<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX649443.16	1	GAATTCATACAAGCTGTATAGAAAACAGCACGGATGTTCCTCTCAAAGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37329	GAATTCATACAAGCTGTATAGAAAACAGCACGGATGTTCCTCTCAAAGAA	37378

BX649443.16	51	CTAAAAGCAGATCATTTGTTCGATCCAGCAATCCCACTCCTGGGTATCTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37379	CTAAAAGCAGATCATTTGTTCGATCCAGCAATCCCACTCCTGGGTATCTA	37428

BX649443.16	101	CCCAAAGGAAAAGAAGTCCTTATATCAAAAAGACACCTGCAGGCCAGGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37429	CCCAAAGGAAAAGAAGTCCTTATATCAAAAAGACACCTGCAGGCCAGGCA	37478

BX649443.16	151	TGGTGGCTCACGCCTGTCATCCCAGCACTTTGGGAGACCAAGGCGGGCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37479	TGGTGGCTCACGCCTGTCATCCCAGCACTTTGGGAGACCAAGGCGGGCAG	37528

BX649443.16	201	ATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGAGCAGCCTGGGCAACATGGAGAAACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37529	ATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGAGCAGCCTGGGCAACATGGAGAAACC	37578

BX649443.16	251	CCAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37579	CCAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGC	37628

BX649443.16	301	ACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37629	ACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAATA	37678

BX649443.16	351	AATAAATCAATAAAATAAAATAATCAAACAAAACAATACAAAACAAAATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37679	AATAAATCAATAAAATAAAATAATCAAACAAAACAATACAAAACAAAATA	37728

BX649443.16	401	CCTGCACCTGTCTGTTTCTTGCAGCACAACTCACAATTGCAAACATACGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37729	CCTGCACCTGTCTGTTTCTTGCAGCACAACTCACAATTGCAAACATACGG	37778

BX649443.16	451	AATCAACCTAAGTACCCCTCCGTGGAGTACTGGATAAAGAAAATGGAATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37779	AATCAACCTAAGTACCCCTCCGTGGAGTACTGGATAAAGAAAATGGAATG	37828

BX649443.16	501	GAATACTACTAAGCCATTAAAAAGAGTGGAATCGTGTCATTGGCAGTAAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37829	GAATACTACTAAGCCATTAAAAAGAGTGGAATCGTGTCATTGGCAGTAAC	37878

BX649443.16	551	TTGGATAGAACTGGAGGTTATTATTCTACGTGGAGTCACTCAAGAACAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37879	TTGGATAGAACTGGAGGTTATTATTCTACGTGGAGTCACTCAAGAACAGA	37928

BX649443.16	601	AAAGCAAATACACGTTCTCACTTGTAAGTGGGCACTAAGCTCTGGGTATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37929	AAAGCAAATACACGTTCTCACTTGTAAGTGGGCACTAAGCTCTGGGTATG	37978

BX649443.16	651	CTTCTGGCATTGAAGGGGCATACGGAATAGAGGAATACACATTAGAGACT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	37979	CTTCTGGCATTGAAGGGGCATACGGAATAGAGGAATACACATTAGAGACT	38028

BX649443.16	701	GAGGGTGGGGCTGTGAGTGAACCTGTCACCCAGGAAATGGCCACTGTACC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38029	GAGGGTGGGGCTGTGAGTGAACCTGTCACCCAGGAAATGGCCACTGTACC	38078

BX649443.16	751	CAACAGGTGGTTTTTCATCCCCTGCCTCCCTCCCCCTACCTTCTAGCAGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38079	CAACAGGTGGTTTTTCATCCCCTGCCTCCCTCCCCCTACCTTCTAGCAGT	38128

BX649443.16	801	CAAGAGTTTCTGCTCTTCCCATCTTTGTGTCCATGAGTACCCGCTGTGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38129	CAAGAGTTTCTGCTCTTCCCATCTTTGTGTCCATGAGTACCCGCTGTGTA	38178

BX649443.16	851	CCTTCCAGGTGTAAGTCAGAACATGCAGTATTTGGTTTTCTGTTTCTGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38179	CCTTCCAGGTGTAAGTCAGAACATGCAGTATTTGGTTTTCTGTTTCTGTG	38228

BX649443.16	901	CTGGTTCTCTTAGGATAATGGCTTGCAGCTCTGAGCAAATTCTTGGTGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38229	CTGGTTCTCTTAGGATAATGGCTTGCAGCTCTGAGCAAATTCTTGGTGAC	38278

BX649443.16	951	AACAGCATCGTTGGGGAAGGTATCTTTTGCAAGAGCAGAGGGGACAGTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38279	AACAGCATCGTTGGGGAAGGTATCTTTTGCAAGAGCAGAGGGGACAGTGC	38328

BX649443.16	1001	TTCTGTGCAGGCAGGTGGTGACCTGTGCTCCAGATGAATCCGAGCCGTGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38329	TTCTGTGCAGGCAGGTGGTGACCTGTGCTCCAGATGAATCCGAGCCGTGC	38378

BX649443.16	1051	TAGGGACTCGCCTGGCGGGGAAGCTGCGTGAGAATTCCTGCGCCGTGGTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38379	TAGGGACTCGCCTGGCGGGGAAGCTGCGTGAGAATTCCTGCGCCGTGGTG	38428

BX649443.16	1101	AATGCAGCAGCCACGCGCAGGGGCCCTGGATGCTGATAATTCATCGTTAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38429	AATGCAGCAGCCACGCGCAGGGGCCCTGGATGCTGATAATTCATCGTTAG	38478

BX649443.16	1151	TGAGCTACTGCGAGTAATTACGTTTATTCCTATTTTATTATTATTATTAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38479	TGAGCTACTGCGAGTAATTACGTTTATTCCTATTTTATTATTATTATTAT	38528

BX649443.16	1201	TACTTTGAGGTAAACTCTTGCTGTGTCACCCAGACTGGAGTGCAGTGTTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38529	TACTTTGAGGTAAACTCTTGCTGTGTCACCCAGACTGGAGTGCAGTGTTG	38578

BX649443.16	1251	TGATGTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38579	TGATGTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCT	38628

BX649443.16	1301	GCCTCAGCCTCCCGAGTACATGGGATTACAGGCACCTGCCCCGATGGCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38629	GCCTCAGCCTCCCGAGTACATGGGATTACAGGCACCTGCCCCGATGGCCA	38678

BX649443.16	1351	GCTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38679	GCTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGG	38728

BX649443.16	1401	CTGCTCTTGAACTCCTAATCTCAACTGATCCTCCCGCCTTGGCCTCCCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38729	CTGCTCTTGAACTCCTAATCTCAACTGATCCTCCCGCCTTGGCCTCCCAA	38778

BX649443.16	1451	AGTGCTGGGACTACAGGTGTGAGCCACTGCACCCAGCCCTACTAATATTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38779	AGTGCTGGGACTACAGGTGTGAGCCACTGCACCCAGCCCTACTAATATTA	38828

BX649443.16	1501	TTATTTTTTTGGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCAACCAAGCTGGAGTGCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38829	TTATTTTTTTGGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCAACCAAGCTGGAGTGCAG	38878

BX649443.16	1551	TGTGTCCGTATTTTATTTTTTATTTCATTTTTTTTGAGATGGAGTCTCAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38879	TGTGTCCGTATTTTATTTTTTATTTCATTTTTTTTGAGATGGAGTCTCAC	38928

BX649443.16	1601	TCTGTTGCCCAGGCTGGATTGCAGTGGGTTGAACTCGGCTCACTGCAACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38929	TCTGTTGCCCAGGCTGGATTGCAGTGGGTTGAACTCGGCTCACTGCAACC	38978

BX649443.16	1651	TCCGCCTCCCGGGTTGAAGTGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	38979	TCCGCCTCCCGGGTTGAAGTGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCT	39028

BX649443.16	1701	GGGATTACAGGTGTGCACCACAACACCCGGCTAAACTTTTTTTTTTTTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	39029	GGGATTACAGGTGTGCACCACAACACCCGGCTAAACTTTTTTTTTTTTTT	39078

BX649443.16	1751	TTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTGTCATGTTGACCAGTCTGGTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	39079	TTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTGTCATGTTGACCAGTCTGGTCT	39128

BX649443.16	1801	CGAACTCCTGACCCCAAGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	39129	CGAACTCCTGACCCCAAGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTG	39178

BX649443.16	1851	GGATCCCAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGGCCACGCACCCGTATTTTAAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	39179	GGATCCCAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGGCCACGCACCCGTATTTTAAAC	39228

BX649443.16	1901	CACAGTGTCACGGAGACGTTTCTAGGCAGCAAACCCACCTGAAACGCTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	39229	CACAGTGTCACGGAGACGTTTCTAGGCAGCAAACCCACCTGAAACGCTGA	39278

BX649443.16	1951	TATTTACGGAACGAAAGCCTGACATATTCTGAAGGAGAAATTGTTTTGTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381696.5	39279	TATTTACGGAACGAAAGCCTGACATATTCTGAAGGAGAAATTGTTTTGTT	39328

Overview

Query
BX649443.16 - 79564 bps
Hit
CR381696.5 - 39328 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link