<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR391904.14	1	CAAAAAAATAAATATATATATATATATAATCAGGAGAGAGACCTGATAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90181	CAAAAAAATAAATATATATATATATATAATCAGGAGAGAGACCTGATAGA	90230

CR391904.14	51	TTATGGACCACGAATGTTTCTGTGTATGTGTGAGCGCATGTGCGTACGTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90231	TTATGGACCACGAATGTTTCTGTGTATGTGTGAGCGCATGTGCGTACGTG	90280

CR391904.14	101	AGTTTGTACGGGTGTCTGTGTGTAGCTATAGAAAATCTTTACAAAGTGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90281	AGTTTGTACGGGTGTCTGTGTGTAGCTATAGAAAATCTTTACAAAGTGTT	90330

CR391904.14	151	TTCAGTCGGACAAGTAGCTGCAAGTTCTGGGAGTGCTGTATCCTTGTTTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90331	TTCAGTCGGACAAGTAGCTGCAAGTTCTGGGAGTGCTGTATCCTTGTTTC	90380

CR391904.14	201	CTGTTTCTCCGGAGAGGAGGACTACTTTATGACCGTTCCCATCTGGAGGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90381	CTGTTTCTCCGGAGAGGAGGACTACTTTATGACCGTTCCCATCTGGAGGA	90430

CR391904.14	251	GGAGAAATAAGGACGGATACGTTGGCCAAATCATGTCACGCAGCATTGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90431	GGAGAAATAAGGACGGATACGTTGGCCAAATCATGTCACGCAGCATTGAA	90480

CR391904.14	301	ATGTGTCCCTCTGCCTTCTACATTTTTATCACCTTCTGCTCGGAGCTCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90481	ATGTGTCCCTCTGCCTTCTACATTTTTATCACCTTCTGCTCGGAGCTCTT	90530

CR391904.14	351	GGAGATCGGCAGCGTTTTCTTTTATTTGCGTTTGTTTACTAGAGTCCAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90531	GGAGATCGGCAGCGTTTTCTTTTATTTGCGTTTGTTTACTAGAGTCCAGT	90580

CR391904.14	401	CATTCTTCTTGTTCTACCAGATACTGAACGAAAGAGTATGTTTCATTGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90581	CATTCTTCTTGTTCTACCAGATACTGAACGAAAGAGTATGTTTCATTGAC	90630

CR391904.14	451	CTGGACACACTGGCAGACTGAATCCCCTTGAGAACTCTTCCAATGGGAGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90631	CTGGACACACTGGCAGACTGAATCCCCTTGAGAACTCTTCCAATGGGAGC	90680

CR391904.14	501	TTTCATTGATTTCAAACATTGCCAGCGGACCCTAACTGGGACTGAGCTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90681	TTTCATTGATTTCAAACATTGCCAGCGGACCCTAACTGGGACTGAGCTTG	90730

CR391904.14	551	GATTTGTGTGCACTTCCTGGAAACATATCCAAAGGGGGGAGAGAGAGAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90731	GATTTGTGTGCACTTCCTGGAAACATATCCAAAGGGGGGAGAGAGAGAGA	90780

CR391904.14	601	GAGAAAAAAAAGATCTGGCCATAGTATTTTATTTTTATACCACGCCAAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90781	GAGAAAAAAAAGATCTGGCCATAGTATTTTATTTTTATACCACGCCAAGA	90830

CR391904.14	651	TTTTTTTTCTCTCAGACATTTTTAATTTCAAAAGAGGAAGAGTGTGCTCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90831	TTTTTTTTCTCTCAGACATTTTTAATTTCAAAAGAGGAAGAGTGTGCTCT	90880

CR391904.14	701	CCATCATCCTTCTGCCAAGAGGACCACTTCTGAAACACACACACACACAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90881	CCATCATCCTTCTGCCAAGAGGACCACTTCTGAAACACACACACACACAC	90930

CR391904.14	751	ATTCGTCCTCTTTTTCTTTCTAATTTTTCCTCCCGTGTATCTGATGTGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90931	ATTCGTCCTCTTTTTCTTTCTAATTTTTCCTCCCGTGTATCTGATGTGTT	90980

CR391904.14	801	TGTGGGAGTGCTCTTTTTGTGTCGATATGCGTTTGCTCGTTGGTTTGGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	90981	TGTGGGAGTGCTCTTTTTGTGTCGATATGCGTTTGCTCGTTGGTTTGGAT	91030

CR391904.14	851	GTGTGCGCGTGTATGCCTGTATGTTGGTATATGTCACCGTGACCCCGTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91031	GTGTGCGCGTGTATGCCTGTATGTTGGTATATGTCACCGTGACCCCGTGT	91080

CR391904.14	901	ACGTCTCCACTTCCCTCGCCTTTGTCCTGCACAGAGAAAATCTCATTTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91081	ACGTCTCCACTTCCCTCGCCTTTGTCCTGCACAGAGAAAATCTCATTTTT	91130

CR391904.14	951	TGAACAATCAAGTGTCTCCTGTCCTGTGTCTTAGAGGAACTATTTCTTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91131	TGAACAATCAAGTGTCTCCTGTCCTGTGTCTTAGAGGAACTATTTCTTGT	91180

CR391904.14	1001	GTAGGACCTGTTGCGCTTGGTAGGGACAGGGTCTATTTCTCAGATGCGCG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91181	GTAGGACCTGTTGCGCTTGGTAGGGACAGGGTCTATTTCTCAGATGCGCG	91230

CR391904.14	1051	TTTCGGTCGTTCTCTGTAGAATGTGGTTGTGACCTGTCTCCGTTGTGTCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91231	TTTCGGTCGTTCTCTGTAGAATGTGGTTGTGACCTGTCTCCGTTGTGTCC	91280

CR391904.14	1101	CTAACCAGCTCGTCCCTAGCCTGATCTGTGTTCTCGTGTTGGGTGTGCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91281	CTAACCAGCTCGTCCCTAGCCTGATCTGTGTTCTCGTGTTGGGTGTGCTT	91330

CR391904.14	1151	CTCTGACTCTTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTGTAAATGTGCTCTGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91331	CTCTGACTCTTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTGTAAATGTGCTCTGTA	91380

CR391904.14	1201	TGTAGGAGGGGACAGACCTGATGGCCACAGCTAAAATGTTGGAAGTTTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91381	TGTAGGAGGGGACAGACCTGATGGCCACAGCTAAAATGTTGGAAGTTTTT	91430

CR391904.14	1251	TCATTGTCTTTAAAAGAAAAAGTGGAGAAAAAAAGACAAACTGGTTCTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91431	TCATTGTCTTTAAAAGAAAAAGTGGAGAAAAAAAGACAAACTGGTTCTCT	91480

CR391904.14	1301	TCATCTCTTTTTGGCTAATGTGACTATCTTTTATGTCTGAGCATTCCTTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91481	TCATCTCTTTTTGGCTAATGTGACTATCTTTTATGTCTGAGCATTCCTTG	91530

CR391904.14	1351	CGAACAGAGACAAAGAGGGGGACATTTGTTTCACCTTTCCACAAGATTAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91531	CGAACAGAGACAAAGAGGGGGACATTTGTTTCACCTTTCCACAAGATTAC	91580

CR391904.14	1401	TTTTAAAGTTTTGACATTACAAACTGACTTCAGATGCATTTTATTTTCTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91581	TTTTAAAGTTTTGACATTACAAACTGACTTCAGATGCATTTTATTTTCTC	91630

CR391904.14	1451	GTAAACGTTCAGGTTGCTGCTTCTCTAGTCAGAGCATTATCAAAACCTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91631	GTAAACGTTCAGGTTGCTGCTTCTCTAGTCAGAGCATTATCAAAACCTTC	91680

CR391904.14	1501	ACATACCCTTGATACCCAGGGTCACTGCCGCTATTAAAAGGATCATTTGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91681	ACATACCCTTGATACCCAGGGTCACTGCCGCTATTAAAAGGATCATTTGC	91730

CR391904.14	1551	CCAAAAATTTCAATTCTGTCATCGCTTAAGGCCCAGAAACTTTTAAACCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91731	CCAAAAATTTCAATTCTGTCATCGCTTAAGGCCCAGAAACTTTTAAACCT	91780

CR391904.14	1601	TACAGTTTGCTTTGGCTGGTGAACACCTATAAAATACTATTAGTCCATTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91781	TACAGTTTGCTTTGGCTGGTGAACACCTATAAAATACTATTAGTCCATTG	91830

CR391904.14	1651	TGATGATGTAATAATTAGGTGTGGCTACTCTCTAGTTTTCTTAGTTTCGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91831	TGATGATGTAATAATTAGGTGTGGCTACTCTCTAGTTTTCTTAGTTTCGT	91880

CR391904.14	1701	TCCATTTTAGGGCATCACGGTGGCGCAGTGGGTAGCACTGTCGCATCACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91881	TCCATTTTAGGGCATCACGGTGGCGCAGTGGGTAGCACTGTCGCATCACA	91930

CR391904.14	1751	GCAAAAAGGTCGCTGGTTCAAGCCCTGGCTGGGTCAGTTAAATTAGAATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91931	GCAAAAAGGTCGCTGGTTCAAGCCCTGGCTGGGTCAGTTAAATTAGAATT	91980

CR391904.14	1801	TTCTAAGCTAAATTGGCCGTAGTGTATGTGTGTGAGTGCACCAGTGTATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	91981	TTCTAAGCTAAATTGGCCGTAGTGTATGTGTGTGAGTGCACCAGTGTATG	92030

CR391904.14	1851	GGTGTTTCCCAGTGTTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCTGCTGTGTAAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	92031	GGTGTTTCCCAGTGTTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCTGCTGTGTAAAA	92080

CR391904.14	1901	CATACGCTGGCTACATTGGCGGTTTATTCCGCTGTGGCGACCCATGATTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	92081	CATACGCTGGCTACATTGGCGGTTTATTCCGCTGTGGCGACCCATGATTA	92130

CR391904.14	1951	ATAAAGGGACTAAGCGCGAAAAAAAAATGAATGAATTCCATTTTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381655.6	92131	ATAAAGGGACTAAGCGCGAAAAAAAAATGAATGAATTCCATTTTAAGCTT	92180

Overview

Query
CR391904.14 - 147391 bps
Hit
CR381655.6 - 92180 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001971200012000190181921801
285.52761465705857203-1653266761
381.9748124127105127228-1653566561
495.514589120683120771-114716148041
588.24611172161821734-114736148541
685.81447840115130115969120152209971
785.814328329897799808-120155210001
889.471021527808978240120732208831
982.8781228127381127608137390376051
1076.51773178567585991-158379586931
1180.321163206387964198158379586931
1277.28752981548415781158386586931
1384.89731398768287820158579587171
1482.61631381497015107-158581587181
1581.57182474117376117849168086685571
1689.63178267103654103920-168319685881
1786.6971932153421726-177200773931
1890.24821234980049922-180824809461
1994.375471108641108711-182089821591
2089.87981586695667113189404895611
Short-link