<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX571968.10	1	AAGCTTCAGCTAACGCTGTGATCCTCCTCCTCATGAGTCACATCACACAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140418	AAGCTTCAGCTAACGCTGTGATCCTCCTCCTCATGAGTCACATCACACAC	140467

BX571968.10	51	TCACACAAACACACTGGATAGGCTGGAGAACAGAGAGGTCAAGGTACAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140468	TCACACAAACACACTGGATAGGCTGGAGAACAGAGAGGTCAAGGTACAAA	140517

BX571968.10	101	GCTCAGTACTATGAAACCGATAGGTGGTGGACAAGAAGACAGCTGGACCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140518	GCTCAGTACTATGAAACCGATAGGTGGTGGACAAGAAGACAGCTGGACCA	140567

BX571968.10	151	GGAGACAAGGAGGAGCTCAATGAGGGAGGAAAGAGGAGATAAAAAGACAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140568	GGAGACAAGGAGGAGCTCAATGAGGGAGGAAAGAGGAGATAAAAAGACAA	140617

BX571968.10	201	GAAAATATGCTGAATCAGATAGATCAGACAGACAGACAGACAGACAGACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140618	GAAAATATGCTGAATCAGATAGATCAGACAGACAGACAGACAGACAGACA	140667

BX571968.10	251	GACAGACAGACAGACAGACAGTCAGACAGGCAGACAGACAGACAGACAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140668	GACAGACAGACAGACAGACAGTCAGACAGGCAGACAGACAGACAGACAGA	140717

BX571968.10	301	CAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140718	CAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATA	140767

BX571968.10	351	GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140768	GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA	140817

BX571968.10	401	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACACACAGAGGTTATTGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140818	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACACACAGAGGTTATTGAT	140867

BX571968.10	451	TGATATACTGACAAATAGATGGACTGAAAGCAATGTTATGGATGTACAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140868	TGATATACTGACAAATAGATGGACTGAAAGCAATGTTATGGATGTACAGA	140917

BX571968.10	501	CAGACAGACGAATGGATGGGAGTGAAAGCTGTATTATTTACAGACAGACA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140918	CAGACAGACGAATGGATGGGAGTGAAAGCTGTATTATTTACAGACAGACA	140967

BX571968.10	551	TAAATATTGTTGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAGATGGATGGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	140968	TAAATATTGTTGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAGATGGATGGAA	141017

BX571968.10	601	AGCTGTATTATTTACAAACAGACAGCAATATTGTTAATGAATGGATGGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141018	AGCTGTATTATTTACAAACAGACAGCAATATTGTTAATGAATGGATGGGT	141067

BX571968.10	651	GTGAAAGCTGTATTATTTACAGACAGCGATATTATGGATGGATGGATGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141068	GTGAAAGCTGTATTATTTACAGACAGCGATATTATGGATGGATGGATGGA	141117

BX571968.10	701	TAGTTGGGTGGATGGATAAGAGTAAAAGCTTTATTATTTACAGACAGCGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141118	TAGTTGGGTGGATGGATAAGAGTAAAAGCTTTATTATTTACAGACAGCGA	141167

BX571968.10	751	TATTATGGATGGATGGATAGTTGGGTGGATGGATGGATAAGAGTAAAAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141168	TATTATGGATGGATGGATAGTTGGGTGGATGGATGGATAAGAGTAAAAGC	141217

BX571968.10	801	TGTATTATTTACAGACAGACAGTGATATTGTTAATGAATGGATGGATGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141218	TGTATTATTTACAGACAGACAGTGATATTGTTAATGAATGGATGGATGGA	141267

BX571968.10	851	TGGAAAATTATAGATAGACAGAGGCAGAAACAGATAGCTAGACAGAGTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141268	TGGAAAATTATAGATAGACAGAGGCAGAAACAGATAGCTAGACAGAGTGA	141317

BX571968.10	901	AAACGATATACAGACAAATGGATGAAGAAGATAGATGGACTGAGCAATGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141318	AAACGATATACAGACAAATGGATGAAGAAGATAGATGGACTGAGCAATGT	141367

BX571968.10	951	TACAGACAGACAGACAGACCAACAGACAAATAGAGATAAATTATAAACAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141368	TACAGACAGACAGACAGACCAACAGACAAATAGAGATAAATTATAAACAG	141417

BX571968.10	1001	ACAGACAGACAGACAGTACAAGTGACAGTAATGTTACAGACACACAGAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141418	ACAGACAGACAGACAGTACAAGTGACAGTAATGTTACAGACACACAGAGA	141467

BX571968.10	1051	TAGATTTTAAAACAATATTCTTAACAGATAGACAGATTGATCGATATCGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141468	TAGATTTTAAAACAATATTCTTAACAGATAGACAGATTGATCGATATCGA	141517

BX571968.10	1101	TATTATTGATGTACAATCAAATGGATGGAAGAATAATCATTATATGGATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141518	TATTATTGATGTACAATCAAATGGATGGAAGAATAATCATTATATGGATT	141567

BX571968.10	1151	GACAGGAGTTACAGATAGACAGAAATACTGTAGATAATGAAAGTAATATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141568	GACAGGAGTTACAGATAGACAGAAATACTGTAGATAATGAAAGTAATATT	141617

BX571968.10	1201	ATTGACAGACAGATAGACGGATGGAGTGAGAGCGATATTATATACAGAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141618	ATTGACAGACAGATAGACGGATGGAGTGAGAGCGATATTATATACAGAGA	141667

BX571968.10	1251	TAAATTATTGACAGACAGAAAGACATTATTGATAGACTGACAAATGGATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141668	TAAATTATTGACAGACAGAAAGACATTATTGATAGACTGACAAATGGATG	141717

BX571968.10	1301	GAGGGACACTAATGTTACAGACAGACAGTTAATAGAAGCCATATTATTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141718	GAGGGACACTAATGTTACAGACAGACAGTTAATAGAAGCCATATTATTGA	141767

BX571968.10	1351	CAGACAGACAGATGGATAGATGGACTGATGAATGGATGGATGGATGGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141768	CAGACAGACAGATGGATAGATGGACTGATGAATGGATGGATGGATGGAAA	141817

BX571968.10	1401	AAAGGCAGATAGATAGATGGACTGACTATTAACAGATGGACAGACGGATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141818	AAAGGCAGATAGATAGATGGACTGACTATTAACAGATGGACAGACGGATG	141867

BX571968.10	1451	GATGGATAGATAGACTATTAGACAGACAGATAGATGGAAAGACGGATGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141868	GATGGATAGATAGACTATTAGACAGACAGATAGATGGAAAGACGGATGGA	141917

BX571968.10	1501	TGCATGGATGGACAGACATACGGATAGATAGACTATTAACAGACAAACGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141918	TGCATGGATGGACAGACATACGGATAGATAGACTATTAACAGACAAACGG	141967

BX571968.10	1551	ATGGATAGACTATTAACAGATGGACAGTTGGATGGATAGATAGACTATTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	141968	ATGGATAGACTATTAACAGATGGACAGTTGGATGGATAGATAGACTATTA	142017

BX571968.10	1601	ACAAATGGACGGATGGGCAGACGGATGGAGAGATAGACTATTAACGTACG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	142018	ACAAATGGACGGATGGGCAGACGGATGGAGAGATAGACTATTAACGTACG	142067

BX571968.10	1651	GACGAATGGATAGACTATTAACAGACGAACGGATGGATGGACGAATGGAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	142068	GACGAATGGATAGACTATTAACAGACGAACGGATGGATGGACGAATGGAT	142117

BX571968.10	1701	AGATAGACTATTAACAGATGGACAGGTGGACAGACGGAAATAGATAGACT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	142118	AGATAGACTATTAACAGATGGACAGGTGGACAGACGGAAATAGATAGACT	142167

BX571968.10	1751	ATTAACAGACGAACGGATGGATGGATGGATGGATAGATAGACTATTAACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	142168	ATTAACAGACGAACGGATGGATGGATGGATGGATAGATAGACTATTAACA	142217

BX571968.10	1801	GACGAACGGATGGATGGACGGATGGATAGATAGATAGACTATTAACAGAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	142218	GACGAACGGATGGATGGACGGATGGATAGATAGATAGACTATTAACAGAC	142267

BX571968.10	1851	GGACGAATGGATAGACTATTAACAGACGAACGGATGGATGGACGGATGGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	142268	GGACGAATGGATAGACTATTAACAGACGAACGGATGGATGGACGGATGGA	142317

BX571968.10	1901	TAGACTATTAACAGACGAACGGATGGATGGACGGATGGATAGATAGACTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	142318	TAGACTATTAACAGACGAACGGATGGATGGACGGATGGATAGATAGACTA	142367

BX571968.10	1951	TTAACAGACGTAGATGGACAGACGGATGGATAGATAGACTATTAACAGAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR381567.9	142368	TTAACAGACGTAGATGGACAGACGGATGGATAGATAGACTATTAACAGAT	142417

Overview

Query
BX571968.10 - 225376 bps
Hit
CR381567.9 - 142417 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100186920001200011404181424171
283.781764036105361455-114047144651
383.58153336205254205589-120182205161
488.512574642097621439-150749512181
588.2227418159859160276-150752511661
686.14155332105412105743-150754510921
786.641944084374744154-150758511761
882.181324019634596745150767511981
985.781864063614136546150775511961
1086.49190372125925126296150848512171
1179.221144743607836551156179566401
1280.751384942098121474-156180566521
1381.611163959632696720156214566101
1484.96170351214113214463194796951541
1586.691172011517915379-11139671141691
1688.6713421512665512686911340931343041
1792.18134179214260214438-11341131342911
1886.32174318387383905511341401344461
1988.99138224270322725511342291344461
2098.26142172223165223336-11406751408461
2181.661364171813222911419861424161
2282.391193461931227611420651424161
Short-link