<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR407558.22	1	GAATTCACTTTTAGATTGATTTAAAGGTGCCATATAATGAACAGCTGGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30199	GAATTCACTTTTAGATTGATTTAAAGGTGCCATATAATGAACAGCTGGAT	30248

CR407558.22	51	ATACCTACTGTAGGCATAGATTAATAATAAGAGTTCACAACATGGAAATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30249	ATACCTACTGTAGGCATAGATTAATAATAAGAGTTCACAACATGGAAATG	30298

CR407558.22	101	ACATATCATGAGTCCCAATTGCCATTGTATCCTTATTCTCATGTAAATCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30299	ACATATCATGAGTCCCAATTGCCATTGTATCCTTATTCTCATGTAAATCC	30348

CR407558.22	151	TGTGAGTGTAAAATCTCAGTGAAAAATAGGCCAATCGGAATAAAATACAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30349	TGTGAGTGTAAAATCTCAGTGAAAAATAGGCCAATCGGAATAAAATACAG	30398

CR407558.22	201	ACTCTTATGAACTCCACATGGGATCATTAATATGGATAAGCATTTGATTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30399	ACTCTTATGAACTCCACATGGGATCATTAATATGGATAAGCATTTGATTG	30448

CR407558.22	251	GCCACAACGTTTCATATTGAGATTACAATGATATTTTTGCCTTACTTTTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30449	GCCACAACGTTTCATATTGAGATTACAATGATATTTTTGCCTTACTTTTA	30498

CR407558.22	301	AGTTTATCTAAGCTTGTATTACACTTATATATGTGATACTCTAATTTTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30499	AGTTTATCTAAGCTTGTATTACACTTATATATGTGATACTCTAATTTTGA	30548

CR407558.22	351	AAATCGAGCAGGGTTTAAAGGTCCCATAAAGTCCCAATCACACTAATCGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30549	AAATCGAGCAGGGTTTAAAGGTCCCATAAAGTCCCAATCACACTAATCGG	30598

CR407558.22	401	GCTTGGGCACGCTTACGTCATCGATGCTGCGCTGTTCAATGAGCGCTCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30599	GCTTGGGCACGCTTACGTCATCGATGCTGCGCTGTTCAATGAGCGCTCTC	30648

CR407558.22	451	GCTCAGCACAGTGGAGATTGCTCTTGTTATATCGTTTCAGTCGTTTGATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30649	GCTCAGCACAGTGGAGATTGCTCTTGTTATATCGTTTCAGTCGTTTGATA	30698

CR407558.22	501	TGCAGTGACATGCAGTCAAATATTTAGCCGAACAGATCCGCCACTTTTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30699	TGCAGTGACATGCAGTCAAATATTTAGCCGAACAGATCCGCCACTTTTGG	30748

CR407558.22	551	CGCTCATAAACAATCATAAAGTCCTCGTGCTGCAGGAACGAGGAGGTCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30749	CGCTCATAAACAATCATAAAGTCCTCGTGCTGCAGGAACGAGGAGGTCTG	30798

CR407558.22	601	CTGAAGGTGCACAGCTGTCGTGCAGTGAGGGGTTTGCGTATTTAATAAAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30799	CTGAAGGTGCACAGCTGTCGTGCAGTGAGGGGTTTGCGTATTTAATAAAC	30848

CR407558.22	651	TACGGCAGTTTGTGTTCACTGAACAGTAAGATTGATTAATAAGTCCAAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30849	TACGGCAGTTTGTGTTCACTGAACAGTAAGATTGATTAATAAGTCCAAAT	30898

CR407558.22	701	GAAACAGTCCCTTATAGTCACAACTCGCTTTCAGTTTCAAGCGTACCACG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30899	GAAACAGTCCCTTATAGTCACAACTCGCTTTCAGTTTCAAGCGTACCACG	30948

CR407558.22	751	CCAAAGCCCAAGTGAACCACGCTCAGGCCCACCTCTTCCAACCGGCCAGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30949	CCAAAGCCCAAGTGAACCACGCTCAGGCCCACCTCTTCCAACCGGCCAGG	30998

CR407558.22	801	GCCTGCCAAGTGAACCATGCTTAAGCCCGATTCAGCGCACTCACACTTCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	30999	GCCTGCCAAGTGAACCATGCTTAAGCCCGATTCAGCGCACTCACACTTCT	31048

CR407558.22	851	CAAACAATCCAGGAAACGGGCCTGGTCACGGTACGCATGGCATAGTGTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31049	CAAACAATCCAGGAAACGGGCCTGGTCACGGTACGCATGGCATAGTGTGA	31098

CR407558.22	901	GCAGGCCCTAAGTTGCATATAAAATTTACATTTCAAAACTGCCCAAATTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31099	GCAGGCCCTAAGTTGCATATAAAATTTACATTTCAAAACTGCCCAAATTT	31148

CR407558.22	951	TGTCAACCCTACAATGCCATGTTTTACCCGCACAATTGATTTTAAAACCG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31149	TGTCAACCCTACAATGCCATGTTTTACCCGCACAATTGATTTTAAAACCG	31198

CR407558.22	1001	CCCAATTGGGCAGGAAAACGCCCAATCTGGCAACACCGAACGCAGGATAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31199	CCCAATTGGGCAGGAAAACGCCCAATCTGGCAACACCGAACGCAGGATAT	31248

CR407558.22	1051	ACGGATATTCATTAATTTTCTTGTCAGCTTAGTTAATTAATCCTTTATTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31249	ACGGATATTCATTAATTTTCTTGTCAGCTTAGTTAATTAATCCTTTATTA	31298

CR407558.22	1101	ATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCAAACTTATCCAGCAAGTTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31299	ATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCAAACTTATCCAGCAAGTTTT	31348

CR407558.22	1151	TACGCAGCGGATGACCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31349	TACGCAGCGGATGACCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCAC	31398

CR407558.22	1201	ACACACATTCACACACACTACAGACAATTTAGCCTGTACCGCATGTCTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31399	ACACACATTCACACACACTACAGACAATTTAGCCTGTACCGCATGTCTTT	31448

CR407558.22	1251	GGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGGGAAACCCACACGAAGGCAGGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31449	GGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGGGAAACCCACACGAAGGCAGGG	31498

CR407558.22	1301	AGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCTAACTGAGCCGAGGTTCGAACC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31499	AGAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCTAACTGAGCCGAGGTTCGAACC	31548

CR407558.22	1351	AGCGACCTTCTTGCTGTGAGGAGACAGTACTACCTACTGCGCCACTGCCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31549	AGCGACCTTCTTGCTGTGAGGAGACAGTACTACCTACTGCGCCACTGCCT	31598

CR407558.22	1401	CGCGCATATAAGCATAAGGTCTGTTCAAATGTATGTTTTGGTATTTCAGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31599	CGCGCATATAAGCATAAGGTCTGTTCAAATGTATGTTTTGGTATTTCAGC	31648

CR407558.22	1451	ATGAATATTGTGAAATTTGGCACATTTGTTTTTGGAACGAGGCAACAAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31649	ATGAATATTGTGAAATTTGGCACATTTGTTTTTGGAACGAGGCAACAAAC	31698

CR407558.22	1501	CAAAATATATGAGTTTATTGCACATTTATGCATAGTGTCATATCACTCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31699	CAAAATATATGAGTTTATTGCACATTTATGCATAGTGTCATATCACTCAG	31748

CR407558.22	1551	CTCTTAGTGTAATTCCTAGTGTTGGAAATTGACCTGTAAAGGGCCACTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31749	CTCTTAGTGTAATTCCTAGTGTTGGAAATTGACCTGTAAAGGGCCACTTA	31798

CR407558.22	1601	CATATTGTGTCTTACATATTACATACAGCATGTGGAAGGTGCGAGGCACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31799	CATATTGTGTCTTACATATTACATACAGCATGTGGAAGGTGCGAGGCACA	31848

CR407558.22	1651	TTACTTGTTTTAGCGTCTATTGTTGCAGGGTGACTATCAACAGTTTTCTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31849	TTACTTGTTTTAGCGTCTATTGTTGCAGGGTGACTATCAACAGTTTTCTC	31898

CR407558.22	1701	AGAGGATGGCAAACCATCGCTGTAGCTCTAATATACGCTTTATTTATGGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31899	AGAGGATGGCAAACCATCGCTGTAGCTCTAATATACGCTTTATTTATGGA	31948

CR407558.22	1751	GAAAATAAAAAAGCACTGCAGTGTTTGGGTGCTCTGTGTTTATCTATATG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31949	GAAAATAAAAAAGCACTGCAGTGTTTGGGTGCTCTGTGTTTATCTATATG	31998

CR407558.22	1801	TGTATACCATTATTACTAAAATGTGTATTGTAAGGATTCATCCATTAGCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	31999	TGTATACCATTATTACTAAAATGTGTATTGTAAGGATTCATCCATTAGCT	32048

CR407558.22	1851	GCATTTTTCCTCCTAACCAGAAAGAGGTGCTCTTCTGACTTTTCAAATAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	32049	GCATTTTTCCTCCTAACCAGAAAGAGGTGCTCTTCTGACTTTTCAAATAC	32098

CR407558.22	1901	AGTCCAATTTCTATGCACCCTTCAAAACTGTGGATGGCAACACTTTCTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	32099	AGTCCAATTTCTATGCACCCTTCAAAACTGTGGATGGCAACACTTTCTTG	32148

CR407558.22	1951	CCATCTGTTGTGTGTCACCACTCAAGCCAGATTACAAACATCTGTGTTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388181.8	32149	CCATCTGTTGTGTGTCACCACTCAAGCCAGATTACAAACATCTGTGTTTT	32198

Overview

Query
CR407558.22 - 175706 bps
Hit
CR388181.8 - 32198 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001981200012000130199321981
294.554555154201154255-1476848221
382.835713026934270631669368261
498.7539804338643465-1859886771
598.7387756885764-1860086761
698.7237771659611660371860086771
710060125173643173767-1860487281
8100601251736421737661860487281
910039811545481546281860586851
101004083154546154628-1864887301
1189.0222134936393987116148165021
1288.9788135137870138004127235273701
1389.66197303102455102757127236275351
1492.59102134159274159407127236273701
1585.8212124710921338127268275351
1695.43166197102467102663-127543277391
1786.29102190175055175244-127543277391
1885.28981921615316344127543277391
1986.8108193105358105550127543277391
2097.834046107690107735127552275971
2194.5310412810911218-127593277201
2284.93162344102487102830131290316011
2384.66871884346543652-131337315121
2481.88501331603216164-131432315691
2593.54121156107532107687-131439315931
Short-link