<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR382380.5	1	GAACCGCCAACTTATCCAGCACATGTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80000	GAACCGCCAACTTATCCAGCACATGTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAG	80049

CR382380.5	51	CTGCAACCCATAACTGGAAAACTCTTATTTAGCTTACCCAATTCACCTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80050	CTGCAACCCATAACTGGAAAACTCTTATTTAGCTTACCCAATTCACCTGT	80099

CR382380.5	101	ACCGCATGACTTTAGACTGTGGGGGAAAGCGGAGCACCCGGAGGAAACCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80100	ACCGCATGACTTTAGACTGTGGGGGAAAGCGGAGCACCCGGAGGAAACCC	80149

CR382380.5	151	ACACAAACACGGGGAAAATGCAAACTCCACAAAGAAATGCCAACTGACCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80150	ACACAAACACGGGGAAAATGCAAACTCCACAAAGAAATGCCAACTGACCC	80199

CR382380.5	201	AGCCAAGGCTCAAACCAGCGAACTTCTTGCTGTGAGGCGAGAGTGCTACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80200	AGCCAAGGCTCAAACCAGCGAACTTCTTGCTGTGAGGCGAGAGTGCTACC	80249

CR382380.5	251	CACTGTGCCACCTCGTCTCCCAAACACTGCTTTACTTCCGAGATAATGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80250	CACTGTGCCACCTCGTCTCCCAAACACTGCTTTACTTCCGAGATAATGAG	80299

CR382380.5	301	CATCACAAATAATGAATACAGTTAAAATAAAATAAAAAATTTTGCCAAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80300	CATCACAAATAATGAATACAGTTAAAATAAAATAAAAAATTTTGCCAAAG	80349

CR382380.5	351	CATTAAGGATATGTTCACTTGCTTTACAATGCAACTTTAAAAAAGTCATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80350	CATTAAGGATATGTTCACTTGCTTTACAATGCAACTTTAAAAAAGTCATA	80399

CR382380.5	401	GGTACTTATTTCAGCACTTTGATCAGTCATGTTGGCTTACCTTTATTATA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80400	GGTACTTATTTCAGCACTTTGATCAGTCATGTTGGCTTACCTTTATTATA	80449

CR382380.5	451	AATAATAATCATAATCTGTCATTAAAAAGTATGGCAAAGACAAATACACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80450	AATAATAATCATAATCTGTCATTAAAAAGTATGGCAAAGACAAATACACT	80499

CR382380.5	501	CTCAATACTGAGGGACAGTTCACTCAAAAATAAAAAAAATATTTTACTCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80500	CTCAATACTGAGGGACAGTTCACTCAAAAATAAAAAAAATATTTTACTCA	80549

CR382380.5	551	AATATAATTTACTCACATTTAAGTTGTTTCAAATAGTGTTTTTATGCTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80550	AATATAATTTACTCACATTTAAGTTGTTTCAAATAGTGTTTTTATGCTAC	80599

CR382380.5	601	CGTCATTTCTAACTTTGACATGATACAATAATAAAAAAGATTATCTGATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80600	CGTCATTTCTAACTTTGACATGATACAATAATAAAAAAGATTATCTGATA	80649

CR382380.5	651	TGAGGGCGTCACGGTGGCTCAGGGGTTAGCACTGTCGCCTCAAAGCAAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80650	TGAGGGCGTCACGGTGGCTCAGGGGTTAGCACTGTCGCCTCAAAGCAAGA	80699

CR382380.5	701	AGGTCGCTGGATCGCAAGTCCCAGCTGAGCCAGTTTGCATTTCTATGTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80700	AGGTCGCTGGATCGCAAGTCCCAGCTGAGCCAGTTTGCATTTCTATGTGG	80749

CR382380.5	751	AGTTTGCATGTTCTCCACGTGTTCATATGGGTTTTCTCCAGGTGCTCTAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80750	AGTTTGCATGTTCTCCACGTGTTCATATGGGTTTTCTCCAGGTGCTCTAG	80799

CR382380.5	801	TTTCCTCCACAGTCCAAAGACATGCGATACAGGTGAACTGAATAAAGTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80800	TTTCCTCCACAGTCCAAAGACATGCGATACAGGTGAACTGAATAAAGTAA	80849

CR382380.5	851	ATTGTCCGTAGTGTATGTGTGAGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80850	ATTGTCCGTAGTGTATGTGTGAGTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGT	80899

CR382380.5	901	GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTAAATGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80900	GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTAAATGAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAAT	80949

CR382380.5	951	ACTGGGTTGTGGCTAAAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACATATGCTGAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	80950	ACTGGGTTGTGGCTAAAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACATATGCTGAAA	80999

CR382380.5	1001	TAGTAGGTGATTCATTCCGCTGTGGTGACTCAGACTGAAACAGACTAAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81000	TAGTAGGTGATTCATTCCGCTGTGGTGACTCAGACTGAAACAGACTAAGC	81049

CR382380.5	1051	CAAAGGAAAATGAATGAATGAATTTGATATTATTTTCAAAAAGGAAGTCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81050	CAAAGGAAAATGAATGAATGAATTTGATATTATTTTCAAAAAGGAAGTCA	81099

CR382380.5	1101	GAACAGCATTGTTTCTTCTTCTTACACTTCTTAGTTTACATGTGGCAACG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81100	GAACAGCATTGTTTCTTCTTCTTACACTTCTTAGTTTACATGTGGCAACG	81149

CR382380.5	1151	TTTTTCTTCTCTATTTACACAACTTAAAACCTGAACTTTATCTAAGAGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81150	TTTTTCTTCTCTATTTACACAACTTAAAACCTGAACTTTATCTAAGAGTA	81199

CR382380.5	1201	TTTTGTACATTTTTGTACAAGCTAAAATGTCCTCAATGCACATTTACAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81200	TTTTGTACATTTTTGTACAAGCTAAAATGTCCTCAATGCACATTTACAAT	81249

CR382380.5	1251	GGCTCCAAAGGCCTTTTACAAGATGTAAAATAAGTTTCCAGAATGTATCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81250	GGCTCCAAAGGCCTTTTACAAGATGTAAAATAAGTTTCCAGAATGTATCT	81299

CR382380.5	1301	GTGATTTTTCAGGTATAAATACTCCTCAAATCATTTATTATAACCAGTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81300	GTGATTTTTCAGGTATAAATACTCCTCAAATCATTTATTATAACCAGTTA	81349

CR382380.5	1351	AAAATGTACATTTTAGGGTCAGAGGGAATTATTGCTGTTTTTGCATCTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81350	AAAATGTACATTTTAGGGTCAGAGGGAATTATTGCTGTTTTTGCATCTGC	81399

CR382380.5	1401	ACCTTTAAATGCAAATGACAAAGACTCAAGACATGTCACTTATAGTTTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81400	ACCTTTAAATGCAAATGACAAAGACTCAAGACATGTCACTTATAGTTTTG	81449

CR382380.5	1451	AATGGGGAGCAGTGTAATGGTCAATATGGCAAATGAAGCTCCGCCCTCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81450	AATGGGGAGCAGTGTAATGGTCAATATGGCAAATGAAGCTCCGCCCTCTA	81499

CR382380.5	1501	GTACAGGAGCAAATCATCGATCACAATAAACTGAGGATTCGCTGGGTGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81500	GTACAGGAGCAAATCATCGATCACAATAAACTGAGGATTCGCTGGGTGAG	81549

CR382380.5	1551	GGGCTTGGACCAGTCGTGAGTTTCTGCAGATTTTATGTGATTTGAATGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81550	GGGCTTGGACCAGTCGTGAGTTTCTGCAGATTTTATGTGATTTGAATGTT	81599

CR382380.5	1601	TAGAAATGAAAGATGTTGTTTATTTCATTGTTGATTCCCAATAAGAAATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81600	TAGAAATGAAAGATGTTGTTTATTTCATTGTTGATTCCCAATAAGAAATT	81649

CR382380.5	1651	TAATCTCACACCTGGCAAGAAATTTTGGAGATATTGATGTTTCCCCACTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81650	TAATCTCACACCTGGCAAGAAATTTTGGAGATATTGATGTTTCCCCACTC	81699

CR382380.5	1701	AAACAGAATGCCCGAGCATACTGCCCAAGAGATGTTTCAAAGATGGCCAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81700	AAACAGAATGCCCGAGCATACTGCCCAAGAGATGTTTCAAAGATGGCCAC	81749

CR382380.5	1751	AAAGTAAAATGACTTGCAAATGAGCTGAATCTCTCCACCCACTCTTTAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81750	AAAGTAAAATGACTTGCAAATGAGCTGAATCTCTCCACCCACTCTTTAGA	81799

CR382380.5	1801	ACATTTAGGGTCAGATGTCAGGATAAACAGCAAAATGACAGACATCAACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81800	ACATTTAGGGTCAGATGTCAGGATAAACAGCAAAATGACAGACATCAACT	81849

CR382380.5	1851	GACATGATGAAACAACCACAGTCAAAAATACCACAGTAAGATGAATGAGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81850	GACATGATGAAACAACCACAGTCAAAAATACCACAGTAAGATGAATGAGC	81899

CR382380.5	1901	CACACGCAAATGATGGCGCCCCCAGAACATTTTCTTAGAGGTGTCAGAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81900	CACACGCAAATGATGGCGCCCCCAGAACATTTTCTTAGAGGTGTCAGAAG	81949

CR382380.5	1951	CGGCCGCACCAAATCTTGGGGTGGCACACACACACAATAATTATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381695.4	81950	CGGCCGCACCAAATCTTGGGGTGGCACACACACACAATAATTATGAATTC	81999

Overview

Query
CR382380.5 - 84200 bps
Hit
CR381695.4 - 81999 bps
Total alignments
14
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001964200012000180000819991
290.38345292998018448951
310030303807638105111375114041
485.331903626124361604122735231091
580.321273661228112646-122744231091
688.9222134848225169122744231041
782.197717975677745-122769229421
878.2662093139531603122806230161
980.571515003760438103-137816383091
1091.37511139154025172478725921
1175.08623331228112613172494728101
1290.1255816209962179172502725821
1381.75521276227462400172667727921
1489.5545677379873864-180005800711
Short-link