<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR759840.6	1	CAGGGGCTTTGTCTTTGTCATAGTTATTGCCTTTATATTGGAATGTATTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	204683	CAGGGGCTTTGTCTTTGTCATAGTTATTGCCTTTATATTGGAATGTATTT	204732

CR759840.6	51	ATTTATTTATTTGTTTAACCCCCCCCCCCCCCCTTCTTTTTTATTTTTTA	100
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
CR382364.23	204733	ATTTATTTATTTGTTTAACCCCCCCCCCCCCC-TTCTTTTTTATTTTTTA	204781

CR759840.6	101	TTTTATTTTAAAAAATGTATTTATTTATTTTATTTATTTATTTTTCTTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	204782	TTTTATTTTAAAAAATGTATTTATTTATTTTATTTATTTATTTTTCTTTA	204831

CR759840.6	151	AGCTGTCATTATTATTTATCTATTATTATAATTTATATCTATTATTATTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	204832	AGCTGTCATTATTATTTATCTATTATTATAATTTATATCTATTATTATTT	204881

CR759840.6	201	TCTTTCTAATTGTTTCCTTTTTTGGTGATTGTAAACATTCTAAGTAAATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	204882	TCTTTCTAATTGTTTCCTTTTTTGGTGATTGTAAACATTCTAAGTAAATG	204931

CR759840.6	251	TTATTTGTATACTATGTTTAAAAAATAAAAATAAAAACACAGTAAAAAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	204932	TTATTTGTATACTATGTTTAAAAAATAAAAATAAAAACACAGTAAAAAAA	204981

CR759840.6	301	TAAAAAAACAAAACAATTGATACTGTAAATAATTCATATGGGCTGAATTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	204982	TAAAAAAACAAAACAATTGATACTGTAAATAATTCATATGGGCTGAATTT	205031

CR759840.6	351	AAGCTAATTAAATTGAGTAATGTTCAACTTAATTTGTTTGTTTGAATCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205032	AAGCTAATTAAATTGAGTAATGTTCAACTTAATTTGTTTGTTTGAATCCA	205081

CR759840.6	401	GCCTGAATATGTTGTTTGCAACCAGTTAACTTAAAAAAATGTAGTAAATC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205082	GCCTGAATATGTTGTTTGCAACCAGTTAACTTAAAAAAATGTAGTAAATC	205131

CR759840.6	451	CAATGAATCATTTATTTCAGAGTAGCTAATCAAGTAAAATTGCATTGAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205132	CAATGAATCATTTATTTCAGAGTAGCTAATCAAGTAAAATTGCATTGAAC	205181

CR759840.6	501	CGATATTAAAATGTTTATGTTTTGGTGCAAATGATGCAAAACATTTGTAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205182	CGATATTAAAATGTTTATGTTTTGGTGCAAATGATGCAAAACATTTGTAT	205231

CR759840.6	551	GTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205232	GTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	205281

CR759840.6	601	ATATATATATATATATATATATATGATATAATATAATAATAATAATGATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205282	ATATATATATATATATATATATATGATATAATATAATAATAATAATGATC	205331

CR759840.6	651	ACTATATTACCCAGACCATCTTTCTTGTTGTTCCCACCAGTCCGCGTGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205332	ACTATATTACCCAGACCATCTTTCTTGTTGTTCCCACCAGTCCGCGTGCC	205381

CR759840.6	701	AACAGAGATGCCTTTTCCGGCATAGAGACCCCCGGGTCCAAACGGAAGCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205382	AACAGAGATGCCTTTTCCGGCATAGAGACCCCCGGGTCCAAACGGAAGCT	205431

CR759840.6	751	GTACAGCGCTGTGCCAGGAAGACACTACGTGGTGGTCAAATCATACCAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205432	GTACAGCGCTGTGCCAGGAAGACACTACGTGGTGGTCAAATCATACCAAC	205481

CR759840.6	801	CGCAGGCCGAGGGAGAAATCGTTCTTTACAAGAACGACAGGGTCAAAGGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205482	CGCAGGCCGAGGGAGAAATCGTTCTTTACAAGAACGACAGGGTCAAAGGT	205531

CR759840.6	851	AAACCTCTGTCTTATACAACAAAAAAGAAAATCACACATTCATTTCACTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205532	AAACCTCTGTCTTATACAACAAAAAAGAAAATCACACATTCATTTCACTC	205581

CR759840.6	901	CCAGATGAAAGCATATGTTTGCTGACTGTAAATATGGAGAGCGGGTTTGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205582	CCAGATGAAAGCATATGTTTGCTGACTGTAAATATGGAGAGCGGGTTTGT	205631

CR759840.6	951	GTGCATCAAATGAAGAGAAAAGCTGGTTTGTAGCAGGCAGTGCAGTTTCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205632	GTGCATCAAATGAAGAGAAAAGCTGGTTTGTAGCAGGCAGTGCAGTTTCT	205681

CR759840.6	1001	CTGCCATATGGAGAGCAAGAATTCACAGATTCTGCCCTCCGGCAACAGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205682	CTGCCATATGGAGAGCAAGAATTCACAGATTCTGCCCTCCGGCAACAGGC	205731

CR759840.6	1051	GATGGCTGACCGCAATGAGCTACTCTTCACCAACATCACCATAGAGCATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205732	GATGGCTGACCGCAATGAGCTACTCTTCACCAACATCACCATAGAGCATT	205781

CR759840.6	1101	CAGTTACACAAAAAGTAATTAAAAGTTACACAAAATCACCATAGAGTAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205782	CAGTTACACAAAAAGTAATTAAAAGTTACACAAAATCACCATAGAGTAGG	205831

CR759840.6	1151	TCTGATATCCTACATTAGAATATGTAAATCAGAAGAAAAGTGGTCAAAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205832	TCTGATATCCTACATTAGAATATGTAAATCAGAAGAAAAGTGGTCAAAAT	205881

CR759840.6	1201	GAAAAAGACCTATCAGAATGATGCCAAATGCTGTTGTTAATGCTGCCATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205882	GAAAAAGACCTATCAGAATGATGCCAAATGCTGTTGTTAATGCTGCCATT	205931

CR759840.6	1251	TGATAATAATTTAACGTTATAATTTAATCACTTAATGGTTAACGGACGGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205932	TGATAATAATTTAACGTTATAATTTAATCACTTAATGGTTAACGGACGGT	205981

CR759840.6	1301	CTAAAATGGAATGAAACAAATTAGAACTGGACAATTTATCGCAAAATTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	205982	CTAAAATGGAATGAAACAAATTAGAACTGGACAATTTATCGCAAAATTAT	206031

CR759840.6	1351	AGTTAGCAGGATGATAGTATATGCATTGGGGGTCATCTAAATTCAATCAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206032	AGTTAGCAGGATGATAGTATATGCATTGGGGGTCATCTAAATTCAATCAG	206081

CR759840.6	1401	ATGGGGCCTCACAATCTTTATTCCCACCTCCTCAGTAGTTACTGTTCTGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206082	ATGGGGCCTCACAATCTTTATTCCCACCTCCTCAGTAGTTACTGTTCTGC	206131

CR759840.6	1451	TATTGGCTGGAGTGGCCCAAAAGTGAACCCAGAGCTGAAGGTAAATACTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206132	TATTGGCTGGAGTGGCCCAAAAGTGAACCCAGAGCTGAAGGTAAATACTG	206181

CR759840.6	1501	ACAGCAGGAGTCAAGACCAGAGAGGAAACTGACAAGTTTTGAGAATGAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206182	ACAGCAGGAGTCAAGACCAGAGAGGAAACTGACAAGTTTTGAGAATGAAT	206231

CR759840.6	1551	TCAGTCATTTATAGTGTTTAAAGACTGTGCACTCTTTTTTTGATGATCTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206232	TCAGTCATTTATAGTGTTTAAAGACTGTGCACTCTTTTTTTGATGATCTA	206281

CR759840.6	1601	TGAGCAAAGTCCAAAGCGCATGGCGCAAAAGCATAAAGGGCGTGTCTGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206282	TGAGCAAAGTCCAAAGCGCATGGCGCAAAAGCATAAAGGGCGTGTCTGAA	206331

CR759840.6	1651	TCCACTTTTGCTATTTTAAGGATGGAAAAATCTGATTTGCGCCTTGGCGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206332	TCCACTTTTGCTATTTTAAGGATGGAAAAATCTGATTTGCGCCTTGGCGC	206381

CR759840.6	1701	ATGGTCTAACAGGGTTGTGCTTATTCTCTTAATGAGTAATAGGTGTGCTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206382	ATGGTCTAACAGGGTTGTGCTTATTCTCTTAATGAGTAATAGGTGTGCTT	206431

CR759840.6	1751	TGAGAATAAACCAATCAGAGTCTCATCTCCCATTCTCTTTAAGAGTGAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206432	TGAGAATAAACCAATCAGAGTCTCATCTCCCATTCTCTTTAAGAGTGAGT	206481

CR759840.6	1801	GGCGTTGTGTCATAGCGCATTTGCTATTTACACGGCTGACTTTGTAAGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206482	GGCGTTGTGTCATAGCGCATTTGCTATTTACACGGCTGACTTTGTAAGTG	206531

CR759840.6	1851	GAAAAACTGAACACTACAGGCGAGAATAAGAAATGAGCCTTTCACTTTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206532	GAAAAACTGAACACTACAGGCGAGAATAAGAAATGAGCCTTTCACTTTCA	206581

CR759840.6	1901	CTCTCATGGATAGCAACATGTTGTATGCACAGACATCCATTAGCCTACAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206582	CTCTCATGGATAGCAACATGTTGTATGCACAGACATCCATTAGCCTACAT	206631

CR759840.6	1951	AATTTCGTTTATTAAGCGCAAAGATTTGTTTTAAAACTATTTCTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382364.23	206632	AATTTCGTTTATTAAGCGCAAAGATTTGTTTTAAAACTATTTCTGAATTC	206681

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

CR759840.6	51	ATTTATTTATTTGTTTAACCCCCCCCCCCCCCCTTCTTTTTTATTTTTTA	100
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
CR382364.23	204733	ATTTATTTATTTGTTTAACCCCCCCCCCCCCC-TTCTTTTTTATTTTTTA	204781

skip 1900 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR759840.6 - 110071 bps
Hit
CR382364.23 - 206681 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95191720001200012046832066811
295.41901095308053188-114507146151
387.65851749177391946-117005171741
488.522233634280843170149081494371
579.78933705952259891-156197565571
686.031893584281343170167789681531
785.621573034280343105-184707850191
886.3112024220282269194299945391
983.381613634280843170197751981051
1087.261172265296553190-199355995581
1183.86931889068790874-11124751126661
1290.39961539177391925-11283781285331
1387.27143268103331060011283801286541
1482.5989223595225974411283861286091
1589.21512511029810548-11554791557281
1684.9107243917789202011555461557901
1777.44843374281243148-11623321626591
1884.921303011026310563-11857861860701
1984.93111252917699202011858501861011
2084.9397206101921102126-11900851903031
2199.041762093131431522-12013962016041
Short-link