<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR450779.8	177982	ACTGCAAAAAATGCTTTTCTTACTTAGATTTTTTGTCTTGTTTCGAGTCC	178031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1	ACTGCAAAAAATGCTTTTCTTACTTAGATTTTTTGTCTTGTTTCGAGTCC	50

CR450779.8	178032	AAATGTCTAAAAAATCTCAAAACAAGAAGAATTTTCTAGACAAGCAAAAC	178081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	51	AAATGTCTAAAAAATCTCAAAACAAGAAGAATTTTCTAGACAAGCAAAAC	100

CR450779.8	178082	ATATTGTCTTGTTTTGTGAAATATTATGCCATAATTAAGTGAGTTTTTCC	178131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	101	ATATTGTCTTGTTTTGTGAAATATTATGCCATAATTAAGTGAGTTTTTCC	150

CR450779.8	178132	TTAATTCAAGCAAAATAATCTGCCAATGGGGTAAGCAAAATAATCTTATG	178181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	151	TTAATTCAAGCAAAATAATCTGCCAATGGGGTAAGCAAAATAATCTTATG	200

CR450779.8	178182	TCAAAAGGAAAAACAAAATTATTTTGCTTACCCCATTGGCAGATTATGTT	178231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	201	TCAAAAGGAAAAACAAAATTATTTTGCTTACCCCATTGGCAGATTATGTT	250

CR450779.8	178232	GCTTGTTTTAAGAAAAAACTCACTTAATATTGGCATTTTATTTCTCAAAA	178281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	251	GCTTGTTTTAAGAAAAAACTCACTTAATATTGGCATTTTATTTCTCAAAA	300

CR450779.8	178282	CAAGACAATATATCTTGCTTGTCTAGAAAACTGACCTTTATTTAAGAATA	178331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	301	CAAGACAATATATCTTGCTTGTCTAGAAAACTGACCTTTATTTAAGAATA	350

CR450779.8	178332	TTTAGATATTTGGACTTGAAACAAGACAAAAAATCTAAATAAGAAAAGCA	178381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	351	TTTAGATATTTGGACTTGAAACAAGACAAAAAATCTAAATAAGAAAAGCA	400

CR450779.8	178382	TTTTTTTGAAGTGTGAAGTTTAACTAAGTCTAAATGATAAATAAATGAAT	178431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	401	TTTTTTTGAAGTGTGAAGTTTAACTAAGTCTAAATGATAAATAAATGAAT	450

CR450779.8	178432	ACATCTATCTAAGCTTAACCAATTATGCTGTGATTATAAAATAAACAAAA	178481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	451	ACATCTATCTAAGCTTAACCAATTATGCTGTGATTATAAAATAAACAAAA	500

CR450779.8	178482	TAGTTAAGAAAAAAATAAAGAAAAAGAACAGGGATAAACAACAAAAAAAG	178531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	501	TAGTTAAGAAAAAAATAAAGAAAAAGAACAGGGATAAACAACAAAAAAAG	550

CR450779.8	178532	AGAGATTTTCTTAATAGTCAATAATATTTTCCGCAGGAGGGGAGGTACAT	178581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	551	AGAGATTTTCTTAATAGTCAATAATATTTTCCGCAGGAGGGGAGGTACAT	600

CR450779.8	178582	TAGCCTTTGTTCGCTAAAAGTCCAATAAAGCAGGGCTGCCAGTCTCAGCG	178631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	601	TAGCCTTTGTTCGCTAAAAGTCCAATAAAGCAGGGCTGCCAGTCTCAGCG	650

CR450779.8	178632	CAGTTTCAAAGCTTTATTAGAACAGGCACAGTAAAGCCAGTAAATCCAGC	178681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	651	CAGTTTCAAAGCTTTATTAGAACAGGCACAGTAAAGCCAGTAAATCCAGC	700

CR450779.8	178682	CTTACATCTTTCTGAAATAGACCCACTGCAGTGCCCTGCAGAGAGCAGTC	178731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	701	CTTACATCTTTCTGAAATAGACCCACTGCAGTGCCCTGCAGAGAGCAGTC	750

CR450779.8	178732	TCAACTTCCAGTTGCTTGCCTCTTAAGCCAAATGGACTCTTGCAATGTGT	178781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	751	TCAACTTCCAGTTGCTTGCCTCTTAAGCCAAATGGACTCTTGCAATGTGT	800

CR450779.8	178782	CGACTACCCTTTATTTCCATAAACATTCATCTCAGCACAAGCAAGACAGA	178831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	801	CGACTACCCTTTATTTCCATAAACATTCATCTCAGCACAAGCAAGACAGA	850

CR450779.8	178832	AGCACTGGGGAGAAACTCTGTGCTTTTTGTCACCTATCCCGAGGTCTTGC	178881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	851	AGCACTGGGGAGAAACTCTGTGCTTTTTGTCACCTATCCCGAGGTCTTGC	900

CR450779.8	178882	CTGCGTGCAGAACAGCGGGAACTTGTGCTGCATTGCTGCATTTATCAAAG	178931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	901	CTGCGTGCAGAACAGCGGGAACTTGTGCTGCATTGCTGCATTTATCAAAG	950

CR450779.8	178932	CCATTTCTCAAGCCATTTTCTTCCACGTGAGTAAAATTGCCAGAAACCCA	178981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	951	CCATTTCTCAAGCCATTTTCTTCCACGTGAGTAAAATTGCCAGAAACCCA	1000

CR450779.8	178982	GTCGCTAATGTCATGTACAAAAATGTAAATCAGCTTCCAAAGAAAATGTT	179031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1001	GTCGCTAATGTCATGTACAAAAATGTAAATCAGCTTCCAAAGAAAATGTT	1050

CR450779.8	179032	AAGGTGATGAAAAGGTTACACCACCTTCACAGAATACCATTAAGATCAGT	179081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1051	AAGGTGATGAAAAGGTTACACCACCTTCACAGAATACCATTAAGATCAGT	1100

CR450779.8	179082	TTCACTCTTATTTGTGACTAAAAAACCCTGAAATGCATTAAAGGAATTGT	179131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1101	TTCACTCTTATTTGTGACTAAAAAACCCTGAAATGCATTAAAGGAATTGT	1150

CR450779.8	179132	TCACCAAAAATTGCATAACTTTATTCTTTTTTCAAACCTTCACATGTTTC	179181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1151	TCACCAAAAATTGCATAACTTTATTCTTTTTTCAAACCTTCACATGTTTC	1200

CR450779.8	179182	TTTTTTTCTGTTGAACACAAAAGAAGGTATTTTGAAGAAAGCTGAAAATT	179231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1201	TTTTTTTCTGTTGAACACAAAAGAAGGTATTTTGAAGAAAGCTGAAAATT	1250

CR450779.8	179232	TTACTTCTATAGTAGGAAAAAGATAATAATATGAAAGGCAGTGGTTCCTT	179281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1251	TTACTTCTATAGTAGGAAAAAGATAATAATATGAAAGGCAGTGGTTCCTT	1300

CR450779.8	179282	GTTTACAGTTTTCTTTAAAAATCTACTTTTGTGATATCAGAAAAAGAAAA	179331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1301	GTTTACAGTTTTCTTTAAAAATCTACTTTTGTGATATCAGAAAAAGAAAA	1350

CR450779.8	179332	CTAGAGATTTGGGCCACTTTCAGGAGTACAAAAGTGAGTAGTTTTCATTT	179381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1351	CTAGAGATTTGGGCCACTTTCAGGAGTACAAAAGTGAGTAGTTTTCATTT	1400

CR450779.8	179382	TTAGGTGAACTATCCCTTCAAGGAGCATTTGTGCAAATATTAAATTCTTG	179431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1401	TTAGGTGAACTATCCCTTCAAGGAGCATTTGTGCAAATATTAAATTCTTG	1450

CR450779.8	179432	CAGGATCTTAAATGGGAAAAGTTACTTCCCTTTTTTTGAGTTTGCATGAT	179481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1451	CAGGATCTTAAATGGGAAAAGTTACTTCCCTTTTTTTGAGTTTGCATGAT	1500

CR450779.8	179482	ATAACTCATGTATGTATTAATGCTATCTCATTATCCCTTTGGGTTTTAGT	179531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1501	ATAACTCATGTATGTATTAATGCTATCTCATTATCCCTTTGGGTTTTAGT	1550

CR450779.8	179532	TCTAAAAAAAACTTACCCCTTATATACTTTCTTTAAATAGTTTAATCACA	179581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1551	TCTAAAAAAAACTTACCCCTTATATACTTTCTTTAAATAGTTTAATCACA	1600

CR450779.8	179582	ATACAAGATATTTTTAATAAACTCTTAATATGCTTATAGCAAAAATGTCT	179631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1601	ATACAAGATATTTTTAATAAACTCTTAATATGCTTATAGCAAAAATGTCT	1650

CR450779.8	179632	ATTAAGCCTTAATCATATTTTGCTATTACACTATACACAGCACTTTTTTA	179681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1651	ATTAAGCCTTAATCATATTTTGCTATTACACTATACACAGCACTTTTTTA	1700

CR450779.8	179682	GATTTCGAGAAGCTCATTTAAGTGGAAGAATATAATAGGACTAAAACTTG	179731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1701	GATTTCGAGAAGCTCATTTAAGTGGAAGAATATAATAGGACTAAAACTTG	1750

CR450779.8	179732	CCTAAAGCTAATCTGTTTACCCAAAAATTGAATCAGCAATTTCTCCCCCT	179781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1751	CCTAAAGCTAATCTGTTTACCCAAAAATTGAATCAGCAATTTCTCCCCCT	1800

CR450779.8	179782	CATTCTACACTGACATAACTACTTTCATAAGAAAGAAAAATAGATTATAT	179831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1801	CATTCTACACTGACATAACTACTTTCATAAGAAAGAAAAATAGATTATAT	1850

CR450779.8	179832	TTTACTGCACTGTTTATTATCTCTCTTTTTTTTTAACTAAAACGGTGTGT	179881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1851	TTTACTGCACTGTTTATTATCTCTCTTTTTTTTTAACTAAAACGGTGTGT	1900

CR450779.8	179882	TTGACTGTTGTGCTTTATTCTCAAATGCTGCACTTAATTTAAAAGAAGCG	179931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1901	TTGACTGTTGTGCTTTATTCTCAAATGCTGCACTTAATTTAAAAGAAGCG	1950

CR450779.8	179932	GAAAATGCAAACAAAATCAGATCAAAATTTGTCTTTTATTTAGGGAATTC	179981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385090.8	1951	GAAAATGCAAACAAAATCAGATCAAAATTTGTCTTTTATTTAGGGAATTC	2000

Overview

Query
CR450779.8 - 179981 bps
Hit
CR385090.8 - 140222 bps
Total alignments
42
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190020001779821799811120001
283.071153131520015512169885701911
392.69791246552965652-196760968821
488.185710886688775144005441141
598.895690172798172887-143942440311
690.915577119247119323-11256211256971
794.59501111694917059-151840519501
895.244784172798172881157185572681
997.03461011695217052151840519401
1081.8245121123513123633-130998311181
1191.67441081695317060-143930440371
1210044761698717062-197157972321
1397.5343815351253592-143929440091
1410043825351153592151852519331
1594.684394172794172887-151853519461
1698.08425287068757-169612696631
1790.74411081695117058143930440371
1897.5341815351253592143930440101
1992.224090172798172887-11215221216111
2010039815351153591-151851519311
2198.7539802321323292197160972391
2210038655143051494-197157972211
2398.7238785351853595197159972361
2496.08371021695017051159834599351
2510037775351253588159835599111
2697.33774172816172889-197157972301
2798.6536742321223285143926439991
2898.6336732321323285-143932440041
2995.28361061694917054-159835599401
3098.7736815351153591-159835599151
3110036732321323285159836599081
3293.6736774736747443197142972201
3310036741697317046197159972321
3410036745351253585-197159972321
3597.536802320623285-197161972401
3698.6336735352053592-11215211215931
3798.633673535205359211215221215941
3898.593571172817172887143927439971
3997.6735862320023285151827519121
40100357174417511197164972341
4198.61357274387509-197165972361
4295.43586169671705211215071215931
Short-link