<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR847800.4	1	AAGCTTATTTCTAGCAGATGAGTGAGATATCTGTCAACTGTGCAATTATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	137632	AAGCTTATTTCTAGCAGATGAGTGAGATATCTGTCAACTGTGCAATTATA	137681

CR847800.4	51	TAAGCCATCAGTTGAGTTCTGTATTAATGAGGCACGTTGTTTTGTTGCAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	137682	TAAGCCATCAGTTGAGTTCTGTATTAATGAGGCACGTTGTTTTGTTGCAC	137731

CR847800.4	101	TGAAACCATAAACAACCACACTCACATTCATAATGTTAAGGACAAGTTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	137732	TGAAACCATAAACAACCACACTCACATTCATAATGTTAAGGACAAGTTGT	137781

CR847800.4	151	TCTTCCTCCTCCTGGCTTGTTCGTGACATGTCTCATCCAGTATTTTTGCG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	137782	TCTTCCTCCTCCTGGCTTGTTCGTGACATGTCTCATCCAGTATTTTTGCG	137831

CR847800.4	201	TTACTCCCTGTTTGTTTGTCACTCTCAGTTGTATATATTATATCCAGTGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	137832	TTACTCCCTGTTTGTTTGTCACTCTCAGTTGTATATATTATATCCAGTGG	137881

CR847800.4	251	CAGCATAACAGCTTACAGAATTGCATTATATGAAAAATCTCATTATTTCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	137882	CAGCATAACAGCTTACAGAATTGCATTATATGAAAAATCTCATTATTTCG	137931

CR847800.4	301	TGTATAGTAGAGCTGAAGGTTTGTTATGCAGCAGAAACTCTGTCAGCATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	137932	TGTATAGTAGAGCTGAAGGTTTGTTATGCAGCAGAAACTCTGTCAGCATG	137981

CR847800.4	351	AAAGGGTTGTCCCCGTCTGCCATCACGGTTACGTATTGGTGTTGCTTACG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	137982	AAAGGGTTGTCCCCGTCTGCCATCACGGTTACGTATTGGTGTTGCTTACG	138031

CR847800.4	401	CCCTGTAGATGTCGTATGTGTGAAACACACCTCACCGCTATGCTACCTTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138032	CCCTGTAGATGTCGTATGTGTGAAACACACCTCACCGCTATGCTACCTTA	138081

CR847800.4	451	AATGAGATGATGTTGAAACAAGAAATAAAACTGTTTGATAATGTTTTTCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138082	AATGAGATGATGTTGAAACAAGAAATAAAACTGTTTGATAATGTTTTTCT	138131

CR847800.4	501	GAGAAAACAGGTTTGCAGTTTTATCGAGTATCATCATGTGGCTGGTAGTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138132	GAGAAAACAGGTTTGCAGTTTTATCGAGTATCATCATGTGGCTGGTAGTG	138181

CR847800.4	551	TATCCTGTAAAGTTTTCCTGCTGATAACTTTAGAAATTTGTTTTTGGTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138182	TATCCTGTAAAGTTTTCCTGCTGATAACTTTAGAAATTTGTTTTTGGTCA	138231

CR847800.4	601	CTTTATGTGTTTTGTCTGATTTGTGGAAATGGTTATATACATTTGGACAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138232	CTTTATGTGTTTTGTCTGATTTGTGGAAATGGTTATATACATTTGGACAC	138281

CR847800.4	651	ATTTTTTTGATTTATCTTTTCTACAAATAAAGCATCCACATTTAACATCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138282	ATTTTTTTGATTTATCTTTTCTACAAATAAAGCATCCACATTTAACATCA	138331

CR847800.4	701	CTTATAGTTTAATTATTATTGCTATTATTTTTCACAGAAATGTTAGCTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138332	CTTATAGTTTAATTATTATTGCTATTATTTTTCACAGAAATGTTAGCTAT	138381

CR847800.4	751	ATACAGTGCATCCGGAAAGAATTCATAGCGCTTCACTTTTTCCACATTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138382	ATACAGTGCATCCGGAAAGAATTCATAGCGCTTCACTTTTTCCACATTTT	138431

CR847800.4	801	CTTTTTGTCACGGTCTTATTCCAAAATAGGTTGAATTCATTTATTTTCAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138432	CTTTTTGTCACGGTCTTATTCCAAAATAGGTTGAATTCATTTATTTTCAT	138481

CR847800.4	851	TCATTATAATTCACTCATGTTCTAGTAAAACACTATTAAGCGCACAAGCG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138482	TCATTATAATTCACTCATGTTCTAGTAAAACACTATTAAGCGCACAAGCG	138531

CR847800.4	901	TTCGCTCCATGATTACTGTCATTATAGACTAAATGAAAAATCTTTTTTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138532	TTCGCTCCATGATTACTGTCATTATAGACTAAATGAAAAATCTTTTTTTT	138581

CR847800.4	951	TGTCATACAAAAAAACATATTAGTTTGTGGTTTAAATTAGTTTGTTTAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138582	TGTCATACAAAAAAACATATTAGTTTGTGGTTTAAATTAGTTTGTTTAAA	138631

CR847800.4	1001	CTATTTCCCAAAAACACAACCATATGCCTTTGTAAACTAACAAAATGCCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138632	CTATTTCCCAAAAACACAACCATATGCCTTTGTAAACTAACAAAATGCCA	138681

CR847800.4	1051	TATTTTTCTATTCTTTTTTCGCTACATTCACAGAGTCACCACAGGTAAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138682	TATTTTTCTATTCTTTTTTCGCTACATTCACAGAGTCACCACAGGTAAGT	138731

CR847800.4	1101	GATGTGTCTCTGTTGTTAAAACTGTCATTAGATATTATATTAACATTCAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138732	GATGTGTCTCTGTTGTTAAAACTGTCATTAGATATTATATTAACATTCAA	138781

CR847800.4	1151	AAATGATGACCTAATGGTTGAGTGGTTAAAAATGTAATTATTAATAATAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138782	AAATGATGACCTAATGGTTGAGTGGTTAAAAATGTAATTATTAATAATAA	138831

CR847800.4	1201	ATAATAATAAATCAAACAAAAAAAATAGAAAATAAAATGAATAAAAATTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138832	ATAATAATAAATCAAACAAAAAAAATAGAAAATAAAATGAATAAAAATTT	138881

CR847800.4	1251	CAATAAAAATGTAATTAAATAAACATGCCAAACAGTCATCTTTGACATTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138882	CAATAAAAATGTAATTAAATAAACATGCCAAACAGTCATCTTTGACATTG	138931

CR847800.4	1301	CTGTTGCAAATTAGCTCTCTTATCTGACATGTAAAATAGCCCATAAACAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138932	CTGTTGCAAATTAGCTCTCTTATCTGACATGTAAAATAGCCCATAAACAC	138981

CR847800.4	1351	TCTCTCGTCTTTATTTTTTTTAACGTTTTGTAAAGTAAAAGTTGATCATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	138982	TCTCTCGTCTTTATTTTTTTTAACGTTTTGTAAAGTAAAAGTTGATCATA	139031

CR847800.4	1401	CAGTATGTGTTTTCAACAGCCAGATACATTTAAACCTGCCTAGATTCATC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139032	CAGTATGTGTTTTCAACAGCCAGATACATTTAAACCTGCCTAGATTCATC	139081

CR847800.4	1451	TGGAATGCATCCCAGACTACCTCCTGATGTGCTTTGAGTGAATGTGTGTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139082	TGGAATGCATCCCAGACTACCTCCTGATGTGCTTTGAGTGAATGTGTGTA	139131

CR847800.4	1501	CAGTATATCTGTCTTGAATGTGTTTCCGATGGCTTTTACTCTACAAACGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139132	CAGTATATCTGTCTTGAATGTGTTTCCGATGGCTTTTACTCTACAAACGG	139181

CR847800.4	1551	AAAGCTATCCGATTAGAAAAAGCATGAAATAGCCCCTAAATGTTCCTGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139182	AAAGCTATCCGATTAGAAAAAGCATGAAATAGCCCCTAAATGTTCCTGTT	139231

CR847800.4	1601	GCAACACTTGTTTTTTTGGCTATAATTCTCTGTGACTTGAATCAAAGCAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139232	GCAACACTTGTTTTTTTGGCTATAATTCTCTGTGACTTGAATCAAAGCAC	139281

CR847800.4	1651	CCCACTAAGAATTATTTAAATGCATCATCGGTGGTCACAGAACATAATGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139282	CCCACTAAGAATTATTTAAATGCATCATCGGTGGTCACAGAACATAATGT	139331

CR847800.4	1701	CCAGGACCGTCAAATGCCATAATGATGTGACTACAAAATATGAGTTAGGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139332	CCAGGACCGTCAAATGCCATAATGATGTGACTACAAAATATGAGTTAGGG	139381

CR847800.4	1751	AATATTTCACGGAACAATGTTCACGTTAAAACGACAGGCCTTCTGTGCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139382	AATATTTCACGGAACAATGTTCACGTTAAAACGACAGGCCTTCTGTGCCA	139431

CR847800.4	1801	TTTTAAGTTTTTTTGCCATTGCTAATTATTCTAATTTTGCCTTATTGTCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139432	TTTTAAGTTTTTTTGCCATTGCTAATTATTCTAATTTTGCCTTATTGTCA	139481

CR847800.4	1851	CCACTGTGACGAAAACAAAGACTTGGTGCCAACTGCCACAGCTTCCGTAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139482	CCACTGTGACGAAAACAAAGACTTGGTGCCAACTGCCACAGCTTCCGTAT	139531

CR847800.4	1901	TTTGTCACAACAGGCTCTGAAGGCCCCGGGCAGACTTTTGTCTATTGGCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139532	TTTGTCACAACAGGCTCTGAAGGCCCCGGGCAGACTTTTGTCTATTGGCT	139581

CR847800.4	1951	TTACCTTCAGATTGAGCAATCTTGTCTGAATCAGGTCATTGCACTTCTGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR383660.9	139582	TTACCTTCAGATTGAGCAATCTTGTCTGAATCAGGTCATTGCACTTCTGG	139631

Overview

Query
CR847800.4 - 187193 bps
Hit
CR383660.9 - 139631 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192220001200011376321396311
286.241222504181042059-117987182331
395.3775108144049144156129830299371
484.05771628562685787-149023491851
583.281713652355523919-155789561531
681.081113178970690022-155816561481
794.6175131144043144173-168824689531
881.0391240109959110198169543697741
988.8380580178105178684-169778703571
1084.449820425432746169779699901
1185.92105197110276110472170148703461
1286.848715228653016170200703511
1379.02982925841958710-173402736871
1484.861803612237122731184043844051
1585.832133795834558723184048844281
1687.731682778550785783-184052843281
1783.861363002975430053184105844201
1889.161051628988590046184250844151
1982.684109549627597228190370913331
2083.65882004953449733-191931921381
2194.031081341429614429-11178031179361
2286.081532778550785783-11178031180751
2384.81172352223802273111178031181511
2486.19180341897069004611178071181611
2581.4410530115991316021311178801181701
Short-link