<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  AL805945.5	212604	GAATTCATCAGCTTGAGGTTGGTGTGTTTGTGTGTGTTTGTCAGAAATCC	212555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	134827	GAATTCATCAGCTTGAGGTTGGTGTGTTTGTGTGTGTTTGTCAGAAATCC	134876

C  AL805945.5	212554	TTGAGGATTCAGTCCCTCAGGGTCACGTCAAATCCAATCATTTTAAAAGC	212505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	134877	TTGAGGATTCAGTCCCTCAGGGTCACGTCAAATCCAATCATTTTAAAAGC	134926

C  AL805945.5	212504	CACATGACTGCTGTTACACACTACACACCACACACACAAACCAGAATTTA	212455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	134927	CACATGACTGCTGTTACACACTACACACCACACACACAAACCAGAATTTA	134976

C  AL805945.5	212454	TATATATATATATATATTTGTAGATTTTTGCAGTCACAGGAGATTGATGT	212405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	134977	TATATATATATATATATTTGTAGATTTTTGCAGTCACAGGAGATTGATGT	135026

C  AL805945.5	212404	GTAGGCGGTAACTGTTGTCATGATGATGTCCTCAATATACACCGATTTAA	212355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135027	GTAGGCGGTAACTGTTGTCATGATGATGTCCTCAATATACACCGATTTAA	135076

C  AL805945.5	212354	AAAAACTCCTTCATTTGTTTATTGTAATTGTGGATGTGAAATAAGAGAGT	212305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135077	AAAAACTCCTTCATTTGTTTATTGTAATTGTGGATGTGAAATAAGAGAGT	135126

C  AL805945.5	212304	ATTCGCGGTGGTGTCACAAAGAGGAAATGTGTGTATTGCTCGTCGAACAA	212255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135127	ATTCGCGGTGGTGTCACAAAGAGGAAATGTGTGTATTGCTCGTCGAACAA	135176

C  AL805945.5	212254	ACACAACCACGTGTGATGTATGTACATGTGACGTCAATAAATTTGTTGCA	212205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135177	ACACAACCACGTGTGATGTATGTACATGTGACGTCAATAAATTTGTTGCA	135226

C  AL805945.5	212204	AAAGCAACCGCTAAAAGAACCAACAGTGTAAAATGCTTGCAGCTCCTCAC	212155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135227	AAAGCAACCGCTAAAAGAACCAACAGTGTAAAATGCTTGCAGCTCCTCAC	135276

C  AL805945.5	212154	ATGAGACTCATGTGTTCATCTCTAGCTGGTTATTAACTCGGTCAAAACAC	212105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135277	ATGAGACTCATGTGTTCATCTCTAGCTGGTTATTAACTCGGTCAAAACAC	135326

C  AL805945.5	212104	TCTGGGGCTTTGTTCAGACATACAGCAAAAATGAGTGAATTAATATGCAT	212055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135327	TCTGGGGCTTTGTTCAGACATACAGCAAAAATGAGTGAATTAATATGCAT	135376

C  AL805945.5	212054	ATGGGAAATTTAAAAAATAGCATGAATAATTTGTAAATGATTGTATAAAG	212005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135377	ATGGGAAATTTAAAAAATAGCATGAATAATTTGTAAATGATTGTATAAAG	135426

C  AL805945.5	212004	CTATTACAAAATAAATACATGCAAATTACATCAAAATAAATGAATATATA	211955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135427	CTATTACAAAATAAATACATGCAAATTACATCAAAATAAATGAATATATA	135476

C  AL805945.5	211954	CAGTGTTCAGCATAATAGAGTACACACATATTTTTATTAATTTCTCAGGC	211905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135477	CAGTGTTCAGCATAATAGAGTACACACATATTTTTATTAATTTCTCAGGC	135526

C  AL805945.5	211904	AGTATAGGCAATGTGTTTTGGTGCATTTAATCAAAACAGATGTACTAAAC	211855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135527	AGTATAGGCAATGTGTTTTGGTGCATTTAATCAAAACAGATGTACTAAAC	135576

C  AL805945.5	211854	AGATATATTTATTAAAATAATATTTTAGTCACCAAACATTTAGAAATTGA	211805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135577	AGATATATTTATTAAAATAATATTTTAGTCACCAAACATTTAGAAATTGA	135626

C  AL805945.5	211804	AAGACAATATAATTAAATTCAAGCTAAATATTGCAAAAAAAAAAAAAAAA	211755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135627	AAGACAATATAATTAAATTCAAGCTAAATATTGCAAAAAAAAAAAAAAAA	135676

C  AL805945.5	211754	AAACTGCTAATTTTCAATTTTCTTTGATTCTCTTGATTTTTCCTCTTTTA	211705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135677	AAACTGCTAATTTTCAATTTTCTTTGATTCTCTTGATTTTTCCTCTTTTA	135726

C  AL805945.5	211704	AAATTTGCATTCAATATTTTTTTATAACATAAATTTGGGTGTGCTAGTTT	211655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135727	AAATTTGCATTCAATATTTTTTTATAACATAAATTTGGGTGTGCTAGTTT	135776

C  AL805945.5	211654	TTGGACTGTTATCGTAAGTTACTTTGTTAGATAGGCTCCAGATTTCGCTT	211605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135777	TTGGACTGTTATCGTAAGTTACTTTGTTAGATAGGCTCCAGATTTCGCTT	135826

C  AL805945.5	211604	CAGTACTGACTAATCTAATGTATATGCACAAATATAATATTGTACAGTTT	211555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135827	CAGTACTGACTAATCTAATGTATATGCACAAATATAATATTGTACAGTTT	135876

C  AL805945.5	211554	CCTTTTAAATTTATGAATTTAAAAGATAGATTTGTGAGGGGTGTACTTAT	211505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135877	CCTTTTAAATTTATGAATTTAAAAGATAGATTTGTGAGGGGTGTACTTAT	135926

C  AL805945.5	211504	ATATGCCGAACACTGTATATTTGTAAAATTTGTGTGACTGATTAGTAGTA	211455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135927	ATATGCCGAACACTGTATATTTGTAAAATTTGTGTGACTGATTAGTAGTA	135976

C  AL805945.5	211454	AGAGTACAAGAAATAAAAAAAAAATCATAGTTTTGACCTATTTATAATAT	211405
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135977	AGAGTACAAGAAAT-AAAAAAAAATCATAGTTTTGACCTATTTATAATAT	136025

C  AL805945.5	211404	TCATTTTACACAATATAAACTGGGTATTAATACAGGAAACTATATAGATC	211355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136026	TCATTTTACACAATATAAACTGGGTATTAATACAGGAAACTATATAGATC	136075

C  AL805945.5	211354	GCTTTTTCATTTTAGGATGGGTGTCCCTTGCATGGGATGATCATATATGG	211305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136076	GCTTTTTCATTTTAGGATGGGTGTCCCTTGCATGGGATGATCATATATGG	136125

C  AL805945.5	211304	TAAGAAGAAAATCATGATTATGTAAAGCATAGTTATGACAAGTGAAATGA	211255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136126	TAAGAAGAAAATCATGATTATGTAAAGCATAGTTATGACAAGTGAAATGA	136175

C  AL805945.5	211254	CAAACACATAATTATGAGACTCAAAGTCATAGCATGAAACACTTTTGAAT	211205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136176	CAAACACATAATTATGAGACTCAAAGTCATAGCATGAAACACTTTTGAAT	136225

C  AL805945.5	211204	AATGTCAAAATTTGACTTTTTGTTATCAAAATTACGATGTAGTAACAGGT	211155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136226	AATGTCAAAATTTGACTTTTTGTTATCAAAATTACGATGTAGTAACAGGT	136275

C  AL805945.5	211154	AGCAACACATTTACATTTTTTAACACATTAATCTCACTGCCACATGTAAT	211105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136276	AGCAACACATTTACATTTTTTAACACATTAATCTCACTGCCACATGTAAT	136325

C  AL805945.5	211104	GTCTTAATTAAATGTTTTATATTGTTAATGCTTTTCCCCTATTAATAAAA	211055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136326	GTCTTAATTAAATGTTTTATATTGTTAATGCTTTTCCCCTATTAATAAAA	136375

C  AL805945.5	211054	CTAATCTCAGTTCTTATATGTGGTTCCTTTGCAAAATATGAGTGTAGAAC	211005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136376	CTAATCTCAGTTCTTATATGTGGTTCCTTTGCAAAATATGAGTGTAGAAC	136425

C  AL805945.5	211004	TTCTGGTTTGGGCATCAGATTTGATGACAAAATCATATAATGTCGAGCAT	210955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136426	TTCTGGTTTGGGCATCAGATTTGATGACAAAATCATATAATGTCGAGCAT	136475

C  AL805945.5	210954	GTGTCATGCTGAAATAGTCTAAAATATAAAGCCATTTTAGTGTCTCTGAA	210905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136476	GTGTCATGCTGAAATAGTCTAAAATATAAAGCCATTTTAGTGTCTCTGAA	136525

C  AL805945.5	210904	ACTACCAATCTTTAAGTCAACAAGTTCCCAAGCTGTTCATTTCCTCTGCT	210855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136526	ACTACCAATCTTTAAGTCAACAAGTTCCCAAGCTGTTCATTTCCTCTGCT	136575

C  AL805945.5	210854	GAACACAGAAAAAGATATTTTGAAGAAGGCTGGAAACTGGTAGCCTTTTA	210805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136576	GAACACAGAAAAAGATATTTTGAAGAAGGCTGGAAACTGGTAGCCTTTTA	136625

C  AL805945.5	210804	CATCCATAGTAGGAATAAAACCCACTATGAATGTCAATTGCTAGCAGTTT	210755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136626	CATCCATAGTAGGAATAAAACCCACTATGAATGTCAATTGCTAGCAGTTT	136675

C  AL805945.5	210754	CCAATATTCTTCAAAAATACAAAGGAAGTGCTTAATAGAAGAATGAAAGT	210705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136676	CCAATATTCTTCAAAAATACAAAGGAAGTGCTTAATAGAAGAATGAAAGT	136725

C  AL805945.5	210704	TTAACATGTTTTAAACAGGTAAAAGGAGAGTCAATGATGATAAAATTGTA	210655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136726	TTAACATGTTTTAAACAGGTAAAAGGAGAGTCAATGATGATAAAATTGTA	136775

C  AL805945.5	210654	ATTTTGATTGAAAAATCCCTTTAAATGTATAAAAAAGAAAAAGCCTCAGT	210605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	136776	ATTTTGATTGAAAAATCCCTTTAAATGTATAAAAAAGAAAAAGCCTCAGT	136825

C  AL805945.5	210604	A	210604
			|
  CR385084.10	136826	A	136826

Compact alignment

skip 1150 bps 100% identity alignment

C  AL805945.5	211454	AGAGTACAAGAAATAAAAAAAAAATCATAGTTTTGACCTATTTATAATAT	211405
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR385084.10	135977	AGAGTACAAGAAAT-AAAAAAAAATCATAGTTTTGACCTATTTATAATAT	136025

skip 801 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL805945.5 - 212604 bps
Hit
CR385084.10 - 136826 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9518802001210604212604-11348271368261
290.081692424097441215-1161118521
383.1916235278737790881461049601
483.24160350156293156642-1461049611
585.921823351563191566531858189141
688.124245394799931-130187306481
787.84172327130719131045-130248305761
887.0322146094209879-144604450581
988.51174324130719131042-144611449321
1085.814332096129931-160660609831
1189.11145261130785131045-160724609801
1280.751845071685317359161432619401
1385.07139321170837171157176515768491
1491.12142214206043206256-176745769581
1589.12135237211500211736179894801321
1681.71243037872879030-194094943881
1778.5415560519475819536211062991069041
1886.77272480380043848311064141069041
1987.23294506142912143417-11142501147661
2086.2513427896549931-11221861224761
Short-link