<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR846084.6	1	CAGGAACAGGGTTGAGAACCCATGTTCTAAATCAATTGCAAAAACAAGTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217207	CAGGAACAGGGTTGAGAACCCATGTTCTAAATCAATTGCAAAAACAAGTG	217256

CR846084.6	51	CACTTCCACATTGTCGAATAAGGTCAATAAGTCAGGAACATATGGGCCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217257	CACTTCCACATTGTCGAATAAGGTCAATAAGTCAGGAACATATGGGCCAA	217306

CR846084.6	101	ATCCCCTTTCTACCCCTTAGCCCAGGGGTGTCCAAACTCAGTCCTGGAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217307	ATCCCCTTTCTACCCCTTAGCCCAGGGGTGTCCAAACTCAGTCCTGGAGG	217356

CR846084.6	151	GCGTGTCTCCTGCTGAGTTTACCACCAACTTCAACACACCTGCCTGGATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217357	GCGTGTCTCCTGCTGAGTTTACCACCAACTTCAACACACCTGCCTGGATG	217406

CR846084.6	201	TTTCTAGCATATCTAGTAAGAGCTTGATTAGCTTGCTCAGGTGTGTTTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217407	TTTCTAGCATATCTAGTAAGAGCTTGATTAGCTTGCTCAGGTGTGTTTGA	217456

CR846084.6	251	TTAGGGTTGGAGCTAAACTCTACAGGACACCGGCCCTCCAGGACAGAGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217457	TTAGGGTTGGAGCTAAACTCTACAGGACACCGGCCCTCCAGGACAGAGTG	217506

CR846084.6	301	TGGACAACCCTGCCTTAGCCCTTTCCTTCTGTTTCAGGCATTCACGTAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217507	TGGACAACCCTGCCTTAGCCCTTTCCTTCTGTTTCAGGCATTCACGTAAA	217556

CR846084.6	351	GGGTTAGGGGTGTCTTGATTTCCCTTTTTGGTAGAAGTCATATGGATAGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217557	GGGTTAGGGGTGTCTTGATTTCCCTTTTTGGTAGAAGTCATATGGATAGG	217606

CR846084.6	401	GAGAAATGCCAGATAGCTTTTCAAATACATTTTTCCAAGGACCACAATAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217607	GAGAAATGCCAGATAGCTTTTCAAATACATTTTTCCAAGGACCACAATAC	217656

CR846084.6	451	AATTGAAGGGGTATGAGAAATTTCCCTAAATACACCTGTTACCAACATGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217657	AATTGAAGGGGTATGAGAAATTTCCCTAAATACACCTGTTACCAACATGG	217706

CR846084.6	501	CTGCCAAAGCGAGCAATGATTTTTACAATTAAACTAACATCTGTTTATTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217707	CTGCCAAAGCGAGCAATGATTTTTACAATTAAACTAACATCTGTTTATTA	217756

CR846084.6	551	CATTATGGCATTTATATTTTACGGTCATAGTCTTATAGTAATGTTAAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217757	CATTATGGCATTTATATTTTACGGTCATAGTCTTATAGTAATGTTAAAAA	217806

CR846084.6	601	CAATTGCTAAATTCCACCAAGATATAATAACTACTGCATTATATTCTACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217807	CAATTGCTAAATTCCACCAAGATATAATAACTACTGCATTATATTCTACA	217856

CR846084.6	651	AATTTTAAATTCTGATACCAAATAACAGAAAAGCGGCAGGGAATATTTAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217857	AATTTTAAATTCTGATACCAAATAACAGAAAAGCGGCAGGGAATATTTAG	217906

CR846084.6	701	TGGAATATTTTCATGACCACCTCTTCATGTCGTGGAGTAGTAGGAATCTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217907	TGGAATATTTTCATGACCACCTCTTCATGTCGTGGAGTAGTAGGAATCTA	217956

CR846084.6	751	AAATAGAATTGGGATTGGGCCCTAATGTCAGGATGAGTAAATGATCAAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	217957	AAATAGAATTGGGATTGGGCCCTAATGTCAGGATGAGTAAATGATCAAAG	218006

CR846084.6	801	AATTTTCATTTTGGGGTGAACTATTTTGAGCATAACTCAATATATCAATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218007	AATTTTCATTTTGGGGTGAACTATTTTGAGCATAACTCAATATATCAATG	218056

CR846084.6	851	CTTTGTAACAGGGGTCGCCAATCTCATTCCTGGAGGTCCAGTGCCCTGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218057	CTTTGTAACAGGGGTCGCCAATCTCATTCCTGGAGGTCCAGTGCCCTGCA	218106

CR846084.6	901	GGGTTTAGCTCCAACTTGCCTCAACGCACCTGCCTGGGTGTTTCAAGTAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218107	GGGTTTAGCTCCAACTTGCCTCAACGCACCTGCCTGGGTGTTTCAAGTAT	218156

CR846084.6	951	ACCTAGTATGACCTTGATTAGCTTGTTCAGGTGTGTTTGATTAGGGTTGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218157	ACCTAGTATGACCTTGATTAGCTTGTTCAGGTGTGTTTGATTAGGGTTGG	218206

CR846084.6	1001	AGCTAAAATCTGCAGGACACCGGAACTCCAGGAACAAGTTTGGTGATCCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218207	AGCTAAAATCTGCAGGACACCGGAACTCCAGGAACAAGTTTGGTGATCCC	218256

CR846084.6	1051	TGCTTTGTAGGGTGATTTAATAGATATTATTACTACAGTATTGTCACTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218257	TGCTTTGTAGGGTGATTTAATAGATATTATTACTACAGTATTGTCACTTT	218306

CR846084.6	1101	TCTTTACATGTACAATGCTCCAGCAATAATCAGAGTAAGCAACAAAATCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218307	TCTTTACATGTACAATGCTCCAGCAATAATCAGAGTAAGCAACAAAATCT	218356

CR846084.6	1151	TGCACTGCAAATAAATAAAAAATAAATCAAATTTAAAAAGCAAAACAACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218357	TGCACTGCAAATAAATAAAAAATAAATCAAATTTAAAAAGCAAAACAACC	218406

CR846084.6	1201	TGAGAATGAGAACTTGAACAACTTTTCTTTGACTCCTCTTTCTCAGATGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218407	TGAGAATGAGAACTTGAACAACTTTTCTTTGACTCCTCTTTCTCAGATGG	218456

CR846084.6	1251	CTGATCTGGTAGACTTGGTTTCTCTTCTGCTTTCTGGCCTCTGATATGCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218457	CTGATCTGGTAGACTTGGTTTCTCTTCTGCTTTCTGGCCTCTGATATGCT	218506

CR846084.6	1301	TGAATCATATCAGATTCAACAGCTCAGACATTGCCATTGCCATCAGTGAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218507	TGAATCATATCAGATTCAACAGCTCAGACATTGCCATTGCCATCAGTGAC	218556

CR846084.6	1351	CACCTCACAGGCTTCCTGAAGATCACACTCATGGATTTAAGGGTAAGATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218557	CACCTCACAGGCTTCCTGAAGATCACACTCATGGATTTAAGGGTAAGATG	218606

CR846084.6	1401	TTTGCTCCACAGCTCTAGGTTTGACATCTTGAATTTAAGGATTTGACATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218607	TTTGCTCCACAGCTCTAGGTTTGACATCTTGAATTTAAGGATTTGACATT	218656

CR846084.6	1451	AATACTAGATCATCTGTTGGTTGATTCTCACTTTGGAGTCTGAACTCCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218657	AATACTAGATCATCTGTTGGTTGATTCTCACTTTGGAGTCTGAACTCCTA	218706

CR846084.6	1501	AAATTTTCAGGCTGCTGGCAATGGGTCTGTTCAACGTTATAGCTGGCATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218707	AAATTTTCAGGCTGCTGGCAATGGGTCTGTTCAACGTTATAGCTGGCATC	218756

CR846084.6	1551	CAGAATACATTGACCTACATGTTCCAGATGCACATATAAGTCCATGAAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218757	CAGAATACATTGACCTACATGTTCCAGATGCACATATAAGTCCATGAAGA	218806

CR846084.6	1601	CATTCCTTTGAAATTTGCACCATTAAATATGCATCACCAAACAATGGTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218807	CATTCCTTTGAAATTTGCACCATTAAATATGCATCACCAAACAATGGTAA	218856

CR846084.6	1651	ATTAGGATTTAAGTTGGATTTTGGGTTGTTTCAAGAAAAGCAAGGAAGCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218857	ATTAGGATTTAAGTTGGATTTTGGGTTGTTTCAAGAAAAGCAAGGAAGCA	218906

CR846084.6	1701	GGTTCAAAGCTGTTCCACAAAAATAATAACCGTCAGGTTTTAGATTACGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218907	GGTTCAAAGCTGTTCCACAAAAATAATAACCGTCAGGTTTTAGATTACGA	218956

CR846084.6	1751	GATACTTCTGGATCTGGTTGGTTCACAAGCTTGGGATGATTTGTTTTATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	218957	GATACTTCTGGATCTGGTTGGTTCACAAGCTTGGGATGATTTGTTTTATA	219006

CR846084.6	1801	GAATACAGTTGAAGATCTCTGCAACCAGTACTGGACCTGTAAGCTCTAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	219007	GAATACAGTTGAAGATCTCTGCAACCAGTACTGGACCTGTAAGCTCTAGA	219056

CR846084.6	1851	ACATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCAGAAATATAACATACGTGGTTCTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	219057	ACATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCAGAAATATAACATACGTGGTTCTA	219106

CR846084.6	1901	TTATCTCCACATTAAGATTCCTTGTACTAAAAGAAGATTCCAAATGACAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	219107	TTATCTCCACATTAAGATTCCTTGTACTAAAAGAAGATTCCAAATGACAA	219156

CR846084.6	1951	GGATTCATTGCTGCACAATGACAAAAACCAACAAAAGTTAGACAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388069.10	219157	GGATTCATTGCTGCACAATGACAAAAACCAACAAAAGTTAGACAAAGCTT	219206

Overview

Query
CR846084.6 - 77230 bps
Hit
CR388069.10 - 219206 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196420001200012172072192061
298.45621297456674694-1889990271
399.075310874566746731895090571
486.092565306093161460112841133791
582.87742156122961443124473246881
682.231623952023220626147808482011
785.06801747265372826-184250844231
887.3758951259412688-11039551040491
981.09731933431334505-11090231092231
1093.14458740327408911143661144231
1198.155054740327408511145071145601
1287561003453834637-11381221382211
1384.784993360713616311381691382601
1485.77127269609686123611514941517531
1588.821031653619536359-11527851529451
1686.63901603602536184-11527881529441
1783.13751624857348734-11572901574551
1890.284874345613463411717091717801
1997.572803456534644-11727061727851
2098.7576803442034499-11727921728711
Short-link