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Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

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CR931938.9	51	AACAACACAGTGGTTACGAATGCATCTGATGATAGAGATGGAATGTTAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388054.11	160568	AACAACACAGTGGTTACGAATGCATCTGATGATAGAGATGGAATGTTAGT	160617

CR931938.9	101	TAATGGCTGCATTTCACCAATCCAGTCATTTAGTAAACAAAAAATAGTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388054.11	160618	TAATGGCTGCATTTCACCAATCCAGTCATTTAGTAAACAAAAAATAGTCA	160667

CR931938.9	151	ATACTCATTATTCATTTTCCTTTGGCTTAGTCCCTCTATTCACACAGCGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388054.11	160668	ATACTCATTATTCATTTTCCTTTGGCTTAGTCCCTCTATTCACACAGCGG	160717

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			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388054.11	160718	AATGAGCCGCCACCTTATCCAGCATATGTTTTACACTGCGGAAGCCCTTC	160767

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			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CR931938.9	751	AAGTGCCATCTAGAATTTTTTTCTACAATGAGCATATTTCTCTTATGTTT	800
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CR931938.9	1151	ATCAATATTGCATTTTTGCCATATCGCCCAGCCTTTAAATTGTTTTAAAA	1200
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CR931938.9	1201	TATAATATATATTCATTTATAATAATAATAATAATAATAATAATATCAAT	1250
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CR388054.11	161718	TATAATATATATTCATTTATAATAATAATAATAATAATAATAATATCAAT	161767

CR931938.9	1251	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388054.11	161768	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	161817

CR931938.9	1301	TATATAT-------------------------------------------	1307
			|||||||                                           
CR388054.11	161818	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	161867

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			         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR388054.11	161918	GCACTGGTGGGAGGCGTGCGTTGGCACAAGGCCGCAGGCCGACCGCCTTA	161967

CR931938.9	1399	GTGCCCCCACCAATGCCGATATACAGCCATATTGCACTGCGAGTGTGATA	1448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CR931938.9	1449	TTGCGTTAATACAACATTTTGACGACATAATTGTGTATATAAAAACAAAA	1498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CR931938.9	1499	GCAAACATGGAGAGTCTCAAAAACCCTTTTGTATGAGGAACTACTTTCTT	1548
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			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CR931938.9	1599	CTTTTAAACTTTAGATCTGTAGTGTCTGCTTTTTGCTGGCTGTATGTGGG	1648
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CR931938.9	1649	TGGAGTATTACACAAAGGGTAAAGAGGCTGTACGGGTGCTGATACTACTT	1698
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			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CR931938.9	1749	TTGTATAAATATATTTTATATACAAATTTTATATATAAAGTTTATATACA	1798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CR931938.9	1799	TGTATATTATAAGTAGCTGTTAATGCTTTCAGATTTAAGAGTACCCCAAC	1848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CR931938.9	1849	AATGACTGAAGCCACAAAAAAATGGAGGGTCCATAGAATGGCATAGCAAT	1898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Compact alignment

skip 1300 bps 100% identity alignment

CR931938.9	1301	TATATAT-------------------------------------------	1307
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