<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2019 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

  BX914204.20	167351	ACTATTTTAGTACACACAATGAAAAAGCCAAGTGAAATGTATGTATGTGT	167400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	142119	ACTATTTTAGTACACACAATGAAAAAGCCAAGTGAAATGTATGTATGTGT	142070

  BX914204.20	167401	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	167450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	142069	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	142020

  BX914204.20	167451	GTGTGTTTTTTCTGTTCATCTACCTCAAAGTTACCCAAAAGGCTGAGGTT	167500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	142019	GTGTGTTTTTTCTGTTCATCTACCTCAAAGTTACCCAAAAGGCTGAGGTT	141970

  BX914204.20	167501	GGCGGGTGGAGCGCTGGCACTGAGAATCTGATGCTGAGACTCATCATAGT	167550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141969	GGCGGGTGGAGCGCTGGCACTGAGAATCTGATGCTGAGACTCATCATAGT	141920

  BX914204.20	167551	CTTGTGATCTTTTCAAAACCCTGCAAACACACACACACACATACACACTT	167600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141919	CTTGTGATCTTTTCAAAACCCTGCAAACACACACACACACATACACACTT	141870

  BX914204.20	167601	CAGTCAGCCATTTTGGGTAGTCTGCAGCTTTAGGGATAACTCTAGTGTGT	167650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141869	CAGTCAGCCATTTTGGGTAGTCTGCAGCTTTAGGGATAACTCTAGTGTGT	141820

  BX914204.20	167651	GTGTGTGCACAGCAGATGGCAGTGCATGTAGGAAAGCCTCAGTAAAGGAA	167700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141819	GTGTGTGCACAGCAGATGGCAGTGCATGTAGGAAAGCCTCAGTAAAGGAA	141770

  BX914204.20	167701	ATGGCACAGTGAAATATGGAACAATGGCATTACAGCAGGAAATGAAAAAA	167750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141769	ATGGCACAGTGAAATATGGAACAATGGCATTACAGCAGGAAATGAAAAAA	141720

  BX914204.20	167751	GAGAGTCATACCTCCTATTGGCAGCCCATGGTACACCTCTGCAATGAATC	167800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141719	GAGAGTCATACCTCCTATTGGCAGCCCATGGTACACCTCTGCAATGAATC	141670

  BX914204.20	167801	AGAGACGTGTCTAAATCAAAATATCCTGTCTGGCTTTTTCTTTGAGGAAC	167850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141669	AGAGACGTGTCTAAATCAAAATATCCTGTCTGGCTTTTTCTTTGAGGAAC	141620

  BX914204.20	167851	CTGAGGGGGGGGAAAGGAGGAAGCAGATGAACACATTTACATCTTTTGTT	167900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141619	CTGAGGGGGGGGAAAGGAGGAAGCAGATGAACACATTTACATCTTTTGTT	141570

  BX914204.20	167901	TGGAGGCCTTTGACCGCTTCCACAATGCCCTTTCTATAAAGAGCTAATTA	167950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141569	TGGAGGCCTTTGACCGCTTCCACAATGCCCTTTCTATAAAGAGCTAATTA	141520

  BX914204.20	167951	TATTGTTACAAGACACTGTACTGCATTTGCAAGTGTATAAATGATTAACT	168000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141519	TATTGTTACAAGACACTGTACTGCATTTGCAAGTGTATAAATGATTAACT	141470

  BX914204.20	168001	GTCATAATAATAATAATAACAATAATAATAATAATAATAGACTTTTAATA	168050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141469	GTCATAATAATAATAATAACAATAATAATAATAATAATAGACTTTTAATA	141420

  BX914204.20	168051	AAACAATCAAACAAACTAAATAAAAAAACTCGAGTGACGCTTCATCCATG	168100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141419	AAACAATCAAACAAACTAAATAAAAAAACTCGAGTGACGCTTCATCCATG	141370

  BX914204.20	168101	TCACAATAAACTTCTTTCTGTTTATTTTGAGGACACAAATTAGGATATTT	168150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141369	TCACAATAAACTTCTTTCTGTTTATTTTGAGGACACAAATTAGGATATTT	141320

  BX914204.20	168151	TGGACAAAATCTACAAACTCCCCGACCCTTCATAGACAGCAATGGTCTCA	168200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141319	TGGACAAAATCTACAAACTCCCCGACCCTTCATAGACAGCAATGGTCTCA	141270

  BX914204.20	168201	AGACACCCAGAAAAGAAAACTAAATCTTCCTCAAAACAGTCCATGAGTCT	168250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141269	AGACACCCAGAAAAGAAAACTAAATCTTCCTCAAAACAGTCCATGAGTCT	141220

  BX914204.20	168251	TCAGTCGTTCAATTATGACAATGATATCAAGCACAAGACATCTAAATAAC	168300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141219	TCAGTCGTTCAATTATGACAATGATATCAAGCACAAGACATCTAAATAAC	141170

  BX914204.20	168301	ACTTTTATTTAACATTTCAGTATTGTAGCTTTCTGGATTTTTTAAAGTCC	168350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141169	ACTTTTATTTAACATTTCAGTATTGTAGCTTTCTGGATTTTTTAAAGTCC	141120

  BX914204.20	168351	TATGACTCTTGCTTCTCTATGCAGGATCCGAGAGCTCTAAAATTTCATCT	168400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141119	TATGACTCTTGCTTCTCTATGCAGGATCCGAGAGCTCTAAAATTTCATCT	141070

  BX914204.20	168401	AAAAAGATGAATGAAGGTCACGGGTGTTTGAAATGACATGAGAGTAACCA	168450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141069	AAAAAGATGAATGAAGGTCACGGGTGTTTGAAATGACATGAGAGTAACCA	141020

  BX914204.20	168451	GGGCCAGTGCGTCCATAGAGGCGACCTAGGCGGCTGCCTAGGGCGACAGA	168500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	141019	GGGCCAGTGCGTCCATAGAGGCGACCTAGGCGGCTGCCTAGGGCGACAGA	140970

  BX914204.20	168501	ATAAAGAGGGCAGTGTCCCTGAAACTACCCTTGCCACCCGCGCACTCGGT	168550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140969	ATAAAGAGGGCAGTGTCCCTGAAACTACCCTTGCCACCCGCGCACTCGGT	140920

  BX914204.20	168551	TATATCTGGGTTTAGAGCGGCAGAATAGAGAGAGCGGCGTCCCTGACACT	168600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140919	TATATCTGGGTTTAGAGCGGCAGAATAGAGAGAGCGGCGTCCCTGACACT	140870

  BX914204.20	168601	ACCCTCACCACCCGCGCCCCTTAGTTATATCCTTGTCTGGGGATAGAGAA	168650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140869	ACCCTCACCACCCGCGCCCCTTAGTTATATCCTTGTCTGGGGATAGAGAA	140820

  BX914204.20	168651	CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTTTTCATTTTAGGGTTGAGGGC	168700
			|||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140819	CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--CCCCGTTTTCATTTTAGGGTTGAGGGC	140772

  BX914204.20	168701	GGCGTGACTGTCCTTTGCCTAGAGCGGCAGTTCAGCTTGCTCCGGCCCTA	168750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140771	GGCGTGACTGTCCTTTGCCTAGAGCGGCAGTTCAGCTTGCTCCGGCCCTA	140722

  BX914204.20	168751	AGAGTAACTAGTCATGAAATTCATGGGAAATGATAAACAGTTAAACATTT	168800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140721	AGAGTAACTAGTCATGAAATTCATGGGAAATGATAAACAGTTAAACATTT	140672

  BX914204.20	168801	TGTTTAAGCTTCAAAGCTAACCTAATTACATCAACTTTTAGGAATGTTCT	168850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140671	TGTTTAAGCTTCAAAGCTAACCTAATTACATCAACTTTTAGGAATGTTCT	140622

  BX914204.20	168851	ATTACCAAGGATGGCAAAATCGAACTCAGCACACATACAGTTGAGATCAA	168900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140621	ATTACCAAGGATGGCAAAATCGAACTCAGCACACATACAGTTGAGATCAA	140572

  BX914204.20	168901	AATGATTAGCCCTCCTGTAAATTTCTTTTTTAAATACTACACAAATTATG	168950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140571	AATGATTAGCCCTCCTGTAAATTTCTTTTTTAAATACTACACAAATTATG	140522

  BX914204.20	168951	TTTAACAGAGGAAGAATTTTTTCACAGTATTTGCTATAATATTTTATTTT	169000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140521	TTTAACAGAGGAAGAATTTTTTCACAGTATTTGCTATAATATTTTATTTT	140472

  BX914204.20	169001	ATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATGAAAGCAGTTTTTAAAATTTTAAAAGA	169050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140471	ATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATGAAAGCAGTTTTTAAAATTTTAAAAGA	140422

  BX914204.20	169051	GATTTTAGGGCCAAAATTATTAGCCCCCTTTAAGCTATATATATATATAT	169100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140421	GATTTTAGGGCCAAAATTATTAGCCCCCTTTAAGCTATATATATATATAT	140372

  BX914204.20	169101	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	169150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
C  CR388063.9	140371	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA-	140323

  BX914204.20	169151	ATATATATATATATATAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTGTCT	169200
			                ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140322	----------------AAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTGTCT	140289

  BX914204.20	169201	ACATAACAAACCATCATTATACAGTTATTTGCCTAATTACCCTAACTTGC	169250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140288	ACATAACAAACCATCATTATACAGTTATTTGCCTAATTACCCTAACTTGC	140239

  BX914204.20	169251	CTAGTTACACCAATTAACCTAGTTAGGTCTTTAAATTGTACTTTAAGCTG	169300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140238	CTAGTTACACCAATTAACCTAGTTAGGTCTTTAAATTGTACTTTAAGCTG	140189

  BX914204.20	169301	AATACTAGTATCTTGAAAAATATCTATAAAATATTATGTACTGTCATCAT	169350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140188	AATACTAGTATCTTGAAAAATATCTATAAAATATTATGTACTGTCATCAT	140139

  BX914204.20	169351	GGCAAGGACAAAAGAATTC	169369
			|||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140138	GGCAAGGACAAAAGAATTC	140120

Compact alignment

skip 1300 bps 100% identity alignment

  BX914204.20	168651	CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTTTTCATTTTAGGGTTGAGGGC	168700
			|||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140819	CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--CCCCGTTTTCATTTTAGGGTTGAGGGC	140772

skip 400 bps 100% identity alignment

  BX914204.20	169101	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	169150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
C  CR388063.9	140371	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA-	140323

  BX914204.20	169151	ATATATATATATATATAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTGTCT	169200
			                ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
C  CR388063.9	140322	----------------AAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTGTCT	140289

skip 169 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX914204.20 - 169369 bps
Hit
CR388063.9 - 142119 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2019 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95020191673511693691140120142119-1
Short-link