<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX682531.11	169114	AGATCAACACTTCTACAGCTTCATCACCATAATGTGTTACCACTTAAACT	169163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1	AGATCAACACTTCTACAGCTTCATCACCATAATGTGTTACCACTTAAACT	50

BX682531.11	169164	TCTGAAACAAGAAGCAGCAAGGTTCATACGGTCATGGAAAACCTGAAAAA	169213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	51	TCTGAAACAAGAAGCAGCAAGGTTCATACGGTCATGGAAAACCTGAAAAA	100

BX682531.11	169214	GTCATGGAATTTTGTCATGGCATTTTCCAGGCCTGGAAAGGTTTTGGAAA	169263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	101	GTCATGGAATTTTGTCATGGCATTTTCCAGGCCTGGAAAGGTTTTGGAAA	150

BX682531.11	169264	AGTCATGGAAATTACATTTACATTTAGTCATTATTATTATTATATTTATT	169313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	151	AGTCATGGAAATTACATTTACATTTAGTCATTATTATTATTATATTTATT	200

BX682531.11	169314	TTTATTATTATTATTTTTATTATTATTGCTCCATATTTTAAGTGACCTTC	169363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	201	TTTATTATTATTATTTTTATTATTATTGCTCCATATTTTAAGTGACCTTC	250

BX682531.11	169364	TATTGGTCTCACTCAATCACCTGATGTGATTTCGCAGGTAAGAACTTGAG	169413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	251	TATTGGTCTCACTCAATCACCTGATGTGATTTCGCAGGTAAGAACTTGAG	300

BX682531.11	169414	CTTTCGTATGCAGTGAAATGCGAAACACGTGCTTGCATTTCTGGTCTGCT	169463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	301	CTTTCGTATGCAGTGAAATGCGAAACACGTGCTTGCATTTCTGGTCTGCT	350

BX682531.11	169464	GTATTCGCATGCCTATGAATGGAAGTCTATGGAGAGAAAAGTGCAGCGTG	169513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	351	GTATTCGCATGCCTATGAATGGAAGTCTATGGAGAGAAAAGTGCAGCGTG	400

BX682531.11	169514	ACCGCAGCTTTACAATAGAAGTAGTTTTATCTACTATTACTTGTTTAACA	169563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	401	ACCGCAGCTTTACAATAGAAGTAGTTTTATCTACTATTACTTGTTTAACA	450

BX682531.11	169564	GACTATTAAGATGATCTCAAATTAGTTTGACATATGTCTGTATATTGGAA	169613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	451	GACTATTAAGATGATCTCAAATTAGTTTGACATATGTCTGTATATTGGAA	500

BX682531.11	169614	TAAGGTTTAGTTGTTTTTGCTTATTTTCTGGGCCAAAAACACGCTCTCGC	169663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	501	TAAGGTTTAGTTGTTTTTGCTTATTTTCTGGGCCAAAAACACGCTCTCGC	550

BX682531.11	169664	ATTATTAGTGCTGTGTAAGCATCATCTGTTTTACATAGATATTAAAATAA	169713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	551	ATTATTAGTGCTGTGTAAGCATCATCTGTTTTACATAGATATTAAAATAA	600

BX682531.11	169714	ATTTAAACTATTGTGTGTTTTGTGATATGCTGTAATAAATTTAAATGTTT	169763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	601	ATTTAAACTATTGTGTGTTTTGTGATATGCTGTAATAAATTTAAATGTTT	650

BX682531.11	169764	TTTTATGGTTTACCACATATATGTAGACATTACATTAAACATTAGGTCAT	169813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	651	TTTTATGGTTTACCACATATATGTAGACATTACATTAAACATTAGGTCAT	700

BX682531.11	169814	GAAAATTGACTTTAAAGTCCTGGAAAACTCATGGAATTTGTACGAACCGT	169863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	701	GAAAATTGACTTTAAAGTCCTGGAAAACTCATGGAATTTGTACGAACCGT	750

BX682531.11	169864	GAAGCAGCATGCAAAGGATTGACTCAGTTAGCTGGTAAGTCCAGTGAGCA	169913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	751	GAAGCAGCATGCAAAGGATTGACTCAGTTAGCTGGTAAGTCCAGTGAGCA	800

BX682531.11	169914	TGGGGATATTTTGGCAATTAGGCAAAAATACATTGTCTGGATCAAAGTGA	169963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	801	TGGGGATATTTTGGCAATTAGGCAAAAATACATTGTCTGGATCAAAGTGA	850

BX682531.11	169964	TTGATTTATCTATTATGCCCAAAATTATTCAATTATTATGTTATGATCAT	170013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	851	TTGATTTATCTATTATGCCCAAAATTATTCAATTATTATGTTATGATCAT	900

BX682531.11	170014	GTTTCATGAAGTTAAGCACTTTCTACTGTAAACATGTCAGAACTCAATTG	170063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	901	GTTTCATGAAGTTAAGCACTTTCTACTGTAAACATGTCAGAACTCAATTG	950

BX682531.11	170064	TTGATTTGAACTTAATTTGGCCACTTTAAAGGTGATTTTCTCAATATTTA	170113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	951	TTGATTTGAACTTAATTTGGCCACTTTAAAGGTGATTTTCTCAATATTTA	1000

BX682531.11	170114	TTTTATTTAAGATCGCAACAGAAATCTGGAATGAAGATATGACAATAAAT	170163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1001	TTTTATTTAAGATCGCAACAGAAATCTGGAATGAAGATATGACAATAAAT	1050

BX682531.11	170164	AAACATGACGATTAATTGAAGAGTTTATTGTTCATTGTGTTGTCATCCAC	170213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1051	AAACATGACGATTAATTGAAGAGTTTATTGTTCATTGTGTTGTCATCCAC	1100

BX682531.11	170214	ATTAGGAGGAAGAGGAGAGAAGCGGAAAGCAGATGATGCTTTTCAGAGTG	170263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1101	ATTAGGAGGAAGAGGAGAGAAGCGGAAAGCAGATGATGCTTTTCAGAGTG	1150

BX682531.11	170264	TTTCTGGTGGAGGCAAACCATCTGCCCACCGGAAACGCATTAAAGTTACA	170313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1151	TTTCTGGTGGAGGCAAACCATCTGCCCACCGGAAACGCATTAAAGTTACA	1200

BX682531.11	170314	GAGCTGGAGAACACAAGAGAAGACGCCGACACAGAGGCGTCCAGCTCAGG	170363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1201	GAGCTGGAGAACACAAGAGAAGACGCCGACACAGAGGCGTCCAGCTCAGG	1250

BX682531.11	170364	TCAGTCCACTCTTTATGACTGGAAAATGCTGGAAAACTATTAGCAGTGCT	170413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1251	TCAGTCCACTCTTTATGACTGGAAAATGCTGGAAAACTATTAGCAGTGCT	1300

BX682531.11	170414	GTCATTTGTTAAATCCCAGAGTAAAATAAACAGCAATTAATGAAAGAACT	170463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1301	GTCATTTGTTAAATCCCAGAGTAAAATAAACAGCAATTAATGAAAGAACT	1350

BX682531.11	170464	GATTATTAATAGTTCATTATTGACTGTAATCCACATCAGGAGGAAGAGGA	170513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1351	GATTATTAATAGTTCATTATTGACTGTAATCCACATCAGGAGGAAGAGGA	1400

BX682531.11	170514	GTGAAGAGGAAAGCGGATGATGATTTGCAGAGTGTTTCTGACAGAGTCAA	170563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1401	GTGAAGAGGAAAGCGGATGATGATTTGCAGAGTGTTTCTGACAGAGTCAA	1450

BX682531.11	170564	ACCATACGCTCTGCGGAAACGCATCAAAGCTGCAGAGACGTCCAGCGATG	170613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1451	ACCATACGCTCTGCGGAAACGCATCAAAGCTGCAGAGACGTCCAGCGATG	1500

BX682531.11	170614	AGAACAGCCGCTCAGGTCAGTCTCCCGTCACTCTTCTACAGTTGTATGAG	170663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1501	AGAACAGCCGCTCAGGTCAGTCTCCCGTCACTCTTCTACAGTTGTATGAG	1550

BX682531.11	170664	CATATATATGTCAGCTTAAAGGCACAGTGCACGACGACACAAAGCAGCAG	170713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1551	CATATATATGTCAGCTTAAAGGCACAGTGCACGACGACACAAAGCAGCAG	1600

BX682531.11	170714	AGCTTTTATTATGCCACAGTCCAGCGCGTCTGGTTCTTCAGCTCGTGATC	170763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1601	AGCTTTTATTATGCCACAGTCCAGCGCGTCTGGTTCTTCAGCTCGTGATC	1650

BX682531.11	170764	ACGTGTGCTGTTTTATCAGACTAAATACATGTTGTGCTTCTGTTATAATG	170813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1651	ACGTGTGCTGTTTTATCAGACTAAATACATGTTGTGCTTCTGTTATAATG	1700

BX682531.11	170814	CTGCTCTGTGCTGTCAAATAAAACACAAACATATTAAAACCTCGCTAAAC	170863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1701	CTGCTCTGTGCTGTCAAATAAAACACAAACATATTAAAACCTCGCTAAAC	1750

BX682531.11	170864	AAACAGAGCAGAAATAGAGGATGTGTGACGTCATTAGCATGAACACACAC	170913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1751	AAACAGAGCAGAAATAGAGGATGTGTGACGTCATTAGCATGAACACACAC	1800

BX682531.11	170914	ACTGGCTGTGTCTAAAATCACACACTTCCATACTAAATAGTACATTAAGA	170963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1801	ACTGGCTGTGTCTAAAATCACACACTTCCATACTAAATAGTACATTAAGA	1850

BX682531.11	170964	CAGTATGTGAGCCGAGTAGTATGTCTGACCTCACAGTATTTGAAAAACAG	171013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1851	CAGTATGTGAGCCGAGTAGTATGTCTGACCTCACAGTATTTGAAAAACAG	1900

BX682531.11	171014	CATGTGAGAAGTACCCGGATGACCTACTACAACTGGAGAGATTCTGAAGT	171063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1901	CATGTGAGAAGTACCCGGATGACCTACTACAACTGGAGAGATTCTGAAGT	1950

BX682531.11	171064	GCGCATCCAGTGGACGCTACACTATCCCATAATGCACCGCGAGAGAATTC	171113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR385037.13	1951	GCGCATCCAGTGGACGCTACACTATCCCATAATGCACCGCGAGAGAATTC	2000

Overview

Query
BX682531.11 - 171113 bps
Hit
CR385037.13 - 83727 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195220001691141711131120001
298.16368339801138131177921139811
397.738266906911766412673213529125591
495.9214401765136630138394112507142701
597.1810681235140691141925114267155071
697.7315991733141924143656115561172801
796.4721912497140691143187-161306638291
896.1515241854136541138394-163826656951
989.51411802126695127496-165552663611
1089.69452865126700127564-165552664241
1188.41445931126700127630-165552664911
1289.115051004126695127698-165552665611
1388.195811249126684127932-165552667971
1488.396411370126695128064-165552669201
1587.856561443126690128132-165552669911
1690.498441551126684128234-165552670971
1790.927051273127794129066-165552668171
1889.8714772776126684129459-166818695921
1987.05722613636115824129459-169613837271
2092531880128580129459-171478723641
Short-link