<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR759803.9	1	CAAGCAAATCCATCTGAGGAGTTTATCAACCAGCAAAGCACAAACAAAAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157058	CAAGCAAATCCATCTGAGGAGTTTATCAACCAGCAAAGCACAAACAAAAC	157107

CR759803.9	51	ATGCTCGAATTTACTGATTCATCTACATTTACTTCTTCAAGTCTACTATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157108	ATGCTCGAATTTACTGATTCATCTACATTTACTTCTTCAAGTCTACTATA	157157

CR759803.9	101	TTAGTTTACTAATTTAGGGAATAGTGAATGAGGAACAATAGACAGTATGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157158	TTAGTTTACTAATTTAGGGAATAGTGAATGAGGAACAATAGACAGTATGT	157207

CR759803.9	151	GAGCGGCATGGTGACTCAGTGGTTAGCACTCACTGCAAGAAGATCACTGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157208	GAGCGGCATGGTGACTCAGTGGTTAGCACTCACTGCAAGAAGATCACTGG	157257

CR759803.9	201	TTTGAGTCCTGACTGGGTGGTATTTCTGTGTGGAATTTGGACGTTCTCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157258	TTTGAGTCCTGACTGGGTGGTATTTCTGTGTGGAATTTGGACGTTCTCCC	157307

CR759803.9	251	CATGTTTGTGTGGCTTTCTTCCACAGTCCATAGACTTGTGGTACATGGGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157308	CATGTTTGTGTGGCTTTCTTCCACAGTCCATAGACTTGTGGTACATGGGT	157357

CR759803.9	301	GAACTGGATGAACTAAATTGGCCATACTGTATAAGTGTGTGTGTATGAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157358	GAACTGGATGAACTAAATTGGCCATACTGTATAAGTGTGTGTGTATGAAT	157407

CR759803.9	351	GCGAGAGTGTATGGATGTTTCCCAGTACTGTGTTGTGGCTGGAAGGGCAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157408	GCGAGAGTGTATGGATGTTTCCCAGTACTGTGTTGTGGCTGGAAGGGCAT	157457

CR759803.9	401	CCACTGTGAAATCATAGGCTAGAATAGTTGGCAATTCATTATATAAGGGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157458	CCACTGTGAAATCATAGGCTAGAATAGTTGGCAATTCATTATATAAGGGA	157507

CR759803.9	451	CTAGGCCAAAGGAATATGAATGAATCAATGATATACAGCACATCAGCAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157508	CTAGGCCAAAGGAATATGAATGAATCAATGATATACAGCACATCAGCAGT	157557

CR759803.9	501	TGCTTCAATGGTTTTGGCTGATTAGACATTTGTGTTAAGCTGAACAGGTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157558	TGCTTCAATGGTTTTGGCTGATTAGACATTTGTGTTAAGCTGAACAGGTG	157607

CR759803.9	551	TTCCTGGTGAATGTAAAATAGCTCTTGAAAATGTTGCTTTACCATTATTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157608	TTCCTGGTGAATGTAAAATAGCTCTTGAAAATGTTGCTTTACCATTATTT	157657

CR759803.9	601	AAGCTGAAGAAGCAAAATGCAGAACTTGCCAGATTGTATTTCTAATATGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157658	AAGCTGAAGAAGCAAAATGCAGAACTTGCCAGATTGTATTTCTAATATGG	157707

CR759803.9	651	CATATGACACAATCTTGACAAACAGCTTTCCATTCAAGTAGATACTGTAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157708	CATATGACACAATCTTGACAAACAGCTTTCCATTCAAGTAGATACTGTAC	157757

CR759803.9	701	TGGCTGCCTGAAGGCTTTAAAAAGACGACCCGCTGAGTGAACTTGCTAGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157758	TGGCTGCCTGAAGGCTTTAAAAAGACGACCCGCTGAGTGAACTTGCTAGC	157807

CR759803.9	751	TTAAAGGGAGTATGTTACTTGTCAGTTTGCTTATTGATTTTTTACTTTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157808	TTAAAGGGAGTATGTTACTTGTCAGTTTGCTTATTGATTTTTTACTTTTA	157857

CR759803.9	801	CATTTTTTGTACATCACATACTACAGCACATGGTAGGGTTAAAACATCTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157858	CATTTTTTGTACATCACATACTACAGCACATGGTAGGGTTAAAACATCTC	157907

CR759803.9	851	TGGAGGAATCTCTAGATGAACTCAAAAATGCATGCTCCCTGATCAGAATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157908	TGGAGGAATCTCTAGATGAACTCAAAAATGCATGCTCCCTGATCAGAATA	157957

CR759803.9	901	AGAAAACGTTGGAAAAACTAGAAGCAAATGACATTTTGCTCACTTACAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	157958	AGAAAACGTTGGAAAAACTAGAAGCAAATGACATTTTGCTCACTTACAAC	158007

CR759803.9	951	TTCAATTTCAAAATTCCATACCTTTTTAGACTTAAATAGATGTCAAGTAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158008	TTCAATTTCAAAATTCCATACCTTTTTAGACTTAAATAGATGTCAAGTAC	158057

CR759803.9	1001	TGTGAATAGACATAAGATTCGACGAACCCAAGCACTTATAAACGGCAATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158058	TGTGAATAGACATAAGATTCGACGAACCCAAGCACTTATAAACGGCAATT	158107

CR759803.9	1051	CAAGCAAGCAAAGGTAGATGAGAGATGCAGTGTATGAAGATGATGGCAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158108	CAAGCAAGCAAAGGTAGATGAGAGATGCAGTGTATGAAGATGATGGCAAT	158157

CR759803.9	1101	GACTGATATGAATGTCTCTTGTGTTTCTAGGATGAAGAGAAGAGGAGTCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158158	GACTGATATGAATGTCTCTTGTGTTTCTAGGATGAAGAGAAGAGGAGTCT	158207

CR759803.9	1151	AGAGTGTGACTGGAAACAACTGCAACCGCGAGAGGCAAGGTTACTTGCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158208	AGAGTGTGACTGGAAACAACTGCAACCGCGAGAGGCAAGGTTACTTGCAG	158257

CR759803.9	1201	GGTGAAATATCTAGTAGATTGCTGGAGTTTCAAACAGAAGGCACAGGAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158258	GGTGAAATATCTAGTAGATTGCTGGAGTTTCAAACAGAAGGCACAGGAGT	158307

CR759803.9	1251	CCCTCAAGGAGAATATTAGTTTCAAACAGAAATTGCAGGAATTCATTGGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158308	CCCTCAAGGAGAATATTAGTTTCAAACAGAAATTGCAGGAATTCATTGGA	158357

CR759803.9	1301	AGGTCATTGTTGTTTTACAAGGAGATCCCCACAAAGGTGAGTTTATTTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158358	AGGTCATTGTTGTTTTACAAGGAGATCCCCACAAAGGTGAGTTTATTTTA	158407

CR759803.9	1351	TTTATATCCTTTGCTGAGGTCAGATGTAGAGAATATGAGACAGTGGAGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158408	TTTATATCCTTTGCTGAGGTCAGATGTAGAGAATATGAGACAGTGGAGCC	158457

CR759803.9	1401	TTTGACTTCATCAGCATGAAACATGCTAGTTCAGAGTCAGTACTATTGCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158458	TTTGACTTCATCAGCATGAAACATGCTAGTTCAGAGTCAGTACTATTGCT	158507

CR759803.9	1451	GGTTTGGAGCTAGTTCATTGTCTTCTAAGAACTGCTTGCTTTCTTTACCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158508	GGTTTGGAGCTAGTTCATTGTCTTCTAAGAACTGCTTGCTTTCTTTACCA	158557

CR759803.9	1501	GTCTAATGTCACTGCATACATCCAACACAAATGGGGAAACCCCAAATACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158558	GTCTAATGTCACTGCATACATCCAACACAAATGGGGAAACCCCAAATACA	158607

CR759803.9	1551	AACATGGCAACAATTATGTGTTTCTAAGAATGTCAATAACTTAGTGAATC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158608	AACATGGCAACAATTATGTGTTTCTAAGAATGTCAATAACTTAGTGAATC	158657

CR759803.9	1601	TAAATTCAAACACAGTAATTCCAACGTGTTCATGCAGTGTTATAGACAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158658	TAAATTCAAACACAGTAATTCCAACGTGTTCATGCAGTGTTATAGACAGA	158707

CR759803.9	1651	GATTGCGGGCGATAATAGTAACGTGATCATGCCAAAATTTGTATAGATGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158708	GATTGCGGGCGATAATAGTAACGTGATCATGCCAAAATTTGTATAGATGG	158757

CR759803.9	1701	AGAATACAATGGAGGAAGATATGTCTGATGTGTGGCATAATTTGCATGGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158758	AGAATACAATGGAGGAAGATATGTCTGATGTGTGGCATAATTTGCATGGA	158807

CR759803.9	1751	CAATTTACACATAATGTGTTCTTCATTATGTTTCAAATGTCTCAAAACAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158808	CAATTTACACATAATGTGTTCTTCATTATGTTTCAAATGTCTCAAAACAG	158857

CR759803.9	1801	TTTCTGTTCATTGCATTACAATAACCATGCCCTCAGCCTGCAATCCAATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158858	TTTCTGTTCATTGCATTACAATAACCATGCCCTCAGCCTGCAATCCAATC	158907

CR759803.9	1851	GGTTCTTACAGTAAGAACCACTTTTCCTAGTTCAGAGCCAGTTCTTTGGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158908	GGTTCTTACAGTAAGAACCACTTTTCCTAGTTCAGAGCCAGTTCTTTGGG	158957

CR759803.9	1901	CATACAACGACAAAGAACCCATTTGGAACTGCACTCTTTCCAAACCAATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	158958	CATACAACGACAAAGAACCCATTTGGAACTGCACTCTTTCCAAACCAATA	159007

CR759803.9	1951	CTTGAACTGTGGAGATCAAGGAGCCAAGAAAAAGCTGATTGAAAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR382335.12	159008	CTTGAACTGTGGAGATCAAGGAGCCAAGAAAAAGCTGATTGAAAAAGCTT	159057

Overview

Query
CR759803.9 - 171491 bps
Hit
CR382335.12 - 159057 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195820001200011570581590571
283.991132561627316528-1649067451
382.23801944181642009130519307151
478.5577300122106122405-135745360471
581.231343409392494263138827391671
685.991162084113041337138961391671
777.34793206951869837-153619539491
888.761001613011630276156289564481
992.1831153016530279165220653331
1093.3367896951769605-165236653251
1190.6575107167039167145-182083821891
1285.421021983008230279-190717909081
1396.3471839392494006190721908021
1499.7347354829561956102311237601285891
1590.091502351104911283-11350981353291
1682.7612031112983213014211359651362831
1782.72851996966769865-11380801382701
1883.152154828942942311402541407221
1986.47721331089311025-11478261479581
2089.8761432591126053-11525391526851
Short-link