<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR759881.16	121401	GAATTCTCTGATGCGAATACATGCTTCGATCATCATCTCCTCCGGGACTG	121450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1	GAATTCTCTGATGCGAATACATGCTTCGATCATCATCTCCTCCGGGACTG	50

CR759881.16	121451	TCACTACAATTCGGAAGTAGTTTGGGTATTCAAATGCCTGAAGAGAGAAA	121500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	51	TCACTACAATTCGGAAGTAGTTTGGGTATTCAAATGCCTGAAGAGAGAAA	100

CR759881.16	121501	CCACATGAAGGTCAGAATGCAGTCAGTATATCTGTGGCAAACAAGTGAAA	121550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	101	CCACATGAAGGTCAGAATGCAGTCAGTATATCTGTGGCAAACAAGTGAAA	150

CR759881.16	121551	ATGTGTCACAGACTAAGGTGAGCTAGGGACATGAATAACTCACCGTAGCG	121600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	151	ATGTGTCACAGACTAAGGTGAGCTAGGGACATGAATAACTCACCGTAGCG	200

CR759881.16	121601	GGTAAACAGAACACAGATTGCTCAGTGACCAGCCGTTCAGTGAACTCCAC	121650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	201	GGTAAACAGAACACAGATTGCTCAGTGACCAGCCGTTCAGTGAACTCCAC	250

CR759881.16	121651	ATCATTCTGGAATTCTGGGAAATGCTCCATCTCGATCCCCACCTGAGAAT	121700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	251	ATCATTCTGGAATTCTGGGAAATGCTCCATCTCGATCCCCACCTGAGAAT	300

CR759881.16	121701	GAGCCAGCAGAAAATGCATTTACCCTCTGCTACCTTGCAACTTTGCACTT	121750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	301	GAGCCAGCAGAAAATGCATTTACCCTCTGCTACCTTGCAACTTTGCACTT	350

CR759881.16	121751	TTTGCAAACATGCTCACTTCTTAATATGGACATCCTGATGAGCAAACACG	121800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	351	TTTGCAAACATGCTCACTTCTTAATATGGACATCCTGATGAGCAAACACG	400

CR759881.16	121801	CCAAGGATGATTATGTGTCTATCAGGCCATTTAAAGGGATAGTTCACCCA	121850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	401	CCAAGGATGATTATGTGTCTATCAGGCCATTTAAAGGGATAGTTCACCCA	450

CR759881.16	121851	TAAATGAATATACTGACATTTACTCGTGCTCAAGATGTTTTAGAAAGTTC	121900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	451	TAAATGAATATACTGACATTTACTCGTGCTCAAGATGTTTTAGAAAGTTC	500

CR759881.16	121901	TGTTAGTTTGAGTTTGAGCTTTTACAGAATCTAAAAATATTTGTTAATAG	121950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	501	TGTTAGTTTGAGTTTGAGCTTTTACAGAATCTAAAAATATTTGTTAATAG	550

CR759881.16	121951	TTTCTGTATTTTATGATTCACAAGTCTTTTTCCACTCATTTATGGTTGTG	122000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	551	TTTCTGTATTTTATGATTCACAAGTCTTTTTCCACTCATTTATGGTTGTG	600

CR759881.16	122001	AATTGCATAACGGCATATTGATCTCCTCTGGAGTCAATCTAGGGCCATAT	122050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	601	AATTGCATAACGGCATATTGATCTCCTCTGGAGTCAATCTAGGGCCATAT	650

CR759881.16	122051	ATTCTTGCAAAATAAAAATAAAAATTTGCAAACAAAAAATGAAATATTGA	122100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	651	ATTCTTGCAAAATAAAAATAAAAATTTGCAAACAAAAAATGAAATATTGA	700

CR759881.16	122101	GAAAAAATAAATGAATAAATGCAAATATCCAAAAATCGCAAAGCCAATAT	122150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	701	GAAAAAATAAATGAATAAATGCAAATATCCAAAAATCGCAAAGCCAATAT	750

CR759881.16	122151	TAATTTTTGAGAAATAAAAATAAATTTTGCTAACAAAAATAAAGAACTGC	122200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	751	TAATTTTTGAGAAATAAAAATAAATTTTGCTAACAAAAATAAAGAACTGC	800

CR759881.16	122201	AAAGGGAAAATTACGTTTTTAGAAATAAAAGTGAAATTTGCAAACAAAAA	122250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	801	AAAGGGAAAATTACGTTTTTAGAAATAAAAGTGAAATTTGCAAACAAAAA	850

CR759881.16	122251	AGAACTGCAAATTAAAATCAAGCAGTGCAAAAAAATTTGCTATTAAGAAA	122300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	851	AGAACTGCAAATTAAAATCAAGCAGTGCAAAAAAATTTGCTATTAAGAAA	900

CR759881.16	122301	AAAAAAACGATATATATATATTTTATTTTATATTTTCACTTTGCACTTCA	122350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	901	AAAAAAACGATATATATATATTTTATTTTATATTTTCACTTTGCACTTCA	950

CR759881.16	122351	TGTTTCTGCACGTTTCACTTTGTGGCCCTGATTTGACTAGGGAGCAGAGT	122400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	951	TGTTTCTGCACGTTTCACTTTGTGGCCCTGATTTGACTAGGGAGCAGAGT	1000

CR759881.16	122401	CAAAACTTGGGCGTTTACGGGCCTACTCACACTATGCTATCCGTACCGTG	122450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1001	CAAAACTTGGGCGTTTACGGGCCTACTCACACTATGCTATCCGTACCGTG	1050

CR759881.16	122451	CCCAGGCTGGTTTCCTGGATCGTTTGAAAAGTGTGAGGGCTCTGAAGCGG	122500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1051	CCCAGGCTGGTTTCCTGGATCGTTTGAAAAGTGTGAGGGCTCTGAAGCGG	1100

CR759881.16	122501	ACTCAGGCACGATTCACTTGGCCGGCCCTGGCCCGGTTGGAGGAGGTGGG	122550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1101	ACTCAGGCACGATTCACTTGGCCGGCCCTGGCCCGGTTGGAGGAGGTGGG	1150

CR759881.16	122551	CCTGAGGGCGGTTCACTTGGGCTTTGAAAGCAAGACGTGACTTTAAGGGA	122600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1151	CCTGAGGGCGGTTCACTTGGGCTTTGAAAGCAAGACGTGACTTTAAGGGA	1200

CR759881.16	122601	CTGTTTCATATGGATTTATTAATCATTCTTACTGTTCAATGAACACAAAC	122650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1201	CTGTTTCATATGGATTTATTAATCATTCTTACTGTTCAATGAACACAAAC	1250

CR759881.16	122651	TACCATAGTTTATTATGCAAACCCCTCACTGCACGACAACTGGGCACCTT	122700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1251	TACCATAGTTTATTATGCAAACCCCTCACTGCACGACAACTGGGCACCTT	1300

CR759881.16	122701	CAGCAAACCTCCTCATTCCTGCAGCACATGGGCTTTATGATCGTTTATGA	122750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1301	CAGCAAACCTCCTCATTCCTGCAGCACATGGGCTTTATGATCGTTTATGA	1350

CR759881.16	122751	GCGCCAAAAGTGGCGGATCTGTTCACCGAAATATCTGACTGCGTGTCACC	122800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1351	GCGCCAAAAGTGGCGGATCTGTTCACCGAAATATCTGACTGCGTGTCACC	1400

CR759881.16	122801	GCATCCCTAAGGACTGTTTGGCAAAATATTTGACTCCATGTCACTGCGTA	122850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1401	GCATCCCTAAGGACTGTTTGGCAAAATATTTGACTCCATGTCACTGCGTA	1450

CR759881.16	122851	TCAAACGACAAACAATATAACTAGAGAAATCTCCACTGTGCTGAGCAAGA	122900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1451	TCAAACGACAAACAATATAACTAGAGAAATCTCCACTGTGCTGAGCAAGA	1500

CR759881.16	122901	GCGTTTACTGAACAGCGCAGCATCAATGACGTTAGTGTGCCCAGGCCCAA	122950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1501	GCGTTTACTGAACAGCGCAGCATCAATGACGTTAGTGTGCCCAGGCCCAA	1550

CR759881.16	122951	TTGTAGTGTGAGTGCGGGCCGTCAGGGGAGACGGGAGGGGGGACAAGCGT	123000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1551	TTGTAGTGTGAGTGCGGGCCGTCAGGGGAGACGGGAGGGGGGACAAGCGT	1600

CR759881.16	123001	GCTTTGGCCCGGTTCGAGGCAACTGTACATAGTGTGAGTACGGCCTACAG	123050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1601	GCTTTGGCCCGGTTCGAGGCAACTGTACATAGTGTGAGTACGGCCTACAG	1650

CR759881.16	123051	CAGGCCAGGACCTGCCTCCATTTTGGCCCTAGATTGACTCCATAATTTCT	123100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1651	CAGGCCAGGACCTGCCTCCATTTTGGCCCTAGATTGACTCCATAATTTCT	1700

CR759881.16	123101	GCTCTGTCAACTTTTGATGTTGAAATTTCAAGTCTACAGTTTAACAAAGT	123150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1701	GCTCTGTCAACTTTTGATGTTGAAATTTCAAGTCTACAGTTTAACAAAGT	1750

CR759881.16	123151	GACTTTTTTTTTATGTTTTAGTAGTTTGAAATAAAATATTGTATAATAAA	123200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1751	GACTTTTTTTTTATGTTTTAGTAGTTTGAAATAAAATATTGTATAATAAA	1800

CR759881.16	123201	GTATATATAGAGAGAAATAAGTCTGTAAAATAACAGAAAATGTTTATTAC	123250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1801	GTATATATAGAGAGAAATAAGTCTGTAAAATAACAGAAAATGTTTATTAC	1850

CR759881.16	123251	AAGGATTTTGTACAGTAATATACAACACCAACCCAGACAATATATGACTT	123300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1851	AAGGATTTTGTACAGTAATATACAACACCAACCCAGACAATATATGACTT	1900

CR759881.16	123301	TAAATTATTAAAAGTATTAATAAAAGTCACTTTTTCAAACTTTTGAAGGT	123350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1901	TAAATTATTAAAAGTATTAATAAAAGTCACTTTTTCAAACTTTTGAAGGT	1950

CR759881.16	123351	TAAAAACTGTTGGAAGAAAGATCAAGGGTCCCGAAATGCAATTTATACAC	123400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381668.8	1951	TAAAAACTGTTGGAAGAAAGATCAAGGGTCCCGAAATGCAATTTATACAC	2000

Overview

Query
CR759881.16 - 123400 bps
Hit
CR381668.8 - 155228 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196220001214011234001120001
280.461223521754217893157142574891
382.8211126916321900157204574651
489.63891345574855881157359574931
592.68941238462984751157370574921
695.521151345574855881-166853669861
793.72853611753317893-166857672211
892.7125935115501900-166881672231
988139250105893106142-177255775041
1084.112345474931549861-177258777981
1186.441052276768967915-177384776191
1292.37991439341193553-177430775731
1389.071813127908279393-177453777631
1489.441121989166991866-177565777631
1593.151131465574755892-194484946291
1690.77931301776417893-194499946281
1782.641052914934549635194634949211
1895.079441134849668609911042601054141
1991.061752481650189711123191125641
2089.42182277176191789511123201125931
2191.09246356593565971111145691149271
221001391805074525311390921392711
Short-link