TAAAAGCCTTACAATAAAGCTGCTTCCCCTCTTGCAATAAAAGCCCAGTG	100970

CR933538.3	1501	GCATTTATTGGGCCCTTTGCTTTGTGTCTCTGGACCCTGGCCAGGGAGGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	100971	GCATTTATTGGGCCCTTTGCTTTGTGTCTCTGGACCCTGGCCAGGGAGGC	101020

CR933538.3	1551	AGCTAGACTTGAATGTGTCCCAAAAGGCCCAGCAGATCCACAGAGTACTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	101021	AGCTAGACTTGAATGTGTCCCAAAAGGCCCAGCAGATCCACAGAGTACTA	101070

CR933538.3	1601	TGGGAGCCAGGAGAGGGCACTGGATGCTCCCCTCCAAACACTGGGATACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	101071	TGGGAGCCAGGAGAGGGCACTGGATGCTCCCCTCCAAACACTGGGATACC	101120

CR933538.3	1651	GACCCCTCCACTTCACTGTCTAGTGCTGATGGCTGGAGCAGGCCGATATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	101121	GACCCCTCCACTTCACTGTCTAGTGCTGATGGCTGGAGCAGGCCGATATG	101170

CR933538.3	1701	GTGGAGCGGGGGAGAGAGAAACAATTTGCATAATTGTGCCAATTACTTTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	101171	GTGGAGCGGGGGAGAGAGAAACAATTTGCATAATTGTGCCAATTACTTTC	101220

CR933538.3	1751	AGACTAATTAGGTCTATGAAGACTTCAAAGGGCAGAAGCAAGACCCAAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	101221	AGACTAATTAGGTCTATGAAGACTTCAAAGGGCAGAAGCAAGACCCAAGA	101270

CR933538.3	1801	CCAGCTTGGCTGCTGGGAAGAAGCCAGTCAGGAGTCCCAGACGCCCAGGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	101271	CCAGCTTGGCTGCTGGGAAGAAGCCAGTCAGGAGTCCCAGACGCCCAGGG	101320

CR933538.3	1851	GTCGGTCGGGCAAGGGAATGGGCTGGTTAGTGGCCAAGGAGCCGGGGCCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	101321	GTCGGTCGGGCAAGGGAATGGGCTGGTTAGTGGCCAAGGAGCCGGGGCCC	101370

CR933538.3	1901	AGGAGAGGCGCGGTGGGTAGATGGGTGGTAAGACTGGGATGTGGAGAGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	101371	AGGAGAGGCGCGGTGGGTAGATGGGTGGTAAGACTGGGATGTGGAGAGGA	101420

CR933538.3	1951	GCCAGAGGCCCCAGCGGCTGTTCTCCCGCACCTCGCCTCCACCCCTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388205.7	101421	GCCAGAGGCCCCAGCGGCTGTTCTCCCGCACCTCGCCTCCACCCCTGGCC	101470

Overview

Query
CR933538.3 - 3842 bps
Hit
CR388205.7 - 101470 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link