<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL844207.4	1	AAGCTTTTATCACAGTATATGGTATAATGACAATACTTAACTCCATTTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73486	AAGCTTTTATCACAGTATATGGTATAATGACAATACTTAACTCCATTTAA	73535

AL844207.4	51	TAAAATGATTATGACTTGTAATCAGGTTAAGACTGTTTTTAATGTGTTCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73536	TAAAATGATTATGACTTGTAATCAGGTTAAGACTGTTTTTAATGTGTTCC	73585

AL844207.4	101	TATACATTAACATCATCTAAGATTAATAAAGGCATTATTTTTTGTAGTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73586	TATACATTAACATCATCTAAGATTAATAAAGGCATTATTTTTTGTAGTTT	73635

AL844207.4	151	TCATTTTGAATTTAGTTAAATTAACCAATGTGAACTATTAAAGCTGTATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73636	TCATTTTGAATTTAGTTAAATTAACCAATGTGAACTATTAAAGCTGTATT	73685

AL844207.4	201	TCACAGTATTAACATACAATAGCCTTATAAATATTCACACAATTTTCAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73686	TCACAGTATTAACATACAATAGCCTTATAAATATTCACACAATTTTCAAT	73735

AL844207.4	251	CAACATTTTAGCATTTGGTAGGGAAGATTAATGTGAAAATGTTTGAACTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73736	CAACATTTTAGCATTTGGTAGGGAAGATTAATGTGAAAATGTTTGAACTA	73785

AL844207.4	301	TTAAGCAATGCAATTAAGTCTCCAAATATTTGCCGCTGTTATGGACACCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73786	TTAAGCAATGCAATTAAGTCTCCAAATATTTGCCGCTGTTATGGACACCT	73835

AL844207.4	351	CTGCAAATACAACGTGAATATTCTCCAAAAGCACTCTAGAAGCTTAAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73836	CTGCAAATACAACGTGAATATTCTCCAAAAGCACTCTAGAAGCTTAAAAA	73885

AL844207.4	401	ATTATTCACATTATTTTGAAGTATCCATGATATCAAAATTGTGCCATCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73886	ATTATTCACATTATTTTGAAGTATCCATGATATCAAAATTGTGCCATCTC	73935

AL844207.4	451	ATTATCACAATATAATGTAGAATATCTGCATATGCCTTAGTGAGACTAAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73936	ATTATCACAATATAATGTAGAATATCTGCATATGCCTTAGTGAGACTAAG	73985

AL844207.4	501	CATTTTCTTAAAAAAAAAACAAAAACAAAAAAACTCTTTATTTACAAACA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	73986	CATTTTCTTAAAAAAAAAACAAAAACAAAAAAACTCTTTATTTACAAACA	74035

AL844207.4	551	GAAATAACAAGAGTTGATCTGCAGCATAACACTGAACATTAATAAGTGGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74036	GAAATAACAAGAGTTGATCTGCAGCATAACACTGAACATTAATAAGTGGG	74085

AL844207.4	601	GATTAACAAACGGTCCTCTCTACCTTGCATTTGGCCAGAATAAAGGCAGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74086	GATTAACAAACGGTCCTCTCTACCTTGCATTTGGCCAGAATAAAGGCAGC	74135

AL844207.4	651	CAAACAGACCAGGTGGAGCTTGCTGGGCACCACCACCACGTGCTGCTGCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74136	CAAACAGACCAGGTGGAGCTTGCTGGGCACCACCACCACGTGCTGCTGCA	74185

AL844207.4	701	GTCTCTCAGGCACTGCGTAGCTGTCTGACAGAGCCTGAGGGGCCGCCTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74186	GTCTCTCAGGCACTGCGTAGCTGTCTGACAGAGCCTGAGGGGCCGCCTGG	74235

AL844207.4	751	GGACACGCTTCAACTGTCTCCTCACTCCCCTCTGACACATGGACACTCAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74236	GGACACGCTTCAACTGTCTCCTCACTCCCCTCTGACACATGGACACTCAC	74285

AL844207.4	801	AGGATCCTTCATACTGATACTGGCTAATCGGGACAGTCCTGCAAGTGCAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74286	AGGATCCTTCATACTGATACTGGCTAATCGGGACAGTCCTGCAAGTGCAG	74335

AL844207.4	851	AGAACACGATCAGCTTAAGCGCTCGCGTACATATGTAGATTGTCACCCAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74336	AGAACACGATCAGCTTAAGCGCTCGCGTACATATGTAGATTGTCACCCAA	74385

AL844207.4	901	AATGCTTTTGTGATCGAAAATGTTGGAAGAGTAAGACGTTATTGTGACGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74386	AATGCTTTTGTGATCGAAAATGTTGGAAGAGTAAGACGTTATTGTGACGA	74435

AL844207.4	951	AGTAGAGCTGCTTAAACTGGAAAGGTCCATGAAAACTTTTGCTATTCATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74436	AGTAGAGCTGCTTAAACTGGAAAGGTCCATGAAAACTTTTGCTATTCATA	74485

AL844207.4	1001	GAGATAAAGGGCCTGTCAACTTATTCCAAGCTGCTTCTGTTAGAATAAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74486	GAGATAAAGGGCCTGTCAACTTATTCCAAGCTGCTTCTGTTAGAATAAAG	74535

AL844207.4	1051	TCAATGATGTAGTTCCTACTGTATATAGTGAGCATTAACTGTTTCAACTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74536	TCAATGATGTAGTTCCTACTGTATATAGTGAGCATTAACTGTTTCAACTT	74585

AL844207.4	1101	TACATTCACTCAAACTTTACCTCATTGCGTGAAAGCATTAGTGAACAGCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74586	TACATTCACTCAAACTTTACCTCATTGCGTGAAAGCATTAGTGAACAGCT	74635

AL844207.4	1151	TTACCTTCAGTTATAGTAGCTGAAAGCAGCACATTTTGCCTGTCGGGTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74636	TTACCTTCAGTTATAGTAGCTGAAAGCAGCACATTTTGCCTGTCGGGTCC	74685

AL844207.4	1201	AGCGGTGTTCAGTGCATTCAGAATCACAGTCAGATCTTTCTCAAAGCCCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74686	AGCGGTGTTCAGTGCATTCAGAATCACAGTCAGATCTTTCTCAAAGCCCA	74735

AL844207.4	1251	AATCCAAAATCCTTTAATGGACGAGCAAGATTACTGGTTATAACACATGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74736	AATCCAAAATCCTTTAATGGACGAGCAAGATTACTGGTTATAACACATGA	74785

AL844207.4	1301	TACTACAAATGTAAATAGTCATTAATGAAAATCTCACTATGAATAAGACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74786	TACTACAAATGTAAATAGTCATTAATGAAAATCTCACTATGAATAAGACA	74835

AL844207.4	1351	GGTATTTAGCTTTGTGCATCACACAATGACATTATCTGATCAAATTAGTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74836	GGTATTTAGCTTTGTGCATCACACAATGACATTATCTGATCAAATTAGTA	74885

AL844207.4	1401	ATCACACTGACCTGTCAGCTTCATCCAGAATGAGCCAGCGCACAGCACTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74886	ATCACACTGACCTGTCAGCTTCATCCAGAATGAGCCAGCGCACAGCACTG	74935

AL844207.4	1451	AAAGCAATACTTAGTGTGTTCTTGATGTGGTCCACCAGTCGGCCTGGAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74936	AAAGCAATACTTAGTGTGTTCTTGATGTGGTCCACCAGTCGGCCTGGAGT	74985

AL844207.4	1501	CGAGATCAGAACATTTATGCCCTTCCGCAGTCTGAAGTCAACACAAAGTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	74986	CGAGATCAGAACATTTATGCCCTTCCGCAGTCTGAAGTCAACACAAAGTC	75035

AL844207.4	1551	AAACAAAGACAAGTAAAAACACTGAAAGATCAAAGACATACTGTTGAATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	75036	AAACAAAGACAAGTAAAAACACTGAAAGATCAAAGACATACTGTTGAATG	75085

AL844207.4	1601	TAGATTACTGTCAAATGTTAGGTGTCTAAGATTTGTATGGGTTCTGAAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	75086	TAGATTACTGTCAAATGTTAGGTGTCTAAGATTTGTATGGGTTCTGAAGT	75135

AL844207.4	1651	CTCTTATGCTCACAGAAGCTGTAAATAAATGAACAAAAAAAGCATTACAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	75136	CTCTTATGCTCACAGAAGCTGTAAATAAATGAACAAAAAAAGCATTACAG	75185

AL844207.4	1701	ATGTTTTTTTCTAATTTAATGCATCCATGCTGAAAGATATATATTGATAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	75186	ATGTTTTTTTCTAATTTAATGCATCCATGCTGAAAGATATATATTGATAA	75235

AL844207.4	1751	AAAGTATTACATCTTACAGAACCCAAATATCTGAAATGCTGTTTATTTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	75236	AAAGTATTACATCTTACAGAACCCAAATATCTGAAATGCTGTTTATTTGC	75285

AL844207.4	1801	AGTTAAGTAACAAACTAATCAAAATGGAGTTAAAATCATTTGAACTGAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	75286	AGTTAAGTAACAAACTAATCAAAATGGAGTTAAAATCATTTGAACTGAAA	75335

AL844207.4	1851	TCTAATCAAAAATTATATATTGTTTACCTGGCTTTTTCTGCTTTCTTTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	75336	TCTAATCAAAAATTATATATTGTTTACCTGGCTTTTTCTGCTTTCTTTTT	75385

AL844207.4	1901	CTCTCCTCCCATTAAAACTCCTGGAACAATCCAGGTGAAAGGCTAAAACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	75386	CTCTCCTCCCATTAAAACTCCTGGAACAATCCAGGTGAAAGGCTAAAACA	75435

AL844207.4	1951	AATACATAAATATATGAAGTTTTTTTTTTTTTTAAAGACCAGCATTTTTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381654.7	75436	AATACATAAATATATGAAGTTTTTTTTTTTTTTAAAGACCAGCATTTTTG	75485

Overview

Query
AL844207.4 - 199379 bps
Hit
CR381654.7 - 75485 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001936200012000173486754851
283.547316693189483-111822119851
383.79831806852268701114415145991
486.37121217138023138239114870150891
587.13871598304583203-114978151481
686.752213867527375658-123211235951
784.742535119264193151123222237391
888.472133403797738316-123267236041
987.29169296102617102912123868241661
1083.1712429494879780135238355401
1184.35225444989710340135536359761
1284.59218441187277187717135536359761
1386.242495229451195032138890394191
1488.731462698418984457138897391711
158478176180221180396-142166423401
1686.362234669456795032-143220436881
1779.0397313156652156964-152383526921
1880.92932507229672545152383526231
1983.39147316145441145756-152386526921
2088.8997154157381157534152540526921
2190.5687160179904180063163858640161
2289.14761328418984320169821699491
Short-link